Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Hakutulokset
-
2023
Vitamin C boosts DNA demethylation in TET2 mutation carriers
Taira, A., Palin, K., Kuosmanen, A., Välimäki, N., Kuittinen, O., Kuismin, O., Kaasinen, E., Rajamäki, K. & Aaltonen, L. A., 14 tammik. 2023, julkaisussa: Clinical epigenetics. 15, 1, 13 Sivumäärä, 7.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2022
Next-generation sequencing in a large pedigree segregating visceral artery aneurysms suggests potential role of COL4A1/COL4A2 in disease etiology
Donner, I., Sipilä, L. J., Plaketti, R-M., Kuosmanen, A., Forsström, L., Katainen, R., Kuismin, O., Aavikko, M., Romsi, P., Kariniemi, J. & Aaltonen, L. A., 2022, julkaisussa: Vascular. 30, 5, s. 842-847 6 Sivumäärä, 17085381211033157.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Novel germline variant in the histone demethylase and transcription regulator KDM4C induces a multi-cancer phenotype
Katainen, R., Donner, I., Räisänen, M., Berta, D., Kuosmanen, A., Kaasinen, E., Hietala, M. & Aaltonen, L. A., 2022, julkaisussa: Journal of Medical Genetics. 59, s. 644–651 8 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2021
Genetic and Epigenetic Characteristics of Inflammatory Bowel Disease–Associated Colorectal Cancer
Rajamäki, K., Taira, A., Katainen, R., Välimäki, N., Kuosmanen, A., Plaketti, R-M., Seppälä, T. T., Ahtiainen, M., Wirta, E-V., Vartiainen, E., Sulo, P., Ravantti, J., Lehtipuro, S., Granberg, K. J., Nykter, M., Tanskanen, T., Ristimäki, A., Koskensalo, S., Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., & 6 muuta, 21 elok. 2021, julkaisussa: Gastroenterology. 161, 2, s. 592–607 16 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
WNT2 activation through proximal germline deletion predisposes to small intestinal neuroendocrine tumors and intestinal adenocarcinomas
Aavikko, M., Kaasinen, E., Andersson, N., Pentinmikko, N., Sulo, P., Donner, I., Pihlajamaa, P., Kuosmanen, A., Bramante, S., Katainen, R., Sipilä, L. J., Martin, S., Arola, J., Carpén, O., Heiskanen, I., Mecklin, J-P., Taipale, J., Ristimäki, A., Lehti, K., Gucciardo, E., & 4 muuta, 15 jouluk. 2021, julkaisussa: Human Molecular Genetics. 30, 24, s. 2429-2440 12 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2019
Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width
Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukok. 2019, julkaisussa: ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2018
Evaluating approaches to find exon chains based on long reads
Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukok. 2018, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-linear Chaining Extended
Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T., Chikhi, R., Tomescu, A. & Mäkinen, V., huhtik. 2018, Research in Computational Molecular Biology : 22nd Annual International Conference, RECOMB 2018, Paris, France, April 21-24, 2018, Proceedings. Raphael, B. J. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 105-121 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 10812).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2017
Third-generation RNA-sequencing analysis: graph alignment and transcript assembly with long reads
Kuosmanen, A., 20 jouluk. 2017, Helsinki: University of Helsinki. 133 SivumääräTutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma
Open access -
2016
On using Longer RNA-seq Reads to Improve Transcript Prediction Accuracy
Kuosmanen, A. E., Sobih, A. A. M., Rizzi, R., Mäkinen, V. A. T. & Tomescu, A. I., 2016, Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies. Gilbert, J., Azhari, H., Ali, H., Quintão, C., Sliwa, J., Ruiz, C., Fred, A. & Gamboa, H. (toim.). SCITEPRESS Science And Technology Publications , s. 272-277 6 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2015
Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly
Tomescu, A. I., Gagie, T., Popa, A., Rizzi, R., Kuosmanen, A. E. & Mäkinen, V. A. T., jouluk. 2015, julkaisussa: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 12, 6, s. 1345-1354 10 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open access -
2013
A Novel Combinatorial Method for Estimating Transcript Expression with RNA-Seq: Bounding the Number of Paths
Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 2013, Algorithms in Bioinformatics: 13th International Workshop, WABI 2013, Sophia Antipolis, France, September 2-4, 2013. Proceedings. Darling, A. & Stoye, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 85-98 (Lecture Notes in Computer Science; nro 8126).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq
Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 10 huhtik. 2013, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 5):S15, 10 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Characterization of Uterine Leiomyomas by Whole-Genome Sequencing
Mehine, M., Kaasinen, E., Mäkinen, N., Katainen, R., Kämpjärvi, K., Pitkänen, E., Heinonen, H-R., Butzow, R., Kilpivaara, O., Kuosmanen, A., Ristolainen, H., Gentile, M., Sjöberg, J., Vahteristo, P. & Aaltonen, L. A., 4 heinäk. 2013, julkaisussa: New England Journal of Medicine. 369, 1, s. 43-53 11 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu