Esa Pitkänen

View Scopus Profile

Phone+358503254823, +358294125823
Emailesa.pitkanenhelsinkifi

PL 20 (Tukholmankatu 8)
00014
Finland

Research activity per year

Fields of Science

113 Computer and information sciences
algorithms
1184 Genetics, developmental biology, physiology
Computational biology
Bioinformatics
Computational systems biology

51 Article
10 Conference contribution
1 Book
1 Chapter
More
- 1 Editorial
- 1 Doctoral Thesis

Blood has never been thicker: Cell-free DNA fragmentomics in the liquid biopsy toolbox of B-cell lymphomas
Meriranta, L., Pitkänen, E. & Leppä, S., Jul 2023, In: Seminars in Hematology. 60, 3, p. 132-141 10 p.
Research output: Contribution to journal › Article › Scientific › peer-review
DeepIFC: Virtual fluorescent labeling of blood cells in imaging flow cytometry data with deep learning
Timonen, V. A., Kerkelä, E., Impola, U., Penna, L., Partanen, J., Kilpivaara, O., Arvas, M. & Pitkänen, E., Oct 2023, In: Cytometry. Part A. 103, 10, p. 807-817 11 p.
Research output: Contribution to journal › Article › Scientific › peer-review

Open Access
File
Evidence of a causal effect of genetic tendency to gain muscle mass on uterine leiomyomata
Sliz, E., Tyrmi, J. S., Rahmioglu, N., Zondervan, K. T., Becker, C. M., Uimari, O., Kettunen, J., Palotie, A., Daly, M., Riley-Gills, B., Jacob, H., Paul, D., Matakidou, A., Platt, A., Runz, H., John, S., Okafo, G., Lawless, N., Salminen-Mankonen, H., Plenge, R., & 306 othersMaranville, J., McCarthy, M., Ehm, M. G., Auro, K., Longerich, S., Fox, C., Malarstig, A., Klinger, K., Chatelain, C., Gossel, M., Estrada, K., Graham, R., Yang, R., O'Donnell, C., Mäkelä, T. P., Kaprio, J., Virolainen, P., Hakanen, A., Kilpi, T., Perola, M., Partanen, J., Pitkäranta, A., Raivio, T., Serpi, R., Laitinen, T., Kosma, V-M., Laukkanen, J., Hautalahti, M., Tuovila, O., Pakkanen, R., Waring, J., Riley-Gillis, B., Rahimov, F., Tachmazidou, I., Chen, C-Y., Ding, Z., Jung, M., Biswas, S., Pendergrass, R., Pulford, D., Raghavan, N., Huertas-Vazquez, A., Sul, J-H., Hu, X., Hedman, A., Rivas, M., Waterworth, D., Renaud, N., Obeidat, M., Ripatti, S., Schleutker, J., Arvas, M., Carpen, O., Hinttala, R., Mannermaa, A., Aalto-Setala, K., Kahonen, M., Mäkelä, J., Kalviainen, R., Julkunen, V., Soininen, H., Remes, A., Hiltunen, M., Peltola, J., Raivio, M., Tienari, P., Rinne, J., Kallionpaa, R., Partanen, J., Abbasi, A., Ziemann, A., Smaoui, N., Lehtonen, A., Eaton, S., Lahdenpera, S., Bowers, N., Teng, E., Xu, F., Addis, L., Eicher, J., Li, Q. S., He, K., Khramtsova, E., Färkkilä, M., Koskela, J., Pikkarainen, S., Jussila, A., Kaukinen, K., Blomster, T., Kiviniemi, M., Voutilainen, M., Lu, T., McCarthy, L., Hart, A., Guan, M., Miller, J., Kalpala, K., Miller, M., Eklund, K., Palomaki, A., Isomaki, P., Pirila, L., Kaipiainen-Seppanen, O., Huhtakangas, J., Mars, N., Lertratanakul, A., Hochfeld, M., Gordillo, J. E., Farias, F., Bing, N., Pelkonen, M., Kauppi, P., Kankaanranta, H., Harju, T., Lahesmaa, R., Lassi, G., Chen, H., Betts, J., Mishra, R., Mouded, M., Ngo, D., Niiranen, T., Vaura, F., Salomaa, V., Metsarinne, K., Aittokallio, J., Hernesniemi, J., Gordin, D., Sinisalo, J., Taskinen, M-R., Tuomi, T., Elliott, A., Reeve, M. P., Ruotsalainen, S., Challis, B., Chu, A., Reilly, D., Mendelson, M., Parkkinen, J., Meretoja, T., Joensuu, H., Mattson, J., Salminen, E., Auranen, A., Karihtala, P., Auvinen, P., Elenius, K., Pitkänen, E., Popovic, R., Schutzman, J., Kulkarni, D., Porello, A., Loboda, A., Lehtonen, H., McDonough, S., Vuoti, S., Kaarniranta, K., Turunen, J. A., Ollila, T., Uusitalo, H., Karjalainen, J., Liu, M., Loomis, S., Strauss, E., Chen, H., Tasanen, K., Huilaja, L., Hannula-Jouppi, K., Salmi, T., Peltonen, S., Koulu, L., Choy, D., Wu, Y., Pussinen, P., Salminen, A., Salo, T., Rice, D., Nieminen, P., Palotie, U., Siponen, M., Suominen, L., Mäntylä, P., Gursoy, U., Anttonen, V., Sipila, K., Laivuori, H., Kurra, V., Kotaniemi-Talonen, L., Heikinheimo, O., Kalliala, I., Aaltonen, L., Jokimaa, V., Vaarasmaki, M., Morin-Papunen, L., Niinimaki, M., Piltonen, T., Kivinen, K., Widen, E., Tukiainen, T., Välimäki, N., Laakkonen, E., Silven, H., Arffman, R., Savukoski, S., Laisk, T., Pujol, N., Kumar, J., Hovatta, I., Isometsä, E., Ollila, H., Suvisaari, J., Als, T. D., Mäkitie, A., Bizaki-Vallaskangas, A., Toppila-Salmi, S., Willberg, T., Saarentaus, E., Aarnisalo, A., Rahikkala, E., Aittomaki, K., Åberg, F., Kurki, M., Havulinna, A., Mehtonen, J., Palta, P., Hassan, S., Parolo, P. D. B., Zhou, W., Maasha, M., Lemmela, S., Liu, A., Lehisto, A., Ganna, A., Llorens, V., Heyne, H., Rämö, J., Rodosthenous, R., Strausz, S., Palotie, T., Palin, K., Garcia-Tabuenca, J., Siirtola, H., Kiiskinen, T., Lee, J., Tsuo, K., Kristiansson, K., Hyvarinen, K., Ritari, J., Pylkas, K., Karjalainen, M., Mantere, T., Kangasniemi, E., Heikkinen, S., Pitkanen, N., Lessard, S., Chatelain, C., Terho, P., Wahlfors, T., Punkka, E., Siltanen, S., Kuopio, T., Jalanko, A., Shen, H-Y., Kajanne, R., Aavikko, M., Palin, H., Linna, M-M., Kanai, M., Zheng, Z., Lahtela, L. E., Kaunisto, M., Kilpeläinen, E., Sipila, T. P., Dada, O. A., Ghazal, A., Kytölä, A., Weldatsadik, R., Donner, K., Loukola, A., Laiho, P., Sistonen, T., Kaiharju, E., Laukkanen, M., Jarvensivu, E., Lahteenmaki, S., Mannikko, L., Wong, R., Toivola, A., Brunfeldt, M., Mattsson, H., Koskelainen, S., Hiekkalinna, T., Paajanen, T., Pärn, K., Kals, M., Luo, S., Padmanabhuni, S. S., Niemi, M., Gracia-Tabuenca, J., Helminen, M., Luukkaala, T., Vahatalo, I., Tammerluoto, J., Smith, S., Southerington, T. & Lehto, P., 1 Feb 2023, In: Nature Communications. 14, 542, 14 p.
Research output: Contribution to journal › Article › Scientific › peer-review

Open Access
File
Mutation-Attention (MuAt): deep representation learning of somatic mutations for tumour typing and subtyping
Sanjaya, P., Maljanen, K., Katainen, R., Waszak, S. A., Genomics England Research Consortium, O., Aaltonen, L. A., Stegle, O., Korbel, J. & Pitkänen, E., 7 Jul 2023, In: Genome medicine. 15, 1, 18 p., 47.
Research output: Contribution to journal › Article › Scientific › peer-review

Open Access
File
Narcolepsy risk loci outline role of T cell autoimmunity and infectious triggers in narcolepsy
FinnGen, Palotie, A., Kytölä, A., Ganna, A., Jalanko, A., Liu, A., Lehisto, A., Ghazal, A., Kilpeläinen, E., Widen, E., Saarentaus, E., Pitkänen, E., Ollila, H. M., Laivuori, H., Heyne, H., Shen, H-Y., Kaprio, J., Rämö, J., Karjalainen, J. M., Mehtonen, J. M. F., & 31 othersPitkänen, J., Pärn, K., Donner, K., Kivinen, K., Lahtela, L. E., Niemi, M. E., Kaunisto, M., Mars, N., Dada, O. A., Della Briotta Parolo, P., Palta, P., Weldatsadik, R., Kajanne, R., Rodosthenous, R., Ripatti, S., Ruotsalainen, S., Strausz, S. J., Hassan, S., Padmanabhuni, S. S., Luo, S., Lemmelä, S., Tukiainen, T., Sipilä, T., Kiiskinen, T., Llorens, V., Daly, M., Lee, J., Kurki, M. I., Havulinna, A., Mäkitie, A. & Tienari, P., 15 May 2023, In: Nature Communications. 14, 1, 13 p., 2709.
Research output: Contribution to journal › Article › Scientific › peer-review

Open Access
File

1 Active
3 Finished

EDOC-PCB-LB Syöpäsäätiö 2022 Pitkänen
Pitkänen, E., Nebelung, H. S. & Timonen, V. A.
Syöpäsäätiö sr Cancerstiftelsen sr
01/01/2023 → 31/12/2025
Project: Foundations (Private Foundations, Non-Profit Foundations, Charitable Trusts)
Deep probabilistic modeling of somatic mutagenesis
Pitkänen, E., Mapar, P., Sanjaya, P. & Timonen, V. A.
Academy of Finland
01/09/2022 → 31/08/2024
Project: Research Council of Finland: Academy Research Fellow's research expenses
Modelling Functional Shifts in Enzyme Evolution
Pitkänen, E., Astikainen, K., Rousu, J. & Szedmak, S.
01/01/2006 → 31/12/2008
Project: Research project
Experimental and computational analysis of physiological regulation at transcriptome, proteome and metabolome level
Rousu, J., Rantanen, A. J., Pitkänen, E. & Heinonen, M.
01/01/2004 → 31/12/2007
Project: Research project

1 Supervisor or co-supervisor of doctoral thesis
1 Academic visit to other institution

EMBL
Esa Pitkänen (Visiting researcher)
4 Oct 2016 → 31 May 2019
Activity: Visiting an external institution types › Academic visit to other institution
Doctoral thesis supervision / Kaasinen
Esa Pitkänen (Supervisor)
2012 → 26 Sept 2014
Activity: Examination types › Supervisor or co-supervisor of doctoral thesis

Esa Pitkänen

Personal profile

Fields of Science

International and National Collaboration

Dive into details

Blood has never been thicker: Cell-free DNA fragmentomics in the liquid biopsy toolbox of B-cell lymphomas

DeepIFC: Virtual fluorescent labeling of blood cells in imaging flow cytometry data with deep learning

Evidence of a causal effect of genetic tendency to gain muscle mass on uterine leiomyomata

Mutation-Attention (MuAt): deep representation learning of somatic mutations for tumour typing and subtyping

Narcolepsy risk loci outline role of T cell autoimmunity and infectious triggers in narcolepsy

EDOC-PCB-LB Syöpäsäätiö 2022 Pitkänen

Deep probabilistic modeling of somatic mutagenesis

Modelling Functional Shifts in Enzyme Evolution

Experimental and computational analysis of physiological regulation at transcriptome, proteome and metabolome level

EMBL

Doctoral thesis supervision / Kaasinen

Esa Pitkänen

Personal profile

Fields of Science

International and National Collaboration

Publications

Projects

Activities