• Postiosoite

    Department of Microbiology, Viikinkaari 9, Biocenter 1

    P.O. Box 56, FIN-00014 University of Helsinki

    Suomi

Organisaation profiili

The Microbial Natural Products group is headed by Dr. David Fewer. Natural products are low molecular weight metabolites with diverse chemical structures and potent biological activities that play key roles in advancing our understanding of biology and in the development of medicine. Natural products are either the direct basis or inspiration for the majority of drugs approved for clinical use. Half of all approved small-molecule anticancer drugs and antibiotics in clinical use today derive from natural products. Bacteria produce a stunning array of natural products with exotic chemical structures and dense functionalization. This chemical diversity is achieved using highly diverse biosynthetic pathways encoding an array of tailoring enzymes.

 

Our research focuses on the genomics and biochemistry of natural products biosynthetic pathways. We use a combination of bioinformatics, genomics, molecular biology, biochemistry, synthetic biology and structural chemistry to guide the discovery of new natural products from cyanobacteria. Cyanobacteria are found in freshwater lakes, reservoirs and ponds worldwide. They  are infamous producers of toxins and are linked to the death of wild and domestic animals. However, they are also a prolific and promising source of biologically active natural products. Using this approach we hope to unravel the genetic and chemical diversity of cyanobacterial natural products and discovered new natural products.

 

Tieteenalat

  • 1182 Biokemia, solu- ja molekyylibiologia

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö

Viimeisin maa-/aluetasolla toteutettu yhteistyö. Saat tarkempia lisätietoja pisteitä napauttamalla, tai
  • Discovery of varlaxins, new aeruginosin-type inhibitors of human trypsins

    Heinilä, L., Jokela, J., Ahmed, M. N., Wahlsten, M., Kumar, S., Hrouzek, P., Permi, P., Koistinen, H., Fewer, D. & Sivonen, K., 30 maalisk. 2022, julkaisussa: Organic & Biomolecular Chemistry. 20, 13, s. 2681–2692 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
  • The Natural Products Atlas 2.0: a database of microbially-derived natural products

    van Santen, J. A., Poynton, E. F., Iskakova, D., McMann, E., Alsup, T. A., Clark, T. N., Fergusson, C. H., Fewer, D. P., Hughes, A. H., McCadden, C. A., Parra, J., Soldatou, S., Rudolf, J. D., Janssen, E. M-L., Duncan, K. R. & Linington, R. G., 7 tammik. 2022, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 50, D1, s. D1317-D1323 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
  • A community resource for paired genomic and metabolomic data mining

    Castelo-Branco, R., Verhoeven, S., Ridder, L., Huber, F., Acharya, D. D., Aksenov, A. A., Aleti, G., Moghaddam, J. A., Aron, A. T., Aziz, S., Bauermeister, A., Bauman, K. D., Baunach, M., Beemelmanns, C., Beman, J. M., Berlanga-Clavero, M. V., Blacutt, A. A., Bode, H. B., Boullie, A., Brejnrod, A. & 90 muuta, Bugni, T. S., Calteau, A., Cao, L., Carrion, V. J., Castelo-Branco, R., Chanana, S., Chase, A. B., Chevrette, M. G., Costa-Lotufo, L. V., Crawford, J. M., Currie, C. R., Cuypers, B., Dang, T., de Rond, T., Demko, A. M., Dittmann, E., Du, C., Drozd, C., Dujardin, J-C., Dutton, R. J., Edlund, A., Fewer, D. P., Garg, N., Gauglitz, J. M., Gentry, E. C., Gerwick, L., Glukhov, E., Gross, H., Gugger, M., Guillen Matus, D. G., Helfrich, E. J. N., Hempel, B-F., Hur, J-S., Iorio, M., Jensen, P. R., Kang, K. B., Kaysser, L., Kelleher, N. L., Kim, C. S., Kim, K. H., Koester, I., Koenig, G. M., Leao, T., Lee, S. R., Lee, Y-Y., Li, X., Little, J. C., Maloney, K. N., Maennle, D., Martin H., C., McAvoy, A. C., Metcalf, W. W., Mohimani, H., Molina-Santiago, C., Moore, B. S., Mullowney, M. W., Muskat, M., Nothias, L-F., O'Neill, E. C., Parkinson, E. I., Petras, D., Piel, J., Pierce, E. C., Pires, K., Reher, R., Romero, D., Roper, M. C., Rust, M., Saad, H., Saenz, C., Sanchez, L. M., Sorensen, S. J., Sosio, M., Sussmuth, R. D., Sweeney, D., Tahlan, K., Thomson, R. J., Tobias, N. J., Trindade-Silva, A. E., van Wezel, G. P., Wang, M., Weldon, K. C., Zhang, F., Ziemert, N., Duncan, K. R., Cruesemann, M., Rogers, S., Dorrestein, P. C., Medema, M. H. & van der Hooft, J. J. J., huhtik. 2021, julkaisussa: Nature Chemical Biology. 17, s. 363-368 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
  • Chemical diversity and cellular effects of antifungal cyclic lipopeptides from cyanobacteria

    Fewer, D. P., Jokela, J., Heinila, L., Aesoy, R., Sivonen, K., Galica, T., Hrouzek, P. & Herfindal, L., 2021, julkaisussa: Physiologia Plantarum. 173, 2, s. 639-650 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
  • CyanoMetDB, a comprehensive public database of secondary metabolites from cyanobacteria

    Jones, M. R., Pinto, E., Torres, M. A., Dörr, F., Mazur-Marzec, H., Szubert, K., Tartaglione, L., Dell'Aversano, C., Miles, C. O., Beach, D. G., McCarron, P., Sivonen, K., Fewer, D. P., Jokela, J. & Janssen, E. M-L., 15 toukok. 2021, julkaisussa: Water Research. 196, 12 Sivumäärä, 117017.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto