Valokuva: Kirsi Savijoki

Kirsi Savijoki

PhD, Docent, Biochemistry

  • PL 66 (Agnes Sjöbergin katu 2)

    00014

    Suomi

19952020
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 1995 2019

Evaluation of quorum sensing inhibitory activity of bis-primaquine derivatives

Pavić, K., Patel, J., Savijoki, K., Fallarero, A., Yli-Kauhaluoma, J., Rajić, Z. & Zorc, B., 4 huhtikuuta 2019.

Tutkimustuotos: KonferenssimateriaalitPosteriTutkimusvertaisarvioitu

Growth Mode and Carbon Source Impact the Surfaceome Dynamics of Lactobacillus rhamnosus GG

Savijoki, K., Nyman, T. A., Kainulainen, V., Miettinen, I., Siljamäki, P., Fallarero, A., Sandholm, J., Satokari, R. & Varmanen, P., 5 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Frontiers in Microbiology. 10, 17 Sivumäärä, 1272.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Quinoline fumardiamides as novel quorum sensing inhibitors

Rajić, Z., Patel, J., Savijoki, K., Fallarero, A., Yli-Kauhaluoma, J., Beus, M. & Zorc, B., 19 kesäkuuta 2019.

Tutkimustuotos: KonferenssimateriaalitPosteriTutkimusvertaisarvioitu

Synthesis and biological evaluation of hybrid quinolone-based quaternary ammonium antibacterial agents

Fedorowicz, J., Sączewski, J., Konopacka, A., Waleron, K., Lejnowski, D., Ciura, K., Tomašič, T., Skok, Ž., Savijoki, K., Morawska, M., Gilbert-Girard, S. & Fallarero, A., 2019, julkaisussa : European Journal of Medicinal Chemistry. 179

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
2018

3-Flavonols as Novel Quorum Sensing Inhibitors

Patel, J. Z., Seifert, T., Skogman, M., Savijoki, K. K., Fallarero Linares, A., Luthman, K. & Yli-Kauhaluoma, J. T., 2018.

Tutkimustuotos: KonferenssimateriaalitPosteriTutkimusvertaisarvioitu

Acidipropionibacterium virtanenii sp. nov., isolated from malted barley

Deptula, P., Smolander, O-P. A., Laine, P. K. S., Roberts, R. J., Edelmann, J. M., Peltola, P., Piironen, V. I., Paulin, L. G., Storgårds, E., Savijoki, K., Laitila, A., Auvinen, P. O. V. & Varmanen, P. K., lokakuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 68, 10, s. 3175-3183 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Comparative Proteomic Analysis of Hymenolepis diminuta Cysticercoid and Adult Stages

Sulima, A., Savijoki, K., Bien, J., Nareaho, A., Salamatin, R., Conn, D. B. & Mlocicki, D., 15 tammikuuta 2018, julkaisussa : Frontiers in Microbiology. 8, 14 Sivumäärä, 2672.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Immunoproteomics and surfaceomics of the adult tapeworm Hymenolepis diminuta

Mlocicki, D., Sulima, A., Bień, J., Näreaho, A., Zawistowska-Deniziak, A., Basałaj, K., Sałamatin, R., Conn, D. B. & Savijoki, K., 12 marraskuuta 2018, julkaisussa : Frontiers in Immunology. 9, 14 Sivumäärä, 2487.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Secretome profiling of Propionibacterium freudenreichii reveals highly variable responses even among the closely related strains

Frohnmeyer, E. G., Deptula, P., Nyman, T. A., Laine, P. K. S., Vihinen, A. H., Paulin, L. G., Auvinen, P. O. V., Jokitalo, E. S., Piironen, V. I., Varmanen, P. K. & Savijoki, K. K., 28 helmikuuta 2018, julkaisussa : Microbial Biotechnology. 11, 3, s. 510-526 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

De novo assembly of genomes from long sequence reads reveals uncharted territories of Propionibacterium freudenreichii

Deptula, P., Laine, P. K., Roberts, R. J., Smolander, O-P., Vihinen, H., Piironen, V., Paulin, L., Jokitalo, E., Savijoki, K., Auvinen, P. & Varmanen, P., 16 lokakuuta 2017, julkaisussa : BMC Genomics. 18, 24 Sivumäärä, 790.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Food-Like Growth Conditions Support Production of Active Vitamin B12 by Propionibacterium freudenreichii 2067 without DMBI, the Lower Ligand Base,or Cobalt Supplementation

Deptula, P., Chamlagain, B., Edelmann, M., Sangsuwan, P., Nyman, T. A., Savijoki, K., Piironen, V. & Varmanen, P., 8 maaliskuuta 2017, julkaisussa : Frontiers in Microbiology. 8, 11 Sivumäärä, 368.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Identification of immunogenic proteins of the cysticercoid of Hymenolepis diminuta

Sulima, A., Bien, J., Savijoki, K., Nareaho, A., Salamatin, R., Conn, D. B. & Mlocicki, D., 21 marraskuuta 2017, julkaisussa : Parasites & vectors. 10, 577, 12 Sivumäärä, 577.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2016

Mass spectrometry analysis of the excretory-secretory (E-S) products of the model cestode Hymenolepis diminuta reveals their immunogenic properties and the presence of new E-S proteins in cestodes

Bien, J., Salamatin, R., Sulima, A., Savijoki, K., Conn, D. B., Näreaho, A. & Mlocicki, D., maaliskuuta 2016, julkaisussa : Acta Parasitologica. 61, 2, s. 429-442 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Penicillin G increases the synthesis of a suicidal marker (CidC) and virulence (HlgBC) proteins in Staphylococcus aureus biofilm cells

Savijoki, K., Skogman, M., Fallarero, A., Nyman, T. A., Sukura, A., Vuorela, P. & Varmanen, P., tammikuuta 2016, julkaisussa : International Journal of Medical Microbiology. 306, 1, s. 69-74 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The Cell Wall Polymer Lipoteichoic Acid Becomes Nonessential in Staphylococcus aureus Cells Lacking the ClpX Chaperone

Bæk, K. T., Bowman, L., Millership, C., Søgaard, M. D., Kaever, V., Siljamäki, P. M., Savijoki, K. K., Varmanen, P. K., Nyman, T. A., Gründling, A. & Frees, D., 9 elokuuta 2016, julkaisussa : mBio. 7, 4, 11 Sivumäärä, e01228-16.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

A Streptococcus uberis transposon mutant screen reveals a negative role for LiaR homologue in biofilm formation

Salomäki, T., Karonen, T., Siljamäki, P., Savijoki, K., Nyman, T. A., Varmanen, P. & Iivanainen, A., tammikuuta 2015, julkaisussa : Journal of Applied Microbiology. 118, 1, s. 1-10 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Complete genome sequence of Propionibacterium freudenreichii DSM 20271T

Koskinen, P., Deptula, P., Smolander, O-P., Tamene, F., Kammonen, J., Savijoki, K., Paulin, L., Piironen, V., Auvinen, P. & Varmanen, P., 2015, julkaisussa : Standards in Genomic Sciences. 10, s. 1-6 6 Sivumäärä, 83.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Uncovering Surface-Exposed Antigens of Lactobacillus rhamnosus by Cell Shaving Proteomics and Two-Dimensional Immunoblotting

Espino, E., Koskenniemi, K., Mato Rodriguez, L., Nyman, T., Reunanen, J., Koponen, J., Öhman, T. J., Siljamäki, P., Alatossava, T., Varmanen, P. K. & Savijoki, K., 2015, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 14, 2, s. 1010-1024 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2014

Comparative Exoprotein Profiling of Different Staphylococcus epidermidis Strains Reveals Potential Link between Nonclassical Protein Export and Virulence

Siljamaki, P., Varmanen, P., Kankainen, M., Sukura, A., Savijoki, K. & Nyman, T. A., 2014, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 13, 7, s. 3249-3261 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fabricating bacterial biofilms via artificial nano(bio)components, ArtFilm (Academy of Finland project: 1.9.2013-31.8.2017)

Vuorela, P., Fallarero, A., Johnson, M., Airenne, T., Kulomaa, M., Riihimäki, T., Lindfelt, M., Holmberg, N., Peltonen, J., Ihalainen, P., Varmanen, P. & Savijoki, K., 2014, julkaisussa : Dosis. 30, 3, s. 216 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliAmmatillinen

Genomics and deep proteome profiling of Staphylococcus epidermidis for uncovering adaptation and virulence mechanisms.

Varmanen, P. K., Siljamäki, P., Nyman, T. & Savijoki, K., 2014, Farm animal proteomics 2014: Proceedings of the 5th Management Committee Meeting and 4th Meeting of Working Groups 1,2 & 3 of COST Action FA 1002 . de Almeida, A., Ceciliani, F., Eckersall, D., Miller, I., Renaut, J., Roncada, P. & Turk, R. (toim.). Wageningen: Wageningen Academic Publishers, s. 214-216 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinen

Genomics and Proteomics Provide New Insight into the Commensal and Pathogenic Lifestyles of Bovine- and Human-Associated Staphylococcus epidermidis Strains

Savijoki, K., Iivanainen, A., Siljamaki, P., Laine, P. K., Paulin, L., Karonen (os. Miettinen), T., Pyörälä, S., Kankainen, M., Nyman, T. A., Salomaki, T., Koskinen, P., Holm, L., Simojoki, H., Taponen, S., Sukura, A., Kalkkinen, N., Auvinen, P. & Varmanen, P., elokuuta 2014, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 13, 8, s. 3748-3762 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

Probiotics in cheese

Varmanen, P. K. & Savijoki, K., 2013, Cheese Ripening: Quality, Safety and Health Aspects. Randazzo, C. L., Caggia, C. & Neviani, E. (toim.). Nova Science Publishers, s. 215-224 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2012

Comparative analysis of excretory-secretory antigens of Trichinella spiralis and Trichinella britovi muscle larvae by two-dimensional difference gel electrophoresis and immunoblotting

Bien, J., Näreaho, A., Varmanen, P., Gozdzik, K., Moskwa, B., Cabaj, W., Nyman, T. A. & Savijoki, K., 2012, julkaisussa : Proteome Science. 10, 10, s. - 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Comparative exoproteomics of Staphylococcus epidermidis of human and bovine origin to identify bacterial factors involved in adaptation into bovine host

Savijoki, K., Siljamäki, P., Lietzen, N., Varmanen, P. K., Kankainen, M. & Nyman, T., 2012, Farm animal proteomics: Proceedings of the 3rd Managing Commitee Meeting and 2nd Meeting of Working Groups 1, 2 & 3 of COST Action FA1002. Rodrigues, P., Eckersall, D. & de Almeida, A. (toim.). Wageningen: Wageningen Academic Publishers, s. 111-115 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinen

Effect of acid stress on protein expression and phosphorylation in Lactobacillus rhamnosus GG

Koponen, J., Laakso, K., Koskenniemi, K., Kankainen, M., Savijoki, K., Nyman, T. A., de Vos, W. M., Tynkkynen, S., Kalkkinen, N. & Varmanen, P., 2012, julkaisussa : Journal of Proteomics. 75, 4, s. 1357-1374 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

New Insights into Staphylococcus aureus Stress Tolerance and Virulence Regulation from an Analysis of the Role of the ClpP Protease in the Strains Newman, COL, and SA564

Frees, D., Andersen, J. H., Hemmingsen, L., Koskenniemi, K., Baek, K. T., Muhammed, M. K., Gudeta, D. D., Nyman, T. A., Sukura, A., Varmanen, P. & Savijoki, K., 2012, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 11, 1, s. 95-108 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Proteomics of foes and friends adapted to milk environment: focus on Gram-positive bovine mastitis bacteria and probiotics

Varmanen, P. K., Koskenniemi, K., Siljamäki, P., Nyman, T. & Savijoki, K., 2012, Farm animal proteomics: Proceedings of the 3rd Managing Commitee Meeting and 2nd Meeting of Working Groups 1, 2 & 3 of COST Action FA1002. Rodrigues, P., Eckersall, D. & de Almeida, A. (toim.). Wageningen: Wageningen Academic Publishers, s. 40-45 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinen

2011

Alpha- and beta-casein components of host milk induce biofilm formation in the mastitis bacterium Streptococcus uberis

Varhimo, E., Varmanen, P., Fallarero, A., Skogman, M., Pyorala, S., Iivanainen, A., Sukura, A., Vuorela, P. & Savijoki, K., 2011, julkaisussa : Veterinary Microbiology. 149, 3-4, s. 381-389 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Alpha- and β-casein components of host milk induce biofilm formation in the mastitis bacterium Streptococcus uberis.

Varhimo, E., Varmanen, P. K., Fallarero, A., Skogman, M., Pyörälä, S., Iivanainen, A., Sukura, A., Vuorela, P. & Savijoki, K., toukokuuta 2011, julkaisussa : Veterinary Microbiology. 149, 3-4, s. 381-389 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Biologisesta perustutkimuksesta tietoa ja työkaluja myös maitotutkimukseen

Savijoki, K., Varmanen, P. K., Munsch-Alatossava, P. & Alatossava, T., 2011, julkaisussa : Kehittyvä Elintarvike. 22, 1, s. 52-53 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Comparative Proteome Cataloging of Lactobacillus rhamnosus Strains GG and Lc705

Savijoki, K., Lietzen, N., Kankainen, M., Alatossava, T., Koskenniemi, K., Varmanen, P. & Nyman, T. A., 2011, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 10, 8, s. 3460-3473 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Growth phase-associated changes in the proteome and transcriptome of Lactobacillus rhamnosus GG in industrial-type whey medium

Laakso, K., Koskenniemi, K., Koponen, J., Kankainen, M., Surakka, A., Salusjarvi, T., Auvinen, P., Savijoki, K., Nyman, T. A., Kalkkinen, N., Tynkkynen, S. & Varmanen, P., 2011, julkaisussa : Microbial Biotechnology. 4, 6, s. 746-766 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Proteomics and transcriptomics characterization of bile stress response in probiotic Lactobacillus rhamnosus GG

Koskenniemi, K., Laakso, K., Koponen, J., Kankainen, M., Greco, D., Auvinen, P., Savijoki, K., Nyman, T., Surakka, A., Salusjärvi, T., de Vos, W. M., Tynkkynen, S., Kalkkinen, N. & Varmanen, P. K., 2011, julkaisussa : Molecular & Cellular Proteomics. 10, 2, 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Responses of Lactic Acid Bacteria to Heat Stress

Varmanen, P. K. & Savijoki, K., 2011, Stress Responses of Lactic Acid Bacteria. Tsakalidou, E. & Papadimitriou, K. (toim.). New York: Springer, s. 55-66 (Food Microbiology and Food Safety).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2009

Proteome analysis of Lactobacillus rhamnosus GG using 2-D DIGE and mass spectrometry shows differential protein production in laboratory and industrial-type growth media

Koskenniemi, K., Koponen, J., Kankainen, M., Savijoki, K., Tynkkynen, S., Vos de, W. M., Kalkkinen, N. & Varmanen, P., 2009, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 8, 11, s. 4993-5007 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Two-dimensional difference gel elctrophoresis analysis of Streptococcus uberis in response to mutagenesis-inducing Ciprofloxacin challenge

Poutanen, M., Varhimo, E., Kalkkinen, N., Sukura, A., Varmanen, P. & Savijoki, K., 2009, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 8, 1, s. 246-255 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2008

Ciprofloxacin induces mutagenesis to antibiotic resistance independent of UmuC in Streptococcus uberis

Varhimo, E., Savijoki, K., Jefremoff, H., Jalava, J., Sukura, A. & Varmanen, P., 2008, julkaisussa : Environmental Microbiology. 10, 8, s. 2179-2183 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

ClpL is essential for induction of thermotolerance and is potentially part of the HrcA regulon in Lactobacillus gasseri

Suokko, A., Poutanen, M., Savijoki, K., Kalkkinen, N. & Varmanen, P., 2008, julkaisussa : Proteomics (Weinheim). 8, 5, s. 1029-1041 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Proteomic analysis of Chlamydia pneumoniae-infected HL cells reveals extensive degradation of cytoskeletal proteins

Savijoki, K., Alvesalo, J. K. O., Vuorela, P., Leinonen, M. & Kalkkinen, N., 2008, julkaisussa : FEMS Immunology and Medical Microbiology. 54, 3, s. 375-384 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2007

Clp ATPases and ClpP proteolytic complexes regulate vital biological processes in low GC, gram-positive bacteria

Frees, D., Savijoki, K., Varmanen, P. & Ingmer, H., 2007, julkaisussa : Molecular Microbiology. 63, 5, s. 1285-1295 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Identification of a novel streptococcal cassette mediating SOS mutagenesis in Streptococcus uberis

Varhimo, E., Savijoki, K., Jalava, J., Kuipers, O. P. & Varmanen, P., 2007, julkaisussa : Journal of Bacteriology. 189, 14, s. 5210-5222 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2006

New convenient defined media for [³S]methionine labelling and proteomic analyses of probiotic lactobacilli

Savijoki, K., Suokko, A., Palva, A. & Varmanen, P., 2006, julkaisussa : Letters in Applied Microbiology. 42, 3, s. 202-209 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Proteolytic systems of lactic acid bacteria

Savijoki, K., Ingmer, H. & Varmanen, P., 2006, julkaisussa : Applied Microbiology and Biotechnology. 71, 4, s. 394-406 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2005

Characterization of a mobile clpL gene from Lactobacillus rhamnosus

Suokko, A., Savijoki, K., Malinen, E., Palva, A. & Varmanen, P., 2005, julkaisussa : Applied and Environmental Microbiology. 71, 4, s. 2061-2069 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Effect of heat-shock and bile salts on protein synthesis of Bifidobacterium longum revealed by [35S]methionine labelling and two-dimensional gel electrophoresis

Savijoki, K., Suokko, A., Palva, A., Valmu, L., Kalkkinen, N. & Varmanen, P., 2005, julkaisussa : FEMS Microbiology Letters. 248, 2, s. 207-215 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu