Historian ja kulttuuriperinnön tohtoriohjelma kokoaa yhteen historiaa ja kulttuuriperintöä tutkivia tieteenaloja. Historiaa ja kulttuuriperintöä tarkastellaan temaattisesti, monitieteisesti ja tieteidenvälisesti ajallisen ja paikallisen muutoksen, muistamisen ja historiapolitiikan, uskontojen sekä aineellisen, aineettoman, visuaalisen, kirjallisen, suullisen, kuullun ja rakennetun kulttuurin kautta. Historiaa, kulttuuria ja niihin kytkeytyviä jännitteitä ja monimuotoisuutta tarkastellaan yhtä lailla paikallisesta ja yhteiskunnallisesta, alueellisesta ja globaalista näkökulmasta. Tarkastelu kattaa laajan aikajänteen esihistoriasta ja antiikista lähimenneisyyteen, nykyisyyteen ja tulevaisuuteenkin. Historian ja kulttuuriperinnön monitieteisessä tarkastelussa humanistinen perspektiivi (mm. arkeologia, antiikintutkimus, folkloristiikka, kansatiede, historia, taidehistoria, uskontotiede,) ja teologian näkökulmat risteävät.

Ohjelman opetus perustuu sekä oman tieteenalan opintoihin että yhteisiin temaattisiin, metodologisiin ja teoreettisiin tieteidenvälisiin opintoihin. Tohtoriohjelma tukee tohtorikoulutettavien väitöskirjan kirjoitustyötä järjestämällä vuosittain Väitöskirja käyntiin -seminaarin sekä Kesäkoulun. Opetusta järjestetään yhteistyössä myös muiden tohtoriohjelmien ja tutkimusprojektien kanssa.  Ohjelman järjestämälle opetukselle on ominaista sisällöllinen ja metodologinen monitieteisyys.  Ohjelmassa opiskelijat saavat korkeatasoista ohjausta oman tieteenalan ohjaajien lisäksi ohjelman monitieteiseltä ohjausverkostolta ohjelman järjestämissä työpajoissa ja seminaareissa.