Julkaisut 1998 2019

Suodatin
Kirjan luku tai artikkeli
2019

Matrix and Tensor Factorization Methods for Toxicogenomic Modeling and Prediction

Khan, S. A., Aittokallio, T., Scherer, A., Grafström, R. C. & Kohonen, P., toukokuuta 2019, Advances in Computational Toxicology: Methodologies and Applications in Regulatory Science. Hong, H. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 57-74 18 Sivumäärä (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics; Vuosikerta 30).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2018

Hybrid Indexing Revisited

Ferrada, H., Kempa, D. & Puglisi, S. J., 2018, 2018 Proceedings of the Twentieth Workshop on Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX). Pagh, R. & Venkatasubramanian, S. (toim.). Society for Industrial and Applied Mathematics, s. 1-8 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Methods for High-throughput Drug Combination Screening and Synergy Scoring

He, L., Kulesskiy, E., Saarela, J. S., Turunen, L. L., Wennerberg, J. K., Aittokallio, T. A. & Tang, J., 2018, Cancer Systems Biology. von Stechow, L. (toim.). New York: Humana press, s. 351-398 48 Sivumäärä (Methods in molecular biology; nro 1711).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2017

Mitä geenit kertovat suomalaisten alkuperästä?

Onkamo, P. A., 10 tammikuuta 2017, Kaikki vapaudesta. Enqvist, K., Hetemäki, I. & Tiilikainen, T. (toim.). Helsinki: Gaudeamus, s. 197-211 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

2015

Compressed Suffix Array

Belazzougui, D., Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., 2015, Encyclopedia of Algorithms. Kao, M-Y. (toim.). New York: Springer, 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multidimensional String Matching

Kärkkäinen, J. T., 2015, Encyclopedia of Algorithms. Kao, M-Y. (toim.). New York: Springer Science+Business Media, 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Suffix Array Construction

Kärkkäinen, J. T., 2015, Encyclopedia of Algorithms. Kao, M-Y. (toim.). New York: Springer, 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2014

Closed Factorization

Badkobeh, G., Bannai, H., Goto, K., I, T., Iliopoulos, C. S., Inenaga, S., Puglisi, S. J. & Sugimoto, S., 2014, Proceedings of the Prague Stringology Conference 2014, Prague, Czech Republic, September 1-3, 2014. Holub, J. & Zdárek, J. (toim.). Prague: Czech Technical University in Prague, Department of Theoretical Computer Science, Faculty of Information Technology, s. 162-168 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

Efficient Indexed Alignment of Contigs to Optical Maps

Muggli, M. D., Puglisi, S. J. & Boucher, C., 2014, Algorithms in Bioinformatics : 14th International Workshop, WABI 2014 Wroclaw, Poland, September 8-10, 2014 Proceedings. Brown, D. & Morgenstern, B. (toim.). Heidelberg: Springer, s. 68-81 14 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 8701).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

LZ77-Based Self-indexing with Faster Pattern Matching

Gagie, T., Gawrychowski, P., Kärkkäinen, J., Nekrich, Y. & Puglisi, S. J., 2014, LATIN 2014: Theoretical Informatics : 11th Latin American Symposium, Montevideo, Uruguay, March 31 - April 4, 2014. Proceedings. Pardo, A. & Viola, A. (toim.). Cham: Springer, s. 731-742 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 8392).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

Phylogeny-aware alignment with PRANK

Löytynoja, A., 2014, Methods in molecular biology . Humana press, Vuosikerta 1079. s. 155-170 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

Automated sequence-based approaches for identifying domain families

Holm, L. & Heger, A., 2013, Protein Families: Relating Protein Sequence, Structure, and Function. John Wiley & Sons Ltd. , s. 1-24 24 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

2012

Alignment methods: strategies, challenges, benchmarking, and comparative overview

Löytynoja, A., 2012, Evolutionary Genomics: Statistical and Computational Methods. Anisimova, M. (toim.). New York: Humana press, Vuosikerta 1. s. 203-235 33 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; nro 855).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2011

Exact search algorithms for biological sequences

Rivals, E., Salmela, L. & Tarhio, J., 2011, Algorithms in computational molecular biology: Techniques, approaches and applications. Elloumi, M. & Zomaya, A. Y. (toim.). John Wiley & Sons Ltd. , s. 91-111 21 Sivumäärä (Bioinformatics: Computational Techniques and Engineering).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2010

Approximate string matching with reduced alphabet

Salmela, L. & Tarhio, J., 2010, Algorithms and applications: Essays dedicated to Esko Ukkonen on the occasion of his 60th birthday. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (toim.). Springer-Verlag, 11 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 2010, nro 6060).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Computational Identification of Cancer Susceptibility Loci

Laakso, M. K., Karinen, S. H., Lehtonen, R. J. & Hautaniemi, S., 2010, Methods in molecular biology: Part 1. Vuosikerta Vol. 653. s. 87-103 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Pattern Kits

Julkaisun otsikon käännös: Pattern KitsGagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Salmela, L., 2010, (Jätetty) arXiv. arXiv:1011.3491v2

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

Tiedosto

Unified view of backward backtracking in short read mapping

Mäkinen, V., Välimäki, N., Laaksonen, A. & Katainen, R., 2010, Algorithms and applications: Essays dedicated to Esko Ukkonen on the occasion of his 60th birthday. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (toim.). Springer-Verlag, 14 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 2010, nro 6060).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2009

Bioinformatics of gene expression and copy number data integration

Monni, O. & Hautaniemi, S., 2009, Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford Scholarship Online Monographs, s. 78-102

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

From gene expression profiling to gene regulation

Coulson, R., Manke, T., Palin, K., Roider, H., Sand, O., van Helden, J., Ukkonen, E., Vingron, M. & Brazma, A., 2009, Modern genome annotation: Dmitrij Frishman, Alfonso Valencia, editors. Wien: Springer, s. 105-119 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2008

Compressed suffix array

Mäkinen, V., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 174-176 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed text indexing

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 176-178 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multidimensional string matching

Kärkkäinen, J. & Ukkonen, E., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 559-562 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Phasing genotypes using a hidden Markov model

Rastas, P., Koivisto, M., Mannila, H. & Ukkonen, E., 2008, Bioinformatics algorithms. Hoboken, N.J: Wiley-Interscience, s. 355-372 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Point pattern matching

Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 657-660 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Suffix array construction

Kärkkäinen, J., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 919-921 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2006

Equivalence of metabolite fragments and flow analysis of isotopomer distributions for flux estimation

Rantanen, A., Maaheimo, H., Pitkänen, E., Rousu, J. & Ukkonen, E., 2006, Transactions on computational systems biology VI. Berlin: Springer, s. 198-220 23 Sivumäärä ( LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE; Vuosikerta 4220).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2005

Data mining for gene mapping

Toivonen, H., Onkamo, P., Hintsanen, P., Terzi, E. & Sevon, P., 2005, Next generation of data-mining applications. Hoboken, N.J: Wiley-Interscience, s. 263-293 31 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Gene Mapping by Pattern Discovery: chapter 6

Sevon, P., Toivonen, H. T. T. & Onkamo, P., 2005, Data mining in bioinformatics. New York: Springer, s. 105-126 22 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2003

Sweepline the Music!

Ukkonen, E., Lemström, K. & Mäkinen, V., 2003, Computer Science in Perspective, Essays Dedicated to Thomas Ottmann. Springer-Verlag, s. 330-342 13 Sivumäärä (LNCS; Vuosikerta 2598).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen