Mohieddin Jafari

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2014 2016 2018 2019 2021 2022

• 39 Artikkeli
• 2 Konferenssiesitys
• 1 Pääkirjoitus
• 1 Kirje
• 1 Muut aineistot
  • 1 Katsausartikkeli

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2022

  A community challenge for a pancancer drug mechanism of action inference from perturbational profile data

  Douglass Jr., E. F., Allaway, R. J., Szalai, B., Wang, W., Tian, T., Fernández-Torras, A., Realubit, R., Karan, C., Zheng, S., Pessia, A., Tanoli, Z., Jafari, M., Wan, F., Li, S., Xiong, Y., Duran-Frigola, M., Bertoni, M., Badia-i-Mompel, P., Mateo, L., Guitart-Pla, O., & 8 muutaChung, V., Tang, J., Zeng, J., Aloy, P., Saez-Rodriguez, J., Guinney, J., Gerhard, D. S. & Califano, A., 18 tammik. 2022, julkaisussa: Cell Reports Medicine. 3, 1, 20 Sivumäärä, 100492.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Bipartite network models to design combination therapies in acute myeloid leukaemia

  Jafari, M., Mirzaie, M., Bao, J., Barneh, F., Zheng, S., Eriksson, J., Heckman, C. A. & Tang, J., 19 huhtik. 2022, julkaisussa: Nature Communications. 13, 1, 12 Sivumäärä, 2128.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• The ENDS of assumptions; an online tool for the Epistemic Nonparametric Drug-response Scoring

  Amiryousefi, A., Williams, B., Jafari, M. & Tang, J., kesäk. 2022, julkaisussa: Bioinformatics. 38, 11, s. 3132-3133 2 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2021

  ANGIOTENSIN RECEPTOR BLOCKER LOSARTAN INHIBITS TUMOR GROWTH OF COLORECTAL CANCER

  Hashemzehi, M., Rahmani, F., Khoshakhlagh, M., Avan, A., Asgharzadeh, F., Barneh, F., Moradi-Marjaneh, R., Soleimani, A., Fiuji, H., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., 2021, julkaisussa: EXCLI Journal. 20, s. 506-521 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Downregulation of ITM2A Gene Expression in Macrophages of Patients with Ankylosing Spondylitis

  Lari, A., Gholami Pourbadie, H., Jafari, M., Sharifi-Zarchi, A., Akhtari, M., Nejatbakhsh Samimi, L., Jamshidi, A. & Mahmoudi, M., marrask. 2021, julkaisussa: International Archives of Allergy and Immunology. 182, 11, s. 1113–1121 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Efficacy of Persian medicine herbal formulations (capsules and decoction) compared to standard care in patients with COVID-19, a multicenter open-labeled, randomized, controlled clinical trial

  Karimi, M., Zarei, A., Soleymani, S., Jamalimoghadamsiahkali, S., Asadi, A., Shati, M., Jafari, M., Rezadoost, H., Kordafshar, G., Naghizadeh, A., Mardi, R., Namiranian, P., Khamechi, S. P., Ansari, N., Adel Mehraban, M. S., Aliakbarzadeh, H., Khanavi, M., Esmaealzadeh, N., Moravveji, A., Salahi, M., & 17 muutaKhoi, M., Razzaghi, R., Banafshe, H. R., Alizadeh, M., Akhbari, M., Atharizadeh, M., Izadikhah, A., Elsagh, M., Hossein Zade Ghahnavieh, M., Eghbalian, F., Vanai, A., Izadi, H., Moravej, S. A. A., Jazayeri, S. F., Bayat, H., Emadi Koochak, H. & Zargaran, A., marrask. 2021, julkaisussa: Phytotherapy Research. 35, 11, s. 6295-6309 15 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) versus adult T-cell leukemia/lymphoma (ATLL)

  Zarei-Ghobadi, M., Sheikhi, M., Teymoori-Rad, M., Yaslianifard, S., Norouzi, M., Yaslianifard, S., Faraji, R., Farahmand, M., Bayat, S., Jafari, M. & Mozhgani, S-H., 23 maalisk. 2021, julkaisussa: BMC research notes. 14, 1, 7 Sivumäärä, 109.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Identification of Celecoxib targeted proteins using label-free thermal proteome profiling on rat hippocampus

  Gholizadeh, E., Karbalaei, R., Khaleghian, A., Salimi, M., Gilany, K., Soliymani, R., Tanoli, Z., Rezadoost, H., Baumann, M., Jafari, M. & Tang, J., 1 toukok. 2021, julkaisussa: Molecular pharmacology : an international journal. 99, 5, s. 308-318 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• IrGO: Iranian traditional medicine General Ontology and knowledge base

  Naghizadeh, A., Salamat, M., Hamzeian, D., Akbari, S., Rezaeizadeh, H., Vaghasloo, M. A., Karbalaei, R., Mirzaie, M., Karimi, M. & Jafari, M., 16 huhtik. 2021, julkaisussa: Journal of biomedical semantics. 12, 1, 11 Sivumäärä, 9.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Metabolomic signature of amino acids in plasma of patients with non-segmental Vitiligo

  Marzabani, R., Rezadoost, H., Choopanian, P., Kolahdooz, S., Mozafari, N., Mirzaie, M., Karimi, M., Nieminen, A. & Jafari, M., lokak. 2021, julkaisussa: Metabolomics. 17, 10, 11 Sivumäärä, 92.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Metformin inhibits polyphosphate-induced hyper-permeability and inflammation

  Asgharzadeh, F., Barneh, F., Fakhraie, M., Barkhordar, S. L. A., Shabani, M., Soleimani, A., Rahmani, F., Ariakia, F., Mehraban, S., Avan, A., Hashemzehi, M., Arjmand, M-H., Behnam-Rassouli, R., Jaberi, N., Sayyed-Hosseinian, S-H., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., lokak. 2021, julkaisussa: International Immunopharmacology. 99, 10 Sivumäärä, 107937.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Network-based modeling of herb combinations in traditional Chinese medicine

  Wang, Y., Yang, H., Chen, L., Jafari, M. & Tang, J., syysk. 2021, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 22, 5, s. 1-13 13 Sivumäärä, 106.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Rigosertib elicits potent anti-tumor responses in colorectal cancer by inhibiting Ras signaling pathway

  Rahmani, F., Hashemzehi, M., Avan, A., Barneh, F., Asgharzadeh, F., Marjaneh, R. M., Soleimani, A., Parizadeh, M., Ferns, G. A., Mobarhan, M. G., Ryzhikov, M., Afshari, A. R., Ahmadian, M. R., Giovannetti, E., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., syysk. 2021, julkaisussa: Cellular Signalling. 85, 14 Sivumäärä, 110069.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2020

  Can We Assume the Gene Expression Profile as a Proxy for Signaling Network Activity?

  Piran, M., Karbalaei, R., Piran, M., Aldahdooh, J., Mirzaie, M., Ansari-Pour, N., Tang, J. & Jafari, M., kesäk. 2020, julkaisussa: Biomolecules. 10, 6, 15 Sivumäärä, 850.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Intraperitoneal Administration of Telmisartan Prevents Postsurgical Adhesion Band Formation

  Arjmand, M-H., Zahedi-Avval, F., Barneh, F., Mousavi, S. H., Asgharzadeh, F., Hashemzehi, M., Soleimani, A., Avan, A., Fakhraie, M., Nasiri, S. N., Mehraban, S., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., huhtik. 2020, julkaisussa: Journal of Surgical Research. 248, s. 171-181 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Rigosertib potently protects against colitis-associated intestinal fibrosis and inflammation by regulating PI3K/AKT and NF-kappa B signaling pathways

  Rahmani, F., Asgharzadeh, F., Avan, A., Barneh, F., Parizadeh, M. R., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Ahmadian, M. R., Giovannetti, E., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., 15 toukok. 2020, julkaisussa: Life Sciences. 249, 10 Sivumäärä, 117470.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• UNaProd: A Universal Natural Product Database for Materia Medica of Iranian Traditional Medicine

  Naghizadeh, A., Hamzeheian, D., Akbari, S., Mohammadi, F., Otoufat, T., Asgari, S., Zarei, A., Noroozi, S., Nasiri, N., Salamat, M., Karbalaei, R., Mirzaie, M., Rezaeizadeh, H., Karimi, M. & Jafari, M., 13 toukok. 2020, julkaisussa: Evidence-based complementary and alternative medicine. 2020, 14 Sivumäärä, 3690781.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2019

  An insight to HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) pathogenesis; evidence from high-throughput data integration and meta-analysis

  Mozhgani, S-H., Piran, M., Zarei-Ghobadi, M., Jafari, M., Jazayeri, S-M., Mokhtari-Azad, T., Teymoori-Rad, M., Valizadeh, N., Farajifard, H., Mirzaie, M., Khamseh, A., Rafatpanah, H., Rezaee, S-A. & Norouzi, M., 30 jouluk. 2019, julkaisussa: Retrovirology. 16, 1, 11 Sivumäärä, 46.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• CINNA: an R/CRAN package to decipher Central Informative Nodes in Network Analysis

  Ashtiani, M., Mirzaie, M. & Jafari, M., 15 huhtik. 2019, julkaisussa: Bioinformatics. 35, 8, s. 1436-1437 2 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• DrugComb: an integrative cancer drug combination data portal

  Zagidullin, B., Aldahdooh, J., Zheng, S., Wang, W., Wang, Y., Saad, J., Malyutina, A., Jafari, M., Tanoli, Z., Pessia, A. & Tang, J., 2 heinäk. 2019, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 47, W1, s. W43-W51 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• IMMAN: an R/Bioconductor package for Interolog protein network reconstruction, mapping and mining analysis

  Ashtiani, M., Nickchi, P., Jahangiri-Tazehkand, S., Safari, A., Mirzaie, M. & Jafari, M., 12 helmik. 2019, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 20, 4 Sivumäärä, 73.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Integrated use of bioinformatic resources reveals that co-targeting of histone deacetylases, IKBK and SRC inhibits epithelial-mesenchymal transition in cancer

  Barneh, F., Mirzaie, M., Nickchi, P., Tan, T. Z., Thiery, J. P., Piran, M., Salimi, M., Goshadrou, F., Aref, A. R. & Jafari, M., maalisk. 2019, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 20, 2, s. 717-731 15 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

• Predicting Meridian in Chinese traditional medicine using machine learning approaches

  Wang, Y., Jafari, M., Tang, Y. & Tang, J., 25 marrask. 2019, julkaisussa: PLoS Computational Biology. 15, 11, 21 Sivumäärä, 1007249.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  A systematic survey of centrality measures for protein-protein interaction networks

  Ashtiani, M., Salehzadeh-Yazdi, A., Razaghi-Moghadam, Z., Hennig, H., Wolkenhauer, O., Mirzaie, M. & Jafari, M., 31 heinäk. 2018, julkaisussa: BMC Systems Biology. 12, 1, 17 Sivumäärä, 80.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Human T-lymphotropic virus 1 (HTLV-1) pathogenesis: A systems virology study

  Mozhgani, S-H., Zarei-Ghobadi, M., Teymoori-Rad, M., Mokhtari-Azad, T., Mirzaie, M., Sheikhi, M., Jazayeri, S-M., Shahbahrami, R., Ghourchian, H., Jafari, M., Rezaee, S-A. & Norouzi, M., toukok. 2018, julkaisussa: Journal of Cellular Biochemistry. 119, 5, s. 3968-3979 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Phytosomal-curcumin antagonizes cell growth and migration, induced by thrombin through AMP-Kinase in breast cancer

  Hashemzehi, M., Behnam-Rassouli, R., Hassanian, S. M., Moradi-Binabaj, M., Moradi-Marjaneh, R., Rahmani, F., Fiuji, H., Jamili, M., Mirahmadi, M., Boromand, N., Piran, M., Jafari, M., Sahebkar, A., Avan, A. & Khazaei, M., heinäk. 2018, julkaisussa: Journal of Cellular Biochemistry. 119, 7, s. 5996-6007 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Systems biology recalls to us some aspects of traditional medicine

  Jafari, M. & Karimi, M., 2018, julkaisussa: F1000Research. 7, s. 1080 1 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen

  Open access

  Tiedosto

• Valproic acid inhibits the protective effects of stromal cells against chemotherapy in breast cancer: Insights from proteomics and systems biology

  Barneh, F., Salimi, M., Goshadrou, F., Ashtiani, M., Mirzaie, M., Zali, H. & Jafari, M., marrask. 2018, julkaisussa: Journal of Cellular Biochemistry. 119, 11, s. 9270-9283 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2017

  A logic-based dynamic modeling approach to explicate the evolution of the central dogma of molecular biology

  Jafari, M., Ansari-Pour, N., Azimzadeh, S. & Mirzaie, M., 21 jouluk. 2017, julkaisussa: PLoS One. 12, 12, 14 Sivumäärä, 0189922.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2016

  Extraction and analysis of signatures from the Gene Expression Omnibus by the crowd

  Wang, Z., Monteiro, C. D., Jagodnik, K. M., Fernandez, N. F., Gundersen, G. W., Rouillard, A. D., Jenkins, S. L., Feldmann, A. S., Hu, K. S., McDermott, M. G., Duan, Q., Clark, N. R., Jones, M. R., Kou, Y., Goff, T., Woodland, H., Amaral, F. M. R., Szeto, G. L., Fuchs, O., Rose, S. M. S-F., & 29 muutaSharma, S., Schwartz, U., Bengoetxea Bausela, X., Szymkiewicz, M., Maroulis, V., Salykin, A., Barra, C. M., Kruth, C. D., Bongio, N. J., Mathur, V., Todoric, R. D., Rubin, U. E., Malatras, A., Fulp, C. T., Galindo, J. A., Motiejunaite, R., Jueschke, C., Dishuck, P. C., Lahl, K., Jafari, M., Aibar, S., Zaravinos, A., Steenhuizen, L. H., Allison, L. R., Gamallo, P., de Andres Segura, F., Devlin, T. D., Perez-Garcia, V. & Ma'ayan, A., syysk. 2016, julkaisussa: Nature Communications. 7, 11 Sivumäärä, 12846.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Polarity-based fractionation in proteomics: hydrophilic interaction vs reversed-phase liquid chromatography

  Jafari, M., Mirzaie, M., Khodabandeh, M., Rezadoost, H., Ghassempour, A. & Aboul-Enein, H. Y., heinäk. 2016, julkaisussa: Biomedical Chromatography. 30, 7, s. 1036-1041 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Proteomics of hot-wet and cold-dry temperaments proposed in Iranian traditional medicine: a Network-based Study

  Rezadoost, H., Karimi, M. & Jafari, M., 25 heinäk. 2016, julkaisussa: Scientific Reports. 6, 8 Sivumäärä, 30133.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Systems Biomedicine of Rabies Delineates the Affected Signaling Pathways

  Jamalkandi, S. A., Mozhgani, S-H., Pourbadie, H. G., Mirzaie, M., Noorbakhsh, F., Vaziri, B., Gholami, A., Ansari-Pour, N. & Jafari, M., 7 marrask. 2016, julkaisussa: Frontiers in Microbiology. 7, 22 Sivumäärä, 1688.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Testis-Specific Y-Centric Protein Protein Interaction Network Provides Clues to the Etiology of Severe Spermatogenic Failure

  Ansari-Pour, N., Razaghi-Moghadam, Z., Barneh, F. & Jafari, M., maalisk. 2016, julkaisussa: Journal of Proteome Research. 15, 3, s. 1011-1022 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Updates on drug-target network; facilitating polypharmacology and data integration by growth of DrugBank database

  Barneh, F., Jafari, M. & Mirzaie, M., marrask. 2016, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 17, 6, s. 1070-1080 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2015

  Interlog protein network: an evolutionary benchmark of protein interaction networks for the evaluation of clustering algorithms

  Jafari, M., Mirzaie, M. & Sadeghi, M., 5 lokak. 2015, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 16, 9 Sivumäärä, 319.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• PEIMAN 1.0: Post-translational modification Enrichment, Integration and Matching ANalysis

  Nickchi, P., Jafari, M. & Kalantari, S., 23 huhtik. 2015, julkaisussa: Database-The journal of biological databases and curation. 10 Sivumäärä, bav037 .

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Signaling network of lipids as a comprehensive scaffold for omics data integration in sputum of COPD patients

  Jamalkandi, S. A., Mirzaie, M., Jafari, M., Mehrani, H., Shariati, P. & Khodabandeh, M., lokak. 2015, julkaisussa: Biochimica and Biophysica Acta. Molecular and Cell Biology of Lipids. 1851, 10, s. 1383-1393 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2014

  Proteomics and Traditional Medicine: New Aspect in Explanation of Temperaments

  Jafari, M., Rezadoost, H., Karimi, M., Mirzaie, M., Rezaie-Tavirani, M., Khodabandeh, M., Kordafshari, G., Abbasian, N., Nickchi, P., Gilany, K. & Ghassempour, A., 2014, julkaisussa: Forschende komplementarmedizin. 21, 4, s. 250-253 4 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu