Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2010 2018

  • 21 Artikkeli
  • 4 Kirjan luku tai artikkeli
  • 4 Konferenssiartikkeli
  • 1 Posteri
2018

Efficient differentially private learning improves drug sensitivity prediction

Honkela, A., Das, M., Nieminen, A., Dikmen, O. & Kaski, S., 6 helmikuuta 2018, julkaisussa : Biology Direct. 13, 12 Sivumäärä, 1.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

GPrank: an R package for detecting dynamic elements from genome-wide time series

Topa, H. & Honkela, A., 4 lokakuuta 2018, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 19, 6 Sivumäärä, 367.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Identifying Bacterial Strains from Sequencing Data

Mäklin, T., Corander, J. & Honkela, A., 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H. (toim.). 2 toim. New York, NY: Humana press, s. 1-7 7 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Learning rate adaptation for differentially private stochastic gradient descent

Koskela, A. H. & Honkela, A. J. H., 8 joulukuuta 2018.

Tutkimustuotos: KonferenssimateriaalitPosteriTutkimusvertaisarvioitu

2017

Differentially private Bayesian learning on distributed data

Heikkila, M., Lagerspetz, E., Kaski, S., Shimizu, K., Tarkoma, S. & Honkela, A., 2017, Advances in Neural Information Processing Systems 30 (NIPS 2017). Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (toim.). NEURAL INFORMATION PROCESSING SYSTEMS (NIPS), Vuosikerta 30. 10 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems; Vuosikerta 30).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Differentially Private Variational Inference for Non-conjugate Models

Jälkö, J., Dikmen, O. & Honkela, A., 2017, Uncertainty in Artificial Intelligence 2017: Proceedings of the 33rd Conference, UAI 2017 . Elidan, G. & Kersting, K. (toim.). The Association for Uncertainty in Artificial Intelligence, 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Predicting stimulation-dependent enhancer-promoter interactions from ChIP-Seq time course data

Dzida, T., Iqbal, M., Charapitsa, I., Reid, G., Stunnenberg, H., Matarese, F., Grote, K., Honkela, A. & Rattray, M., 28 syyskuuta 2017, julkaisussa : PeerJ. 5, 23 Sivumäärä, 3742.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2016

Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

Topa, H. & Honkela, A., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. 147-155 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bayesian identification of bacterial strains from sequencing data

Sankar, A., Malone, B. M., Bayliss, S. C., Pascoe, B., Méric, G., Hitchings, M. D., Sheppard, S. K., Feil, E. J., Corander, J. I. & Honkela, A. J. H., 25 elokuuta 2016, julkaisussa : Microbial Genomics. 2, 8, 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

On the inconsistency of ℓ1-penalised sparse precision matrix estimation

Heinävaara, O., Leppä-Aho, J., Corander, J. & Honkela, A., 13 joulukuuta 2016, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 17, Suppl 16, s. 99-107 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

RNA Production Delays Shape Transcriptional Response Dynamics

Honkela, A. J. H. & Rattray, M., 25 toukokuuta 2016, julkaisussa : Cell Systems. 2, 5, s. 291 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Open access

Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes

Lees, J. A., Vehkala, M., Välimäki, N., Harris, S. R., Chewapreecha, C., Croucher, N. J., Marttinen, P., Davies, M. R., Steer, A. C., Tong, S. Y. C., Honkela, A., Parkhill, J., Bentley, S. & Corander, J., 16 syyskuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, 8 Sivumäärä, 12797.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

Fast and accurate approximate inference of transcript expression from RNA-seq data

Hensman, J., Papastamoulis, P., Glaus, P., Honkela, A. J. H. & Rattray, M., 15 joulukuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 24, s. 3881-3889 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Gaussian process modelling of multiple short time series

Topa, H. & Honkela, A. J. H., 2015, ESANN 2015: Proceedings of the 23rd European Symposium on Artificial Neural Networks, Computational Intelligence and Machine Learning. ESANN, s. 83-88 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Gaussian process test for high-throughput sequencing time series: application to experimental evolution

Topa, H., Jonas, A., Kofler, R., Kosiol, C. & Honkela, A., 1 kesäkuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 11, s. 1762-1770 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome-wide modeling of transcription kinetics reveals patterns of RNA production delays

Honkela, A., Peltonen, J., Topa, H., Charapitsa, I., Matarese, F., Grote, K., Stunnenberg, H. G., Reid, G., Lawrence, N. D. & Rattray, M., 20 lokakuuta 2015, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 42, s. 13115-13120 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Probe Region Expression Estimation for RNA-Seq Data for Improved Microarray Comparability

Uziela, K. & Honkela, A., 12 toukokuuta 2015, julkaisussa : PLoS One. 10, 5, 18 Sivumäärä, 0126545.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2014

A community effort to assess and improve drug sensitivity prediction algorithms

Costello, J. C., Heiser, L. M., Georgii, E., Gonen, M., Menden, M. P., Wang, N. J., Bansal, M., Ammad-ud-din, M., Hintsanen, P., Khan, S. A., Mpindi, J-P., Kallioniemi, O., Honkela, A., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Collins, J. J., Gallahan, D., Singer, D., Saez-Rodriguez, J., Kaski, S. & 3 muutaGray, J. W., Stolovitzky, G. & NCI DREAM Community, joulukuuta 2014, julkaisussa : Nature Biotechnology. 32, 12, s. 1202-U57 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples

Seth, S., Valimaki, N., Kaski, S. & Honkela, A., 1 syyskuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. 2471-2479 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Inference of RNA Polymerase II Transcription Dynamics from Chromatin Immunoprecipitation Time Course Data

wa Maina, C., Honkela, A., Matarese, F., Grote, K., Stunnenberg, H. G., Reid, G., Lawrence, N. D. & Rattray, M., toukokuuta 2014, julkaisussa : PLoS Computational Biology. 10, 5, 17 Sivumäärä, e1003598.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2013

Mining regulatory network connections by ranking transcription factor target genes using time series expression data

Honkela, A., Rattray, M. & Lawrence, N. D., 2013, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H., DeLisi, C. & Kanehisa, M. (toim.). Humana Press, s. 59-67 9 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 939).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2012

Identifying differentially expressed transcripts from RNA-seq data with biological variation

Glaus, P., Honkela, A. & Rattray, M., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 13, s. 1721-1728 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Identifying targets of multiple co-regulating transcription factors from expression time-series by Bayesian model comparison

Titsias, M. K., Honkela, A., Lawrence, N. D. & Rattray, M., 30 toukokuuta 2012, julkaisussa : BMC Systems Biology. 6, 21 Sivumäärä, 53.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2011

A Generative Approach for Image-Based Modeling of Tumor Growth

Menze, B. H., Van Leemput, K., Honkela, A., Konukoglu, E., Weber, M-A., Ayache, N. & Golland, P., 2011, Information Processing in Medical Imaging: 22nd International Conference, IPMI 2011, Kloster Irsee, Germany, July 3-8, 2011. Proceedings. Székely, G. & Hahn, H. K. (toim.). Springer-Verlag, s. 735-747 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6801).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Enemmän vai laadukkaammin

Honkela, A., 2011, Kirjeitä nuorelle tutkijalle: kannanottoja tutkijan arjesta. Paso, M. (toim.). Helsinki: Suomalainen Tiedeakatemia, s. 38-42 5 Sivumäärä (Suomalaisen Tiedeakatemian kannanottoja; Vuosikerta 3).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliYleistajuinen

Gaussian Process Inference for Differential Equation Models of Transcriptional Regulation

Lawrence, N., Rattray, M., Honkela, A. & Titsias, M., 2011, Handbook of Statistical Systems Biology. Stumpf, M. P. H., Balding, D. J. & Girolami, M. (toim.). John Wiley & Sons Ltd. , s. 376-394 19 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Missing-Feature Reconstruction With a Bounded Nonlinear State-Space Model

Remes, U., Palomaki, K. J., Raiko, T., Honkela, A. & Kurimo, M., 2011, julkaisussa : IEEE Signal Processing Letters. 18, 10, s. 563-566 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

tigre: Transcription factor inference through gaussian process reconstruction of expression for bioconductor

Honkela, A., Gao, P., Ropponen, J., Rattray, M. & Lawrence, N. D., 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 7, s. 1026-1027 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2010

Approximate Riemannian Conjugate Gradient Learning for Fixed-Form Variational Bayes

Honkela, A., Raiko, T., Kuusela, M., Tornio, M. & Karhunen, J., 2010, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 11, s. 3235-3268 34 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Model-based method for transcription factor target identification with limited data

Honkela, A., Girardot, C., Gustafson, E. H., Liu, Y-H., Furlong, E. E. M., Lawrence, N. D. & Rattray, M., 2010, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, s. 7793-7798 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu