Ei valokuvaa: Markus Vähä-Koskela

Markus Vähä-Koskela

20122018
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Henkilökohtainen profiili

Ansioluettelo

Language skills

Swedish (mother tongue), finnish (fluent), english (fluent), german (basic)

 Education & competence

Docent in virology (22.06.2015), Faculty Council of the Faculty of Medicine at University of Helsinki

Ph.D in biochemistry (09.10.2007),Department of Biochemistry and Pharmacy, Åbo Akademi, research group of Ari Hinkkanen

Thesis title: Construction and characterization of a replication-competent expression vector based on avirulent Semliki Forest virus

M.Sc in biochemistry (06.11.2001), Department of Biochemistry and Pharmacy, Åbo Akademi, research group of Ari Hinkkanen

Master’s thesis: Konstruktion av en bicistronisk expressionsvektor baserad på Semliki Forest virus A7(74), grade: laudatur (ECTS grade A)

Matriculation examination (1994), Ekenäs Gymnasium, Finland, 1994, final grade: 9.2, 4 laudatur of 6 in student’s examination

 Career

Senior researcher (July 2015 – present),Finnish Institute for Molecular Medicine, University of Helsinki, research group of Krister Wennerberg

Senior researcher, 1.5 years (Sep 2013 – June 2015),Institute of Biotechnology, University of Helsinki, research group of Päivi Ojala

Senior researcher, 2.5 years (Jan 2011 - Sep 2013),Haartman-institute, University of Helsinki, research group of Akseli Hemminki

Post-doctoral fellow, 3 years (Jan 2008 – Dec 2010), Ottawa Health Research Institute, Ottawa, Canada, research group of John Bell

Research scientist, 0.5 years (May 2007 - Dec 2007),Department of Biochemistry and Pharmacy, Åbo Akademi, research group of Ari Hinkkanen

Graduate student, 6 years (May 2001 - May 2007), Turku Graduate School of Biomedical Sciences.

Assistant, 1.5 years (1999 - May 2001), Department of Biochemistry and Pharmacy, Åbo Akademi.

Undergraduate student, 5 years (Sep 1995 - 2000), Department of Biochemistry and Pharmacy, Åbo Akademi

 Positions of responsibility

  1. Scientific Officer, Akseli Hemminki group, Jan 2011 - Sep 2013
  2. PhD thesis pre-examiner: Jere Pikkarainen, M. Sc, University of Eastern Finland, 2012
  3. PhD thesis pre-examiner: Vesa Turkki, M. Sc, University of Eastern Finland, 2013
  4. Thesis committee member: Mette Ilander, M. Sc, University of Helsinki, 2013 – present

Consulting

2008:   Wrote a business report on Jennerex Inc (now Sillajen, http://www.sillajen.com/) for BBG Equity Corporation, Ottawa, on behalf of Oculus Ventures Corporation, Ottawa, Canada

2013:   Consulting for Oncos Therapeutics Inc (http://oncos.com/), set up collaboration between Oncos and Tron, Mainz, Germany (http://tron-mainz.de/)

 Patents

  1. Co-inventor (10%) on WO/2013/038066 (Modified Oncolytic Vaccinia Virus), published on March 21 (agent: Borelius Co)
  2. Co-inventor (25%) on a patent on enhancing adoptive T cell therapy, submitted 15.05.2013 by Akseli Hemminki
  3. Co-inventor (30%) on a patent on modified oncolytic adenovirus, submitted fall 2013 by Vincenzo Cerullo, maintained by Helsinki Innovation Services. Funded by TEKES (EUR 250 000)

 Invited seminars & international speeches

  1. Invited seminar Semliki Forest virus expression vectors – Applications and future prospects (45 min) at Viikki Biocenter, Helsinki, 06.02.2003
  2. Presentation Oncolytic capacity of avirulent replicative Semliki Forest virus in human melanoma xenografts in SCID mice at European Society of Gene Therapy meeting, Tampere, 04 – 07.11.2004
  3. Invited seminar Semliki Forest virus – Vectors and applications (45 min), University College Cork, Ireland, 16.02.2006
  4. Invited seminar Semliki Forest virus – Prospects in cancer targeting (45 min) at Mayo Clinic Cancer Center, Rochester, MN, USA, 10.09.2007, and at Ottawa Health Research Institute, Canada, 11.09.2007
  5. Presentation Attenuated replicative alphavirus vector VA7 exhibits potent oncolytic activity against subcutaneous and orthotopic human glioblastoma xenografts in nude mice at European Society of Gene and Cell Therapy meeting, Rotterdam, Netherlands, 27 – 30.10.2007
  6. Presentation Attenuated Semliki Forest virus for glioblastoma targeting at 5th International Meeting on Replicating Oncolytic Virus Therapeutics, Banff, Alberta, Canada, 18 – 22.03.2009
  7. Invited seminar Enhancing oncolytic Semliki Forest virus potency by targeting innate defenses at German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Germany, 08.07.2009
  8. Invited seminar Progress and problems with heterologous combination virotherapy at Translational Oncoimmunology Institute (TRON), Mainz, Germany, 14.11.2012
  9. Presentation Prox1 regulates invasion and viral gene expression in lymphatic endothelial cells at 17th International Workshop on Kaposi’s Sarcoma Associated Herpesvirus (KSHV) and Related Agents, Beijing, China, 25-28.07.2014
  10. Invited seminar & docentship lecture Oncolytic viruses and tumor defenses at Haartman seminar series, University of Helsinki, 12.02.2015
  11. Invited seminar Cancer targeting by viruses – understanding and overcoming tumor defenses at Micro seminars, University of Turku, 11.11.2015

Funded grant applications

Personal stipends:

Turku University Hospital EVO stipend (2000); Magnus Ehrnrooths stiftelse (2003, 2011); Svenska kulturfonden (2003, 2004, 2005, 2011); K. Albin Johanssons stiftelse (2005, 2007, 2008); Medicinska Understödsföreningen Liv och Hälsa (2007, 2012, 2013, 2014); Waldemar von Frenckell’s stiftelse (2013); Otto Malms minnesfond; Tor, Joe och Pentti Borgs minnesfond (2004)

Salaries & post-doctoral grants:

The Academy of Finland post-doctoral grant (2 years, 2008), EUR 37800

Biocentrum Helsinki - partial salary (2011), EUR 22500

Project grants:

Helsinki University ERC Advanced Grant preparation support grant (2012), EUR 9500

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

Opetuskokemus

Assistentti, biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, tammikuu 1999 - toukokuu 2001 (1.5 vuotta).

Työkuvaan kuului kurssisisältöjen laatimista, kurssimateriaalin luomista, luento-opetusta, pienryhmäopetusta ja olennaisena osana käytännön laboratoriotöiden ohjausta. Tein kurssivihkot ja luentoesitykset seuraaviin kursseihin: Biokemi II (5 ov), Mikrobiologi (3 ov), Isotopteknik (2 ov), Molecular Biology (2 ov), Molekylär Bioteknik (1 ov), Practical Protein Chemistry (2 ov), Praktisk biokemi (1 ov), Räkneövningar i biokemi (2 ov). Oppilaita oli kursseista riippuen 6 - 30.

Kurssiapulainen ja vierailevia luennoitsija

1.        Kurssiapulainen, Molecular biology, biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 09.10 – 02.11.2001 (1 kk)

2.        Kurssiapulainen, Practical biochemistry, biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 13.11 – 13.12.2001 (1 kk)

3.        Vieraileva luennoitsija, Geeniterapia, 19.09.2001 ja 17.05.2004 (2 x 1 h), Katedralskolan i Åbo, Turku

4.        Vieraileva luennoitsija, Mikrobiologia, 02.11 ja 11.11.2005 (5 h), Yrkeshögskolan Sydväst i Åbo

5.        Vieraileva luennoitsija, 07.11.2014 (2 h), Advanced Immunology, kurssi 590346 (farmasia), 510041 (biotieteet), farmasian laitos, Helsingin yliopisto

Kurssisuunnittelua Helsingin yliopistossa

Kehitin Helsingin yliopiston yliopistopedagogiikan kurssilla Universitetspedagogik 1 & 2 (10 op) uuden kurssisuunnitelman, Advanced Immunology II, joka on syventävä jatkokurssi Advanced Immunology-kurssille (590346, farmasia). Kurssin suunnittelu sisällöstä arviointiperusteisiin on pitkälti valmis, ja vaikka kurssia ei ole vielä esitetty yliopiston ohjelmaan voidaan se hyvinkin nopeasti virallistaa suunnitelmieni pohjalta.

Opetuskokemus Helsingin yliopistossa

Pidin dosentuuriluennon Haartman seminars luentosarjassa 12.02.2015 josta sain kokonaisarvosanan 4/5. Lisäksi pidin Helsingin yliopiston yliopistopedagogiikan kurssilla UP 1&2 suullisen esitelmän josta sain erittäin positiivista palautetta - kurssin loppuarvosana 5/5.

Ohjatut, rekisteröidyt valmiit tai rekisteröidyt keskeneräiset opinnäytetyöt

Pro gradu-työn ohjaaja (co-supervisor roolissa):

  1. Jeanette Holmlund, Biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 2003
  2. Anu Mattila, , Biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 2005
  3. Linda Jansson, Biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 2005
  4. Riia Junnila, , Biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 2006
  5. Tiina Kuusinen, Biokemian ja farmasian laitos, Åbo Akademi, 2006

Rekisteröidyt projektityöt ulkomailla (co-supervisor roolissa):

  1. Michelle Becker, Honours project, Ottawa Hospital Research Institute, 2010
  2. Yongmin Choi, MD, Visiting researcher project, Ottawa Hospital Research Institute, 2010
  3. Anu Anandharz, Honours project, Ottawa Hospital Research Institute, 2010

Väitöskirjatyön ohjaaja (co-supervisor roolissa):

  1. Suvi Parviainen, PhD, Patologian laitos, Haartman-instituutti, Helsingin yliopisto, 24.04.2015
  2. Kristian Taipale, Med Lic, Patologian laitos, Haartman-instituutti, Helsingin yliopisto
  3. Siri Tähtinen, MSc, Patologian laitos, Haartman-instituutti, Helsingin yliopisto
  4. Karoliina Autio, Vet Lic, Patologian laitos, Haartman-instituutti, Helsingin yliopisto

Väitöskirjan esitarkastaja:

  1. Jere Pikkarainen, MSc, Seppo Ylä-Herttualan ryhmä, Itä-Suomen yliopisto, Huhtikuu 2012
  2. Vesa Turkki, MSc, Seppo Ylä-Herttualan ryhmä, Itä-Suomen yliopisto, Huhtikuu 2013

Ohjaajaryhmän jäsen:

  1. Mette Ilander, MSc, Satu Mustjoen ryhmä, Lääketieteellinen tiedekunta, Helsingin yliopisto, 2013 ->

Opetuskatsomus - lyhyt käytännön kuvaus

Painotan ongelmaperäistä oppimista ja pienryhmätyötä. Esitän avoimia kysymyksiä joihin oppilaat saavat itse etsiä vastauksia ja annan rakentavaa palautetta jossa tähtään siihen että oppilaan tiedonhankkimiskyky sekä hänen kykynsä dekonstruoida kompleksia tietoa paranisi. Madaltamalla opettajan ja oppilaan välistä luontevan kommunikoinnin kynnystä, haihduttamalla pelkoja sekä tukemalla oppilaan omaa innostusta/inspiraatiota pyrin lisäämään syväoppimista. Kurssisisältö ja arviointiperusteet rakennetaan Bloomsin taksonomian mukaisesti (must know - should know - nice to know).

Käytännön ohjauksessani pyrin useimmiten asettumaan oppilaan tasolle, luoden heti alusta turvallisen ilmapiirin joka kannustaa kysymään, kyseenalaistamaan ja miettimään itse. Etsin aina aiheista uusimmat havainnot ja eritysesti ratkaisemattomat kysymykset joita tuon esille keskusteltavaksi. Käytän ulkopuolisia asiantuntijoita jotka osaltaan saavat esittää ongelmiaan omista työtilanteistaan oppilaiden mietittäväksi ja ratkottavaksi, ja pyrin viemään oppilaat oikeiden ongelmien äärelle - esimerkiksi käymällä erilaisissa työympäristöissä paikan päällä.

Tieteenalat

  • 3111 Biolääketieteet

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.

Julkaisut 2012 2018

  • 27 Artikkeli
  • 5 Kirjan luku tai artikkeli
  • 1 Katsausartikkeli

Cancer-Targeted Oncolytic Adenoviruses for Modulation of the Immune System

Cerullo, V., Capasso, C., Vähä-Koskela, M., Hemminki, O. & Hemminki, A., 2018, julkaisussa : Current Cancer Drug Targets. 18, 2, s. 124-138 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Drug Target Commons: A Community Effort to Build a Consensus Knowledge Base for Drug-Target Interactions

Tang, J., Tanoli, Z-R., Ravikumar, B., Alam, Z., Rebane, A., Vähä-Koskela, M., Peddinti, G., van Adrichem, A. J., Wakkinen, J., Jaiswal, A., Karjalainen, E., Gautam, P., He, L., Parri, E., Khan, S., Gupta, A., Ali, M., Yetukuri, L., Gustavsson, A-L., Seashore-Ludlow, B. & 6 muutaHersey, A., Leach, A. R., Overington, J. P., Repasky, G., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 helmikuuta 2018, julkaisussa : Cell chemical biology. 25, 2, s. 224-+ 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Drug Target Commons 2.0: a community platform for systematic analysis of drug target interaction profiles

Tanoli, Z., Alam, Z., Vähä-Koskela, M., Ravikumar, B., Malyutina, A., Jaiswal, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 13 syyskuuta 2018, julkaisussa : Database-The journal of biological databases and curation. 13 Sivumäärä, 083.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

PROX1 is a transcriptional regulator of MMP14

Gramolelli, S., Cheng, J., Martinez-Corral, I., Vähä-Koskela, M., Elbasani, E., Kaivanto, E., Rantanen, V., Tuohinto, K., Hautaniemi, S., Bower, M., Haglund, C., Alitalo, K., Mäkinen, T., Petrova, T. V., Lehti, K. & Ojala, P. M., 22 kesäkuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 13 Sivumäärä, 9531.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Antiviral Properties of Chemical Inhibitors of Cellular Anti-Apoptotic Bcl-2 Proteins

Bulanova, D., Ianevski, A., Bugai, A., Akimov, Y., Kuivanen, S., Paavilainen, H., Kakkola, L., Nandania, J., Turunen, L., Ohman, T., Ala-Hongisto, H., Pesonen, H. M., Kuisma, M. S., Honkimaa, A., Walton, E. L., Oksenych, V., Lorey, M. B., Guschin, D., Shim, J., Kim, J. & 23 muutaThan, T. T., Chang, S. Y., Hukkanen, V., Kulesskiy, E., Marjomaki, V. S., Julkunen, I., Nyman, T. A., Matikainen, S., Saarela, J. S., Sane, F., Hober, D., Gabriel, G., De Brabander, J. K., Martikainen, M., Windisch, M. P., Min, J-Y., Bruzzone, R., Aittokallio, T., Vaha-Koskela, M., Vapalahti, O., Pulk, A., Velagapudi, V. & Kainov, D. E., lokakuuta 2017, julkaisussa : Viruses. 9, 10, 15 Sivumäärä, 271.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto