Jaana Oikkonen

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2011 2016 2022 2023 2024 2025

• 33 Artikkeli
• 1 Konferenssiartikkeli
• 1 Konferenssiesitelmän abstrakti
• 1 Kommentti
• 2 Muut aineistot
  • 1 Pääkirjoitus
  • 1 Väitöskirja

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2025

  Jellyfish: integrative visualization of spatio-temporal tumor evolution and clonal dynamics

  Lavikka, K., Maarala, A. I., Oikkonen, J. & Hautaniemi, S., 11 maalisk. 2025, julkaisussa: Bioinformatics. 41, 3, 4 Sivumäärä, btaf091.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2024

  A synthetic lethal dependency on casein kinase 2 in response to replication-perturbing therapeutics in RB1-deficient cancer cells

  Bulanova, D., Akimov, Y., Senkowski, W., Oikkonen, J., Gall-Mas, L., Timonen, S., Elmadani, M., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Aittokallio, T. & Wennerberg, K., 23 toukok. 2024, julkaisussa: Science Advances. 10, 21, 15 Sivumäärä, eadj1564.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer

  Launonen, I.-M., Niemiec, I., Hincapié-Otero, M., Erkan, E. P., Junquera, A., Afenteva, D., Falco, M. M., Liang, Z., Salko, M., Chamchougia, F., Szabo, A., Perez-Villatoro, F., Li, Y., Micoli, G., Nagaraj, A., Haltia, U.-M., Kahelin, E., Oikkonen, J., Hynninen, J. & Virtanen, A. & 6 muuta, Nirmal, A. J., Vallius, T., Hautaniemi, S., Sorger, P. K., Vähärautio, A. & Färkkilä, A., 9 jouluk. 2024, julkaisussa: Cancer Cell. 42, 12, s. 2045-2063.e10 29 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Deciphering cancer genomes with GenomeSpy: a grammar-based visualization toolkit

  Lavikka, K., Oikkonen, J., Li, Y., Muranen, T., Micoli, G., Marchi, G., Lahtinen, A., Huhtinen, K., Lehtonen, R., Hietanen, S., Hynninen, J., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., 5 elok. 2024, julkaisussa: GigaScience. 13, 15 Sivumäärä, giae040.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Extensive mutational ctDNA profiles reflect High-grade serous cancer tumors and reveal emerging mutations at recurrence

  Marchi, G., Rajavuori, A., Nguyen, M. T. N., Huhtinen, K., Oksa, S., Hietanen, S., Hautaniemi, S., Hynninen, J. & Oikkonen, J., tammik. 2024, julkaisussa: Translational oncology. 39, 8 Sivumäärä, 101814.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Genome-wide quantification of copy-number aberration impact on gene expression in ovarian high-grade serous carcinoma

  Jamalzadeh, S., Dai, J., Lavikka, K., Li, Y., Jiang, J., Huhtinen, K., Virtanen, A., Oikkonen, J., Hietanen, S., Hynninen, J., Vähärautio, A., Häkkinen, A. & Hautaniemi, S., 5 helmik. 2024, julkaisussa: BMC Cancer. 24, 1, 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• HRD related signature 3 predicts clinical outcome in advanced tubo-ovarian high-grade serous carcinoma

  Koskela, H., Li, Y., Joutsiniemi, T., Muranen, T., Isoviita, V. M., Huhtinen, K., Micoli, G., Lavikka, K., Marchi, G., Hietanen, S., Virtanen, A., Hautaniemi, S., Oikkonen, J. & Hynninen, J., tammik. 2024, julkaisussa: Gynecologic Oncology. 180, s. 91-98 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• PIK3R1 fusion drives chemoresistance in ovarian cancer by activating ERK1/2 and inducing rod and ring-like structures

  Rausio, H., Cervera, A., Heuser, V. D., West, G., Oikkonen, J., Pianfetti, E., Lovino, M., Ficarra, E., Taimen, P., Hynninen, J., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Carpén, O. & Huhtinen, K., toukok. 2024, julkaisussa: Neoplasia (United States). 51, 10 Sivumäärä, 100987.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2023

  A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids

  Senkowski, W., Gall-Mas, L., Falco, M. M., Li, Y., Lavikka, K., Kriegbaum, M. C., Oikkonen, J., Bulanova, D., Pietras, E. J., Vossgrone, K., Chen, Y.-J., Erkan, E. P., Dai, J., Lundgren, A., Hog, M. K. G., Larsen, I. M., Lamminen, T., Kaipio, K., Huvila, J. & Virtanen, A. & 9 muuta, Engelholm, L., Christiansen, P., Santoni-Rugiu, E., Huhtinen, K., Carpen, O., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Vähärautio, A. & Wennerberg, K., 19 kesäk. 2023, julkaisussa: Developmental Cell. 58, 12, s. 1106-+ 24 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Circulating tumor DNA-based copy-number profiles enable monitoring treatment effects during therapy in high-grade serous carcinoma

  Nguyen, M. T. N., Rajavuori, A., Huhtinen, K., Hietanen, S., Hynninen, J., Oikkonen, J. & Hautaniemi, S., jouluk. 2023, julkaisussa: Biomedicine & Pharmacotherapy. 168, 8 Sivumäärä, 115630.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U.-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J. & Hietanen, S. & 2 muuta, Carpen, O. & Kauppi, L., 15 elok. 2023, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 29, 16, s. 3110-3123 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis

  Skorda, A., Lauridsen, A. R., Huhtinen, K., Lahtinen, A., Senkowski, W., Oikkonen, J., Hynninen, J., Hautaniemi, S. & Kallunki, T., 15 jouluk. 2023, julkaisussa: STAR protocols. 4, 4, 17 Sivumäärä, 102683.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Uusi työkalu räätälöityyn munasarjasyövän hoitoon

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U.-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J. & Hietanen, S. & 2 muuta, Carpen, O. & Kauppi, L., 15 elok. 2023, julkaisussa: Duodecim. 139, 9, s. 760 1 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Ammatillinen

  Open access

  Tiedosto
• 2022

  Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status

  Roering, P., Siddiqui, A., Heuser, V. D., Potdar, S., Mikkonen, P., Oikkonen, J., Li, Y., Pikkusaari, S., Wennerberg, K., Hynninen, J., Grenman, S., Huhtinen, K., Auranen, A., Carpen, O. & Kaipio, K., 23 elok. 2022, julkaisussa: Frontiers in oncology . 12, 14 Sivumäärä, 954430.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer

  Zhang, K., Erkan, E. P., Jamalzadeh, S., Dai, J., Andersson, N., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Oikkonen, J., Hynninen, J., Virtanen, A., Häkkinen, A., Hautaniemi, S. & Väharautio, A., helmik. 2022, julkaisussa: Science Advances. 8, 8, 18 Sivumäärä, 1831.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Optimized detection of homologous recombination deficiency improves the prediction of clinical outcomes in cancer

  Perez Villatoro, F. R., Oikkonen, J., Casado, J., Chernenko, A., Gulhan, D. C., Tumiati, M., Li, Y., Lavikka, K. A., Hietanen, S., Hynninen, J., Haltia, U.-M., Tyrmi, J. S., Laivuori, H., Konstantinopoulos, P. A., Hautaniemi, S., Kauppi, L. & Färkkilä, A., 2022, julkaisussa: npj precision oncology. 6, 1, 13 Sivumäärä, 96.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability

  Jamalzadeh, S., Häkkinen, A., Andersson, N., Huhtinen, K., Laury, A., Hietanen, S., Hynninen, J., Oikkonen, J., Carpen, O., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., heinäk. 2022, julkaisussa: Laboratory Investigation. 102, 7, s. 753-761 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2021

  Genetically Defined Syngeneic Mouse Models of Ovarian Cancer as Tools for the Discovery of Combination Immunothrapy

  Iyer, S., Zhang, S., Yucel, S., Horn, H., Smith, S. G., Reinhardt, F., Hoefsmit, E., Assatova, B., Casado, J., Meinsohn, M.-C., Barrasa, M. I., Bell, G. W., Perez-Villatoro, F., Huhtinen, K., Hynninen, J., Oikkonen, J., Galhenage, P. M., Pathania, S., Hammond, P. T. & Neel, B. G. & 3 muuta, Farkkila, A., Pepin, D. & Weinberg, R. A., helmik. 2021, julkaisussa: Cancer Discovery. 11, 2, s. 384-407 24 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Heterogeneity and Clonal Evolution of Acquired PARP Inhibitor Resistance in TP53- and BRCA1-Deficient Cells

  Färkkilä, A., Rodriguez, A., Oikkonen, J., Gulhan, D. C., Huy Nguyen, Dominguez, J., Ramos, S., Mills, C. E., Perez-Villatoro, F., Lazaro, J.-B., Zhou, J., Clairmont, C. S., Moreau, L. A., Park, P. J., Sorger, P. K., Hautaniemi, S., Frias, S. & D'Andrea, A. D., 15 toukok. 2021, julkaisussa: Cancer Research. 81, 10, s. 2774-2787 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Network-guided identification of cancer-selective combinatorial therapies in ovarian cancer

  He, L., Bulanova, D., Oikkonen, J., Häkkinen, A., Zhang, K., Zheng, S., Wang, W., Erkan, E. P., Carpén, O., Joutsiniemi, T., Hietanen, S., Hynninen, J., Huhtinen, K., Hautaniemi, S., Vähärautio, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 3 marrask. 2021, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 22, 6, 12 Sivumäärä, 272.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2019

  Prospective Longitudinal ctDNA Workflow Reveals Clinically Actionable Alterations in Ovarian Cancer

  Oikkonen, J., Zhang, K., Salminen, L., Schulman, I., Lavikka, K., Andersson, N., Ojanperä, E., Hietanen, S., Grénman, S., Lehtonen, R., Huhtinen, K., Carpén, O., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 3 toukok. 2019, julkaisussa: JCO Precision Oncology. 3, 3, s. 1-12 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  Musiikillisen luovuuden perimänlaajuinen tutkimus

  Oikkonen, J., Kuusi, T. & Järvelä, I., 29 kesäk. 2018, julkaisussa: Musiikki. 44, 1, s. 45-57 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Yleistajuinen

• 2016

  Convergent evidence for the molecular basis of musical traits

  Oikkonen, J., Onkamo, P., Järvelä, I. & Kanduri, C., 22 jouluk. 2016, julkaisussa: Scientific Reports. 6, 10 Sivumäärä, 39707.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Creative Activities in Music - A Genome-Wide Linkage Analysis

  Oikkonen, J., Kuusi, T., Peltonen, P., Raijas, P., Ukkola-Vuoti, L., Karma, K., Onkamo, P. & Jarvela, I., 24 helmik. 2016, julkaisussa: PLoS One. 11, 2, 21 Sivumäärä, 0148679.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Detecting signatures of positive selection associated with musical aptitude in the human genome

  Liu, X., Kanduri, C., Oikkonen, J., Karma, K., Raijas, P., Ukkola-Vuoti, L., Teo, Y.-Y. & Jarvela, I., 16 helmik. 2016, julkaisussa: Scientific Reports. 6, 9 Sivumäärä, 21198.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2015

  A genome-wide linkage and association study of musical aptitude identifies loci containing genes related to inner ear development and neurocognitive functions

  Oikkonen, J., Huang, Y., Onkamo, P., Ukkola-Vuoti, L., Raijas, P., Karma, K., Vieland, V. J. & Jarvela, I., helmik. 2015, julkaisussa: Molecular Psychiatry. 20, 2, s. 275-282 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Association and Promoter Analysis of AVPR1A in Finnish Autism Families

  Kantojärvi, K., Oikkonen, J., Kotala, I., Kallela, J., Vanhala, R., Onkamo, P. & Jarvela, I., lokak. 2015, julkaisussa: Autism Research. 8, 5, s. 634-639 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2014

  Correlation between components of newly diagnosed exudative age-related macular degeneration lesion and focal retinal sensitivity

  Hautamäki, A., Oikkonen, J., Onkamo, P. & Immonen, I., 2014, julkaisussa: Acta Ophthalmologica. 92, 1, s. 51-58 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Genomics approaches to study musical aptitude

  Oikkonen, J. & Jarvela, I., marrask. 2014, julkaisussa: BioEssays. 36, 11, s. 1102-1108 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2013

  Genome-Wide Copy Number Variation Analysis in Extended Families and Unrelated Individuals Characterized for Musical Aptitude and Creativity in Music

  Ukkola-Vuoti, L., Kanduri, C., Oikkonen, J., Buck, G., Blancher, C., Raijas, P., Karma, K., Lahdesmaki, H. & Järvelä, I., 27 helmik. 2013, julkaisussa: PLoS One. 8, 2, 9 Sivumäärä, e56356.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• The genome-wide landscape of copy number variations in the MUSGEN study provides evidence for a founder effect in the isolated Finnish population

  Kanduri, C., Ukkola-Vuoti, L., Oikkonen, J., Buck, G., Blancher, C., Raijas, P., Karma, K., Lahdesmaki, H. & Järvelä, I., jouluk. 2013, julkaisussa: European Journal of Human Genetics. 21, 12, s. 1411-1416 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2012

  Suomalaisten musikaalisuus

  Raijas, P., Oikkonen, J., Ukkola-Vuoti, L., Onkamo, P. & Järvelä, I., 2012, julkaisussa: Musiikki. 2012, 1, s. 86-90 5 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Yleistajuinen

• 2011

  Association of the arginine vasopressin receptor 1A (AVPR1A) haplotypes with listening to music

  Ukkola-Vuoti, L., Oikkonen, J., Onkamo, P., Karma, K., Raijas, P. & Jarvela, I., 2011, julkaisussa: Journal of Human Genetics. 56, 4, s. 324-329 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu