Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2013 2019

  • 5 Artikkeli
  • 3 Konferenssiartikkeli
  • 1 Väitöskirja
2019

Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukokuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2018

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukokuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-linear Chaining Extended

Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T., Chikhi, R., Tomescu, A. & Mäkinen, V., huhtikuuta 2018, Research in Computational Molecular Biology : 22nd Annual International Conference, RECOMB 2018, Paris, France, April 21-24, 2018, Proceedings. Raphael, B. J. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 105-121 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 10812).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2017

Third-generation RNA-sequencing analysis: graph alignment and transcript assembly with long reads

Kuosmanen, A., 20 joulukuuta 2017, Helsinki: University of Helsinki. 133 Sivumäärä

Tutkimustuotos: OpinnäyteVäitöskirjaArtikkelikokoelma

Open access
2016

On using Longer RNA-seq Reads to Improve Transcript Prediction Accuracy

Kuosmanen, A. E., Sobih, A. A. M., Rizzi, R., Mäkinen, V. A. T. & Tomescu, A. I., 2016, Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies. Gilbert, J., Azhari, H., Ali, H., Quintão, C., Sliwa, J., Ruiz, C., Fred, A. & Gamboa, H. (toim.). SCITEPRESS Science And Technology Publications , s. 272-277 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2015

Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly

Tomescu, A. I., Gagie, T., Popa, A., Rizzi, R., Kuosmanen, A. E. & Mäkinen, V. A. T., joulukuuta 2015, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 12, 6, s. 1345-1354 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
2013

A Novel Combinatorial Method for Estimating Transcript Expression with RNA-Seq: Bounding the Number of Paths

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 2013, Algorithms in Bioinformatics: 13th International Workshop, WABI 2013, Sophia Antipolis, France, September 2-4, 2013. Proceedings. Darling, A. & Stoye, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 85-98 (Lecture Notes in Computer Science; nro 8126).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 10 huhtikuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 5):S15, 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Characterization of Uterine Leiomyomas by Whole-Genome Sequencing

Mehine, M., Kaasinen, E., Mäkinen, N., Katainen, R., Kämpjärvi, K., Pitkänen, E., Heinonen, H-R., Butzow, R., Kilpivaara, O., Kuosmanen, A., Ristolainen, H., Gentile, M., Sjöberg, J., Vahteristo, P. & Aaltonen, L. A., 4 heinäkuuta 2013, julkaisussa : New England Journal of Medicine. 369, 1, s. 43-53 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu