• P.O. Box 65 (Viikinkaari 1), Biocenter 3

    00014 University of Helsinki

    Suomi

Organisaation profiili

Yksikön profiili

Our group is studying plant systems biology. We develop methods for combining different omics data sources and apply them in practise to answer biological questions regarding evolution, speciation, adaptation and host-microbe interactions in plants. Currently our main focus is the Betulaceae family, where we are establishing silver birch (Betula pendula) as the model species. In addition to silver birch we are also assembling the black alder genome (Alnus glutinosa).

Our work on host-microbe interactions has so far concentrated in the analysis of human gut microbiota. It forms a relatively closed ecosystem which can be quantified with 16S based techniques and metagenomic sequencing, and the host genome is very well annotated, making it suitable for a model ecosystem. In the following years the methodological approaches developed in this work will be applied to study plant-microbe interactions.

The group is part of Finnish Center of Excellence in Molecular Biology of Primary Producers.

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.

Projektit

Julkaisut

  • 35 Artikkeli
  • 2 Katsausartikkeli
  • 1 Kirjan luku tai artikkeli
  • 1 Pääkirjoitus

CRK2 and C-terminal Phosphorylation of NADPH Oxidase RBOHD Regulate Reactive Oxygen Species Production in Arabidopsis

Kimura, S., Hunter, K., Vaahtera, L., Tran, C., Citterico, M., Vaattovaara, A., Rokka, A., Stolze, S. C., Harzen, A., Meißner, L., Wilneks, M. M. T., Hamann, T., Toyoga, M., Nakagami, H. & Wrzaczek, M., 8 huhtikuuta 2020, julkaisussa : Plant Cell. 32, 4, s. 1063–1080 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

ELIMAKI Locus Is Required for Vertical Proprioceptive Response in Birch Trees

Alonso Serra, J. A., Shi, X., Peaucelle, A., Rastas, P., Bourdon, M., Immanen, J., Takahashi, J., Koivula, H., Eswaran, G., Muranen, S. J., Help-Rinta-Rahko, H., Smolander, O-P., Su, C., Safronov, O., Gerber, L., Salojärvi, J., Hagqvist, R., Mähönen, A. P., Helariutta, Y. & Nieminen, K., 24 helmikuuta 2020, julkaisussa : Current Biology. 30, 4, s. 589-599 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

PROTEIN PHOSPHATASE 2A-B 'gamma Controls Botrytis cinerea Resistance and Developmental Leaf Senescence

Durian, G., Rahikainen, M., Vuorinen, K., Gollan, P. J., Brosche, M., Salojarvi, J., Glawischnig, E., Winter, Z., Li, S., Noctor, G., Aro, E-M., Kangasjärvi, J., Overmyer, K., Burow, M. & Kangasjärvi, S., helmikuuta 2020, julkaisussa : Plant Physiology. 182, 2, s. 1161-1181 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The photoreceptor UVR8 mediates the perception of both UV-B and UV-A wavelengths up to 350 nm of sunlight with responsivity moderated by cryptochromes

Rai, N., O'Hara, A., Farkas, D., Safronov, O., Ratanasopa, K., Wang, F., Lindfors, A. V., Jenkins, G. I., Lehto, T., Salojärvi, J., Brosché, M., Strid, Å., Aphalo, P. J. & Morales, L. O., 24 maaliskuuta 2020, julkaisussa : Plant, Cell and Environment. 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors

Shapiguzov, A., Vainonen, J., Hunter, K. A., Tossavainen, H. P. M., Tiwari, A., Järvi, S., Hellman, M. H., Aarabi, F., Alseekh, S., Wybouw, B., Van Der Kelen, K., Nikkanen, L., Krasensky-Wrzaczek, J., Sipari, N. H., Keinänen, M., Tyystjaervi, E., Rintamäki, E., De Rybel, B., Salojärvi, J. T., Van Breusegem, F. & 6 muuta, Fernie, A. R., Brosche, M. J., Permi, P. E. I., Aro, E-M., Wrzaczek, M. A. & Kangasjärvi, J. S., 15 helmikuuta 2019, julkaisussa : eLife. 8, 35 Sivumäärä, e43284.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Aktiviteetit

Plant and Animal Genomes Conference XXVI

Sitaram Rajaraman (Posteriesitys)
15 tammikuuta 2018

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Keystone Meeting: Plant Signaling: Molecular Pathways and Network Integration

Aleksia Vaattovaara (Posteriesitys)
21 tammikuuta 201824 tammikuuta 2018

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Plant and Animal Genomes Conference XXVI

Sitaram Rajaraman (Puhuja: esitelmän pitäjä)
13 tammikuuta 2018

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Population Genomics of Silver Birch

Jarkko Salojärvi (Puhuja)
13 tammikuuta 201718 tammikuuta 2017

Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypitSuullinen esitys

Analysis of genomic sequencing data

Jarkko Salojärvi (Puhuja)
11 joulukuuta 201713 joulukuuta 2017

Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypitKutsuesitelmä

Palkinnot