Anna Vähärautio

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2012 2012 2014 2018 2021 2022 2022

• 15 Artikkeli

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2022

  Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer

  Zhang, K., Erkan, E. P., Jamalzadeh, S., Dai, J., Andersson, N., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Oikkonen, J., Hynninen, J., Virtanen, A., Häkkinen, A., Hautaniemi, S. & Väharautio, A., helmik. 2022, julkaisussa: Science Advances. 8, 8, 18 Sivumäärä, 1831.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Upregulation of ribosome biogenesis via canonical E-boxes is required for Myc-driven proliferation

  Zielke, N., Vähärautio, A., Liu, J., Kivioja, T. & Taipale, J., 25 huhtik. 2022, julkaisussa: Developmental Cell. 57, 8, s. 1024-+ 18 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2021

  miQC: An adaptive probabilistic framework for quality control of single-cell RNA-sequencing data

  Hippen, A. A., Falco, M. M., Weber, L. M., Erkan, E. P., Zhang, K., Doherty, J. A., Vähärautio, A., Greene, C. S. & Hicks, S. C., elok. 2021, julkaisussa: PLoS Computational Biology. 17, 8, 18 Sivumäärä, 1009290.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Network-guided identification of cancer-selective combinatorial therapies in ovarian cancer

  He, L., Bulanova, D., Oikkonen, J., Häkkinen, A., Zhang, K., Zheng, S., Wang, W., Erkan, E. P., Carpén, O., Joutsiniemi, T., Hietanen, S., Hynninen, J., Huhtinen, K., Hautaniemi, S., Vähärautio, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 3 marrask. 2021, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 22, 6, 12 Sivumäärä, 272.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• PRISM: recovering cell-type-specific expression profiles from individual composite RNA-seq samples

  Häkkinen, A., Zhang, K., Alkodsi, A., Andersson, N., Erkan, E. P., Dai, J., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Vähärautio, A., Carpen, O., Hynninen, J., Hietanen, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 syysk. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 18, s. 2882-2888 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  A Functional Homologous Recombination Assay Predicts Primary Chemotherapy Response and Long-Term Survival in Ovarian Cancer Patients

  Tumiati, M., Hietanen, S., Hynninen, J., Pietilä, E., Färkkilä, A., Kaipio, K., Roering, P., Huhtinen, K., Alkodsi, A., Li, Y., Lehtonen, R., Erkan, E. P., Tuominen, M. M., Lehti, K., Hautaniemi, S. K., Vähärautio, A., Grenman, S., Carpen, O. & Kauppi, L., 15 syysk. 2018, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 24, 18, s. 4482-4493 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer

  Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M., & 20 muutaTaira, A., Sulo, P., Hartonen, T., Dave, K., Schmierer, B., Botla, S., Sokolova, M., Vähärautio, A., Gladysz, K., Ongen, H., Dermitzakis, E., Bramsen, J. B., Orntoft, T. F., Andersen, C. L., Ristimäki, A., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J-P., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 10 syysk. 2018, julkaisussa: Nature Communications. 9, 9 Sivumäärä, 3664.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2017

  Genome-wide screen of cell-cycle regulators in normal and tumor cells identifies a differential response to nucleosome depletion

  Sokolova, M., Turunen, M., Mortusewicz, O., Kivioja, T., Herr, P., Vähärautio, A., Björklund, M., Taipale, M., Helleday, T. & Taipale, J., 2017, julkaisussa: Cell Cycle. 16, 2, s. 189-199 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2016

  Integrated data analysis reveals uterine leiomyoma subtypes with distinct driver pathways and biomarkers

  Mehine, M., Kaasinen, E., Heinonen, H-R., Makinen, N., Kampjarvi, K., Sarvilinna, N., Aavikko, M., Vaharautio, A., Pasanen, A., Butzow, R., Heikinheimo, O., Sjoberg, J., Pitkanen, E., Vahteristo, P. & Aaltonen, L. A., 2 helmik. 2016, julkaisussa: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 5, s. 1315-1320 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access
• 2014

  Cancer by super-enhancer

  Vähärautio, A. & Taipale, J., 12 jouluk. 2014, julkaisussa: Science. 346, 6215, s. 1291-1292 2 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen

• The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

  Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C., & 27 muutaQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., syysk. 2014, julkaisussa: Nature Communications. 5, 9 Sivumäärä, 4737.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Uterine Leiomyoma-Linked MED12 Mutations Disrupt Mediator-Associated CDK Activity

  Turunen, M., Spaeth, J. M., Keskitalo, S., Park, M. J., Kivioja, T., Clark, A. D., Mäkinen, N., Gao, F., Palin, K., Nurkkala, H., Vaharautio, A., Aavikko, M., Kampjarvi, K., Vahteristo, P., Kim, C. A., Aaltonen, L. A., Varjosalo, M., Taipale, J. & Boyer, T. G., toukok. 2014, julkaisussa: Cell Reports. 7, 3, s. 654-660 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2013

  Transcriptional Networks Controlling the Cell Cycle

  Bonke, M., Turunen, M., Sokolova, M., Vaharautio, A., Kivioja, T., Taipale, M., Björklund, M. & Taipale, J., tammik. 2013, julkaisussa: G3 - Genes genomes genetics. 3, 1, s. 75-90 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2012

  Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers

  Kivioja, T., Vähärautio, A., Karlsson, K., Bonke, M., Enge, M., Linnarsson, S. & Taipale, J., 2012, julkaisussa: Nature methods. 9, 1, s. 72-74 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Mice Lacking a Myc Enhancer That Includes Human SNP rs6983267 Are Resistant to Intestinal Tumors

  Julkaisun otsikon käännös: Mice Lacking a Myc Enhancer That Includes Human SNP rs6983267 Are Resistant to Intestinal TumorsSur, I. K., Hallikas, O., Vähärautio, A. V., Yan, J., Turunen, M., Enge, M., Taipale, M., Karhu, A., Aaltonen, L. A. & Taipale, J., 7 jouluk. 2012, julkaisussa: Science. 338, 6112, s. 1360-1363 4 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu