Bioinformatics

Julkaisut 1998 2019

2019

ALDH1A1-related stemness in high-grade serous ovarian cancer is a negative prognostic indicator but potentially targetable by EGFR/mTOR-PI3K/aurora kinase inhibitors

Kaipio, K., Chen, P., Roering, P., Huhtinen, K., Mikkonen, P., Östling, P., Lehtinen, L., Mansuri, N., Korpela, T., Potdar, S., Hynninen, J., Auranen, A., Grénman, S., Wennerberg, K., Hautaniemi, S. & Carpén, O., 3 joulukuuta 2019, julkaisussa : Journal of Pathology. 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Aligning optical maps to de Bruijn graphs

Mukherjee, K., Alipanahi, B., Kahveci, T., Salmela, L. & Boucher, C., 15 syyskuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 18, s. 3250-3256 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

A major genetic turnover in the Finnish population since the Iron Age

Salmela, E., Majander, K., Lamnidis, T. C., Salo, K. H., Översti, S., Arppe, L., Belskiy, S., Etu-Sihvola, H., Laakso, V., Mikkola, E., Oinonen, M., Moilanen, U., Taavitsainen, J-P., Vuoristo, K., Wessman, A., Schiffels, S., Krause, J. & Onkamo, P., 3 huhtikuuta 2019.

Tutkimustuotos: Konferenssimateriaalit › Posteri

Anagrelide for Gastrointestinal Stromal Tumor

Pulkka, O-P., Gebreyohannes, Y. K., Wozniak, A., Mpindi, J-P., Tynninen, O., Icay, K., Cervera, A., Keskitalo, S., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Laaksonen, M., Wennerberg, K., Varjosalo, M., Laakkonen, P., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Kallioniemi, O., Schöffski, P., Sihto, H. & Joensuu, H., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Clinical Cancer Research. 25, 5, s. 1676-1687 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Anduril 2: Upgraded large-scale data integration framework

Cervera, A., Rantanen, V., Ovaska, K., Laakso, M., Nuñez-Fontarnau, J., Alkodsi, A., Casado, J., Facciotto, C., Häkkinen, A., Louhimo, R., Karinen, S., Zhang, K., Lavikka, K., Lyly, L., Pal Singh, M. & Hautaniemi, S., 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 19, s. 3815-3817 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bit-parallel sequence-to-graph alignment

Rautiainen, M., Mäkinen, V. & Marschall, T., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 19, s. 3599-3607 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Chemogenomic Analysis of the Druggable Kinome and Its Application to Repositioning and Lead Identification Studies

Ravikumar, B., Timonen, S., Alam, Z., Parri, E., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 21 marraskuuta 2019, julkaisussa : Cell chemical biology. 26, 11, s. 1608-1622 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Menden, M. P., Wang, D., Mason, M. J., Szalai, B., Bulusu, K. C., Guan, Y., Yu, T., Kang, J., Jeon, M., Wolfinger, R., Nguyen, T., Zaslavskiy, M., Abante, J., Abecassis, B. S., Aben, N., Aghamirzaie, D., Aittokallio, T., Akhtari, F. S., Al-lazikani, B., Alam, T. & 280 muuta, Allam, A., Allen, C., de Almeida, M. P., Altarawy, D., Alves, V., Amadoz, A., Anchang, B., Antolin, A. A., Ash, J. R., Aznar, V. R., Ba-alawi, W., Bagheri, M., Bajic, V., Ball, G., Ballester, P. J., Baptista, D., Bare, C., Bateson, M., Bender, A., Bertrand, D., Wijayawardena, B., Boroevich, K. A., Bosdriesz, E., Bougouffa, S., Bounova, G., Brouwer, T., Bryant, B., Calaza, M., Calderone, A., Calza, S., Capuzzi, S., Carbonell-Caballero, J., Carlin, D., Carter, H., Castagnoli, L., Celebi, R., Cesareni, G., Chang, H., Chen, G., Chen, H., Chen, H., Cheng, L., Chernomoretz, A., Chicco, D., Cho, K-H., Cho, S., Choi, D., Choi, J., Choi, K., Choi, M., Cock, M. D., Coker, E., Cortes-Ciriano, I., Cserzö, M., Cubuk, C., Curtis, C., Daele, D. V., Dang, C. C., Dijkstra, T., Dopazo, J., Draghici, S., Drosou, A., Dumontier, M., Ehrhart, F., Eid, F-E., ElHefnawi, M., Elmarakeby, H., van Engelen, B., Engin, H. B., de Esch, I., Evelo, C., Falcao, A. O., Farag, S., Fernandez-Lozano, C., Fisch, K., Flobak, A., Fornari, C., Foroushani, A. B. K., Fotso, D. C., Fourches, D., Friend, S., Frigessi, A., Gao, F., Gao, X., Gerold, J. M., Gestraud, P., Ghosh, S., Gillberg, J., Godoy-Lorite, A., Godynyuk, L., Godzik, A., Goldenberg, A., Gomez-Cabrero, D., Gonen, M., de Graaf, C., Gray, H., Grechkin, M., Guimera, R., Guney, E., Haibe-Kains, B., Han, Y., Hase, T., He, D., He, L., Heath, L. S., Hellton, K. H., Helmer-Citterich, M., Hidalgo, M. R., Hidru, D., Hill, S. M., Hochreiter, S., Hong, S., Hovig, E., Hsueh, Y-C., Hu, Z., Huang, J. K., Huang, R. S., Hunyady, L., Hwang, J., Hwang, T. H., Hwang, W., Hwang, Y., Isayev, O., Don’t Walk, O. B., Jack, J., Jahandideh, S., Ji, J., Jo, Y., Kamola, P. J., Kanev, G. K., Karacosta, L., Karimi, M., Kaski, S., Kazanov, M., Khamis, A. M., Khan, S. A., Kiani, N. A., Kim, A., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, K., Kim, S., Kim, Y., Kim, Y., Kirk, P. D. W., Kitano, H., Klambauer, G., Knowles, D., Ko, M., Kohn-Luque, A., Kooistra, A. J., Kuenemann, M. A., Kuiper, M., Kurz, C., Kwon, M., van Laarhoven, T., Laegreid, A., Lederer, S., Lee, H., Lee, J., Lee, Y. W., Lepp_aho, E., Lewis, R., Li, J., Li, L., Liley, J., Lim, W. K., Lin, C., Liu, Y., Lopez, Y., Low, J., Lysenko, A., Machado, D., Madhukar, N., Maeyer, D. D., Malpartida, A. B., Mamitsuka, H., Marabita, F., Marchal, K., Marttinen, P., Mason, D., Mazaheri, A., Mehmood, A., Mehreen, A., Michaut, M., Miller, R. A., Mitsopoulos, C., Modos, D., Moerbeke, M. V., Moo, K., Motsinger-Reif, A., Movva, R., Muraru, S., Muratov, E., Mushthofa, M., Nagarajan, N., Nakken, S., Nath, A., Neuvial, P., Newton, R., Ning, Z., Niz, C. D., Oliva, B., Olsen, C., Palmeri, A., Panesar, B., Papadopoulos, S., Park, J., Park, S., Park, S., Pawitan, Y., Peluso, D., Pendyala, S., Peng, J., Perfetto, L., Pirro, S., Plevritis, S., Politi, R., Poon, H., Porta, E., Prellner, I., Preuer, K., Pujana, M. A., Ramnarine, R., Reid, J. E., Reyal, F., Richardson, S., Ricketts, C., Rieswijk, L., Rocha, M., Rodriguez-Gonzalvez, C., Roell, K., Rotroff, D., de Ruiter, J. R., Rukawa, P., Sadacca, B., Safikhani, Z., Safitri, F., Sales-Pardo, M., Sauer, S., Schlichting, M., Seoane, J. A., Serra, J., Shang, M-M., Sharma, A., Sharma, H., Shen, Y., Shiga, M., Shin, M., Shkedy, Z., Shopsowitz, K., Sinai, S., Skola, D., Smirnov, P., Soerensen, I. F., Soerensen, P., Song, J-H., Song, S. O., Soufan, O., Spitzmueller, A., Steipe, B., Suphavilai, C., Tamayo, S. P., Tamborero, D., Tang, J., Tanoli, Z-R., Tarres-Deulofeu, M., Tegner, J., Thommesen, L., Tonekaboni, S. A. M., Tran, H., Troyer, E. D., Truong, A., Tsunoda, T., Turu, G., Tzeng, G-Y., Verbeke, L., Videla, S. & Consortium, A-S. D. C. DREAM., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, 17 Sivumäärä, 2674.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Computational investigation of cancer genomes

Alkodsi, A., 2019, Helsinki: [A. Alkodsi]. 50 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma

Open access

Cost-effective survival prediction for patients with advanced prostate cancer using clinical trial and real-world hospital registry datasets

Murtojärvi, M., Halkola, A. S., Airola, A., Laajala, T. D., Mirtti, T., Aittokallio, T. & Pahikkala, T., 17 marraskuuta 2019, julkaisussa : International Journal of Medical Informatics. 133

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

DALI and the persistence of protein shape

Holm, L., 13 marraskuuta 2019, julkaisussa : Protein Science. 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Distinct subtypes of diffuse large B-cell lymphoma defined by hypermutated genes

Alkodsi, A., Cervera, A., Zhang, K., Louhimo, R., Meriranta, L., Pasanen, A., Leivonen, S-K., Holte, H., Leppä, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., marraskuuta 2019, julkaisussa : Leukemia. 33, 11, s. 2662-2672 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

DNMT Inhibitors Increase Methylation in the Cancer Genome

Giri, A. K. & Aittokallio, T., 24 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Frontiers in Pharmacology. 10, 11 Sivumäärä, 385.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fixed Block Compression Boosting in FM-Indexes: Theory and Practice

Gog, S., Kärkkäinen, J., Kempa, D., Petri, M. & Puglisi, S. J., huhtikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica. 81, 4, s. 1370-1391 22 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Human mitochondrial DNA lineages in Iron-Age Fennoscandia suggest incipient admixture and eastern introduction of farming-related maternal ancestry

Oversti, S., Majander, K., Salmela, E., Salo, K., Arppe, L., Belskiy, S., Etu-Sihvola, H., Laakso, V., Mikkola, E., Pfrengle, S., Putkonen, M., Taavitsainen, J-P., Vuoristo, K., Wessman, A., Sajantila, A., Oinonen, M., Haak, W., Schuenemann, V. J., Krause, J., Palo, J. U. & 1 muuta, Onkamo, P., 15 marraskuuta 2019, julkaisussa : Scientific Reports. 9, 14 Sivumäärä, 16883.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Kermit: Linkage map guided long read assembly

Walve, R., Rastas, P. & Salmela, L., 20 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 1, 10 Sivumäärä, 8.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 17 toukokuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 15 Sivumäärä, 12.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Mathematical modeling of treatment resistance in cancer

Kozłowska, E., 2019, Helsinki: [E. Kozłowska]. 52 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma

Open access

Matrix and Tensor Factorization Methods for Toxicogenomic Modeling and Prediction

Khan, S. A., Aittokallio, T., Scherer, A., Grafström, R. C. & Kohonen, P., toukokuuta 2019, Advances in Computational Toxicology: Methodologies and Applications in Regulatory Science. Hong, H. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 57-74 18 Sivumäärä (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics; Vuosikerta 30).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Mechanistic insights into the evolution of DUF26-containing proteins in land plants

Vaattovaara, A., Brandt, B., Rajaraman, S., Safronov, O., Veidenberg, A., Luklová, M., Kangasjärvi, J., Löytynoja, A., Hothorn, M., Salojärvi, J. & Wrzaczek, M., 8 helmikuuta 2019, julkaisussa : Communications Biology. 2, 18 Sivumäärä, 56.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP

Husic, E., Li, X., Hujdurovic, A., Mehine, M., Rizzi, R., Mäkinen, V., Milanic, M. & Tomescu, A. I., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 5, s. 769-777 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Network pharmacology modeling identifies synergistic Aurora B and ZAK interaction in triple-negative breast cancer

Tang, J., Gautam, P., Gupta, A., He, L., Timonen, S., Akimov, Y., Wang, W., Szwajda, A., Jaiswal, A., Turei, D., Yadav, B., Kankainen, M., Saarela, J., Saez-Rodriguez, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 8 heinäkuuta 2019, julkaisussa : npj Systems Biology and Applications. 5, 1, 11 Sivumäärä, 20.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

On Lempel-Ziv Decompression in Small Space

Puglisi, S. J. & Rossi, M., 2019, 2019 DATA COMPRESSION CONFERENCE (DCC). New York: IEEE, s. 221-230 10 Sivumäärä (IEEE Data Compression Conference).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

On the Complexity of String Matching for Graphs

Equi, M., Grossi, R., Mäkinen, V. & Tomescu, A., 2019, 46th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP 2019). Baier, C., Chatzigiannakis, I., Flocchini, P. & Leonardi, S. (toim.). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing, Vuosikerta 132. s. 55:1--55:15 (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 132).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Phenotypic Screening Combined with Machine Learning for Efficient Identification of Breast Cancer-Selective Therapeutic Targets

Gautam, P., Jaiswal, A., Aittokallio, T., Al-Ali, H. & Wennerberg, K., 18 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Cell chemical biology. 26, 7, s. 970-+ 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Safe and Complete Algorithms for Dynamic Programming Problems, with an Application to RNA Folding

Kiirala, N., Salmela, L. & Tomescu, A., 2019, 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019). Pisanti, N. & Pissis, S. P. (toim.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 8:1-8:16 16 Sivumäärä (Edit Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 128).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Safely Filling Gaps with Partial Solutions Common to All Solutions

Salmela, L. & Tomescu, A. I., 2019, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 2, s. 617-626 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Shared Molecular Targets Confer Resistance over Short and Long Evolutionary Timescales

Li, J., Vázquez-García, I., Persson, K., González, A., Yue, J-X., Barré, B., Hall, M. N., Long, A., Warringer, J., Mustonen, V. & Liti, G., huhtikuuta 2019, julkaisussa : Molecular Biology and Evolution. 36, 4, s. 691-708 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukokuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Π-cyc: A Reference-free SNP Discovery Application using Parallel Graph Search

Younsi, R., Tang, J. & Holm, L. U. T., 29 tammikuuta 2019, (Julkaisematon) julkaisussa : arXiv.org .

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Yleistajuinen

Tiedosto
2018

AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination

Medlar, A. J., Törönen, P. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W479-W485 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Adrenals Contribute to Growth of Castration-Resistant VCaP Prostate Cancer Xenografts

Huhtaniemi, R., Oksala, R., Knuuttila, M., Mehmood, A., Aho, E., Laajala, T. D., Nicorici, D., Aittokallio, T., Laiho, A., Elo, L., Ohlsson, C., Kallio, P., Mäkelä, S., Mustonen, M. V. J., Sipila, P. & Poutanen, M., joulukuuta 2018, julkaisussa : The American Journal of Pathology. 188, 12, s. 2890-2901 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

A Functional Homologous Recombination Assay Predicts Primary Chemotherapy Response and Long-Term Survival in Ovarian Cancer Patients

Tumiati, M., Hietanen, S., Hynninen, J., Pietilä, E., Färkkilä, A., Kaipio, K., Roering, P., Huhtinen, K., Alkodsi, A., Li, Y., Lehtonen, R., Erkan, E. P., Tuominen, M. M., Lehti, K., Hautaniemi, S. K., Vähärautio, A., Grenman, S., Carpen, O. & Kauppi, L., 15 syyskuuta 2018, julkaisussa : Clinical Cancer Research. 24, 18, s. 4482-4493 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Aggressive natural killer-cell leukemia mutational landscape and drug profiling highlight JAK-STAT signaling as therapeutic target

Dufva, O., Kankainen, M., Kelkka, T., Sekiguchi, N., Awad, S. A., Eldfors, S., Yadav, B., Kuusanmäki, H., Malani, D., Andersson, E. I., Pietarinen, P., Saikko, L., Kovanen, P. E., Ojala, T., Lee, D. A., Loughran, T. P., Nakazawa, H., Suzumiya, J., Suzuki, R., Ko, Y. H. & 7 muuta, Kim, W. S., Chuang, S-S., Aittokallio, T., Chan, W. C., Ohshima, K., Ishida, F. & Mustjoki, S., 19 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 12 Sivumäärä, 1567.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Ancient Fennoscandian genomes reveal origin and spread of Siberian ancestry in Europe

Lamnidis, T. C., Majander, K., Jeong, C., Salmela, E., Wessman, A., Moiseyev, V., Khartanovich, V., Balanovsky, O., Ongyerth, M., Weihmann, A., Sajantila, A., Kelso, J., Pääbo, S., Onkamo, P., Haak, W., Krause, J. & Schiffels, S., 27 marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 12 Sivumäärä, 5018.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Antiandrogens Reduce Intratumoral Androgen Concentrations and Induce Androgen Receptor Expression in Castration-Resistant Prostate Cancer xenografts

Knuuttila, M., Mehmood, A., Huhtaniemi, R., Yatkin, E., Häkkinen, M. R., Oksala, R., Laajala, T. D., Ryberg, H., Handelsman, D. J., Aittokallio, T., Auriola, S., Ohlsson, C., Laiho, A., Elo, L. L., Sipila, P., Makela, S. I. & Poutanen, M., tammikuuta 2018, julkaisussa : The American Journal of Pathology. 188, 1, s. 216-228 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 helmikuuta 2018, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 Sivumäärä, 3.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., joulukuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Bioinformatic identification of disease driver networks using functional profiling data

Szwajda, A., 2018, Helsinki: University of Helsinki. 66 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 marraskuuta 2018, julkaisussa : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 Sivumäärä, 180903.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Clinical Value of 18F-fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography/Computed Tomography in Response Evaluation after Primary Treatment of Advanced Epithelial Ovarian Cancer

Hynninen, J., Laasik, M., Vallius, T., Kemppainen, J., Grönroos, S., Virtanen, J., Casado, J., Hautaniemi, S., Grenman, S., Seppänen, M. & Auranen, A., elokuuta 2018, julkaisussa : Clinical Oncology. 30, 8, s. 507-514 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Combined ASRGL1 and p53 immunohistochemistry as an independent predictor of survival in endometrioid endometrial carcinoma

Huvila, J., Laajala, T. D., Edqvist, P-H., Mardinoglu, A., Talve, L., Ponten, F., Grenman, S., Carpen, O., Aittokallio, T. & Auranen, A., huhtikuuta 2018, julkaisussa : Gynecologic Oncology. 149, 1, s. 173-180 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Computational analysis of microRNAs in biomedicine

Icay-Rouhiainen, K. A., 2018, Helsinki: [K. A. Icay-Rouhiainen]. 51 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma

Computational pan-genomics: status, promises and challenges

The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., tammikuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E., marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Protocols. 13, 11, s. 2580-2600 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Diverse Palindromic Factorization is NP-Complete

Bannai, H., Gagie, T., Inenaga, S., Karkkainen, J., Kempa, D., Piatkowski, M. & Sugimoto, S., helmikuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 2, s. 143-163 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Drug-Sensitivity Screening and Genomic Characterization of 45 HPV-Negative Head and Neck Carcinoma Cell Lines for Novel Biomarkers of Drug Efficacy

Lepikhova, T., Karhemo, P-R., Louhimo, R., Yadav, B., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Kivento, M., Sihto, H., Grenman, R., Syrjänen, S. M., Kallioniemi, O., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Joensuu, H. & Monni, O., syyskuuta 2018, julkaisussa : Molecular Cancer Therapeutics. 17, 9, s. 2060-2071 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Drug Target Commons: A Community Effort to Build a Consensus Knowledge Base for Drug-Target Interactions

Tang, J., Tanoli, Z-R., Ravikumar, B., Alam, Z., Rebane, A., Vähä-Koskela, M., Peddinti, G., van Adrichem, A. J., Wakkinen, J., Jaiswal, A., Karjalainen, E., Gautam, P., He, L., Parri, E., Khan, S., Gupta, A., Ali, M., Yetukuri, L., Gustavsson, A-L., Seashore-Ludlow, B. & 6 muuta, Hersey, A., Leach, A. R., Overington, J. P., Repasky, G., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 helmikuuta 2018, julkaisussa : Cell chemical biology. 25, 2, s. 224-+ 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Drug Target Commons 2.0: a community platform for systematic analysis of drug target interaction profiles

Tanoli, Z., Alam, Z., Vähä-Koskela, M., Ravikumar, B., Malyutina, A., Jaiswal, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 13 syyskuuta 2018, julkaisussa : Database-The journal of biological databases and curation. 13 Sivumäärä, 083.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto