Organisaation profiili
Yksikön profiili
Our research group focuses on uncovering complex information from bioimages using machine learning. We are interested in developing novel deep learning solutions for bioimage analysis, study various learning approaches to create general models, and to apply these methods and models to profile cancer cell and tissue samples imaged using fluorescence microscopy.
Tieteenalat
- 113 Tietojenkäsittely- ja informaatiotieteet
- 1182 Biokemia, solu- ja molekyylibiologia
Yhteistyöt ja huippututkimusalueet viimeisiltä viideltä vuodelta
Profiilit
-
Gantugs Atarsaikhan
- Suomen molekyylilääketieteen instituutti - tutkijatohtori
Henkilö: U2 Opetus- ja tutkimushenkilöstö
-
Isabel Mogollon Figueroa
- Suomen molekyylilääketieteen instituutti - tutkijatohtori
- Bioimage Profiling
Henkilö: U2 Opetus- ja tutkimushenkilöstö
-
Lassi Paavolainen
- Suomen molekyylilääketieteen instituutti - akatemiatutkija
- Doctoral Programme in Integrative Life Science - Ohjaaja tohtoriohjelmassa
- Bioimage Profiling
Henkilö: U3 Opetus- ja tutkimushenkilöstö
-
Mohammad Vali Sanian
- Suomen molekyylilääketieteen instituutti - väitöskirjatutkija
- Doctoral Programme in Computer Science
- Bioimage Profiling
Henkilö: U1 Opetus- ja tutkimushenkilöstö, Väitöskirjatutkija
-
iCAN-DIP: AI-driven deep image-based profiling of pan-cancer tumor microenvironment
Atarsaikhan, G. (Osallistuja) & Paavolainen, L. (Principal Investigator)
01/01/2023 → 31/12/2026
Projekti: Tutkimusprojekti
-
Uncovering patterns in cancer cells with visual representation learning
Paavolainen, L. (Projektinjohtaja), Atarsaikhan, G. (Osallistuja), Mogollon Figueroa, I. (Osallistuja) & Sanian, M. V. (osallistuja)
01/09/2021 → 31/08/2026
Projekti: Tutkimusprojekti
-
Pan-cancer tumor microenvironment explor
Paavolainen, L. (Projektinjohtaja), Atarsaikhan, G. (osallistuja), Mogollon Figueroa, I. (osallistuja) & Mogollon Figueroa, I. (osallistuja)
Syöpäsäätiö sr Cancerstiftelsen sr
01/01/2023 → 31/12/2024
Projekti: Rahastot ja säätiöt
-
Academy of Finland FIRI2020/ Biocenter Finland/ Single Cell Competence Center
Pietiäinen, V. (Osallistuja), Hassinen, A. (Osallistuja), Polso, M. M. M. (Osallistuja), Horvarth, P. (Osallistuja) & Paavolainen, L. (Osallistuja)
01/12/2020 → 31/12/2021
Projekti: Suomen Akatemia: Tutkimusinfrastruktuuri
-
Covid-19 immunofluoresenssidetektiomenetelmän kehitys
Pietiäinen, V. (Principal Investigator), Polso, M. M. M. (Osallistuja), Horvarth, P. (Osallistuja) & Paavolainen, L. (Osallistuja)
01/01/2020 → 31/01/2021
Projekti: Tutkimusprojekti
Tutkimustuotos
-
Drug repurposing platform for deciphering the druggable SARS-CoV-2 interactome
Bogacheva, M., Kuivanen, S., Potdar, S., Hassinen, A., Huuskonen, S., Pöhner, I., Luck, T. J., Turunen, L., Feodoroff, M., Szirovicza, L., Savijoki, K., Saarela, J., Tammela, P., Paavolainen, L., Poso, A., Varjosalo, M., Kallioniemi, O., Pietiäinen, V. & Vapalahti, O., maalisk. 2024, julkaisussa: Antiviral Research. 223, 15 Sivumäärä, 105813.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Image-based and machine learning-guided multiplexed serology test for SARS-CoV-2
Paavolainen, L., Hassinen, A., Polso, M. M. M., Pietiäinen, V. & Kemmer, I., 7 maalisk. 2024Tutkimustuotos: Ei-tekstimuotoinen › Audiovisuaalinen tuotos › Tieteellinen
Open access -
Analysis of cellular phenotypes with unbiased image-based generative models
Fonnegra, R., Sanian, M. V., Chen, Z. S., Paavolainen, L. & Caicedo, J. C., 28 marrask. 2023.Tutkimustuotos: Konferenssimateriaalit › Konferenssiesitys › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Application of Self Supervised Vision Transformers for Multiplexed Microscopy Images and Its Challenges
Atarsaikhan, G., Mogollon Figueroa, I., Välimäki, K., Pellinen, T., Mirtti, T. & Paavolainen, L., 16 jouluk. 2023.Tutkimustuotos: Konferenssimateriaalit › Konferenssiesitys › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Comparison of two supporting matrices for patient-derived cancer cells in 3D drug sensitivity and resistance testing assay (3D-DSRT)
Feoforoff, M., Mikkonen, P., Turunen, L., Hassinen, A., Paasonen, L., Paavolainen, L., Potdar, S., Murumagi, A., Kallioniemi, O. & Pietiainen, V., kesäk. 2023, julkaisussa: SLAS discovery . 28, 4, s. 138-148 11 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto
Aktiviteetit
-
The 9th ScanPath meeting — Scandinavian Symposium on Translational Pathology 2025
Paavolainen, L. (Osallistuja)
29 lokak. 2025 → 30 lokak. 2025Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypit › Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
-
Bioimage Profiling research group
Paavolainen, L. (Kutsuttu puhuja)
10 jouluk. 2025Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypit › Kutsuesitelmä
-
From Neurons to Neoplasms: Bridging Neurodevelopmental Mechanisms and Cancer Pathology through Advanced Cellular Imaging
Paavolainen, L. (Sivuohjaaja)
1 tammik. 2025 → …Aktiviteetti: Tutkimustyypit › Väitöskirjan ohjaaja tai sivuohjaaja
-
Spatial multiplexed immunofluorescence profiling to study the tumour microenvironment at primary and metastatic tumour sites
Paavolainen, L. (Sivuohjaaja)
18 kesäk. 2025 → …Aktiviteetti: Tutkimustyypit › Väitöskirjan ohjaaja tai sivuohjaaja
-
Mitä tekoäly on?
Paavolainen, L. (Opettaja)
5 toukok. 2025Aktiviteetti: Muiden aktiviteettien tyypit › Tyypit: Muut aktiviteetit - Muu opetustyö
Tietoaineistot
-
Image-based profiling of healthy donor immune cells with Blood Cell Painting
Paavolainen, L. (Luoja), Högel-Starck, C. S. P. (Luoja), Timonen, V. A. (Luoja), Atarsaikhan, G. (Luoja), Mogollon Figueroa, I. (Luoja), Polso, M. M. M. (Luoja), Hassinen, A. (Luoja), Pietiäinen, V. (Luoja) & Pitkänen, E. (Luoja), European Bioinformatics Institute, 14 lokak. 2025
DOI - pysyväislinkki: 10.6019/S-BIAD2344
Tietoaineisto
-
Image-based and machine learning-guided multiplexed serology test for SARS-CoV-2
Paavolainen, L. (Luoja), Hassinen, A. (Luoja), Polso, M. M. M. (Luoja), Pietiäinen, V. (Luoja) & Kemmer, I. (Toimittaja), European Bioinformatics Institute, 1 huhtik. 2025
Tietoaineisto