Julkaisut

2019

Assembly of complex viruses exemplified by a halophilic euryarchaeal virus

De Colibus, L., Roine, E., Walter, T. S., Ilca, S. L., Wang, X., Wang, N., Roseman, A. M., Bamford, D., Huiskonen, J. T. & Stuart, D., 29 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 9 Sivumäärä, 1456.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Efficient Inhibition of Avian and Seasonal Influenza A Viruses by a Virus-Specific Dicer-Substrate Small Interfering RNA Swarm in Human Monocyte-Derived Macrophages and Dendritic Cells

Jiang, M., Osterlund, P., Westenius, V., Guo, D., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Julkunen, I., helmikuuta 2019, julkaisussa : Journal of Virology. 93, 4, 21 Sivumäärä, 01916.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Novel haloarchaeal viruses from Lake Retba infecting Haloferax and Halorubrum species

Mizuno, C. M., Prajapati, B., Lucas-Staat, S., Sime-Ngando, T., Forterre, P., Bamford, D. H., Prangishvili, D., Krupovic, M. & Oksanen, H. M., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Environmental Microbiology. 21, 6, s. 2129-2147 19 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses

Santos-Perez, I., Charro, D., Gil-Carton, D., Azkargorta, M., Elortza, F., Bamford, D. H., Oksanen, H. M. & Abrescia, N. G. A., 12 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 9 Sivumäärä, 1184.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The structure of a prokaryotic viral envelope protein expands the landscape of membrane fusion proteins

El Omari, K., Li, S., Kotecha, A., Walter, T. S., Bignon, E., Harlos, K., Somerharju, P., Haas, F. D., Clare, D., Molin, M., Hurtado, F., Li, M., Grimes, J. M., Bamford, D. H., Tischler, N. D., Huiskonen, J. T., Stuart, D. I. & Roine, E., 19 helmikuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 11 Sivumäärä, 846.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2018

Asymmetrical flow field-flow fractionation in purification of an enveloped bacteriophage φ 6

Lampi, M., Oksanen, H. M., Meier, F., Moldenhauer, E., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Eskelin, K., 15 syyskuuta 2018, julkaisussa : Journal of Chromatography. B. 1095, s. 251-257 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Extremely halophilic pleomorphic archaeal virus HRPV9 extends the diversity of pleolipoviruses with integrases

Atanasova, N. S., Demina, T. A., Krishnam Rajan Shanthi, S. N. V., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., marraskuuta 2018, julkaisussa : Research in Microbiology. 169, 9, s. 500-504 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome Sequence of PM2-Like Phage Cr39582, Induced from a Pseudoalteromonas sp. Isolated from the Gut of Ciona robusta

Leigh, B., Breitbart, M., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Dishaw, L., toukokuuta 2018, julkaisussa : Genome Announcements. 6, 21, 2 Sivumäärä, UNSP e00368-18.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Membrane-containing virus particles exhibit the mechanics of a composite material for genome protection

Azinas, S., Bano, F., Torca, I., Bamford, D. H., Schwartz, G. A., Esnaola, J., Oksanen, H. M., Richter, R. P. & Abrescia, N. G., 28 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Nanoscale. 10, 16, s. 7769-7779 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Taxonomy proposal: One (1) new species, Pseudoalteromonas virus Cr39582, in the genus Corticovirus, in the family Corticoviridae

Leigh, B. A., Breitbart, M., Bamford, D. H., Dishaw, L. J., Adriaenssens, E., Kropinki, A. & Oksanen, H. M., 2018, ICTV Online: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), s. 2018.123B 2018.123B

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliAmmatillinen

Open access
Tiedosto

The first known virus isolates from Antarctic sea ice have complex infection patterns

Luhtanen, A-M., Eronen-Rasimus, E. L., Oksanen, H. M., Tison, J-L., Delille, B., Dieckmann, G. S., Rintala, J-M. & Bamford, D. H., huhtikuuta 2018, julkaisussa : FEMS Microbiology Ecology. 94, 4, 15 Sivumäärä, 028.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The unexplored diversity of pleolipoviruses: the surprising case of two viruses with identical major structural modules

Atanasova, N. S., Heiniö, C. H., Demina, T. A., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., maaliskuuta 2018, julkaisussa : Genes. 9, 3, 18 Sivumäärä, 131.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Towards in cellulo virus crystallography

Duyvesteyn, H. M. E., Ginn, H. M., Pietila, M. K., Wagner, A., Hattne, J., Grimes, J. M., Hirvonen, E., Evans, G., Parsy, M-L., Sauter, N. K., Brewster, A. S., Huiskonen, J. T., Stuart, D. I., Sutton, G. & Bamford, D. H., 28 helmikuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 7 Sivumäärä, 3771.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

Biogeochemical Impact of Snow Cover and Cyclonic Intrusions on the Winter Weddell Sea Ice Pack

Tison, J. -L., Schwegmann, S., Dieckmann, G., Rintala, J. -M., Meyer, H., Moreau, S., Vancoppenolle, M., Nomura, D., Engberg, S., Blomster, L. J., Hendrickx, S., Uhlig, C., Luhtanen, A. -M., de Jong, J., Janssens, J., Carnat, G., Zhou, J. & Delille, B., joulukuuta 2017, julkaisussa : Journal of Geophysical Research : Oceans. 122, 12, s. 9548-9571 24 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

HCIV-1 and other tailless icosahedral internal membrane-containing viruses of the family Sphaerolipoviridae

Demina, T., Pietilä, M. K., Svirskaite, J., Ravantti, J. J., Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2017, julkaisussa : Viruses. 9, 32, 15 Sivumäärä, 32.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

ICTV Virus Taxonomy Profile: Pleolipoviridae

Bamford, D. H., Pietilä, M. K., Roine, E. S., Atanasova, N. S., Dienstbier, A., Oksanen, H. M. & ICTV Report Consortium, 2017, julkaisussa : Journal of General Virology. 98, s. 2916–2917

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Membrane-assisted viral DNA ejection

Santos-Perez, I., Oksanen, H. M., Bamford, D. H., Goni, F. M., Reguera, D. & Abrescia, N. G. A., maaliskuuta 2017, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta. General Subjects. 1861, 3, s. 664-672 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Newly isolated Nodularia phage influences cyanobacterial community dynamics

Coloma, S. E., Dienstbier, A., Bamford, D. H., Sivonen, K., Roine, E. & Hiltunen, T., tammikuuta 2017, julkaisussa : Environmental Microbiology. 19, 1, s. 273-286 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Nucleic and Amino Acid Sequences Support Structure-Based Viral Classification

Sinclair, R. M., Ravantti, J. J. & Bamford, D. H., huhtikuuta 2017, julkaisussa : Journal of Virology. 91, 8, 13 Sivumäärä, 02275.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Single-molecule measurements of viral ssRNA packaging

Hanhijarvi, K. J., Ziedaite, G., Bamford, D. H., Haeggstrom, E. & Poranen, M. M., tammikuuta 2017, julkaisussa : RNA. 23, 1, s. 119-129 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The enigmatic archaeal virosphere

Prangishvili, D., Bamford, D. H., Forterre, P., Iranzo, J., Koonin, E. V. & Krupovic, M., joulukuuta 2017, julkaisussa : Nature Reviews, Microbiology. 15, 12, s. 724-739 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Topical treatment of herpes simplex virus infection with enzymatically created siRNA swarm

Paavilainen, H., Lehtinen, J., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., 2017, julkaisussa : Antiviral Therapy. 22, 7, s. 631-637

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKommenttiTieteellinenvertaisarvioitu

2016

Archaeal Haloarcula californiae Icosahedral Virus 1 highlights conserved elements in icosahedral membrane-containing DNA viruses from extreme environments

Demina, T., Pietilä, M. K., Svirskaite, J., Ravantti, J. J., Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2016, julkaisussa : mBio. 7, 4, 12 Sivumäärä, e00699-16.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Asymmetric flow field flow fractionation methods for virus purification

Eskelin, K. J., Lampi, M., Meier, F., Moldenhauer, E., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2016, julkaisussa : Journal of Chromatography. A. 1469, s. 108–119

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Buried alive: microbes from ancient halite

Jaakkola, S. T., Ravantti, J. J., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., helmikuuta 2016, julkaisussa : Trends in Microbiology. 24, 2, s. 148-160 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Immuno-modulating properties of saliphenylhalamide, SNS-032, obatoclax, and gemcitabine

Soderholm, S., Anastasina, M., Islam, M. M., Tynell, J., Poranen, M. M., Bamford, D. H., Stenman, J., Julkunen, I., Sauliene, I., De Brabander, J. K., Matikainen, S., Nyman, T. A., Saelens, X. & Kainov, D., helmikuuta 2016, julkaisussa : Antiviral Research. 126, s. 69-80 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Inhibition of clinical pathogenic herpes simplex virus 1 strains with enzymatically created siRNA pools

Paavilainen, H., Lehtinen, J., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., 2016, julkaisussa : Journal of Medical Virology. 88, 12, s. 2196-2205

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

K2 killer toxin-induced physiological changes in the yeast Saccharomyces cerevisiae

Orentaite, I., Poranen, M. M., Oksanen, H. M., Daugelavicius, R. & Bamford, D. H., 2016, julkaisussa : FEMS Yeast Research. 16, 2, 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Molecular insights into the function of the viral RNA silencing suppressor HCPro

Ivanov, K., Eskelin, K. J., Bašić, M., Swarnalok, D., Lohmus, A., Varjosalo, M. T. & Mäkinen, K. M., 2016, julkaisussa : Plant Journal. 85, 1, s. 30-45 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Monitoring physiological changes in haloarchaeal cell during virus release

Svirskaite, J., Oksanen, H. M., Daugelavicius, R. & Bamford, D. H., maaliskuuta 2016, julkaisussa : Viruses. 8, 3, 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Pleolipoviridae, a newly proposed family comprising archaeal pleomorphic viruses with single-stranded or double-stranded DNA genomes

Pietilä, M. K., Roine, E., Sencilo, A., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., tammikuuta 2016, julkaisussa : Archives of Virology. 161, 1, s. 249-256 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Taxonomy proposal: Create eight new species and three new genera to be assigned in a new family Pleolipoviridae.

Pietilä, M. K., Roine, E. S., Sencilo, A., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., 2016, ICTV Online: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) Database. 2015.042a-oB

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliAmmatillinen

Taxonomy proposal: One (1) new species in the genus Alphasphaerolipovirus, family Sphaerolipoviridae.

Demina, T., Pietilä, M. K., Svirskaite, J., Ravantti, J. J., Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2016, ICTV Online: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), s. 2016.063aB 2016.063aB

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliAmmatillinen

Temperature and pH dependence of DNA ejection from archaeal lemon-shaped virus His1

Hanhijärvi, K. J., Ziedaite, G., Haeggström, E. & Bamford, D. H., heinäkuuta 2016, julkaisussa : European Biophysics Journal. 45, 5, s. 435-442 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The complete genome of a viable archaeum isolated from 123-million-year-old rock salt

Jaakkola, S. T., Pfeiffer, F., Ravantti, J. J., Guo, Q., Liu, Y., Chen, X., Ma, H., Yang, C., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., helmikuuta 2016, julkaisussa : Environmental Microbiology. 18, 2, s. 565-579 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Vesicle-like virion of Haloarcula hispanica pleomorphic virus 3 preserves high infectivity in saturated salt

Demina, T. A., Atanasova, N. S., Pietilä, M. K., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., 2016, julkaisussa : Virology. 499, s. 40-51 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Virus-host interplay in high salt environments

Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., elokuuta 2016, julkaisussa : Environmental microbiology reports. 8, 4, s. 431-444 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2015

Archaeal viruses multiply: temporal screening in a solar saltern

Atanasova, N. S., Demina, T. A., Buivydas, A., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2015, julkaisussa : Viruses. 7, 4, s. 1902-1926 25 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Cold-active bacteriophages from the Baltic Sea ice have diverse genomes and virus-host interactions.

Sencilo, A., Luhtanen, A-M., Saarijärvi, M., Bamford, D. & Roine, E., lokakuuta 2015, julkaisussa : Environmental Microbiology. 17, 10, s. 3628-3641 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Comparison of lipid-containing bacterial and archaeal viruses

Atanasova, N., Sencilo, A., Pietilä, M. K., Roine, E., Oksanen, H. & Bamford, D., 2015, julkaisussa : Advances in Virus Research. 92, s. 1-61

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Efficient double-stranded RNA production methods for utilization in plant virus control

Voloudakis, A. E., Holeva, M. C., Sarin, L. P., Bamford, D., Vargas, M., Poranen, M. & Tenllado, F., 2015, Plant Virology Protocols: New Approaches to Detect Viruses and Host Responses. Uyeda, I. & Masuta, C. (toim.). USA: Humana press, Vuosikerta 1236. s. 255-274 20 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Elongation-competent pauses govern the fidelity of a viral RNA-dependent RNA polymerase

Dulin, D., Vilfan, I. D., Berghuis, B. A., Hage, S., Bamford, D., Poranen, M., Depken, M. & Dekker, N. H., 2015, julkaisussa : Cell Reports. 10, 6, s. 983-992 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Haloarchaeal virus morphotypes

Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., marraskuuta 2015, julkaisussa : Biochimie. 118, s. 333-343 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Haloviruses of archaea, bacteria, and eukaryotes

Atanasova, N., Oksanen, H. & Bamford, D., 2015, julkaisussa : Current Opinion in Microbiology. 25, s. 40-48 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Identification and characterization of SNJ2, the first temperate pleolipovirus integrating into the genome of the SNJ1-lysogenic archaeal strain

Liu, Y., Wang, J., Liu, Y., Wang, Y., Zhang, Z., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Chen, X., 2015, julkaisussa : Molecular Microbiology. 98, 6, s. 1002-1020 19 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Innate responses to small interfering RNA pools inhibiting herpes simplex virus infection in astrocytoid and epithelial cells

Paavilainen, H., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., toukokuuta 2015, julkaisussa : Innate Immunity. 21, 4, s. 349-357 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Insight into the assembly of viruses with vertical single beta-barrel major capsid proteins

Gil-Carton, D., Jaakkola, S. T., Charro, D., Peralta, B., Castano-Diez, D., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Abrescia, N. G. A., 6 lokakuuta 2015, julkaisussa : Structure. 23, 10, s. 1866-1877 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Lemon-shaped halo archaeal virus His1 with uniform tail but variable capsid structure

Hong, C., Pietilä, M. K., Fu, C. J., Schmid, M. F., Bamford, D. H. & Chiu, W., 24 helmikuuta 2015, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 8, s. 2449-2454 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

MAP kinase p38 alpha regulates type III interferon (IFN-λ1) gene expression in human monocyte-derived dendritic cells in response to RNA stimulation

Jiang, M., Österlund, P., Fagerlund, R., Rios, D. N., Hoffmann, A., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Julkunen, I., helmikuuta 2015, julkaisussa : Journal of Leukocyte Biology. 97, 2, s. 307-320 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Membrane-containing bacteriophages

Poranen, M., Bamford, D. & Oksanen, H., 2015, Encyclopedia of Life Sciences (eLS). John Wiley & Sons Ltd. , s. 1-11

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu