Julkaisut 1983 2020

Suodatin
Artikkeli
2020

Discovering Causal Graphs with Cycles and Latent Confounders: An Exact Branch-and-Bound Approach

Rantanen, K., Hyttinen, A. & Järvisalo, M., 2020, julkaisussa : International Journal of Approximate Reasoning. 117, s. 29-49 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

High-dimensional structure learning of binary pairwise Markov networks: A comparative numerical study

Pensar, J., Xu, Y., Puranen, S., Pesonen, M., Kabashima, Y. & Corander, J., tammikuuta 2020, julkaisussa : Computational Statistics & Data Analysis. 141, s. 62-76 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

The impact of treewidth on ASP grounding and solving of Answer Set Programs

Bliem, B., Morak, M., Moldovan, M. & Woltran, S., 2020, julkaisussa : Journal of Artificial Intelligence Research. 67, s. 35-80

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Towards Massive Scale Air Quality Monitoring

Hossein Motlagh, N., Lagerspetz, E., Nurmi, P., Li, X., Varjonen, S., Mineraud, J., Siekkinen, M., Rebeiro-Hargrave, A., Hussein, T., Petäjä, T., Kulmala, M. & Tarkoma, S., helmikuuta 2020, (Hyväksytty/In press) julkaisussa : IEEE Communications Magazine. 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2019

A Constrained Randomization Approach to Interactive Visual Data Exploration with Subjective Feedback

Kang, B., Puolamäki, K., Lijffijt, J. & Bie, T. D., 18 huhtikuuta 2019, julkaisussa : IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering. 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Adaptive Approximate Bayesian Computation Tolerance Selection

Simola, U., Cisewski-Kehe, J. & Corander, J., 2019, julkaisussa : Bayesian analysis.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Algebraic methods in the congested clique

Censor-Hillel, K., Kaski, P., Korhonen, J. H., Lenzen, C., Paz, A. & Suomela, J., joulukuuta 2019, julkaisussa : Distributed Computing. 32, 6, s. 461-478 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Aligning optical maps to de Bruijn graphs

Mukherjee, K., Alipanahi, B., Kahveci, T., Salmela, L. & Boucher, C., 15 syyskuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 18, s. 3250-3256 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A Logical Approach to Context-Specific Independence

Corander, J., Hyttinen, A., Kontinen, J., Pensar, J. & Väänänen, J., syyskuuta 2019, julkaisussa : Annals of Pure and Applied Logic. 170, 9, s. 975-992 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

An SDN Perspective on Multi-connectivity and Seamless Flow Migration

Hätönen, S., Huque, T. I. U., Rao, A., Jourjon, G., Gramoli, V. & Tarkoma, S., 2019, julkaisussa : IEEE Networking Letters.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Tiedosto

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bayesian meta-analysis across genome-wide association studies of diverse phenotypes

Trochet, H., Pirinen, M., Band, G., Jostins, L., McVean, G. & Spencer, C. C. A., heinäkuuta 2019, julkaisussa : Genetic Epidemiology. 43, 5, s. 532-547 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Bit-parallel sequence-to-graph alignment

Rautiainen, M., Mäkinen, V. & Marschall, T., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 19, s. 3599-3607 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Brand as a cognitive mediator: investigating the effect of media brands as a structural feature of textual news messages

Laaksonen, S-M., Falco, A., Salminen, M., Aula, P. S. & Ravaja, N., 8 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Journal of Product and Brand Management. 28, 1, s. 1-14 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Breakthrough percepts of famous faces

Alsufyani, A., Hajilou, O., Zoumpoulaki, A., Filetti, M., Alsufyani, H., Solomon, C. J., Gibson, S. J., Alroobaea, R. & Bowman, H., tammikuuta 2019, julkaisussa : Psychophysiology. 56, 1, 20 Sivumäärä, 13279.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Burst statistics in an early biofilm quorum sensing model: the role of spatial colony-growth heterogeneity

Kindler, O., Pulkkinen, O., Cherstvy, A. G. & Metzler, R., 19 elokuuta 2019, julkaisussa : Scientific Reports. 9, 19 Sivumäärä, 12077.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Chemogenomic Analysis of the Druggable Kinome and Its Application to Repositioning and Lead Identification Studies

Ravikumar, B., Timonen, S., Alam, Z., Parri, E., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 21 marraskuuta 2019, julkaisussa : Cell chemical biology. 26, 11, s. 1608-1622 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Cognitive ergonomics for data analysis. Experimental study of cognitive limitations in a data-based judgement task

Kalakoski, V., Henelius, A., Oikarinen, E., Ukkonen, A. & Puolamäki, K., 3 lokakuuta 2019, julkaisussa : Behaviour & Information Technology. 38, 10, s. 1038-1047 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Computational Creativity Infrastructure for Online Software Composition: A Conceptual Blending Use Case

Martins, P., Goncalo Oliveira, H., Carlos Gonçalves, J., Cruz, A., Cardoso, A., Žnidaršič, M., Lavrač, N., Linkola, S., Toivonen, H., Hervás, R., Méndez, G. & Gervás, P., 8 helmikuuta 2019, julkaisussa : IBM Journal of Research and Development. 63, 1, s. 9:1-9:17 17 Sivumäärä, 9.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Conceptual Representations for Computational Concept Creation

Xiao, P., Toivonen, H., Gross, O., Cardoso, A., Correia, J., Machado, P., Martins, P., Goncalo Oliveira, H., Sharma, R., Pinto, A. M., Diaz, A., Francisco, V., Gervás, P., Hervas, R., León, C., Forth, J., Purver, M., Wiggins, G. A., Miljkovic, D., Podpecan, V. & 8 muuta, Pollak, S., Kralj, J., Znidarsic, M., Bohanec, M., Lavrač, N., Urbancic, T., Van Der Velde, F. & Battersby, S., helmikuuta 2019, julkaisussa : ACM Computing Surveys. 52, 1, 33 Sivumäärä, 9.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Counting Linear Extensions: Parameterizations by Treewidth

Eiben, E., Ganian, R., Kangas, K. & Ordyniak, S., huhtikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica. 81, 4, s. 1657-1683 27 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Crowd Replication: Sensing-Assisted Quantification of Human Behaviour in Public Spaces

Hemminki, S., KURIBAYASHI, K., Konomi, SI., Nurmi, P. & Tarkoma, S., elokuuta 2019, julkaisussa : ACM transactions on spatial algorithms and systems. 5, 3, 34 Sivumäärä, 15.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Density-Friendly Graph Decomposition

Tatti, N., lokakuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data. 13, 5, 29 Sivumäärä, 54.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Description of Klebsiella spallanzanii sp. nov. and of Klebsiella pasteurii sp. nov.

Merla, C., Rodrigues, C., Passet, V., Corbella, M., Thorpe, H. A., Kallonen, T. V. S., Zong, Z., Marone, P., Bandi, C., Sassera, D., Corander, J., Feil, E. J. & Brisse, S., 25 lokakuuta 2019, julkaisussa : Frontiers in Microbiology. 10, 9 Sivumäärä, 2360.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Developing hand-worn input and haptic support for real-world target finding

Hsieh, Y-T., Jylhä, A., Orso, V., Andolina, S., Hoggan, E., Gamberini, L. & Jacucci, G., helmikuuta 2019, julkaisussa : Personal and Ubiquitous Computing. 23, 1, s. 117-132 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

DNMT Inhibitors Increase Methylation in the Cancer Genome

Giri, A. K. & Aittokallio, T., 24 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Frontiers in Pharmacology. 10, 11 Sivumäärä, 385.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Dominant TOM1 mutation associated with combined immunodeficiency and autoimmune disease

Keskitalo, S., Haapaniemi, E. M., Glumoff, V., Liu, X., Lehtinen, V., Fogarty, C., Rajala, H., Chiang, S. C., Mustjoki, S., Kovanen, P., Lohi, J., Bryceson, Y. T., Seppänen, M., Kere, J., Heiskanen, K. & Varjosalo, M., 27 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Npj genomic medicine. 4, 7 Sivumäärä, 14.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

d-Simplexed: Adaptive Delaunay Triangulation for Performance Modeling and Prediction on Big Data Analytics

Chen, Y., Goetsch, P., Hoque, M. A., Lu, J. & Tarkoma, S., 21 lokakuuta 2019, (Hyväksytty/In press) julkaisussa : IEEE Transactions on Big Data.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Evoking Physiological Synchrony and Empathy Using Social VR with Biofeedback

Salminen, M., Järvelä, S., Ruonala, A., Harjunen, V. J., Jacucci, G., Hamari, J. & Ravaja, N., 9 joulukuuta 2019, julkaisussa : IEEE Transactions on Affective Computing. 1949-3045.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Exome sequencing of Finnish isolates enhances rare-variant association power

FinnGen Project, Locke, A. E., Havulinna, A. S., Pirinen, M., Eriksson, J. G., Ala-Korpela, M., Järvelin, M-R., Männikkö, M., Laivuori, H., Palotie, A., Salomaa, V., Laakso, M. & Ripatti, S., 15 elokuuta 2019, julkaisussa : Nature. 572, 7769, s. 323–+ 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Experience Evaluations for Human-Computer Co-Creative Processes: Planning and Conducting an Evaluation in Practice

Kantosalo, A. & Riihiaho, S., 2 tammikuuta 2019, julkaisussa : Connection Science. 31, 1, s. 60-81 22 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Exploiting Usage to Predict Instantaneous App Popularity: Trend Filters and Retention Rates

Sigg, S., Lagerspetz, E., Peltonen, E., Nurmi, P. & Tarkoma, S., huhtikuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on the Web. 13, 2, 25 Sivumäärä, 13.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fast and flexible bacterial genomic epidemiology with PopPUNK

Lees, J. A., Harris, S. R., Tonkin-Hill, G., Gladstone, R. A., Lo, S. W., Weiser, J. N., Corander, J., Bentley, S. D. & Croucher, N. J., helmikuuta 2019, julkaisussa : Genome Research. 29, 2, s. 304-316 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Faster FPTASes for counting and random generation of Knapsack solutions

Rizzi, R. & Tomescu, A. I., elokuuta 2019, julkaisussa : Information and Computation. 267, s. 135-144 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fast hierarchical Bayesian analysis of population structure

Tonkin-Hill, G., Lees, J. A., Bentley, S. D., Frost, S. D. W. & Corander, J., 20 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 47, 11, s. 5539-5549 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fixed Block Compression Boosting in FM-Indexes: Theory and Practice

Gog, S., Kärkkäinen, J., Kempa, D., Petri, M. & Puglisi, S. J., huhtikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica. 81, 4, s. 1370-1391 22 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Tiedosto

Genetic architecture of human plasma lipidome and its link to cardiovascular disease

FinnGen Project, Tabassum, R., Rämö, J. T., Ripatti, P., Koskela, J. T., Kurki, M., Karjalainen, J., Palta, P., Hassan, S., Nunez-Fontarnau, J., Kiiskinen, T. T. J., Söderlund, S., Matikainen, N., Laivuori, H., Havulinna, A. S., Pirinen, M., Jalanko, A., Kaprio, J., Donner, K., Kaunisto, M. & 70 muuta, Mars, N., Dada, A., Shcherban, A., Ganna, A., Lehisto, A., Kilpeläinen, E., Brein, G., Awaisa, G., Harju, J., Pärn, K., Parolo, P. D. B., Kajanne, R., Lemmelä, S., Sipilä, T. P., Sipilä, T., Lyhs, U., Llorens, V., Niiranen, T., Kristiansson, K., Jiménez, M. G., Perola, M., Hiekkalinna, T., Mattsson, H., Laiho, P., Soini, S., Lehtonen, A., Pulkki, K., Heikkinen, S., Laukkanen, J., Laaksonen, R., Ritari, J., Partanen, J., Hyvärinen, K., Auro, K., Pitkänen, K., Mäkelä, T., Loukola, A., Joensuu, H., Sinisalo, J., Eklund, K., Aaltonen, L., Färkkilä, M., Carpen, O., Kauppi, P., Tienari, P., Ollila, T., Tuomi, T., Meretoja, T., Pitkäranta, A., Turunen, J., Hannula-Jouppi, K., Pikkarainen, S., Seitsonen, S., Koskinen, M., Palomäki, A., Voutilainen, M., Kettunen, J., Pelkonen, M., Julkunen, V., Lehtonen, H., Parkkinen, J., Linden, K., Jussila, A., Laitinen, T., Palin, K., Jauhiainen, M., Daly, M. J., Palotie, A., Taskinen, M-R. & Ripatti, S., 24 syyskuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, 14 Sivumäärä, 4329.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information

Pensar, J., Puranen, S., Arnold, B., MacAlasdair, N., Kuronen, J., Tonkin-Hill, G., Pesonen, M., Xu, Y., Sipola, A., Sanchez-Buso, L., Lees, J. A., Chewapreechi, C., Bentley, S. D., Harris, S. R., Parkhill, J., Croucher, N. J. & Corander, J., 10 lokakuuta 2019, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 47, 18, 14 Sivumäärä, 112.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genomic determinants of speciation and spread of the Mycobacterium tuberculosis complex

Chiner-Oms, Á., Sánchez-Busó, L., Corander, J., Gagneux, S., Harris, S. R., Young, D., González-Candelas, F. & Comas, I., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Science Advances. 5, 6, 14 Sivumäärä, 3307.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Geographic Variation and Bias in the Polygenic Scores of Complex Diseases and Traits in Finland

Kerminen, S., Martin, A. R., Koskela, J., Ruotsalainen, S. E., Havulinna, A. S., Surakka, I., Palotie, A., Perola, M., Salomaa, V., Daly, M. J., Ripatti, S. & Pirinen, M., 6 kesäkuuta 2019, julkaisussa : American Journal of Human Genetics. 104, 6, s. 1169-1181 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Hardness of Covering Alignment: Phase Transition in Post-Sequence Genomics

Rizzi, R., Cairo, M., Mäkinen, V., Tomescu, A. I. & Valenzuela, D., helmikuuta 2019, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 1, s. 23-30 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Healthcare costs and outcomes in adult patients with juvenile idiopathic arthritis: a population-based study

Mars, N. J., Kerola, A. M., Kauppi, M. J., Pirinen, M., Elonheimo, O. & Sokka-Isler, T., 4 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Scandinavian Journal of Rheumatology. 48, 2, s. 114-120 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

HS mielipide: Luova tekoäly pystyy muuhunkin kuin matkimiseen: Luovuuden keskeinen kriteeri on uutuus tai yllättävyys

Toivonen, H., 1 toukokuuta 2019, julkaisussa : Helsingin Sanomat. 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliYleistajuinen

Integrated analysis of population genomics, transcriptomics and virulence provides novel insights into Streptococcus pyogenes pathogenesis

Kachroo, P., Eraso, J. M., Beres, S. B., Olsen, R. J., Zhu, L., Nasser, W., Bernard, P. E., Cantu, C. C., Saavedra, M. O., Arredondo, M. J., Strope, B., Do, H., Kumaraswami, M., Vuopio, J., Gröndahl-Yli-Hannuksela, K., Kristinsson, K. G., Gottfredsson, M., Pesonen, M., Pensar, J., Davenport, E. R. & 11 muuta, Clark, A. G., Corander, J., Caugant, D. A., Gaini, S., Magnussen, M. D., Kubiak, S. L., Nguyen, H. A. T., Long, S. W., Porter, A. R., DeLeo, F. R. & Musser, J. M., maaliskuuta 2019, julkaisussa : Nature Genetics. 51, 3, s. 548-563 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Integrating neurophysiologic relevance feedback in intent modeling for information retrieval

Jacucci, G., Barral, O., Daee, P., Wenzel, M., Serim, B., Ruotsalo, T., Pluchino, P., Freeman, J., Gamberini, L., Kaski, S. & Blankertz, B., syyskuuta 2019, julkaisussa : Journal of the Association for Information Science and Technology. 70, 9, s. 917-930 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Interactive exploration of heterogeneous biological networks with Biomine Explorer

Podpecan, V., Ramšak, Ž., Gruden, K., Toivonen, H. & Lavrac, N., 24 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. btz509.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
Open access
Tiedosto

Kermit: Linkage map guided long read assembly

Walve, R., Rastas, P. & Salmela, L., 20 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 1, 10 Sivumäärä, 8.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Kohti todellista tekoälyä

Kotovirta, V., Floréen, P. & Kajaste, T., 2019, julkaisussa : Automaatioväylä : Suomen säätöteknillisen seuran jäsenlehti. 2019, 2, s. 31-33 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliAmmatillinen

Macroevolution of gastric Helicobacter species unveils interspecies admixture and time of divergence (vol 12, pg 2518, 2018)

Smet, A., Yahara, K., Rossi, M., Tay, A., Backert, S., Ensser, A., Fox, J. G., Flahou, B., Ducatelle, R., Haesebrouck, F. & Corander, J., heinäkuuta 2019, julkaisussa : ISME Journal. 13, 7, s. 1890-1890 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu