• P.O. Box 65 (Viikinkaari 1), Biocenter 3

    00014 University of Helsinki

    Suomi

Organisaation profiili

Yksikön profiili

Our group is studying plant systems biology. We develop methods for combining different omics data sources and apply them in practise to answer biological questions regarding evolution, speciation, adaptation and host-microbe interactions in plants. Currently our main focus is the Betulaceae family, where we are establishing silver birch (Betula pendula) as the model species. In addition to silver birch we are also assembling the black alder genome (Alnus glutinosa).

Our work on host-microbe interactions has so far concentrated in the analysis of human gut microbiota. It forms a relatively closed ecosystem which can be quantified with 16S based techniques and metagenomic sequencing, and the host genome is very well annotated, making it suitable for a model ecosystem. In the following years the methodological approaches developed in this work will be applied to study plant-microbe interactions.

The group is part of Finnish Center of Excellence in Molecular Biology of Primary Producers.

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.

Projektit 2015 2020

Julkaisut 2014 2019

  • 33 Artikkeli
  • 2 Katsausartikkeli
  • 1 Kirjan luku tai artikkeli

Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors

Shapiguzov, A., Vainonen, J., Hunter, K. A., Tossavainen, H. P. M., Tiwari, A., Järvi, S., Hellman, M. H., Aarabi, F., Alseekh, S., Wybouw, B., Van Der Kelen, K., Nikkanen, L., Krasensky-Wrzaczek, J., Sipari, N. H., Keinänen, M., Tyystjaervi, E., Rintamäki, E., De Rybel, B., Salojärvi, J. T., Van Breusegem, F. & 6 muutaFernie, A. R., Brosche, M. J., Permi, P. E. I., Aro, E-M., Wrzaczek, M. A. & Kangasjärvi, J. S., 15 helmikuuta 2019, julkaisussa : eLife. 8, 35 Sivumäärä, e43284.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

High-throughput sequencing data and the impact of plant gene annotation quality

Vaattovaara, A. F. M., Leppälä, J. M., Salojärvi, J. T. & Wrzaczek, M. A., 1 helmikuuta 2019, julkaisussa : Journal of Experimental Botany. 70, 4, s. 1069-1076 8 Sivumäärä, ery43.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Mechanistic insights into the evolution of DUF26-containing proteins in land plants

Vaattovaara, A., Brandt, B., Rajaraman, S., Safronov, O., Veidenberg, A., Luklová, M., Kangasjärvi, J., Löytynoja, A., Hothorn, M., Salojärvi, J. & Wrzaczek, M., 8 helmikuuta 2019, julkaisussa : Communications Biology. 2, 18 Sivumäärä, 56.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Sequencing the plastid genome of giant ragweed (Ambrosia trifida, Asteraceae) from a herbarium specimen

Sablok, G., Amiryousefi, A., He, X., Hyvönen, J. T. & Poczai, P., 28 helmikuuta 2019, julkaisussa : Frontiers in plant science. 10, 18 Sivumäärä, 218.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Tissue-specific study across the stem reveals the chemistry and transcriptome dynamics of birch bark.

Alonso Serra, J. A., Safronov, O., Lim, K-J., Fraser-Miller, S., Blokhina, O. B., Campilho, A., Chong, S-L., Fagerstedt, K. V., Haavikko, R. H., Helariutta, Y., Immanen, J. J. M., Kangasjärvi, J. S., Kauppila, T. J., Lehtonen, M., Ragni, L., Rajaraman, S., Räsänen, R-M., Safdari, P., Tenkanen, T. M., Yli-Kauhaluoma, J. T. & 4 muutaTeeri, T. H., Strachan, C. J., Nieminen, K. & Salojärvi, J. T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : New Phytologist. 222, 4, s. 1816-1831 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Aktiviteetit 2014 2018

Keystone Meeting: Plant Signaling: Molecular Pathways and Network Integration

Aleksia Vaattovaara (Posteriesitys)
21 tammikuuta 201824 tammikuuta 2018

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Plant and Animal Genomes Conference XXVI

Sitaram Rajaraman (Posteriesitys)
15 tammikuuta 2018

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Plant and Animal Genomes Conference XXVI

Sitaram Rajaraman (Puhuja: esitelmän pitäjä)
13 tammikuuta 2018

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Plant Genome Evolution Conference 2017

Aleksia Vaattovaara (Posteriesitys)
1 lokakuuta 20173 lokakuuta 2017

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Story of silver birch

Jarkko Salojärvi (Puhuja)
2 marraskuuta 2017

Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypitKutsuesitelmä

Palkinnot