Valokuva Kaarina Sivonen
  • PL 56 (Viikinkaari 9)

    00014

    Suomi

  • Viikinkaari 5, Biocenter 2

    00790 Helsinki

    Suomi

1982 …2020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Henkilökohtainen profiili

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

Research Interests: Cyanobacteria, toxins and bioactive compounds

Principal investigator: Professor in Microbiology, Kaarina Sivonen

 

Cyanobacteria (blue-green algae) carry out oxygen evolving plant-like photosynthesis and are thus important for the survival of life on Earth through the production of oxygen and sequestration of carbon dioxide. In aquatic environment they may form harmful toxic mass occurrences which pose a serious health hazard for animals and human beings. Some of them are also able to fix nitrogen and form symbioses (e.g. lichens). Cyanobacteria are prolific source of biomedically interesting bioactive compounds.

The cyanobacteria research group found toxic mass occurrences of cyanobacteria to be common in Finnish lakes and in the Baltic Sea, isolated the toxin producing cyanobacteria, investigated toxin production and identified the toxins. Toxic and non-toxic cyanobacteria cannot be differentiated by microscopy and we have developed molecular methods to detect producers of toxins and odorous metabolites.

Cyanobacteria are prolific source of interesting bioactive compounds. We have identified number of novel bioactive compounds (toxins, bioactive compounds having cytotoxic, enzyme inhibiting and antifungal and antibacterial properties) from strains in our culture collection and genome projects have revealed number of new biosynthetic pathways. Bioactive compounds are synthetized by both ribosomal and non-ribosomal pathways in cyanobacteria. We have sequenced number of cyanobacteria and used genome mining to identify the biosynthetic pathways for cyanobacterial natural products. We use physiological experiments, field studies and post genomic analyses of toxic and bloom forming cyanobacteria to study the ecology of these organisms.

Key facilities in our research are the culture collection of cyanobacteria (UHCC part of HAMBI collection) and mass spectrometry and NMR facilities of the University of Helsinki. By chemical analysis methods we can quantitate the toxin and bioactive compounds, purify the compounds and solve the structures of unknown new compounds.  We have also found promising hydrogen producers from our culture collection.

 

Research group belonged to the Finnish Research Center of Excellence in Integrative Photosynthesis and Bioactive Compound Research at Systems Biology Level (2008-2013).

Members of the research group:
Docent Jouni Jokelapost-doc Danillo Alvarenga, Ph D students Anu Humisto, Julia Österholm, Lassi Heinilä and Rafael Popin, technical assistants Maria Christodoulou, Sila Arsin and Anna Jortikka

More information:
Cyanobacteria Group
Photobiomics 

 

Tieteenalat

  • 11832 Mikrobiologia ja virologia

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.

Julkaisut

Dereplication of Natural Products with Antimicrobial and Anticancer Activity from Brazilian Cyanobacteria

Shishido, T. K., Popin, R. V., Jokela, J., Wahlsten, M., Fiore, M. F., Fewer, D. P., Herfindal, L. & Sivonen, K., tammikuuta 2020, julkaisussa : Toxins. 12, 1, 17 Sivumäärä, 12.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Evaluating Eucalyptus leaf colonization by Brasilonema octagenarum (Cyanobacteria, Scytonemataceae) using in planta experiments and genomics

Alvarenga, D. O., Franco, M. W., Sivonen, K., Fiore, M. F. & Varani, A. M., 27 toukokuuta 2020, julkaisussa : PeerJ. 8, 27 Sivumäärä, 9158.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genomic and Metabolomic Analyses of Natural Products in Nodularia spumigena Isolated from a Shrimp Culture Pond

Popin, R. V., Delbaje, E., de Abreu, V. A. C., Rigonato, J., Dorr, F. A., Pinto, E., Sivonen, K. & Fiore, M. F., maaliskuuta 2020, julkaisussa : Toxins. 12, 3, 20 Sivumäärä, 141.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Phylogenomic Analysis of Secondary Metabolism in the Toxic Cyanobacterial Genera Anabaena, Dolichospermum and Aphanizomenon

Osterholm, J., Popin, R. V., Fewer, D. P. & Sivonen, K., huhtikuuta 2020, julkaisussa : Toxins. 12, 4, 16 Sivumäärä, 248.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Regioselective Prenylation of Peptide Termini during the Biosynthesis of the Natural Product Muscoride

Mattila, A., Andsten, R-M., Jumppanen, M., Assante, M., Jokela, J., Wahlsten, M., Mikula, K. M., Gugger, M., Koskela, H., Sivonen, K., Yli-Kauhaluoma, J., Iwai, H. & Fewer, D. P., tammikuuta 2020, julkaisussa : Marine Drugs. 18, 1, 1 Sivumäärä, 40.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKonferenssiesitelmän abstraktiTutkimusvertaisarvioitu

Projektit

Palkinnot

Invitation by President of Finland to Independence Day Celebration

Sivonen, Kaarina (Vastaanottaja), 6 joulukuuta 2003

Palkinto: Palkinnot ja kunnianosoitukset

Invitation by President of Finland to Independence Day Celebrations

Sivonen, Kaarina (Vastaanottaja), 6 joulukuuta 2006

Palkinto: Palkinnot ja kunnianosoitukset

Invitation by President of Finland to Independence Day Celebrations

Sivonen, Kaarina (Vastaanottaja), 6 joulukuuta 2009

Palkinto: Palkinnot ja kunnianosoitukset

The Science Award from City of Helsinki, Helsingin kaupungin tiedepalkinto

Sivonen, Kaarina (Vastaanottaja), 2001

Palkinto: Palkinnot ja kunnianosoitukset

Aktiviteetit

Hemholtz centre for environmental research (Ulkoinen yksikkö)

Kaarina Sivonen (Hallituksen jäsen)

7 tammikuuta 2020

Aktiviteetti: JäsenyystyypitLausunnot virantäytöissä

K. Sivonen, Member of the Ph D thesis evaluation committee for Ph D thesis by Enass Salih

Kaarina Sivonen (Jäsenyys seurantaryhmässä)

27 syyskuuta 2019

Aktiviteetti: TutkimustyypitVäitöskirjan esitarkastaja

Drexel University (Ulkoinen yksikkö)

Kaarina Sivonen (Asiantuntija)

11 joulukuuta 2019

Aktiviteetti: JäsenyystyypitLausunnot virantäytöissä

K. Sivonen opponent of the Ph D thesis by Anita Mäki (University of Jyväskylä)

Kaarina Sivonen (Ohjaaja)

13 syyskuuta 2019

Aktiviteetti: TutkimustyypitVastaväittäjä

Laitteet

HAMBI Mikrobikantakokoelmat

Pekka Oivanen (Operaattori) & Kaarina Sivonen (Johtaja)

Mikrobiologian osasto

Laitteistot/tilat: Laitteet