Keminformatiikan työpaja lukiolaisille: lääkeyhdisteiden liukoisuuden ja ominaisuuksien mallintaminen

  • Takala, Aleksi Mikael Johannes (Project manager)
  • Elonheimo, Johannes (CoIlaborator)
  • Aksela, Maija (Project manager)
  • Pernaa, Johannes (Project manager)

Project: Other project

Project Details

Description (abstract)

Keminformatiikan työpaja lukiolaisille tutustuttaa heidät keminformatiikan perusteisiin lääkeyhdisteiden kontekstissa. Työpajassa opitaan miten kemiallisia rakenteita kuvataan tietokoneelle, miten erilaisista piirto-ohjelmista ja tietokannoista voidaan viedä tai tuoda ohjelmistoympäristöön tietoa, jota työstää eteenpäin. Samalla kerrataan orgaanisen kemian funktionaalisia ryhmiä ja mahdollisia reaktioita. Työpaja perustuu avoimen tieteen periaatteisiin, ja täten avoin lähdekoodi ja ohjelmistot ovat keskiössä, kun opiskelijat soveltavat taitojaan yksinkertaisen koneoppimismallin valmisteluihin ja soveltamiseen itselle mielekkäistä lääkeyhdisteitä ja laskevat liukoisuuskertoimia esittämilleen rakenteelle. Tuloksia verrataan ja tutkitaan hyödyntäen kirjallisuutta sekä toista ohjelmistoa tulosten. Työpajan tarkoituksena on tutustuttaa nuoret lääkeyhdisteiden mallintamiseen hyödyntäen ohjelmointia osana lääkekehitystä ja pohtia menetelmien hyödyllisyyttä.

Cheminformatics workshop for high schoolers about medicinal chemistry where they're introduced to the basics of cheminformatics. Students will learn how to represent molecules to computers and how to use drawing software and public chemical databases to import data to the software environment for further studies. At the same time, students will analyze the relationship between chemical structure and chemical properties and their possible reactions. With a strong focus on open science, the workshop uses open-source utilities and software. The students will employ what they learn to build a simple ML model of water solubility to assess the accuracy and usefulness of such a tool when calculating, comparing, and understanding factors that make up a medicinal compound and its solubility. The results of the model are ultimately compared to values and analytics of another software, and reflected upon experimental data of solubility to make conclusions regarding the utility of such methods in drug design.

Layman's description

Kemian informatiikkaa eli keminformatiikkaa hyödyntävä työpaja, jossa lukiolaiset oppivat mallintamaan lääkeyhdisteille niiden vesiliukoisuutta ja ominaisuuksia hyödyntäen avoimelle tieteelle ominaisia avoimen lähdekoodin työkaluja.
StatusFinished
Effective start/end date08/02/202430/04/2024

Fields of Science

  • 516 Educational sciences