Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Hakutulokset
-
2024
Scalable de novo classification of antibiotic resistance of Mycobacterium tuberculosis
Serajian, M., Marini, S., Alanko, J. N., Noyes, N. R., Prosperi, M. & Boucher, C., 1 heinäk. 2024, julkaisussa: Bioinformatics. 40, s. i39-i47Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2023
Algorithms and Complexity on Indexing Founder Graphs
Equi, M., Norri, T., Alanko, J., Cazaux, B., Tomescu, A. & Makinen, V., kesäk. 2023, julkaisussa: Algorithmica. 85, 6, s. 1586-1623 38 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Eulertigs: minimum plain text representation of k-mer sets without repetitions in linear time
Schmidt, S. & Alanko, J. N., 4 heinäk. 2023, julkaisussa: Algorithms for Molecular Biology. 18, 1, 21 Sivumäärä, 5.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
HaploBlocks: Efficient Detection of Positive Selection in Large Population Genomic Datasets
Kirsch-Gerweck, B., Bohnenkaemper, L., Henrichs, M. T., Alanko, J. N., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P., Burger, J., Stoye, J. & Diekmann, Y., 4 maalisk. 2023, julkaisussa: Molecular Biology and Evolution. 40, 3, 12 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Matchtigs: minimum plain text representation of kmer sets
Schmidt, S. S., Khan, S., Alanko, J., Pibiri, G. E. & Tomescu, A., 9 kesäk. 2023, julkaisussa: Genome Biology. 24, 32 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Themisto: a scalable colored k-mer index for sensitive pseudoalignment against hundreds of thousands of bacterial genomes
Alanko, J. N., Vuohtoniemi, J., Mäklin, T. & Puglisi, S. J., 30 kesäk. 2023, julkaisussa: Bioinformatics. 39, Supplement 1, s. I260-I269 10 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2022
Syotti: scalable bait design for DNA enrichment
Alanko, J. N., Slizovskiy, I. B., Lokshtanov, D., Gagie, T., Noyes, N. R. & Boucher, C., 24 kesäk. 2022, julkaisussa: Bioinformatics. 38, SUPPL 1, s. 177-184 8 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2021
Bacterial Genomic Epidemiology with Mixed Samples
Mäklin, T., Kallonen, T., Alanko, J., Samuelsen, Ø., Hegstad, K., Mäkinen, V., Corander, J., Heinz, E. & Honkela, A., 15 marrask. 2021, julkaisussa: Microbial Genomics. 7, 11, 18 Sivumäärä, 000691.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Buffering updates enables efficient dynamic de Bruijn graphs
Alanko, J., Alipanahi, B., Settle, J., Boucher, C. & Gagie, T., 2021, julkaisussa: Computational and Structural Biotechnology Journal. 19, s. 4067-4078 12 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Wheeler languages
Alanko, J., D'Agostino, G., Policriti, A. & Prezza, N., jouluk. 2021, julkaisussa: Information and Computation. 281, 27 Sivumäärä, 104820.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2020
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
Alanko, J., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P. & Stoye, J., 10 helmik. 2020, julkaisussa: Algorithms for Molecular Biology. 15, 1, 7 Sivumäärä, 2.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2019
A framework for space-efficient variable-order Markov models
Cunial, F., Alanko, J. & Belazzougui, D., 15 marrask. 2019, julkaisussa: Bioinformatics. 35, 22, s. 4607-4616 10 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2017
A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples
Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 maalisk. 2017, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 Sivumäärä, 59.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto