Julkaisut 2003 2019

2019

Π-cyc: A Reference-free SNP Discovery Application using Parallel Graph Search

Younsi, R., Tang, J. & Holm, L. U. T., 29 tammikuuta 2019, (Julkaisematon) julkaisussa : arXiv.org .

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliYleistajuinen

Tiedosto
2018

AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination

Medlar, A. J., Törönen, P. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W479-W485 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 marraskuuta 2018, julkaisussa : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 Sivumäärä, 180903.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Metabarcoding gastrointestinal nematodes in sympatric endemic and non-endemic species in Ranomafana National Park, Madagascar

Aivelo, T. J. E., Medlar, A. J., Löytynoja, A. P., Laakkonen, J. T. & Jernvall, J. T., helmikuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Primatology. 39, 1, s. 49–64 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mlh1 deficiency in normal mouse colon mucosa associates with chromosomally unstable colon cancer

Pussila, M., Toronen, P., Einarsdottir, E., Katayama, S., Krjutskov, K., Holm, L., Kere, J., Peltomäki, P., Mäkinen, M. J., Linden, J. & Nyström, M., kesäkuuta 2018, julkaisussa : Carcinogenesis. 39, 6, s. 788-797 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Opportunities and challenges in metabarcoding approaches for helminth community identification in wild mammals

Aivelo, T. & Medlar, A., huhtikuuta 2018, julkaisussa : Parasitology. 145, 5, s. 608-621 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

PANNZER2: a rapid functional annotation web server

Törönen, P., Medlar, A. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W84-W88 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

TOPAZ: asymmetric suffix array neighbourhood search for massive protein databases

Medlar, A. & Holm, L., 31 heinäkuuta 2018, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 19, 9 Sivumäärä, 278.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

Genome sequence of the model plant pathogen Pectobacterium carotovorum SCC1

Niemi, O., Laine, P., Koskinen, P., Pasanen, M., Pennanen, V., Harjunpaa, H., Nykyri, J., Holm, L., Paulin, L., Auvinen, P., Palva, E. T. & Pirhonen, M., 20 joulukuuta 2017, julkaisussa : Standards in Genomic Sciences. 12, 8 Sivumäärä, 87.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

HaploForge: a comprehensive pedigree drawing and haplotype visualization web application

Tekman, M., Medlar, A., Mozere, M., Kleta, R. & Stanescu, H., 15 joulukuuta 2017, julkaisussa : Bioinformatics. 33, 24, s. 3871-3877 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Towards Fine-Grained Adaptation of Exploration/Exploitation in Information Retrieval

Medlar, A., Pyykkö, J. & Glowacka, D., 7 maaliskuuta 2017, IUI '17 Proceedings of the 22nd International Conference on Intelligent User Interfaces. New York: ACM, s. 623-627 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2016

An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy

Jiang, Y., Oron, T. R., Clark, W. T., Bankapur, A. R., D'Andrea, D., Lepore, R., Funk, C. S., Kahanda, I., Verspoor, K. M., Ben-Hur, A., Koo, D. C. E., Penfold-Brown, D., Shasha, D., Youngs, N., Bonneau, R., Lin, A., Sahraeian, S. M. E., Martelli, P. L., Profiti, G., Casadio, R. & 127 muutaCao, R., Zhong, Z., Cheng, J., Altenhoff, A., Skunca, N., Dessimoz, C., Dogan, T., Hakala, K., Kaewphan, S., Mehryary, F., Salakoski, T., Ginter, F., Fang, H., Smithers, B., Oates, M., Gough, J., Toronen, P., Koskinen, P., Holm, L., Chen, C-T., Hsu, W-L., Bryson, K., Cozzetto, D., Minneci, F., Jones, D. T., Chapman, S., Dukka, B. K. C., Khan, I. K., Kihara, D., Ofer, D., Rappoport, N., Stern, A., Cibrian-Uhalte, E., Denny, P., Foulger, R. E., Hieta, R., Legge, D., Lovering, R. C., Magrane, M., Melidoni, A. N., Mutowo-Meullenet, P., Pichler, K., Shypitsyna, A., Li, B., Zakeri, P., ElShal, S., Tranchevent, L-C., Das, S., Dawson, N. L., Lee, D., Lees, J. G., Sillitoe, I., Bhat, P., Nepusz, T., Romero, A. E., Sasidharan, R., Yang, H., Paccanaro, A., Gillis, J., Sedeno-Cortes, A. E., Pavlidis, P., Feng, S., Cejuela, J. M., Goldberg, T., Hamp, T., Richter, L., Salamov, A., Gabaldon, T., Marcet-Houben, M., Supek, F., Gong, Q., Ning, W., Zhou, Y., Tian, W., Falda, M., Fontana, P., Lavezzo, E., Toppo, S., Ferrari, C., Giollo, M., Piovesan, D., Tosatto, S. C. E., del Pozo, A., Fernandez, J. M., Maietta, P., Valencia, A., Tress, M. L., Benso, A., Di Carlo, S., Politano, G., Savino, A., Rehman, H. U., Re, M., Mesiti, M., Valentini, G., Bargsten, J. W., van Dijk, A. D. J., Gemovic, B., Glisic, S., Perovic, V., Veljkovic, V., Veljkovic, N., Almeida-e-Silva, D. C., Vencio, R. Z. N., Sharan, M., Vogel, J., Kansakar, L., Zhang, S., Vucetic, S., Wang, Z., Sternberg, M. J. E., Wass, M. N., Huntley, R. P., Martin, M. J., O'Donovan, C., Robinson, P. N., Moreau, Y., Tramontano, A., Babbitt, P. C., Brenner, S. E., Linial, M., Orengo, C. A., Rost, B., Greene, C. S., Mooney, S. D., Friedberg, I. & Radivojac, P., 7 syyskuuta 2016, julkaisussa : Genome Biology. 17, 19 Sivumäärä, 184.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Beyond Relevance: Adapting Exploration/Exploitation in Information Retrieval

Athukorala, K., Medlar, A., Jacucci, G., Oulasvirta, A. & Glowacka, D., 7 maaliskuuta 2016, Proceedings of the 21st International Conference on Intelligent User Interfaces. New York, NY: ACM, Association for Computing Machinery, s. 359-369 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dali server update

Holm, L. & Laakso, L. M., 8 heinäkuuta 2016, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 44, W1, s. W351-W355 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Ensembles of random sphere cover classifiers

Younsi, R. & Bagnall, A., tammikuuta 2016, julkaisussa : Pattern Recognition. 49, s. 213-225 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Robust multi-group gene set analysis with few replicates

Mishra, P. P., Medlar, A., Holm, L. & Törönen, P., 9 joulukuuta 2016, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 17, 12 Sivumäärä, 526.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Wasabi: an integrated platform for evolutionary sequence analysis and data visualization

Veidenberg, A., Medlar, A. & Löytynoja, A., huhtikuuta 2016, julkaisussa : Molecular Biology and Evolution. 33, 4, s. 1126-1130 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
2015
Open access
Tiedosto

Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly

Kvist, J., Mattila, A. L. K., Somervuo, P., Ahola, V., Koskinen, P., Paulin, L., Salmela, L., Fountain, T., Rastas, P., Ruokolainen, A., Taipale, M., Holm, L., Auvinen, P., Lehtonen, R., Frilander, M. J. & Hanski, I., lokakuuta 2015, julkaisussa : Molecular Ecology. 24, 19, s. 4886-4900 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

PANNZER: high-throughput functional annotation of uncharacterized proteins in an error-prone environment

Koskinen, P., Törönen, P., Nokso-Koivisto, J. & Holm, L., 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 10, s. 1544-1552 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

SANSparallel: interactive homology search against Uniprot

Somervuo, P. & Holm, L., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 43, W1, s. W24-W29 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2014

Atlas of nonribosomal peptide and polyketide biosynthetic pathways reveals common occurrence of nonmodular enzymes

Wang, H., Fewer, D. P., Holm, L., Rouhiainen, L. & Sivonen, K., 2014, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 25, s. 9259-9264 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Comparative Genome-Scale Reconstruction of Gapless Metabolic Networks for Present and Ancestral Species

Pitkanen, E., Jouhten, P., Hou, J., Syed, M. F., Blomberg, P., Kludas, J., Oja, M., Holm, L., Penttila, M., Rousu, J. & Arvas, M., helmikuuta 2014, julkaisussa : PLoS Computational Biology. 10, 2, s. e1003465 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Comparative genomics of Lactobacillus crispatus suggests novel mechanisms for the competitive exclusion of Gardnerella vaginalis

Ojala, T., Kankainen, M., Castro, J., Cerca, N., Edelman, S., Westerlund-Wikstroem, B., Paulin, L., Holm, L. & Auvinen, P., 5 joulukuuta 2014, julkaisussa : BMC Genomics. 15, 21 Sivumäärä, 1070.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Gene set analysis: limitations in popular existing methods and proposed improvements

Mishra, P., Törönen, P., Leino, Y. & Holm, L., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 19, s. 2747-2756 10 Sivumäärä, btu374.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genomics and Proteomics Provide New Insight into the Commensal and Pathogenic Lifestyles of Bovine- and Human-Associated Staphylococcus epidermidis Strains

Savijoki, K., Iivanainen, A., Siljamaki, P., Laine, P. K., Paulin, L., Karonen (os. Miettinen), T., Pyörälä, S., Kankainen, M., Nyman, T. A., Salomaki, T., Koskinen, P., Holm, L., Simojoki, H., Taponen, S., Sukura, A., Kalkkinen, N., Auvinen, P. & Varmanen, P., elokuuta 2014, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 13, 8, s. 3748-3762 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Oxidative Stress Components Explored in Anoxic and Hypoxic Global Gene Expression Data

Blokhina, O., Törönen, P. & Fagerstedt, K., 2014, Low-Oxygen Stress in Plants: Oxygen Sensing and Adaptive Responses to Hypoxia. Springer-Verlag, s. 19-40 20 Sivumäärä (Plant Cell Monographs; Vuosikerta 21).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Pfam: the protein families database

Finn, R. D., Bateman, A., Clements, J., Coggill, P., Eberhardt, R. Y., Eddy, S. R., Heger, A., Hetherington, K., Holm, L., Mistry, J., Sonnhammer, E. L. L., Tate, J. & Punta, M., 2014, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 42, D1, s. D222-D230 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Reply to Sasso et al. Distribution and phylogeny of nonribosomal peptide and polyketide biosynthetic pathways in eukaryotes

Wang, H., Fewer, D. P., Holm, L., Rouhiainen, L. & Sivonen, K., 2014, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. E3947-E3947 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 muutaQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., syyskuuta 2014, julkaisussa : Nature Communications. 5, 9 Sivumäärä, 4737.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Transcriptome Analysis Reveals Signature of Adaptation to Landscape Fragmentation

Somervuo, P., Kvist, J., Ikonen, S., Auvinen, P., Paulin, L., Koskinen, P., Holm, L., Taipale, M., Duplouy, A., Ruokolainen, A., Saarnio, S., Siren, J., Kohonen, J., Corander, J., Frilander, M. J., Ahola, V. & Hanski, I., 2 heinäkuuta 2014, julkaisussa : PLoS One. 9, 7, 12 Sivumäärä, 101467.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2013

A large-scale evaluation of computational protein function prediction

Radivojac, P., Clark, W. T., Oron, T. R., Schnoes, A. M., Wittkop, T., Sokolov, A., Graim, K., Funk, C., Verspoor, K., Ben-Hur, A., Pandey, G., Yunes, J. M., Talwalkar, A. S., Repo, S., Souza, M. L., Piovesan, D., Casadio, R., Wang, Z., Cheng, J., Fang, H. & 82 muutaGoughl, J., Koskinen, P., Toronen, P., Nokso-Koivisto, J., Holm, L., Cozzetto, D., Buchan, D. W. A., Bryson, K., Jones, D. T., Limaye, B., Inamdar, H., Datta, A., Manjari, S. K., Joshi, R., Chitale, M., Kihara, D., Lisewski, A. M., Erdin, S., Venner, E., Lichtarge, O., Rentzsch, R., Yang, H., Romero, A. E., Bhat, P., Paccanaro, A., Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., Auer, F., Boehm, A., Braun, T., Hecht, M., Heron, M., Hoenigschmid, P., Hopf, T. A., Kaufmann, S., Kiening, M., Krompass, D., Landerer, C., Mahlich, Y., Roos, M., Bjorne, J., Salakoski, T., Wong, A., Shatkay, H., Gatzmann, F., Sommer, I., Wass, M. N., Sternberg, M. J. E., Skunca, N., Supek, F., Bosnjak, M., Panov, P., Dzeroski, S., Smuc, T., Kourmpetis, Y. A. I., van Dijk, A. D. J., ter Braak, C. J. F., Zhou, Y., Gong, Q., Dong, X., Tian, W., Falda, M., Fontana, P., Lavezzo, E., Di Camillo, B., Toppo, S., Lan, L., Djuric, N., Guo, Y., Vucetic, S., Bairoch, A., Linial, M., Babbitt, P. C., Brenner, S. E., Orengo, C., Rost, B., Mooney, S. D. & Friedberg, I., maaliskuuta 2013, julkaisussa : Nature methods. 10, 3, s. 221-227 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Automated sequence-based approaches for identifying domain families

Holm, L. & Heger, A., 2013, Protein Families: Relating Protein Sequence, Structure, and Function. John Wiley & Sons Ltd. , s. 1-24 24 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

Defense-related transcription factors WRKY70 and WRKY54 modulate osmotic stress tolerance by regulating stomatal aperture in Arabidopsis

Li, J., Besseau, S., Törönen, P., Sipari, N. H., Kollist, H., Holm, L. & Palva, E. T., lokakuuta 2013, julkaisussa : New Phytologist. 200, 2, s. 457–472 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome Sequence of Dickeya solani, a New soft Rot Pathogen of Potato, Suggests its Emergence May Be Related to a Novel Combination of Non-Ribosomal Peptide/Polyketide Synthetase Clusters

Garlant, L., Koskinen, P., Rouhiainen, L. A. O., Laine, P., Paulin, L., Auvinen, P., Holm, L. & Pirhonen, M., 2013, julkaisussa : Diversity. 5, 4, s. 824-842 19 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

GOParGenPy: a high throughput method to generate Gene Ontology data matrices

Kumar, A. A., Holm, L. & Toronen, P., 8 elokuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, 242, 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2012

An efficient randomised sphere cover classifier

Younsi, R., 1 tammikuuta 2012, julkaisussa : International Journal of Data Mining, Modelling and Management (IJDMMM). 4, 2, s. 156 171 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

BLANNOTATOR: enhanced homology-based function prediction of bacterial proteins

Kankainen, M., Ojala, T. & Holm, L., 2012, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 13, 33, s. Article Number: 33 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Comprehensive comparison of graph based multiple protein sequence alignment strategies

Plyusnin, I. & Holm, L., 29 huhtikuuta 2012, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 13, s. 64 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome Sequence of Pectobacterium sp. Strain SCC3193

Koskinen, J. P., Laine, P., Niemi, O., Nykyri, J., Harjunpää, H., Auvinen, P., Paulin, L., Pirhonen, M., Palva, T. & Holm, L., marraskuuta 2012, julkaisussa : Journal of Bacteriology. 194, 21, s. 6004 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mismatch repair analysis of inherited MSH2 and/or MSH6 variation pairs found in cancer patients.

Kantelinen, J., Kansikas, M., Candelin, S., Hampel, H., Smith, B., Holm, L., Kariola, R. & Nyström, M., 2012, julkaisussa : Human Mutation. 33, 8, s. 1294-1301 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mutational analysis of positively charged amino acid residues of Uukuniemi phlebovirus nucleocapsid protein

Katz, A., Freiberg, A. N., Backstrom, V., Holm, L., Vaheri, A., Flick, R. & Plyusnin, A., 2012, julkaisussa : Virus Research. 167, 1, s. 118-123 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Revised Phylogeny and Novel Horizontally Acquired Virulence Determinants of the Model Soft Rot Phytopathogen Pectobacterium wasabiae SCC3193

Nykyri, J., Niemi, O. A., Koskinen, P., Nokso-Koivisto, J. P., Pasanen, M., Broberg, E. M., Plyusnin, I., Törönen, P., Holm, L., Pirhonen, M. & Palva, E. T., 2012, julkaisussa : PLoS Pathogens. 8, 11 (e1003013), 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

SANS: high-throughput retrieval of protein sequences allowing 50% mismatches.

Koskinen, J. P. & Holm, L., 15 syyskuuta 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 18, s. i438-i443 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The Pfam protein families database

Punta, M., Coggill, P. C., Eberhardt, R. Y., Mistry, J., Tate, J., Boursnell, C., Pang, N., Forslund, K., Ceric, G., Clements, J., Heger, A., Holm, L., Sonnhammer, E. L. L., Eddy, S. R., Bateman, A. & Finn, R. D., tammikuuta 2012, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 40, D1, s. D290-D301 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2011

Adhesive polypeptides of Staphylococcus aureus identified using a novel secretion library technique in Escherichia coli

Kylväjä, R., Kankainen, M., Holm, L. & Westerlund-Wikström, B., toukokuuta 2011, julkaisussa : BMC Microbiology. 11, 117, s. 1-13 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

A Novel Method for Assigning Functional Linkages to Proteins Using Enhanced Phylogenetic Trees

Ta, X. H., Koskinen, P. & Holm, L., 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 5, s. 700-706 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Immunological Effects of Low-dose Cyclophosphamide in Cancer Patients Treated With Oncolytic Adenovirus

Cerullo, V., Diaconu, I., Kangasniemi, L., Rajecki, M., Escutenaire, S., Koski, A., Romano, V., Rouvinen, N., Tuuminen, T., Laasonen, L., Partanen, K., Kauppinen, S., Joensuu, T., Oksanen, M., Holm, S-L., Haavisto, E., Karioja-Kallio, A., Kanerva, A., Pesonen, S., Arstila, P. T. & 1 muutaHemminki, A., 2011, julkaisussa : Molecular therapy. 19, 9, s. 1737-1746 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

In vivo and in vitro distribution of type 5 and fiber-modified oncolytic adenoviruses in human blood compartments

Escutenaire, S., Cerullo, V., Diaconu, I., Ahtiainen, L., Hannuksela, P., Oksanen, M., Haavisto, E., Karioja-Kallio, A., Holm, S-L., Kangasniemi, L., Ribacka, C., Kauppinen, S., Joensuu, T. K., Arstila, T. P., Pesonen, S., Kanerva, A. & Hemminki, A., 2011, julkaisussa : Annals of Medicine. 43, 2, s. 151-163 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

MPEA-metabolite pathway enrichment analysis

Kankainen, M., Gopalacharyulu, P., Holm, L. & Oresic, M., 2011, julkaisussa : Bioinformatics Trends. 27, 13, s. 1878-1879 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu