Ei valokuvaa Jussi Taipale
  • PL 63 (Haartmaninkatu 8)

    00014

    Suomi

  • Viikinkaari 5, Biocenter 2

    00790 Helsinki

    Suomi

19982020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut

2020

Binding specificities of human RNA-binding proteins toward structured and linear RNA sequences

Jolma, A., Zhang, J., Mondragon, E., Morgunova, E., Kivioja, T., Laverty, K. U., Yin, Y., Zhu, F., Bourenkov, G., Morris, Q., Hughes, T. R., Maher III, L. J. & Taipale, J., heinäkuuta 2020, julkaisussa : Genome Research. 30, 7, s. 962-973 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

MODER2: First-order Markov Modeling and Discovery of Monomeric and Dimeric Binding Motifs

Toivonen, J., Das, P., Taipale, J. & Ukkonen, E., 1 toukokuuta 2020, julkaisussa : Bioinformatics. 36, 9, s. 2690-2696 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2019

Gain-of-function CEBPE mutation causes noncanonical autoinflammatory inflammasomopathy

Göös, H., Fogarty, C. L., Sahu, B., Plagnol, V., Rajamäki, K., Nurmi, K., Liu, X., Einarsdottir, E., Jouppila, A., Pettersson, T., Vihinen, H., Krjutskov, K., Saavalainen, P., Järvinen, A., Muurinen, M., Greco, D., Scala, G., Curtis, J., Nordström, D., Flaumenhaft, R. & 12 muuta, Vaarala, O., Kovanen, P. E., Keskitalo, S., Ranki, A., Kere, J., Lehto, M., Notarangelo, L. D., Nejentsev, S., Eklund, K. K., Varjosalo, M., Taipale, J. & Seppanen, M. R. J., marraskuuta 2019, julkaisussa : Journal of Allergy and Clinical Immunology. 144, 5, s. 1364-1376 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Impact of constitutional TET2 haploinsufficiency on molecular and clinical phenotype in humans

Kaasinen, E., Kuismin, O., Rajamäki, K., Ristolainen, H., Aavikko, M., Kondelin, J., Saarinen, S., Berta, D. G., Katainen, R., Hirvonen, E. A. M., Karhu, A., Taira, A., Tanskanen, T., Alkodsi, A., Taipale, M., Morgunova, E., Franssila, K., Lehtonen, R., Mäkinen, M., Aittomäki, K. & 15 muuta, Palotie, A., Kurki, M., Pietiläinen, O., Hilpert, M., Saarentaus, E., Niinimäki, J., Junttila, J., Kaikkonen, K., Vahteristo, P., Skoda, R. C., Seppänen, M. R. J., Eklund, K. K., Taipale, J., Kilpivaara, O. & Aaltonen, L. A., 19 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 17 Sivumäärä, 1252.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Reply to "CRISPR screens are feasible in TP53 wild-type cells"

Haapaniemi, E., Botla, S., Persson, J., Schmierer, B. & Taipale, J., elokuuta 2019, julkaisussa : Molecular Systems Biology. 15, 8, 3 Sivumäärä, 9059.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKirjeTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2018

A protein activity assay to measure global transcription factor activity reveals determinants of chromatin accessibility

Wei, B., Jolma, A., Sahu, B., Orre, L. M., Zhong, F., Zhu, F., Kivioja, T., Sur, I., Lehtiö, J., Taipale, M. & Taipale, J., kesäkuuta 2018, julkaisussa : Nature Biotechnology. 36, 6, s. 521-+ 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Comprehensive evaluation of coding region point mutations in microsatellite-unstable colorectal cancer

Kondelin, J., Salokas, K., Saarinen, L., Ovaska, K., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M., Hamberg, J., Liu, X., Yadav, L., Gylfe, A. E., Cajuso, T., Hänninen, U. A., Palin, K., Ristolainen, H., Katainen, R., Kaasinen, E., Tanskanen, T., Aavikko, M., Taipale, M., Taipale, J. & 17 muuta, Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Koskensalo, S., Böhm, J., Mecklin, J-P., Ongen, H., Dermitzakis, E. T., Kilpivaara, O., Vahteristo, P., Turunen, M., Hautaniemi, S., Tuupanen, S., Karhu, A., Välimäki, N., Varjosalo, M., Pitkänen, E. & Aaltonen, L. A., 2018, julkaisussa : EMBO molecular medicine. 10, 9, 20 Sivumäärä, e8552.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer

Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M. & 20 muuta, Taira, A., Sulo, P., Hartonen, T., Dave, K., Schmierer, B., Botla, S., Sokolova, M., Vähärautio, A., Gladysz, K., Ongen, H., Dermitzakis, E., Bramsen, J. B., Orntoft, T. F., Andersen, C. L., Ristimäki, A., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J-P., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 10 syyskuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 9 Sivumäärä, 3664.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

CRISPR-Cas9 genome editing induces a p53-mediated DNA damage response

Haapaniemi, E., Botla, S., Persson, J., Schmierer, B. & Taipale, J., heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nature Medicine. 24, 7, s. 927-+ 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Informational limits of biological organisms

Taipale, J., 15 toukokuuta 2018, julkaisussa : EMBO Journal. 37, 10, 6 Sivumäärä, 96114.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Modular discovery of monomeric and dimeric transcription factor binding motifs for large data sets

Toivonen, J., Kivioja, T., Jolma, A., Yin, Y., Taipale, J. & Ukkonen, E., 4 toukokuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, 8, 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Promoter capture Hi-C-based identification of recurrent noncoding mutations in colorectal cancer

Orlando, G., Law, P. J., Cornish, A. J., Dobbins, S. E., Chubb, D., Broderick, P., Litchfield, K., Hariri, F., Pastinen, T., Osborne, C. S., Taipale, J. & Houlston, R. S., lokakuuta 2018, julkaisussa : Nature Genetics. 50, 10, s. 1375-+ 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The chromatin of cancer

Taipale, J., 26 lokakuuta 2018, julkaisussa : Science. 362, 6413, s. 401-402 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuPääkirjoitusTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The Human Transcription Factors

Lambert, S. A., Jolma, A., Campitelli, L. F., Das, P. K., Yin, Y., Albu, M., Chen, X., Taipale, J., Hughes, T. R. & Weirauch, M. T., 8 helmikuuta 2018, julkaisussa : Cell. 172, 4, s. 650-665 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome

Zhu, F., Farnung, L., Kaasinen, E., Sahu, B., Yin, Y., Wei, B., Dodonova, S. O., Nitta, K. R., Morgunova, E., Taipale, M., Cramer, P. & Taipale, J., 4 lokakuuta 2018, julkaisussa : Nature. 562, 7725, s. 76-+ 25 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima

Morgunova, E., Yin, Y., Das, P. K., Jolma, A., Zhu, F., Popov, A., Xu, Y., Nilsson, L. & Taipale, J., 11 huhtikuuta 2018, julkaisussa : eLife. 7, 21 Sivumäärä, 32963.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

Comprehensive Evaluation of Protein Coding Mononucleotide Microsatellites in Microsatellite-Unstable Colorectal Cancer

Kondelin, J., Gylfe, A. E., Lundgren, S., Tanskanen, T., Hamberg, J., Aavikko, M., Palin, K., Ristolainen, H., Katainen, R., Kaasinen, E., Taipale, M., Taipale, J., Renkonen-Sinisalo, L., Jarvinen, H., Bohm, J., Mecklin, J-P., Vahteristo, P., Tuupanen, S., Aaltonen, L. A. & Pitkanen, E., 1 elokuuta 2017, julkaisussa : Cancer Research. 77, 15, s. 4078-4088 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

CRISPR/Cas9 screening using unique molecular identifiers

Schmierer, B., Botla, S. K., Zhang, J., Turunen, M., Kivioja, T. & Taipale, J., lokakuuta 2017, julkaisussa : Molecular Systems Biology. 13, 10, 8 Sivumäärä, 945.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Damaging heterozygous mutations in NFKB1 lead to diverse immunologic phenotypes

Kaustio, M., Haapaniemi, E., Göös, H., Hautala, T., Park, G., Syrjänen, J., Einarsdottir, E., Sahu, B., Kilpinen, S., Rounioja, S., Fogarty, C. L., Glumoff, V., Kulmala, P., Katayama, S., Tamene, F., Trotta, L., Morgunova, E., Krjutskov, K., Nurmi, K., Eklund, K. & 9 muuta, Lagerstedt, A., Helminen, M., Martelius, T., Mustjoki, S., Taipale, J., Saarela, J., Kere, J., Varjosalo, M. & Seppanen, M., syyskuuta 2017, julkaisussa : Journal of Allergy and Clinical Immunology. 140, 3, s. 782-796 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fast motif matching revisited: high-order PWMs, SNPs and indels

Korhonen, J. H., Palin, K., Taipale, J. & Ukkonen, E., 15 toukokuuta 2017, julkaisussa : Bioinformatics. 33, 4, s. 514-521 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Genome-wide screen of cell-cycle regulators in normal and tumor cells identifies a differential response to nucleosome depletion

Sokolova, M., Turunen, M., Mortusewicz, O., Kivioja, T., Herr, P., Vähärautio, A., Björklund, M., Taipale, M., Helleday, T. & Taipale, J., 2017, julkaisussa : Cell Cycle. 16, 2, s. 189-199 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors

Yin, Y., Morgunova, E., Jolma, A., Kaasinen, E., Sahu, B., Khund-Sayeed, S., Das, P. K., Kivioja, T., Dave, K., Zhong, F., Nitta, K. R., Taipale, M., Popov, A., Ginno, P. A., Domcke, S., Yan, J., Schubeler, D., Vinson, C. & Taipale, J., 5 toukokuuta 2017, julkaisussa : Science. 356, 6337, s. 502-+ 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mice deficient of Myc super-enhancer region reveal differential control mechanism between normal and pathological growth

Dave, K., Sur, I., Yan, J., Zhang, J., Kaasinen, E., Zhong, F., Blaas, L., Li, X., Kharazi, S., Gustafsson, C., De Paep, A., Mansson, R. & Taipale, J., 6 kesäkuuta 2017, julkaisussa : eLife. 6, 25 Sivumäärä, 23382.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Myt1l safeguards neuronal identity by actively repressing many non-neuronal fates

Mall, M., Kareta, M. S., Chanda, S., Ahlenius, H., Perotti, N., Zhou, B., Grieder, S. D., Ge, X., Drake, S., Ang, C. E., Walker, B. M., Vierbuchen, T., Fuentes, D. R., Brennecke, P., Nitta, K. R., Jolma, A., Steinmetz, L. M., Taipale, J., Sudhof, T. C. & Wernig, M., 13 huhtikuuta 2017, julkaisussa : Nature. 544, 7649, s. 245-+ 22 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Open access
Tiedosto

Seed-driven Learning of Position Probability Matrices from Large Sequence Sets

Toivonen, J., Taipale, J. & Ukkonen, E., 2017, 17th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2017). Schwartz, R. & Reinert, K. (toim.). Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, 13 Sivumäärä 25. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 88).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Somatic MED12 Nonsense Mutation Escapes mRNA Decay and Reveals a Motif Required for Nuclear Entry

Heikkinen, T., Kämpjärvi, K., Keskitalo, S., von Nandelstadh, P., Liu, X., Rantanen, V., Pitkänen, E., Kinnunen, M., Kuusanmäki, H., Kontro, M., Turunen, M., Mäkinen, N., Taipale, J., Heckman, C., Lehti, K., Mustjoki, S., Varjosalo, M. & Vahteristo, P., maaliskuuta 2017, julkaisussa : Human Mutation. 38, 3, s. 269-274 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Structural perspective of cooperative transcription factor binding

Morgunova, E. & Taipale, J., joulukuuta 2017, julkaisussa : Current Opinion in Structural Biology. 47, s. 1-8 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2016

Exome Sequencing of Uterine Leiomyosarcomas Identifies Frequent Mutations in TP53, ATRX, and MED12

Makinen, N., Aavikko, M., Heikkinen, T., Taipale, M., Taipale, J., Koivisto-Korander, R., Butzow, R. & Vahteristo, P., helmikuuta 2016, julkaisussa : PLoS Genetics. 12, 2, 13 Sivumäärä, 1005850.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Mendelian randomisation analysis strongly implicates adiposity with risk of developing colorectal cancer

Jarvis, D., Mitchell, J. S., Law, P. J., Palin, K., Tuupanen, S., Gylfe, A., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Tanskanen, T., Kondelin, J., Kaasinen, E., Sarin, A-P., Kaprio, J., Eriksson, J. G., Rissanen, H., Knekt, P., Pukkala, E., Jousilahti, P., Salomaa, V., Ripatti, S. & 37 muuta, Palotie, A., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Bohm, J., Mecklin, J-P., Al-Tassan, N. A., Palles, C., Martin, L., Barclay, E., Farrington, S. M., Timofeeva, M. N., Meyer, B. F., Wakil, S. M., Campbell, H., Smith, C. G., Idziaszczyk, S., Maughan, T. S., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Buchanan, D. D., Win, A. K., Hopper, J. L., Jenkins, M. A., Lindor, N. M., Newcomb, P. A., Gallinger, S., Conti, D., Schumacher, F., Casey, G., Taipale, J., Aaltonen, L. A., Cheadle, J. P., Dunlop, M. G., Tomlinson, I. P. & Houlston, R. S., 12 heinäkuuta 2016, julkaisussa : British Journal of Cancer. 115, 2, s. 266-272 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Oncogenic Herpesvirus Utilizes Stress-Induced Cell Cycle Checkpoints for Efficient Lytic Replication

Balistreri, G., Viiliainen, J., Turunen, M., Diaz, R., Lyly, L., Pekkonen, P., Rantala, J., Ojala, K., Sarek, G., Teesalu, M., Denisova, O., Peltonen, K., Julkunen, I., Varjosalo, M., Kainov, D., Kallioniemi, O., Laiho, M., Taipale, J., Hautaniemi, S. & Ojala, P. M., helmikuuta 2016, julkaisussa : PLoS Pathogens. 12, 2, 26 Sivumäärä, 1005424.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

PeakXus: comprehensive transcription factor binding site discovery from ChIP-Nexus and ChIP-Exo experiments

Hartonen, T., Sahu, B., Dave, K., Kivioja, T. & Taipale, J., 1 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. 629-638 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Somatic MED12 mutations in prostate cancer and uterine leiomyomas promote tumorigenesis through distinct mechanisms

Kämpjärvi, K., Kim, NH., Keskitalo, S., Clark, AD., von Nandelstadh, P., Turunen, M., Heikkinen, T., Park, M. J., Mäkinen, N., Kivinummi, K., Lintula, S., Hotakainen, K., Nevanlinna, H., Hokland, P., Böhling, T., Butzow, R., Böhm, J., Mecklin, JP., Järvinen, H., Kontro, M. & 5 muuta, Visakorpi, T., Taipale, J., Varjosalo, M., Boyer, TG. & Vahteristo, P., 2016, julkaisussa : Prostate. 76, 1, s. 22-31 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The role of enhancers in cancer

Sur, I. & Taipale, J., elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Reviews. Cancer. 16, 8, s. 483-493 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Variation at 2q35 (PNKD and TMBIM1) influences colorectal cancer risk and identifies a pleiotropic effect with inflammatory bowel disease

Orlando, G., Law, P. J., Palin, K., Tuupanen, S., Gylfe, A., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Tanskanen, T., Kondelin, J., Kaasinen, E., Sarin, A-P., Kaprio, J., Eriksson, J. G., Rissanen, H., Knekt, P., Pukkala, E., Jousilahti, P., Salomaa, V., Ripatti, S., Palotie, A. & 37 muuta, Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Bohm, J., Mecklin, J-P., Al-Tassan, N. A., Palles, C., Martin, L., Barclay, E., Tenesa, A., Farrington, S., Timofeeva, M. N., Meyer, B. F., Wakil, S. M., Campbell, H., Smith, C. G., Idziaszczyk, S., Maughan, T. S., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Buchanan, D. D., Win, A. K., Hopper, J., Jenkins, M., Lindor, N. M., Newcomb, P. A., Gallinger, S., Conti, D., Schumacher, F., Casey, G., Taipale, J., Cheadle, J. P., Dunlop, M. G., Tomlinson, I. P., Aaltonen, L. A. & Houlston, R. S., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Human Molecular Genetics. 25, 11, s. 2349-2359 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci

Jaeger, R., Migliorini, G., Henrion, M., Kandaswamy, R., Speedy, H. E., Heindl, A., Whiffin, N., Carnicer, M. J., Broome, L., Dryden, N., Nagano, T., Schoenfelder, S., Enge, M., Yuan, Y., Taipale, J., Fraser, P., Fletcher, O. & Houlston, R. S., helmikuuta 2015, julkaisussa : Nature Communications. 6, 9 Sivumäärä, 6178.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Conservation of transcription factor binding specificities across 600 million years of bilateria evolution

Nitta, K. R., Jolma, A., Yin, Y., Morgunova, E., Kivioja, T., Akhtar, J., Hens, K., Toivonen, J., Deplancke, B., Furlong, E. E. M. & Taipale, J., 17 maaliskuuta 2015, julkaisussa : eLife. 4, 20 Sivumäärä, 04837.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

CTCF/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer

Katainen, R., Dave, K., Pitkänen, E., Palin, K., Kivioja, T., Valimaki, N., Gylfe, A. E., Ristolainen, H., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Tanskanen, T., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Kaasinen, E., Kilpivaara, O., Tuupanen, S., Enge, M. & 2 muuta, Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Nature Genetics. 47, 7, s. 818-+

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity

Jolma, A., Yin, Y., Nitta, K. R., Dave, K., Popov, A., Taipale, M., Enge, M., Kivioja, T., Morgunova, E. & Taipale, J., 19 marraskuuta 2015, julkaisussa : Nature. 527, 7578, s. 384-+ 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Structural insights into the DNA-binding specificity of E2F family transcription factors

Morgunova, E., Yin, Y., Jolma, A., Dave, K., Schmierer, B., Popov, A., Eremina, N., Nilsson, L. & Taipale, J., joulukuuta 2015, julkaisussa : Nature Communications. 6, 8 Sivumäärä, 10050.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2014

A prostate cancer susceptibility allele at 6q22 increases RFX6 expression by modulating HOXB13 chromatin binding

Huang, Q., Whitington, T., Gao, P., Lindberg, J. F., Yang, Y., Sun, J., Vaisanen, M-R., Szulkin, R., Annala, M., Yan, J., Egevad, L. A., Zhang, K., Lin, R., Jolma, A., Nykter, M., Manninen, A., Wiklund, F., Vaarala, M. H., Visakorpi, T., Xu, J. & 2 muuta, Taipale, J. & Wei, G-H., helmikuuta 2014, julkaisussa : Nature Genetics. 46, 2, s. 126-+ 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Cancer by super-enhancer

Vähärautio, A. & Taipale, J., 12 joulukuuta 2014, julkaisussa : Science. 346, 6215, s. 1291-1292 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Exome sequencing reveals frequent inactivating mutations in ARID1A, ARID1B, ARID2 and ARID4A in microsatellite unstable colorectal cancer

Julkaisun otsikon käännös: Exome sequencing reveals frequent inactivating mutations in ARID1A, ARID1B, ARID2 and ARID4A in microsatellite unstable colorectal cancerCajuso Pons, T., Hänninen, U. A., Kondelin, J., Gylfe, A. E., Tanskanen, T., Katainen, R., Pitkanen, E., Ristolainen, H., Kaasinen, E., Taipale, M., Taipale, J., Bohm, J., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J-P., Jarvinen, H., Tuupanen, S., Kilpivaara, O. & Vahteristo, P., 1 elokuuta 2014, julkaisussa : International Journal of Cancer. 135, 3, s. 611-623 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Frequent L1 retrotranspositions originating from TTC28 in colorectal cancer

Pitkanen, E., Cajuso Pons, T., Katainen, R., Kaasinen, E., Valimaki, N., Palin, K., Taipale, J., Aaltonen, L. A. & Kilpivaara, O., 2014, julkaisussa : Oncotarget. 5, 3, s. 853-859 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Identification of 33 candidate oncogenes by screening for base-specific mutations

Tuupanen, S., Hanninen, U. A., Kondelin, J., von Nandelstadh, P., Cajuso, T., Gylfe, A. E., Katainen, R., Tanskanen, T., Ristolainen, H., Bohm, J., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Andersen, C. L., Taipale, M., Taipale, J., Vahteristo, P., Lehti, K., Pitkanen, E. & Aaltonen, L. A., 14 lokakuuta 2014, julkaisussa : British Journal of Cancer. 111, 8, s. 1657-1662 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mutation analysis of components of the Mediator kinase module in MED12 mutation-negative uterine leiomyomas

Mäkinen, N., Heinonen, H-R., Sjoberg, J., Taipale, J., Vahteristo, P. & Aaltonen, L. A., 29 huhtikuuta 2014, julkaisussa : British Journal of Cancer. 110, 9, s. 2246-2249 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Uterine Leiomyoma-Linked MED12 Mutations Disrupt Mediator-Associated CDK Activity

Turunen, M., Spaeth, J. M., Keskitalo, S., Park, M. J., Kivioja, T., Clark, A. D., Mäkinen, N., Gao, F., Palin, K., Nurkkala, H., Vaharautio, A., Aavikko, M., Kampjarvi, K., Vahteristo, P., Kim, C. A., Aaltonen, L. A., Varjosalo, M., Taipale, J. & Boyer, T. G., toukokuuta 2014, julkaisussa : Cell Reports. 7, 3, s. 654-660 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2013

A versatile platform for creating a comprehensive UAS-ORFeome library in Drosophila

Bischof, J., Björklund, M., Furger, E., Schertel, C., Taipale, J. & Basler, K., 1 kesäkuuta 2013, julkaisussa : Development. 140, 11, s. 2434-2442 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors

Jolma, A., Yan, J., Whitington, T., Toivonen, J., Nitta, K. R., Rastas, P., Morgunova, E., Enge, M., Taipale, M. J. O., Wei, G., Palin, K., Vaquerizas, J. M., Vincentelli, R., Luscombe, N. M., Hughes, T. R., Lemaire, P., Ukkonen, E., Kivioja, T. & Taipale, J., 17 tammikuuta 2013, julkaisussa : Cell. 152, 1-2, s. 327-339 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Eleven Candidate Susceptibility Genes for Common Familial Colorectal Cancer

Gylfe, A. E., Katainen, R., Kondelin, J., Tanskanen, T., Cajuso Pons, T., Hänninen, U., Taipale, J., Taipale, M., Renkonen-Sinisalo, L., Järvinen, H., Mecklin, J-P., Kilpivaara, O., Pitkänen, E., Vahteristo, P., Tuupanen, S., Karhu, A. & Aaltonen, L. A., 18 lokakuuta 2013, julkaisussa : PLoS Genetics. 9, 10, 8 Sivumäärä, e1003876.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Human kinome analysis reveals novel kinases contributing to virus infection and retinoic-acid inducible gene I-induced type I and type III IFN gene expression

Nousiainen, L., Sillanpää, M., Jiang, M., Thompson, J., Taipale, J. & Julkunen, I., lokakuuta 2013, julkaisussa : Innate Immunity. 19, 5, s. 516-530 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu