Anne Ylinen

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 1997 1999 2006 2011 2017 2021 2022

• 26 Artikkeli
• 6 Kirjan luku tai artikkeli
• 2 Patentti
• 1 Väitöskirja
• 1 Muut aineistot
  • 1 Pro gradu

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2022

  SARS-CoV-2 variant with mutations in N gene affecting detection by widely used PCR primers

  Laine, P., Nihtilä, H., Mustanoja, E., Lyyski, A., Ylinen, A., Hurme, J., Paulin, L., Jokiranta, S., Auvinen, P. & Meri, T., maalisk. 2022, julkaisussa: Journal of Medical Virology. 94, 3, s. 1227-1231 5 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2021

  High-pressure processing-induced transcriptome response during recovery of Listeria monocytogenes

  Duru, I. C., Bucur, F. I., Andreevskaya, M., Nikparvar, B., Ylinen, A., Grigore-Gurgu, L., Rode, T. M., Crauwels, P., Laine, P., Paulin, L., Lovdal, T., Riedel, C. U., Bar, N., Borda, D., Nicolau, A. I. & Auvinen, P., 12 helmik. 2021, julkaisussa: BMC Genomics. 22, 1, 20 Sivumäärä, 117.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• The complete genome sequence of Listeria monocytogenes strain S2542 and expression of selected genes under high-pressure processing

  Duru, I. C., Bucur, F. I., Andreevskaya, M., Ylinen, A., Crauwels, P., Grigore-Gurgu, L., Nikparvar, B., Rode, T. M., Laine, P., Paulin, L., Løvdal, T., Riedel, C. U., Bar, N., Borda, D., Nicolau, A. I. & Auvinen, P., 15 huhtik. 2021, julkaisussa: BMC research notes. 14, 1, 6 Sivumäärä, 137.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Transcriptomic time-series analysis of cold- and heat-shock response in psychrotrophic lactic acid bacteria

  Duru, I. C., Ylinen, A., Belanov, S., Pulido, A. A., Paulin, L. & Auvinen, P., 7 tammik. 2021, julkaisussa: BMC Genomics. 22, 1, 16 Sivumäärä, 28.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2020

  Genomic characterization of the most barotolerant Listeria monocytogenes RO15 strain compared to reference strains used to evaluate food high pressure processing

  Duru, I. C., Andreevskaya, M., Laine, P., Rode, T. M., Ylinen, A., Lovdal, T., Bar, N., Crauwels, P., Riedel, C. U., Bucur, F. I., Nicolau, A. I. & Auvinen, P., 2 heinäk. 2020, julkaisussa: BMC Genomics. 21, 1, 14 Sivumäärä, 455.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Using Microcystin Gene Copies to Determine Potentially-Toxic Blooms, Example from a Shallow Eutrophic Lake Peipsi

  Panksep, K., Tamm, M., Mantzouki, E., Rantala-Ylinen, A., Laugaste, R., Sivonen, K., Tammeorg, O. & Kisand, V., huhtik. 2020, julkaisussa: Toxins. 12, 4, 21 Sivumäärä, 211.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  Food Spoilage-Associated Leuconostoc, Lactococcus, and Lactobacillus Species Display Different Survival Strategies in Response to Competition

  Andreevskaya, M., Jääskelainen, E., Johansson, P., Ylinen, A., Paulin, L., Björkroth, J. & Auvinen, P., heinäk. 2018, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 84, 13, 16 Sivumäärä, e00554-18.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2017

  Competition between a toxic and a non-toxic Microcystis strain under constant and pulsed nitrogen and phosphorus supply

  Suominen, S., Brauer, V. S., Rantala-Ylinen, A., Sivonen, K. & Hiltunen, T., maalisk. 2017, julkaisussa: Aquatic Ecology. 51, 1, s. 117-130 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Conventional PCR

  Dittmann, E., Rantala-Ylinen, A., Sivonen, K., Gagala, I., Mankiewicz-Boczek, J., Gires, S., Ballot, A., Christiansen, G., Kurmayer, R., Ramos, V., Vasconcelos, V. & Saker, M., 2017, Molecular tools for the detection and quantification of toxigenic cyanobacteria. Kurmayer, R., Sivonen, K., Wilmotte, A. & Salmaso, N. (toim.). New York: Wiley, s. 163-203 40 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• DNA (Diagnostic) and cDNA microarray

  Rantala-Ylinen, A. H., Sivonen, K. & Wilmotte, A., 2017, Molecular tools for the detection and quantification of toxigenic cyanobacteria. Kurmayer, R., Sivonen, K., Wilmotte, A. & Salamaso, N. (toim.). Wiley, s. 241-243 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Nucleic Acid Extraction

  Dittmann, E., Rantala-Ylinen, A., Ramos, V., Vasconcelos, V., Christiansen, G. & Kurmayer, R., 2017, Molecular tools for the detection and quantification of toxigenic cyanobacteria. Kurmayer, R., Sivonen, K., Wilmotte, A. & Salmaso, N. (toim.). New York: Wiley, s. 135-139 5 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Quantitative PCR

  Rantala-Ylinen, A. H., Savela, H., Sivonen, K. & Kurmayer, R., 2017, Molecular tools for the detection and quantification of toxigenic cyanobacteria. Kurmayer, R., Sivonen, K., Wilmotte, A. & Salmaso, N. (toim.). Wiley, s. 205-210 5 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2015

  Identification of geosmin and 2-methylisoborneol in cyanobacteria and molecular detection methods for the producers.

  Suurnäkki, S., Gomes-Saez, G. V., Rantala-Ylinen, A., Jokela, J., Fewer, D. P. & Sivonen, K., 2015, julkaisussa: Water Research. 68, s. 56-66 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2012

  Genome derived insights into the biology of the hepatotoxic bloom forming cyanobacterium Anabaena sp. strain 90

  Wang, H., Sivonen, K., Rouhiainen, L. A. O., Fewer, D. P., Lyra, C., Rantala-Ylinen, A., Vestola, J., Jokela, J., Rantasärkkä, K., Li, Z. & Liu, B., 2012, julkaisussa: BMC Genomics. 13, Article No.613, 17 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2011

  Anatoxin-a Synthetase Gene Cluster of the Cyanobacterium Anabaena sp Strain 37 and Molecular Methods To Detect Potential Producers

  Rantala-Ylinen, A., Känä, S., Wang, H., Rouhiainen, L., Wahlsten, M., Rizzi, E., Berg, K., Gugger, M. & Sivonen, K., 2011, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 77, s. 7271-7278 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Bacterioplankton community composition in 67 Finnish lakes differs according to trophic status

  Kolmonen, E. K., Haukka, K., Rantala-Ylinen, A., Rajaniemi-Wacklin, P., Lepistö, L. & Sivonen, K., 2011, julkaisussa: Aquatic Microbial Ecology. 62, 3, s. 241-250 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Molecular methods: chip assay and quantitative real-time PCR: in detecting hepatotoxic cyanobacteria

  Rantala-Ylinen, A., Sipari, H. & Sivonen, K., 2011, Microbial Toxins: Methods in Molecular Biology. Holst, O. (toim.). New York: Springer Science+Business Media, s. 73-86 (Methods in molecular biology; nro 739).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2010

  Development of a Chip Assay and Quantitative PCR for Detecting Microcystin Synthetase E Gene Expression

  Sipari, H., Rantala-Ylinen, A., Jokela, J., Oksanen, I. & Sivonen, K., 2010, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 76, 12, s. 3797-3805 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2008

  Cyanobacterial community composition in shallow, eutrophic Lake Tuusulanjärvi studied by microscopy, strain isolation, DGGE and cloning

  Rajaniemi-Wacklin, P., Rantala , A., Kuuppo, P., Haukka, K. & Sivonen, K., 2008, Cyanoprokaryota . Chapman, R. L. (toim.). Stuttgart: Schweizerbart, s. 137-157 21 Sivumäärä (Algological studies; Vuosikerta 126:2008).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Identification of hepatotoxin-producing cyanobacteria by DNA-chip

  Rantala, A., Rizzi, E., Castiglioni, B., de Bellis, G. & Sivonen, K., 2008, julkaisussa: Environmental Microbiology. 10, 3, s. 653-664 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2007

  Evolution and detection of cyanobacterial hepatotoxin synthetase genes

  Rantala, A., 27 marrask. 2007, Helsinki: University of Helsinki, Department of Applied Chemistry and Microbiology. 54 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma

• Method for detecting toxic and non-toxic cyanobacteria.

  Sivonen, K., Rantala, A., Rouhiainen, L. A. O., Fewer, D. P., Rajaniemi-Wacklin, P., Wilmotte, A., Boutte, C., De Bellis, G., Rizzi, E., Frosini, A., Castiglioni, B., Ventura, S. & Mugnai, M.-A., 15 maalisk. 2007, IPC-nro C12Q1/68; C12P21/06; C07H21/04; C12N1/21; C07K14/195 , Patenttinumero 20070059699, 15 maalisk. 2007

  Tutkimustuotos: Patentti

• 2006

  Correspondence between phylogeny and morphology of Snowella spp. and Woronichinia naegeliana, cyanobacteria commonly occurring in lakes

  Rajaniemi, P., Rantala, A., Mugnai, M. A., Turicchia, S., Ventura, S., Komarkova, J., Lepistö, L. & Sivonen, K., 2006, julkaisussa: Journal of Phycology. 42, 1, s. 226-232 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Detection of microcystin-producing cyanobacteria in Finnish lakes with genus-specific microcystin synthetase gene E (mcyE) PCR and associations with environmental factors

  Rantala, A., Rajaniemi-Wacklin, P., Lyra, C., Lepistö, L., Rintala, J., Mankiewicz-Boczek, J. & Sivonen, K., 2006, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 72, 9, s. 6101-6110 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Method for detecting toxic and non-toxic cyanobacteria

  Sivonen, K., Rantala, A., Rouhiainen, L. A. O., Fewer, D. P., Rajaniemi-Wacklin, P., Wilmotte, A., Boutte, C., De Bellis, G., Rizzi, E., Frosini, A., Castiglioni, B., Ventura, S. & Mugnai, M.-A., 1 maalisk. 2006, IPC-nro C12Q1/68; C12Q; C12Q1/68; (IPC1-7): C12Q1/68, Patenttinumero EP1629114 (A2) , 1 maalisk. 2006

  Tutkimustuotos: Patentti

• 2005

  Phylogenetic and morphological evaluation of the genera Anabaena, Aphanizomenon, Trichormus and Nostoc (Nostocales, Cyanobacteria)

  Rajaniemi, P., Hrouzek, P., Kastovska, K., Willame, R., Rantala, A., Hoffmann, L., Komarek, J. & Sivonen, K., 2005, julkaisussa: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 55, 1, s. 11-26 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2004

  Development of a universal microarray based on the ligation detection reaction and 16S rRNA gene polymorphism to target diversity of cyanobacteria

  Castiglioni, B., Rizzi, E., Frosini, A., Sivonen, K., Rajaniemi, P., Rantala, A., Mugnai, M. A., Ventura, S., Wilmotte, A., Boutte, C., Grubisic, S., Balthasart, P., Consolandi, C., Bordoni, R., Mezzelani, A., Battaglia, C. & De Bellis, G., 2004, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 70, s. 7161-7172 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Phylogenetic evidence for the early evolution of microcystin synthesis

  Rantala, A., Fewer, D. P., Hisbergues, M., Rouhiainen, L., Vaitomaa, J., Borner, T. & Sivonen, K., 2004, julkaisussa: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101, s. 568-573 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2003

  Quantitative real-time PCR for determination of microcystin synthetase E copy numbers for Microcystis and Anabaena in lakes

  Vaitomaa, J., Rantala , A., Halinen, K., Rouhiainen, L., Tallberg, P., Mokelke, L. & Sivonen, K., 2003, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 69, s. 7289-7297 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2002

  Application of an universal DNA microarray to cyanobacterial diversity assessment

  Castiglioni, B., Rizzi, E., Frosini, A., Mugnai, M. A., Ventura, S., Sivonen, K., Rajaniemi, P., Rantala, A., Wilmotte, A., Boutte, C., Consolandi, C., Bordoni, R., Mezzelani, A., Busti, E., Bernardi, L. R., Battaglia, C. & De Bellis, G., 2002, julkaisussa: Minerva biotecnologica. 14, s. 253-257 5 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• 2000

  Characterization of two unusual RS1 gene deletions segregating in Danish retinoschisis families

  Huopaniemi, L., Tyynismaa, H., Rantala, A., Rosenberg, T. & Alitalo, T., 2000, julkaisussa: Human mutation. 16, s. 307-314 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• 1999

  Retinoskiisigeeniä etsimässä: Uusien geenimerkkien paikantaminen ja jatkumon rakentaminen ehdokasgeenialueelle

  Rantala, A., 1999, Helsinki: [A. Rantala]. 55 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Opinnäyte › Pro gradu

• Skewed secondary sex ratio in the offspring of carriers of the 214G>A mutation of the RS1 gene

  Huopaniemi, L., Fellman, J., Rantala, A., Eriksson, A., Forsius, H., Chapelle, A. D. L. & Alitalo, T., 1999, julkaisussa: Annals of Human Genetics. 63, s. 521-533 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Three widespread founder mutations contribute to high incidence of X-linked juvenile retinoschisis in Finland

  Huopaniemi, L., Rantala, A., Forsius, H., Somer, M., de la Chapelle, A. & Alitalo, T., 1999, julkaisussa: European Journal of Human Genetics. 7, s. 368-376 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• 1998

  Functional implications of the spectrum of mutations found in 234 cases with X-linked juvenile retinoschisis (XLRS)

  den Dunnen, J. T., Kraayenbrink, T., van Schooneveld, M., van de Vosse, E., de Jong, P. T. V. M., ten Brink, J. B., Schuurman, E., Tijmes, N., van Ommen, G. J. B., Bergen, A. A. B., Andolfi, G., Montini, E., Li, Y., Oudet, C., Bolz, H., Kaplan, J., Orth, U., Gal, A., Hanauer, A. & Bardelli, A. M. & 31 muuta, Ayuso, C., Diaz, F. J., Bitoun, P., Ventruto, V., Ballabio, A., Franco, B., Hiriyanna, K. T., Bingham, E. L., McHenry, C., Pawar, H., Coats, C., Darga, T., Richards, J. E., Sieving, P. A., Huopaniemi, L., Rantala, A., Rosenberg, T., Dahl, N., Wright, A., de la Chapelle, A., Alitalo, T., Lenzner, S., Brunner, B., Feil, S., Niesler, B., Schulz, U., Pinckers, A., Blankennagel, A., Ruether, K., Kellner, U. & Retinoschisis Consortium, 1998, julkaisussa: Human Molecular Genetics. 7, s. 1185-1192 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• 1997

  Linkage disequilibrium and physical mapping of X-linked juvenile retinoschisis

  Huopaniemi, L., Rantala, A., Tahvanainen, E., delaChapelle, A. & Alitalo, T., 1997, julkaisussa: American Journal of Human Genetics. 60, s. 1139-1149 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu