Osastolla toimii kymmenen tutkimusryhmää, joiden tutkimus on keskittynyt elintarvikehygieniaan, ympäristöhygieniaan, toksikologiaan sekä ympäristöterveydenhuollon valvontaan. Lisäksi tutkimusta tehdään lihantarkastuksessa ja teurastamohygieniassa.

Valvontatutkimus muodostaa hyvän parin molekyylibiologiselle tutkimukselle. Yhdessä ne luovat vahvan elintarvike- ja ympäristöhygieenisen osaamisalueen.

Tutkimus on vahvasti sidoksissa elintarviketurvallisuudesta nouseviin käytännön ongelmiin. Korkeatasoisen tutkimuksen perustana ovat nykyaikaiset tutkimusmenetelmät, joiden hallitsemiseen panostetaan myös tutkijakoulutuksessa. Yksi osaston tärkeä painopistealue on toiminnallisen genomiikan tutkimus, jonka avulla voidaan tunnistaa esimerkiksi bakteerien kylmäsiedosta vastaavia geenejä.

Huippututkimusta

Osastolla tehtävää tutkimusta arvioidaan säännöllisesti kansainvälisten raatien avulla. Viimeisimmässä arvioinnissa vuonna 2012 osasto jatkaa hyvää menestystään arvosanalla 24/25. Menestystä on tullut myös aikaisemmissa arvioinneissa, joissa on kehuttu erityisesti osaston tutkimusjohtamista, tutkijakoulutusohjelmaa sekä suhteita teollisuuteen.

Professori Johanna Björkrothin, Marja-Liisa Hännisen ja Hannu Korkealan tutkimusryhmät olivat mukana Suomen Akatemian nimittämässä mikrobiologisen elintarviketurvallisuuden huippuyksikössä vuosina 2008–2013. Professori Raimo Pohjanvirran tutkimusryhmä kuului Kansanterveyslaitoksen ympäristöterveyden riskianalyysin huippuyksikköön vuosina 2002–2007.