Julkaisut 2000 2019

Suodatin
Artikkeli
2019

Anagrelide for Gastrointestinal Stromal Tumor

Pulkka, O-P., Gebreyohannes, Y. K., Wozniak, A., Mpindi, J-P., Tynninen, O., Icay, K., Cervera, A., Keskitalo, S., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Laaksonen, M., Wennerberg, K., Varjosalo, M., Laakkonen, P., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Kallioniemi, O., Schöffski, P., Sihto, H. & Joensuu, H., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Clinical Cancer Research. 25, 5, s. 1676-1687 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Menden, M. P., Wang, D., Mason, M. J., Szalai, B., Bulusu, K. C., Guan, Y., Yu, T., Kang, J., Jeon, M., Wolfinger, R., Nguyen, T., Zaslavskiy, M., Abante, J., Abecassis, B. S., Aben, N., Aghamirzaie, D., Aittokallio, T., Akhtari, F. S., Al-lazikani, B., Alam, T. & 280 muutaAllam, A., Allen, C., de Almeida, M. P., Altarawy, D., Alves, V., Amadoz, A., Anchang, B., Antolin, A. A., Ash, J. R., Aznar, V. R., Ba-alawi, W., Bagheri, M., Bajic, V., Ball, G., Ballester, P. J., Baptista, D., Bare, C., Bateson, M., Bender, A., Bertrand, D., Wijayawardena, B., Boroevich, K. A., Bosdriesz, E., Bougouffa, S., Bounova, G., Brouwer, T., Bryant, B., Calaza, M., Calderone, A., Calza, S., Capuzzi, S., Carbonell-Caballero, J., Carlin, D., Carter, H., Castagnoli, L., Celebi, R., Cesareni, G., Chang, H., Chen, G., Chen, H., Chen, H., Cheng, L., Chernomoretz, A., Chicco, D., Cho, K-H., Cho, S., Choi, D., Choi, J., Choi, K., Choi, M., Cock, M. D., Coker, E., Cortes-Ciriano, I., Cserzö, M., Cubuk, C., Curtis, C., Daele, D. V., Dang, C. C., Dijkstra, T., Dopazo, J., Draghici, S., Drosou, A., Dumontier, M., Ehrhart, F., Eid, F-E., ElHefnawi, M., Elmarakeby, H., van Engelen, B., Engin, H. B., de Esch, I., Evelo, C., Falcao, A. O., Farag, S., Fernandez-Lozano, C., Fisch, K., Flobak, A., Fornari, C., Foroushani, A. B. K., Fotso, D. C., Fourches, D., Friend, S., Frigessi, A., Gao, F., Gao, X., Gerold, J. M., Gestraud, P., Ghosh, S., Gillberg, J., Godoy-Lorite, A., Godynyuk, L., Godzik, A., Goldenberg, A., Gomez-Cabrero, D., Gonen, M., de Graaf, C., Gray, H., Grechkin, M., Guimera, R., Guney, E., Haibe-Kains, B., Han, Y., Hase, T., He, D., He, L., Heath, L. S., Hellton, K. H., Helmer-Citterich, M., Hidalgo, M. R., Hidru, D., Hill, S. M., Hochreiter, S., Hong, S., Hovig, E., Hsueh, Y-C., Hu, Z., Huang, J. K., Huang, R. S., Hunyady, L., Hwang, J., Hwang, T. H., Hwang, W., Hwang, Y., Isayev, O., Don’t Walk, O. B., Jack, J., Jahandideh, S., Ji, J., Jo, Y., Kamola, P. J., Kanev, G. K., Karacosta, L., Karimi, M., Kaski, S., Kazanov, M., Khamis, A. M., Khan, S. A., Kiani, N. A., Kim, A., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, K., Kim, S., Kim, Y., Kim, Y., Kirk, P. D. W., Kitano, H., Klambauer, G., Knowles, D., Ko, M., Kohn-Luque, A., Kooistra, A. J., Kuenemann, M. A., Kuiper, M., Kurz, C., Kwon, M., van Laarhoven, T., Laegreid, A., Lederer, S., Lee, H., Lee, J., Lee, Y. W., Lepp_aho, E., Lewis, R., Li, J., Li, L., Liley, J., Lim, W. K., Lin, C., Liu, Y., Lopez, Y., Low, J., Lysenko, A., Machado, D., Madhukar, N., Maeyer, D. D., Malpartida, A. B., Mamitsuka, H., Marabita, F., Marchal, K., Marttinen, P., Mason, D., Mazaheri, A., Mehmood, A., Mehreen, A., Michaut, M., Miller, R. A., Mitsopoulos, C., Modos, D., Moerbeke, M. V., Moo, K., Motsinger-Reif, A., Movva, R., Muraru, S., Muratov, E., Mushthofa, M., Nagarajan, N., Nakken, S., Nath, A., Neuvial, P., Newton, R., Ning, Z., Niz, C. D., Oliva, B., Olsen, C., Palmeri, A., Panesar, B., Papadopoulos, S., Park, J., Park, S., Park, S., Pawitan, Y., Peluso, D., Pendyala, S., Peng, J., Perfetto, L., Pirro, S., Plevritis, S., Politi, R., Poon, H., Porta, E., Prellner, I., Preuer, K., Pujana, M. A., Ramnarine, R., Reid, J. E., Reyal, F., Richardson, S., Ricketts, C., Rieswijk, L., Rocha, M., Rodriguez-Gonzalvez, C., Roell, K., Rotroff, D., de Ruiter, J. R., Rukawa, P., Sadacca, B., Safikhani, Z., Safitri, F., Sales-Pardo, M., Sauer, S., Schlichting, M., Seoane, J. A., Serra, J., Shang, M-M., Sharma, A., Sharma, H., Shen, Y., Shiga, M., Shin, M., Shkedy, Z., Shopsowitz, K., Sinai, S., Skola, D., Smirnov, P., Soerensen, I. F., Soerensen, P., Song, J-H., Song, S. O., Soufan, O., Spitzmueller, A., Steipe, B., Suphavilai, C., Tamayo, S. P., Tamborero, D., Tang, J., Tanoli, Z-R., Tarres-Deulofeu, M., Tegner, J., Thommesen, L., Tonekaboni, S. A. M., Tran, H., Troyer, E. D., Truong, A., Tsunoda, T., Turu, G., Tzeng, G-Y., Verbeke, L., Videla, S. & Consortium, A-S. D. C. DREAM., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, 17 Sivumäärä, 2674.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

DNMT Inhibitors Increase Methylation in the Cancer Genome

Giri, A. K. & Aittokallio, T., 24 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Frontiers in Pharmacology. 10, 11 Sivumäärä, 385.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fixed Block Compression Boosting in FM-Indexes: Theory and Practice

Gog, S., Kärkkäinen, J., Kempa, D., Petri, M. & Puglisi, S. J., huhtikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica. 81, 4, s. 1370-1391 22 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Kermit: Linkage map guided long read assembly

Walve, R., Rastas, P. & Salmela, L., 20 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 1, 10 Sivumäärä, 8.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 17 toukokuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 15 Sivumäärä, 12.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Mechanistic insights into the evolution of DUF26-containing proteins in land plants

Vaattovaara, A., Brandt, B., Rajaraman, S., Safronov, O., Veidenberg, A., Luklová, M., Kangasjärvi, J., Löytynoja, A., Hothorn, M., Salojärvi, J. & Wrzaczek, M., 8 helmikuuta 2019, julkaisussa : Communications Biology. 2, 18 Sivumäärä, 56.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP

Husic, E., Li, X., Hujdurovic, A., Mehine, M., Rizzi, R., Mäkinen, V., Milanic, M. & Tomescu, A. I., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 5, s. 769-777 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Network pharmacology modeling identifies synergistic Aurora B and ZAK interaction in triple-negative breast cancer

Tang, J., Gautam, P., Gupta, A., He, L., Timonen, S., Akimov, Y., Wang, W., Szwajda, A., Jaiswal, A., Turei, D., Yadav, B., Kankainen, M., Saarela, J., Saez-Rodriguez, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 2019, julkaisussa : npj Systems Biology and Applications. 5, 1

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Shared Molecular Targets Confer Resistance over Short and Long Evolutionary Timescales

Li, J., Vázquez-García, I., Persson, K., González, A., Yue, J-X., Barré, B., Hall, M. N., Long, A., Warringer, J., Mustonen, V. & Liti, G., huhtikuuta 2019, julkaisussa : Molecular Biology and Evolution. 36, 4, s. 691-708 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukokuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Π-cyc: A Reference-free SNP Discovery Application using Parallel Graph Search

Younsi, R., Tang, J. & Holm, L. U. T., 29 tammikuuta 2019, (Julkaisematon) julkaisussa : arXiv.org .

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliYleistajuinen

Tiedosto
2018

AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination

Medlar, A. J., Törönen, P. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W479-W485 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Adrenals Contribute to Growth of Castration-Resistant VCaP Prostate Cancer Xenografts

Huhtaniemi, R., Oksala, R., Knuuttila, M., Mehmood, A., Aho, E., Laajala, T. D., Nicorici, D., Aittokallio, T., Laiho, A., Elo, L., Ohlsson, C., Kallio, P., Mäkelä, S., Mustonen, M. V. J., Sipila, P. & Poutanen, M., joulukuuta 2018, julkaisussa : The American Journal of Pathology. 188, 12, s. 2890-2901 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A Functional Homologous Recombination Assay Predicts Primary Chemotherapy Response and Long-Term Survival in Ovarian Cancer Patients

Tumiati, M., Hietanen, S., Hynninen, J., Pietilä, E., Färkkilä, A., Kaipio, K., Roering, P., Huhtinen, K., Alkodsi, A., Li, Y., Lehtonen, R., Erkan, E. P., Tuominen, M. M., Lehti, K., Hautaniemi, S. K., Vähärautio, A., Grenman, S., Carpen, O. & Kauppi, L., 15 syyskuuta 2018, julkaisussa : Clinical Cancer Research. 24, 18, s. 4482-4493 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Aggressive natural killer-cell leukemia mutational landscape and drug profiling highlight JAK-STAT signaling as therapeutic target

Dufva, O., Kankainen, M., Kelkka, T., Sekiguchi, N., Awad, S. A., Eldfors, S., Yadav, B., Kuusanmäki, H., Malani, D., Andersson, E. I., Pietarinen, P., Saikko, L., Kovanen, P. E., Ojala, T., Lee, D. A., Loughran, T. P., Nakazawa, H., Suzumiya, J., Suzuki, R., Ko, Y. H. & 7 muutaKim, W. S., Chuang, S-S., Aittokallio, T., Chan, W. C., Ohshima, K., Ishida, F. & Mustjoki, S., 19 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 12 Sivumäärä, 1567.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Ancient Fennoscandian genomes reveal origin and spread of Siberian ancestry in Europe

Lamnidis, T. C., Majander, K., Jeong, C., Salmela, E., Wessman, A., Moiseyev, V., Khartanovich, V., Balanovsky, O., Ongyerth, M., Weihmann, A., Sajantila, A., Kelso, J., Pääbo, S., Onkamo, P., Haak, W., Krause, J. & Schiffels, S., 27 marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 12 Sivumäärä, 5018.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Antiandrogens Reduce Intratumoral Androgen Concentrations and Induce Androgen Receptor Expression in Castration-Resistant Prostate Cancer xenografts

Knuuttila, M., Mehmood, A., Huhtaniemi, R., Yatkin, E., Häkkinen, M. R., Oksala, R., Laajala, T. D., Ryberg, H., Handelsman, D. J., Aittokallio, T., Auriola, S., Ohlsson, C., Laiho, A., Elo, L. L., Sipila, P., Makela, S. I. & Poutanen, M., tammikuuta 2018, julkaisussa : The American Journal of Pathology. 188, 1, s. 216-228 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 helmikuuta 2018, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 Sivumäärä, 3.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., joulukuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 marraskuuta 2018, julkaisussa : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 Sivumäärä, 180903.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Clinical Value of 18F-fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography/Computed Tomography in Response Evaluation after Primary Treatment of Advanced Epithelial Ovarian Cancer

Hynninen, J., Laasik, M., Vallius, T., Kemppainen, J., Grönroos, S., Virtanen, J., Casado, J., Hautaniemi, S., Grenman, S., Seppänen, M. & Auranen, A., elokuuta 2018, julkaisussa : Clinical Oncology. 30, 8, s. 507-514 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Combined ASRGL1 and p53 immunohistochemistry as an independent predictor of survival in endometrioid endometrial carcinoma

Huvila, J., Laajala, T. D., Edqvist, P-H., Mardinoglu, A., Talve, L., Ponten, F., Grenman, S., Carpen, O., Aittokallio, T. & Auranen, A., huhtikuuta 2018, julkaisussa : Gynecologic Oncology. 149, 1, s. 173-180 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Computational pan-genomics: status, promises and challenges

The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., tammikuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E., marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Protocols. 13, 11, s. 2580-2600 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Diverse Palindromic Factorization is NP-Complete

Bannai, H., Gagie, T., Inenaga, S., Karkkainen, J., Kempa, D., Piatkowski, M. & Sugimoto, S., helmikuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 2, s. 143-163 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Drug-Sensitivity Screening and Genomic Characterization of 45 HPV-Negative Head and Neck Carcinoma Cell Lines for Novel Biomarkers of Drug Efficacy

Lepikhova, T., Karhemo, P-R., Louhimo, R., Yadav, B., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Kivento, M., Sihto, H., Grenman, R., Syrjänen, S. M., Kallioniemi, O., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Joensuu, H. & Monni, O., syyskuuta 2018, julkaisussa : Molecular Cancer Therapeutics. 17, 9, s. 2060-2071 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Drug Target Commons: A Community Effort to Build a Consensus Knowledge Base for Drug-Target Interactions

Tang, J., Tanoli, Z-R., Ravikumar, B., Alam, Z., Rebane, A., Vähä-Koskela, M., Peddinti, G., van Adrichem, A. J., Wakkinen, J., Jaiswal, A., Karjalainen, E., Gautam, P., He, L., Parri, E., Khan, S., Gupta, A., Ali, M., Yetukuri, L., Gustavsson, A-L., Seashore-Ludlow, B. & 6 muutaHersey, A., Leach, A. R., Overington, J. P., Repasky, G., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 helmikuuta 2018, julkaisussa : Cell chemical biology. 25, 2, s. 224-+ 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Drug Target Commons 2.0: a community platform for systematic analysis of drug target interaction profiles

Tanoli, Z., Alam, Z., Vähä-Koskela, M., Ravikumar, B., Malyutina, A., Jaiswal, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 13 syyskuuta 2018, julkaisussa : Database-The journal of biological databases and curation. 13 Sivumäärä, 083.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Dynamic visualization of multi-level molecular data: The Director package in R

Icay, K., Liu, C. & Hautaniemi, S., tammikuuta 2018, julkaisussa : Computer Methods and Programs in Biomedicine. 153, s. 129-136 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

ePCR: an R-package for survival and time-to-event prediction in advanced prostate cancer, applied to real-world patient cohorts

Laajala, T. D., Murtojärvi, M., Virkki, A. & Aittokallio, T., 15 marraskuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 22, s. 3957-3959 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Error correcting optical mapping data

Mukherjee, K., Washimkar, D., Muggli, M. D., Salmela, L. & Boucher, C., 25 toukokuuta 2018, julkaisussa : GigaScience. 7, 6, s. 1-10 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukokuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Evolutionary history of metastatic breast cancer reveals minimal seeding from axillary lymph nodes

Ullah, I., Karthik, G-M., Alkodsi, A., Kjallquist, U., Stalhammar, G., Lovrot, J., Martinez, N-F., Lagergren, J., Hautaniemi, S., Hartman, J. & Bergh, J., 2 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Journal of Clinical Investigation. 128, 4, s. 1355-1370 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Global proteomics profiling improves drug sensitivity prediction: results from a multi-omics, pan-cancer modeling approach

Ali, M., Khan, S. A., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 8, s. 1353-1362 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Glycomic Profiling Highlights Increased Fucosylation in Pseudomyxoma Peritonei

Saarinen, L. A., Nummela, P., Leinonen, H., Heiskanen, A., Thiel, A., Haglund, C., Lepistö, A., Satomaa, T., Hautaniemi, S. & Ristimäki, A., 2 elokuuta 2018, julkaisussa : Molecular & Cellular Proteomics. 17, 11, s. 2107-2118 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Identifying differentially methylated sites in samples with varying tumor purity

Häkkinen, A., Alkodsi, A., Facciotto, C., Zhang, K., Kaipio, K., Leppa, S., Carpen, O., Grenman, S., Hynninen, J., Hietanen, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 syyskuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 18, s. 3078-3085 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Immune cell contexture in the bone marrow tumor microenvironment impacts therapy response in CML

Bruck, O., Blom, S., Dufva, O., Turkki, R., Chheda, H., Ribeiro, A., Kovanen, P., Aittokallio, T., Koskenvesa, P., Kallioniemi, O., Porkka, K., Pellinen, T. & Mustjoki, S., heinäkuuta 2018, julkaisussa : Leukemia. 32, 7, s. 1643-1656 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction

Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. 509-518 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Let-7 microRNA controls invasion-promoting lysosomal changes via the oncogenic transcription factor myeloid zinc finger-1

Tvingsholm, S. A., Hansen, M. B., Clemmensen, K. K. B., Brix, D. M., Rafn, B., Frankel, L. B., Louhimo, R., Moreira, J., Hautaniemi, S., Gromova, I., Jäättelä, M. & Kallunki, T., helmikuuta 2018, julkaisussa : Oncogenesis. 7, 15 Sivumäärä, 14.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Lymphatic endothelium stimulates melanoma metastasis and invasion via MMP14-dependent Notch3 and beta 1-integrin activation

Pekkonen, P., Alve, S., Balistreri, G., Gramolelli, S., Tatti-Bugaeva, O., Paatero, I., Niiranen, O., Tuohinto, K., Perala, N., Taiwo, A., Zinovkina, N., Repo, P., Icay, K., Ivaska, J., Saharinen, P., Hautaniemi, S., Lehti, K. & Ojala, P. M., 1 toukokuuta 2018, julkaisussa : eLife. 7, 28 Sivumäärä, 32490.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Mathematical Modeling Predicts Response to Chemotherapy and Drug Combinations in Ovarian Cancer

Kozlowska, E., Färkkilä, A., Vallius, T., Carpen, O., Kemppainen, J., Grenman, S., Lehtonen, R., Hynninen, J., Hietanen, S. & Hautaniemi, S., 15 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Cancer Research. 78, 14, s. 4036-4044 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Metabarcoding gastrointestinal nematodes in sympatric endemic and non-endemic species in Ranomafana National Park, Madagascar

Aivelo, T. J. E., Medlar, A. J., Löytynoja, A. P., Laakkonen, J. T. & Jernvall, J. T., helmikuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Primatology. 39, 1, s. 49–64 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mlh1 deficiency in normal mouse colon mucosa associates with chromosomally unstable colon cancer

Pussila, M., Toronen, P., Einarsdottir, E., Katayama, S., Krjutskov, K., Holm, L., Kere, J., Peltomäki, P., Mäkinen, M. J., Linden, J. & Nyström, M., kesäkuuta 2018, julkaisussa : Carcinogenesis. 39, 6, s. 788-797 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Novel activities of safe-in-human broad-spectrum antiviral agents

Ianevski, A., Zusinaite, E., Kuivanen, S., Strand, M., Lysvand, H., Teppor, M., Kakkola, L., Paavilainen, H., Laajala, M., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Telling, K., Lutsar, I., Letjuka, P., Metelitsa, N., Oksenych, V., Bjørås, M., Nordbø, S. A., Dumpis, U. & 14 muutaVitkauskiene, A., Öhrmalm, C., Bondeson, K., Bergqvist, A., Aittokallio, T., Cox, R. J., Evander, M., Hukkanen, V., Marjomaki, V., Julkunen, I., Vapalahti, O., Tenson, T., Merits, A. & Kainov, D., kesäkuuta 2018, julkaisussa : Antiviral Research. 154, s. 174-182 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

PANNZER2: a rapid functional annotation web server

Törönen, P., Medlar, A. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W84-W88 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Patient-Customized Drug Combination Prediction and Testing for T-cell Prolymphocytic Leukemia Patients

He, L., Tang, J., Andersson, E. I., Timonen, S., Koschmieder, S., Wennerberg, K., Mustjoki, S. & Aittokallio, T., 1 toukokuuta 2018, julkaisussa : Cancer Research. 78, 9, s. 2407-2418 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

PerPAS: Topology-Based Single Sample Pathway Analysis Method

Liu, C., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 2018, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 15, 3, s. 1022-1027 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

PP2A inhibition is a druggable MEK inhibitor resistance mechanism in KRAS-mutant lung cancer cells

Kauko, O., O'Connor, C. M., Kulesskiy, E., Sangodkar, J., Aakula, A., Izadmehr, S., Yetukuri, L., Yadav, B., Padzik, A., Laajala, T. D., Haapaniemi, P., Momeny, M., Varila, T., Ohlmeyer, M., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Narla, G. & Westermarck, J., 18 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Science translational medicine. 10, 450, 12 Sivumäärä, 1093.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu