Jarno Alanko

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2017 2021 2023 2025

• 13 Artikkeli
• 11 Konferenssiartikkeli
• 1 Kirjan luku tai artikkeli
• 1 Väitöskirja

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2025

  Batched k-mer lookup on the Spectral Burrows-Wheeler Transform

  Alanko, J., Biagi, E., Mackenzie, J. & Puglisi, S., 7 tammik. 2025, 2025 Proceedings of the Symposium on Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX). Chowdhury, R., Berry, J., Hanauer, K. & Ren, B. (toim.). Society for Industrial and Applied Mathematics, s. 95 - 106 12 Sivumäärä ( Proceedings of the Workshop on Algorithm Engineering and Experiments).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2024

  Computing the LCP Array of a Labeled Graph

  Alanko, J., Cenzato, D., Cotumaccio, N., Kim, S.-H., Manzini, G. & Prezza, N., 2024, Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM). Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 296).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Scalable de novo classification of antibiotic resistance of Mycobacterium tuberculosis

  Serajian, M., Marini, S., Alanko, J. N., Noyes, N. R., Prosperi, M. & Boucher, C., 1 heinäk. 2024, julkaisussa: Bioinformatics. 40, s. i39-i47

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2023

  Algorithms and Complexity on Indexing Founder Graphs

  Equi, M., Norri, T., Alanko, J., Cazaux, B., Tomescu, A. & Makinen, V., kesäk. 2023, julkaisussa: Algorithmica. 85, 6, s. 1586-1623 38 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Eulertigs: minimum plain text representation of k-mer sets without repetitions in linear time

  Schmidt, S. & Alanko, J. N., 4 heinäk. 2023, julkaisussa: Algorithms for Molecular Biology. 18, 1, 21 Sivumäärä, 5.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• HaploBlocks: Efficient Detection of Positive Selection in Large Population Genomic Datasets

  Kirsch-Gerweck, B., Bohnenkaemper, L., Henrichs, M. T., Alanko, J. N., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P., Burger, J., Stoye, J. & Diekmann, Y., 4 maalisk. 2023, julkaisussa: Molecular Biology and Evolution. 40, 3, 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Longest Common Prefix Arrays for Succinct k-Spectra

  Alanko, J. N., Biagi, E. & Puglisi, S. J., 2023, String Processing and Information Retrieval - 30th International Symposium, SPIRE 2023, Proceedings. Nardini, F. M., Pisanti, N. & Venturini, R. (toim.). Cham: Springer, s. 1-13 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 14240).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Matchtigs: minimum plain text representation of kmer sets

  Schmidt, S. S., Khan, S., Alanko, J., Pibiri, G. E. & Tomescu, A., 9 kesäk. 2023, julkaisussa: Genome Biology. 24, 32 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Small Searchable k-Spectra via Subset Rank Queries on the Spectral Burrows-Wheeler Transform

  Alankot, J. N., Puglisit, S. J. & Vuohtoniemi, J. M., 2023, SIAM Conference on Applied and Computational Discrete Algorithms (ACDA23). Berry, J., Shmoys, D., Cowen, L. & Naumann, U. (toim.). Society for Industrial and Applied Mathematics, s. 225-236 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Subset Wavelet Trees

  Alanko, J. N., Biagi, E., Puglisi, S. J. & Vuohtoniemi, J. M., 19 heinäk. 2023, 21st International Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2023). Georgiadis, L. (toim.). Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 4:1-4:14 14 Sivumäärä (Leibniz International Proceedings in Informatics; Vuosikerta 265).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Themisto: a scalable colored k-mer index for sensitive pseudoalignment against hundreds of thousands of bacterial genomes

  Alanko, J. N., Vuohtoniemi, J., Mäklin, T. & Puglisi, S. J., 30 kesäk. 2023, julkaisussa: Bioinformatics. 39, Supplement 1, s. I260-I269 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2022

  Eulertigs: Minimum Plain Text Representation of k-mer Sets Without Repetitions in Linear Time

  Schmidt, S. S. & Alanko, J., 2022, 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 2:1-2:21 (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 242).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Linear-time Minimization of Wheeler DFAs

  Alanko, J., Cotumaccio, N. & Prezza, N., 2022, DCC 2022: 2022 DATA COMPRESSION CONFERENCE (DCC). Bilgin, A., Marcellin, M., Serra-Sagrista, J. & Storer, J. (toim.). IEEE, s. 53-62 10 Sivumäärä (IEEE Data Compression Conference).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Syotti: scalable bait design for DNA enrichment

  Alanko, J. N., Slizovskiy, I. B., Lokshtanov, D., Gagie, T., Noyes, N. R. & Boucher, C., 24 kesäk. 2022, julkaisussa: Bioinformatics. 38, SUPPL 1, s. 177-184 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2021

  Algorithms and Complexity on Indexing Elastic Founder Graphs

  Equi, M., Norri, T., Alanko, J., Cazaux, B., Tomescu, A. & Mäkinen, V., 30 marrask. 2021, 32nd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021). Ahn, H.-K. & Sadakane, K. (toim.). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, 18 Sivumäärä (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 212).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Bacterial Genomic Epidemiology with Mixed Samples

  Mäklin, T., Kallonen, T., Alanko, J., Samuelsen, Ø., Hegstad, K., Mäkinen, V., Corander, J., Heinz, E. & Honkela, A., 15 marrask. 2021, julkaisussa: Microbial Genomics. 7, 11, 18 Sivumäärä, 000691.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Buffering updates enables efficient dynamic de Bruijn graphs

  Alanko, J., Alipanahi, B., Settle, J., Boucher, C. & Gagie, T., 2021, julkaisussa: Computational and Structural Biotechnology Journal. 19, s. 4067-4078 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Wheeler languages

  Alanko, J., D'Agostino, G., Policriti, A. & Prezza, N., jouluk. 2021, julkaisussa: Information and Computation. 281, 27 Sivumäärä, 104820.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2020

  Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time

  Alanko, J., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P. & Stoye, J., 10 helmik. 2020, julkaisussa: Algorithms for Molecular Biology. 15, 1, 7 Sivumäärä, 2.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Regular Languages meet Prefix Sorting

  Alanko, J., Prezza, N., Policriti, A. & D’Agostino, G., 2020, SODA '20: Proceedings of the Thirty-First Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithm. Philadelphia: Society for Industrial and Applied Mathematics, s. 911–930

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Space-Efficient Algorithms for Strings and Prefix-Sortable Graphs

  Alanko, J., 2020, Helsinki: Helsingin yliopisto.

  Tutkimustuotos: Opinnäyte › Väitöskirja › Artikkelikokoelma

  Open access
• 2019

  A framework for space-efficient variable-order Markov models

  Cunial, F., Alanko, J. & Belazzougui, D., 15 marrask. 2019, julkaisussa: Bioinformatics. 35, 22, s. 4607-4616 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time

  Alanko, J., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P. & Stoye, J., 2019, 19th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2019). Huber, K. T. & Gusfield, D. (toim.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, 9 Sivumäärä (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 143).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Tieteellinen

  Open access

• Tunneling on Wheeler Graphs

  Alanko, J., Gagie, T., Navarro, G. & Benkner, L. S., 2019, 2019 DATA COMPRESSION CONFERENCE (DCC). New York: IEEE, s. 122-131 10 Sivumäärä (IEEE Data Compression Conference).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2017

  A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

  Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 maalisk. 2017, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 Sivumäärä, 59.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Greedy Shortest Common Superstring Approximation in Compact Space

  Alanko, J. & Norri, T., 6 syysk. 2017, String Processing and Information Retrieval: 24th International Symposium, SPIRE 2017, Palermo, Italy, September 26-29, 2017, Proceedings. Fici, G., Sciortino, M. & Venturini, R. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 1-13 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 10508).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto