Organisaation profiili

Yksikön profiili

Microbes have a major effect on the ecosystem and humans. Microbes run biogeochemical cycles of the elements, play a major role in the intestines of animals and biotechnology such as waste water treatment and food production, just to mention some. On the other hand, microbes cause diseases for plants, animals and humans.

The Doctoral Programme in Microbiology and Biotechnology covers the entire field of microbiology, i.e., bacteria, archaea, eukaryotic microorganisms and viruses in any environment where microbes can be found. In addition to basic research in microbiology, it includes applied microbiology which is reflected by including microbiologically relevant biotechnology in the program.

Focus area of the program include:

environmental microbiology
microbial biotechnology
genetics and genomics of microbes
food microbiology
human and animal microbiota
microbe evolution
microbe-host interactions
infection microbiology
virology

The researcher community formed around the program is nationally the most significant unit in its field and the only one in Finland in several sub-fields.

The Faculty of Agriculture & Forestry has main responsibility for the programme.

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.

Henkilöt

Maryam Abidizadegan

maryam.abidizadegan@helsinki.fi

Doctoral Programme in Microbiology and Biotechnology

Henkilö

Muhammad Nouman Ahmed

muhammad.ahmed@helsinki.fi

Mikrobiologian osasto - tohtorikoulutettava
Doctoral Programme in Microbiology and Biotechnology

Henkilö: U1 Opetus- ja tutkimushenkilöstö, Opetus- ja tutkimushenkilöstö

Tero Ahola

tero.ahola@helsinki.fi

Mikrobiologian osasto - yliopistonlehtori
Helsinki One Health (HOH)
RNA virus replication and antivirals
Doctoral Programme in Drug Research - Ohjaaja tohtoriohjelmassa
Doctoral Programme in Integrative Life Science - Ohjaaja tohtoriohjelmassa
Doctoral Programme in Microbiology and Biotechnology - Ohjaaja tohtoriohjelmassa

Henkilö: U3 Opetus- ja tutkimushenkilöstö, HY, Opetus- ja tutkimushenkilöstö

Laura Alakukku

laura.alakukku@helsinki.fi

Maataloustieteiden osasto - professori
Kestävyystieteen instituutti (HELSUS)
Agroteknologia
Doctoral Programme in Microbiology and Biotechnology - Ohjaaja tohtoriohjelmassa
Doctoral Programme in Sustainable Use of Renewable Natural Resources - Ohjaaja tohtoriohjelmassa

Henkilö: HY, U4 Opetus- ja tutkimushenkilöstö

Hussein Abas Thamer Alburkat

hussein.alburkat@helsinki.fi

Virologian osasto - tohtorikoulutettava
Emerging Infections Research Group
Doctoral Programme in Microbiology and Biotechnology

Henkilö: U1 Opetus- ja tutkimushenkilöstö

Laitteet

Biomolecular Interactions - Biacore T100

Minna Poranen (Johtaja) & Maria Aatonen (Operaattori)

Laitteistot/tilat: Laitteet

HAMBI Mikrobikantakokoelmat

Pekka Oivanen (Operaattori) & Kaarina Sivonen (Johtaja)

Mikrobiologian osasto

Laitteistot/tilat: Laitteet

Instruct-HiLIFE CryoEM core facility

Sarah Butcher (Johtaja), Ausra Domanska (Operaattori), Pasi Laurinmäki (Operaattori) & Benita Löflund (Operaattori)

Biotekniikan instituutti

Laitteistot/tilat: Keskuspalveluyksikkö

Projektit

2 Päättynyt
2 Ei alkanut
16 Aktiivinen

Biogeochemical and biophysical feedbacks from forest harvesting to climate change

Bäck, J., Lintunen, A., Salmon, Y., Kalliokoski, T., Porcar-Castell, A., Heinonsalo, J., Korpela, I., Mammarella, I., Petäjä, T., Kerminen, V. & Wu, Y.

01/09/2019 → 31/08/2023

Projekti: Tutkimusprojekti

Cascading carbon flow in managed forested catchments (CASCAS)

Pumpanen, J., Ojala, A., Palviainen, M., Peltomaa, E., Laurén, A., Berninger, F., Tuittila, E., Biasi, C., Laudon, H., Maher Hasselquist, E., Ostonen, I. & Nieminen, M.

01/09/2019 → 31/08/2023

Projekti: Tutkimusprojekti

BIOSYKLI: BIOSYKLI - Circular Bioeconomy in Päijät-Häme Region

Kontro, M. H., Vanhamäki, S., Uusitalo, V., Selin, J., Vehviläinen, J. & Taitto, V.

12/08/2019 → 31/08/2022

Projekti: Tutkimusprojekti

Reducing the effects of forest management to inland waters (REFORMWATER)

Pumpanen, J., Ojala, A., Palviainen, M., Laurén, A., Peltomaa, E., Berninger, F., Saarela, T., Tuittila, E., Koster, K., Laudon, H., Maher Hasselquist, E., Ostonen, I., Renou-Wilson, F. & Nieminen, M.

01/04/2019 → 03/03/2022

Projekti: Tutkimusprojekti

Biofungi - kääpäsienten fermentaatiokyvyn ja aineenvaihdunnan reittien avaus jätteiden muuntamisessa

Lundell, T., Mattila, H. & Kiviniemi, E. A.

01/01/2019 → 31/12/2021

Projekti: Tutkimusprojekti

Julkaisut

34 Artikkeli
20 Konferenssiartikkeli
15 Väitöskirja
6 Konferenssiesitelmän abstrakti
13 Muut aineistot

Dereplication of natural products with antimicrobial and anticancer activity from Brazilian cyanobacteria.

Shishido, T. K., Vicentini Popin, R., Jokela, J., Wahlsten, M., Fiore, M. F., Fewer, D., Herfindal, L. & Sivonen, K., tammikuuta 2020, julkaisussa : Toxins. 12, 12, 17 Sivumäärä, 2020, 12, 12.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

From Microbial Genomics to Metagenomics

Kant, R., Kumar, A. & Sironen, T., 2020, julkaisussa : International journal of genomics.

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Pääkirjoitus › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Growth Response of Cassava to Deficit Irrigation and Potassium Fertigation During the Early Growth Phase

Wasonga, D., Kleemola, J., Alakukku, L. & Mäkelä, P., 26 helmikuuta 2020, julkaisussa : Agronomy. 10, 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Hemolytic uremic syndrome caused by Shiga toxin–producing Escherichia coli in children: incidence, risk factors, and clinical outcome

Ylinen, E., Salmenlinna, S., Halkilahti, J., Jahnukainen, T., Korhonen, L., Virkkala, T., Rimhanen-Finne, R., Nuutinen, M., Kataja, J., Arikoski, P., Linkosalo, L., Bai, X., Matussek, A., Jalanko, H. & Saxén, H., 22 huhtikuuta 2020, julkaisussa : Pediatric Nephrology. 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

In situ analysis of liposome hard and soft protein corona structure and composition in a single label-free workflow

Kari, O. K., Ndika, J., Parkkila, P., Louna, A., Lajunen, T., Puustinen, A., Viitala, T., Alenius, H. & Urtti, A., 21 tammikuuta 2020, julkaisussa : Nanoscale. 12, 3, s. 1728-1741 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

Aktiviteetit

65 Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
47 Käsikirjoitusten vertaisarviointi
17 Kutsuesitelmä
13 Suullinen esitys
83 Muut aineistot

Asymmetrical flow field-flow fractionation and virus applications

Katri Eskelin (Puhuja)

24 helmikuuta 2020

Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypit › Suullinen esitys

Hemholtz centre for environmental research (Ulkoinen yksikkö)

Kaarina Sivonen (Hallituksen jäsen)

7 tammikuuta 2020

Aktiviteetti: Jäsenyystyypit › Lausunnot virantäytöissä

13th Finnish Gut Day

Mikael Niku (Osallistuja)

23 tammikuuta 2020

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypit › Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen