Projekteja vuodessa
Organisaation profiili
Yksikön profiili
Our group is studying plant systems biology. We develop methods for combining different omics data sources and apply them in practise to answer biological questions regarding evolution, speciation, adaptation and host-microbe interactions in plants. Currently our main focus is the Betulaceae family, where we are establishing silver birch (Betula pendula) as the model species. In addition to silver birch we are also assembling the black alder genome (Alnus glutinosa).
Our work on host-microbe interactions has so far concentrated in the analysis of human gut microbiota. It forms a relatively closed ecosystem which can be quantified with 16S based techniques and metagenomic sequencing, and the host genome is very well annotated, making it suitable for a model ecosystem. In the following years the methodological approaches developed in this work will be applied to study plant-microbe interactions.
The group is part of Finnish Center of Excellence in Molecular Biology of Primary Producers.
Tieteenalat
- 1183 Kasvibiologia, mikrobiologia, virologia
- 1181 Ekologia, evoluutiobiologia
- 112 Tilastotiede
Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö
Viimeisin maa-/aluetasolla toteutettu yhteistyö. Saat tarkempia lisätietoja pisteitä napauttamalla, tai
Henkilöt
-
Maja Ilievska
- Organismi- ja evoluutiobiologian tutkimusohjelma - vieraileva tutkija
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Doctoral Programme in Plant Sciences
Henkilö: vieraileva tutkija, Väitöskirjatutkija, HY
-
Omid Safronov
- Organismi- ja evoluutiobiologian tutkimusohjelma - vieraileva tutkija
- Plant-Fungal Interactions Group
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
Henkilö: vieraileva tutkija, HY
-
Jarkko Salojärvi
- Organismi- ja evoluutiobiologian tutkimusohjelma - yliopistotutkija
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Viikki Plant Science Centre (ViPS)
- Doctoral Programme in Plant Sciences - Ohjaaja tohtoriohjelmassa
Henkilö: U3 Opetus- ja tutkimushenkilöstö, HY
-
Aleksia Vaattovaara
- Organismi- ja evoluutiobiologian tutkimusohjelma - tutkijatohtori
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
Henkilö: U2 Opetus- ja tutkimushenkilöstö
-
TreeBio: Centre of Excellence in Tree Biology
Helariutta, Y. (Principal Investigator), Kangasjärvi, J. (Co-Principal Investigator), Mähönen, A. P. (Co-Principal Investigator), Hölttä, T. (Osallistuja), Pyhäjärvi, T. S. (Osallistuja), Salojärvi, J. (Osallistuja), Nieminen, K. (Osallistuja), Shapiguzov, A. (Osallistuja), Kucukoglu Topcu, M. (Osallistuja), Sierla, M. (Osallistuja), Waszczak, C. (Osallistuja) & Vaten, A. (Osallistuja)
01/01/2022 → 31/01/2029
Projekti: Tutkimusprojekti
-
Efficient nuclei isolation protocols for analysing chromatin level regulation of phenotypic variation in perennial plants
Pyhäjärvi, T. S. (Principal Investigator), Hytönen, T. (Co-Principal Investigator), Vaattovaara, A. (Osallistuja) & Mähönen, A. P. (Muu)
01/05/2021 → 31/12/2021
Projekti: Tutkimusprojekti
-
AngioPlast: Plastid genome evolution of angiosperms
Poczai, P. (Principal Investigator), Hyvönen, J. (Projektinjohtaja), Amiryousefi, A. (Osallistuja), Sablok, G. (Osallistuja) & He, X. (Osallistuja)
01/09/2017 → 30/12/2021
Projekti: Tutkimusprojekti
-
SOLPHYLO: Phylogenetic Relationships and Organellar Genome Evolution in Solanaceae
Poczai, P. (Principal Investigator), Hyvönen, J. (Projektinjohtaja), Amiryousefi, A. (Osallistuja), Aubriot, X. (Osallistuja), Sablok, G. (Projektinjohtaja), Särkinen, T. (Osallistuja), Knapp, S. (Osallistuja), Buerki, S. (Osallistuja), Syfert, M. (Osallistuja), He, X. (Osallistuja), Gagnon, E. (Osallistuja), Orejuela, A. (Osallistuja), Barboza, G. (Projektinjohtaja), Baden, M. (Projektinjohtaja) & van der Weerden, G. M. (Projektinjohtaja)
Uudenmaan liitto, Jyväskylän yliopisto, Itä-Suomen yliopisto
01/09/2016 → 01/09/2021
Projekti: Tutkimusprojekti
-
Three-year research grant / Mikael Niku 2016-2018: IMPACT OF FETAL INTESTINAL MICROBIOTA ON THE EARLY DEVELOPMENT OF THE IMMUNE SYSTEM
Niku, M. (Projektinjohtaja), Pessa-Morikawa, T. (Osallistuja), Iivanainen, A. (Osallistuja), Satokari, R. (Osallistuja), Salojärvi, J. (Osallistuja), Soveri, T. (Osallistuja), Kahelin, M. (Osallistuja), Peltoniemi, O. (Osallistuja), Kareskoski, M. (Osallistuja), Alipour, M. (Osallistuja) & Husso, A. (Osallistuja)
Eläinlääketieteen tutkimuksen tukisäätiö, Suomen eläinlääketieteen säätiö, Suomen Kulttuurirahasto
01/01/2016 → 31/12/2019
Projekti: Helsingin yliopiston kolmivuotinen tutkimushanke
-
Single-cell and spatial transcriptomics uncover the role of B chromosomes in driving plant invasiveness
Wang, C., Ord, J., Yan, M., Shao, H., Lin, L., Salojärvi, J., Liu, L. & Guo, W., 1 tammik. 2025, julkaisussa: bioRxiv.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen
-
Allopolyploid origin and diversification of the Hawaiian endemic mints
Tomlin, C. M., Rajaraman, S., Sebesta, J. T., Scheen, A. C., Bendiksby, M., Low, Y. W., Salojärvi, J., Michael, T. P., Albert, V. A. & Lindqvist, C., jouluk. 2024, julkaisussa: Nature Communications. 15, 1, 17 Sivumäärä, 3109.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Chromosome-level genome assemblies reveal genome evolution of an invasive plant Phragmites australis
Wang, C., Liu, L., Yin, M., Liu, B., Wu, Y., Eller, F., Gao, Y., Brix, H., Wang, T., Guo, W. & Salojärvi, J., elok. 2024, julkaisussa: Communications Biology. 7, 1007.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Complex Polyploids: Origins, Genomic Composition, and Role of Introgressed Alleles
Leal, J., Milesi, P., Hodková, E., Zhou, Q., James, J., Eklund, D., Pyhäjärvi, T., Salojärvi, J. & Lascoux, M., maalisk. 2024, julkaisussa: Systematic Biology. 73, 2, 27 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Genome-wide analysis tracks the emergence of intraspecific polyploids in Phragmites australis
Wang, C., Liu, L., Yin, M., Eller, F., Brix, H., Wang, T., Salojärvi, J. & Guo, W., 2024, julkaisussa: npj Biodiversity. 3, 1, 15 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto
Aktiviteetit
-
Plant and Animal Genomes Conference XXVI
Rajaraman, S. (Puhuja: esitelmän pitäjä)
13 tammik. 2018Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypit › Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
-
Keystone Meeting: Plant Signaling: Molecular Pathways and Network Integration
Vaattovaara, A. (Posteriesitys)
21 tammik. 2018 → 24 tammik. 2018Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypit › Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
-
Plant and Animal Genomes Conference XXVI
Rajaraman, S. (Posteriesitys)
15 tammik. 2018Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypit › Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
-
Population Genomics of Silver Birch
Salojärvi, J. (Puhuja)
13 tammik. 2017 → 18 tammik. 2017Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypit › Suullinen esitys
-
Adaptive Landscape and Population Genomics of Silver Birch
Salojärvi, J. (Puhuja)
23 heinäk. 2017 → 29 heinäk. 2017Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypit › Suullinen esitys
Palkinnot
-
Global warming and boreal forest - a case study with the model species silver birch (Rauduskoivu)
Rajaraman, S. (Vastaanottaja), 26 lokak. 2017
Palkinto: Palkinnot ja kunnianosoitukset
Lehtileikkeet
-
A simple software error corrected: bittersweet chloroplast genome becomes the model
Amiryousefi, A., Hyvönen, J. T. & Poczai, P.
17/05/2018
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media
-
A simple software error corrected: bittersweet chloroplast genome will become the model for annotations and nightshade comparative genomics
Amiryousefi, A., Hyvönen, J. T. & Poczai, P.
14/05/2018
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media