Niko Välimäki

20072019
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2007 2019

2019

Retrotransposon insertions can initiate colorectal cancer and are associated with poor survival

Cajuso, T., Sulo, P., Tanskanen, T., Katainen, R., Taira, A., Hanninen, U. A., Kondelin, J., Forsstrom, L., Valimaki, N., Aavikko, M., Kaasinen, E., Ristimaki, A., Koskensalo, S., Lepisto, A., Renkonen-Sinisalo, L., Seppala, T., Kuopio, T., Bohm, J., Mecklin, J-P., Kilpivaara, O. & 3 muutaPitkanen, E., Palin, K. & Aaltonen, L. A., 6 syyskuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 9 Sivumäärä, 4022.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The Contribution of Genetic Variation of Streptococcus pneumoniae to the Clinical Manifestation of Invasive Pneumococcal Disease

Cremers, A. J. H., Mobegi, F. M., van der Gaast-de Jongh, C., van Weert, M., van Opzeeland, F. J., Vehkala, M., Knol, M. J., Bootsma, H. J., Välimaki, N., Croucher, N. J., Meis, J. F., Bentley, S., van Hijum, S. A. F. T., Corander, J., Zomer, A. L., Ferwerda, G. & de Jonge, M. I., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Clinical Infectious Diseases. 68, 1, s. 61-69 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2018

Comprehensive evaluation of coding region point mutations in microsatellite-unstable colorectal cancer

Kondelin, J., Salokas, K., Saarinen, L., Ovaska, K., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M., Hamberg, J., Liu, X., Yadav, L., Gylfe, A. E., Cajuso, T., Hänninen, U. A., Palin, K., Ristolainen, H., Katainen, R., Kaasinen, E., Tanskanen, T., Aavikko, M., Taipale, M., Taipale, J. & 17 muutaRenkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Koskensalo, S., Böhm, J., Mecklin, J-P., Ongen, H., Dermitzakis, E. T., Kilpivaara, O., Vahteristo, P., Turunen, M., Hautaniemi, S., Tuupanen, S., Karhu, A., Välimäki, N., Varjosalo, M., Pitkänen, E. & Aaltonen, L. A., 2018, julkaisussa : EMBO molecular medicine. 10, 9, 20 Sivumäärä, e8552.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer

Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M. & 20 muutaTaira, A., Sulo, P., Hartonen, T., Dave, K., Schmierer, B., Botla, S., Sokolova, M., Vähärautio, A., Gladysz, K., Ongen, H., Dermitzakis, E., Bramsen, J. B., Orntoft, T. F., Andersen, C. L., Ristimäki, A., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J-P., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 10 syyskuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 9 Sivumäärä, 3664.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma

Hänninen, U. A., Katainen, R., Tanskanen, T., Plaketti, R-M., Laine, R., Hamberg, J., Ristimäki, A., Pukkala, E., Taipale, M., Mecklin, J-P., Forsström, L. M., Pitkänen, E., Palin, K., Välimäki, N., Mäkinen, N. & Aaltonen, L. A., maaliskuuta 2018, julkaisussa : PLoS Genetics. 14, 3, 23 Sivumäärä, 1007200.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genetic predisposition to uterine leiomyoma is determined by loci for genitourinary development and genome stability

Valimaki, N., Kuisma, H., Pasanen, A., Heikinheimo, O., Sjoberg, J., Butzow, R., Sarvilinna, N., Heinonen, H-R., Tolvanen, J., Bramante, S., Tanskanen, T., Auvinen, J., Uimari, O., Alkodsi, A., Lehtonen, R., Kaasinen, E., Palin, K. & Aaltonen, L. A., 18 syyskuuta 2018, julkaisussa : eLife. 7, 50 Sivumäärä, 37110.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome-wide association study and meta-analysis in Northern European populations replicate multiple colorectal cancer risk loci

Tanskanen, T., van den Berg, L., Valimaki, N., Aavikko, M., Ness-Jensen, E., Hveem, K., Wettergren, Y., Lindskog, E. B., Tonisson, N., Metspalu, A., Silander, K., Orlando, G., Law, P. J., Tuupanen, S., Gylfe, A. E., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Sarin, A-P., Pukkala, E. & 40 muutaJousilahti, P., Salomaa, V., Ripatti, S., Palotie, A., Jarvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Bohm, J., Mecklin, J-P., Al-Tassan, N. A., Palles, C., Martin, L., Barclay, E., Tenesa, A., Farrington, S. M., Timofeeva, M. N., Meyer, B. F., Wakil, S. M., Campbell, H., Smith, C. G., Idziaszczyk, S., Maughan, T. S., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Buchanan, D. D., Win, A. K., Hopper, J., Jenkins, M. A., Newcomb, P. A., Gallinger, S., Conti, D., Schumacher, F. R., Casey, G., Cheadle, J. P., Dunlop, M. G., Tomlinson, I. P., Houlston, R. S., Palin, K. & Aaltonen, L. A., 1 helmikuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Cancer. 142, 3, s. 540-546 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling

Valenzuela, D., Norri, T., Välimäki, N., Pitkänen, E. & Mäkinen, V., 9 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Genomics. 19, 8 Sivumäärä, 87.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

Global and regional dissemination and evolution of Burkholderia pseudomallei

Chewapreecha, C., Holden, M. T. G., Vehkala, M., Välimäki, N., Yang, Z., Harris, S. R., Mather, A. E., Tuanyok, A., De Smet, B., Le Hello, S., Bizet, C., Mayo, M., Wuthiekanun, V., Limmathurotsakul, D., Phetsouvanh, R., Spratt, B. G., Corander, J., Keim, P., Dougan, G., Dance, D. A. B. & 3 muutaCurrie, B. J., Parkhill, J. & Peacock, S. J., huhtikuuta 2017, julkaisussa : Nature Reviews, Microbiology. 2, 4, 8 Sivumäärä, 16263.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2016

Combined Analysis of Variation in Core, Accessory and Regulatory Genome Regions Provides a Super-Resolution View into the Evolution of Bacterial Populations

McNally, A., Oren, Y., Kelly, D., Pascoe, B., Dunn, S., Sreecharan, T., Vehkala, M., Välimäki, N., Prentice, M. B., Ashour, A., Avram, O., Pupko, T., Dobrindt, U., Literak, I., Guenther, S., Schaufler, K., Wieler, L. H., Zong Zhiyong, Sheppard, S. K., McInerney, J. O. & 1 muutaCorander, J., syyskuuta 2016, julkaisussa : PLoS Genetics. 12, 9, 16 Sivumäärä, 1006280.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Monomorphic genotypes within a generalist lineage of Campylobacter jejuni show signs of global dispersion

Llarena, A-K., Zhang, J., Vehkala, M., Välimäki, N., Hakkinen, M., Hänninen, M-L., Roasto, M., Mäesaar, M., Taboada, E., Barker, D., Garofolo, G., Cammà, C., Di Giannatale, E., Corander, J. & Rossi, M., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Microbial Genomics. 2, 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes

Lees, J. A., Vehkala, M., Välimäki, N., Harris, S. R., Chewapreecha, C., Croucher, N. J., Marttinen, P., Davies, M. R., Steer, A. C., Tong, S. Y. C., Honkela, A., Parkhill, J., Bentley, S. & Corander, J., 16 syyskuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, 8 Sivumäärä, 12797.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

CTCF/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer

Katainen, R., Dave, K., Pitkänen, E., Palin, K., Kivioja, T., Valimaki, N., Gylfe, A. E., Ristolainen, H., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Tanskanen, T., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Kaasinen, E., Kilpivaara, O., Tuupanen, S., Enge, M. & 2 muutaTaipale, J. & Aaltonen, L. A., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Nature Genetics. 47, 7, s. 818-+

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., maaliskuuta 2015, julkaisussa : Software: Practice & Experience. 45, 3, s. 399-434 36 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genomic signatures of human and animal disease in the zoonotic pathogen Streptococcus suis

Weinert, L. A., Chaudhuri, R. R., Wang, J., Peters, S. E., Corander, J., Jombart, T., Baig, A., Howell, K. J., Vehkala, M., Valimaki, N., Harris, D., Tran Thi Bich Chieu, Nguyen Van Vinh Chau, Campbell, J., Schultsz, C., Parkhill, J., Bentley, S. D., Langford, P. R., Rycroft, A. N., Wren, B. W. & 7 muutaFarrar, J., Baker, S., Ngo Thi Hoa, Holden, M. T. G., Tucker, A. W., Maskell, D. J. & BRaDP1T Consortium, maaliskuuta 2015, julkaisussa : Nature Communications. 6, 9 Sivumäärä, 6740.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Whole-Genome Sequencing of Growth Hormone (GH) - secreting Pituitary Adenomas

Välimäki, N., Demir, H., Pitkänen, E. A., Kaasinen, E., Karppinen, A., Kivipelto, L. J., Schalin-Jäntti, C. B. M., Aaltonen, L. A. & Karhu, A. I., 2015, julkaisussa : Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 100, 10, s. 3918-3927 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2014

Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples

Seth, S., Valimaki, N., Kaski, S. & Honkela, A., 1 syyskuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. 2471-2479 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Frequent L1 retrotranspositions originating from TTC28 in colorectal cancer

Pitkanen, E., Cajuso Pons, T., Katainen, R., Kaasinen, E., Valimaki, N., Palin, K., Taipale, J., Aaltonen, L. A. & Kilpivaara, O., 2014, julkaisussa : Oncotarget. 5, 3, s. 853-859 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Indexing Graphs for Path Queries with Applications in Genome Research

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 11, 2, s. 375-388 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-pattern matching with bidirectional indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2014, julkaisussa : Journal of Discrete Algorithms. 24, s. 26-39 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Random Projection Based Clustering for Population Genomics

Tasoulis, S., Cheng, L., Välimäki, N., Croucher, N., Harris, S., Hanage, W., Roos, T. & Corander, J., 2014, Big Data (Big Data), 2014 IEEE International Conference on . IEEE, s. 675 - 682

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 muutaQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., syyskuuta 2014, julkaisussa : Nature Communications. 5, 9 Sivumäärä, 4737.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

Scalable and Versatile k-mer Indexing for High-Throughput Sequencing Data

Välimäki, N. & Rivals, E., 2013, Bioinformatics Research and Applications: 9th International Symposium, ISBRA 2013, Charlotte, NC, USA, May 20-22, 2013. Proceedings. Cai, Z., Eulenstein, O., Janies, D. & Schwartz, D. (toim.). Springer-Verlag, s. 237-248 (Lecture Notes in Computer Science ; Vuosikerta 7875).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Approximate all-pairs suffix/prefix overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2012, julkaisussa : Information and Computation. 213, s. 49-58 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Distributed String Mining for High-Throughput Sequencing Data

Välimäki, N. & Puglisi, S. J., 2012, Algorithms in Bioinformatics: 12th International Workshop, WABI 2012, Ljubljana, Slovenia, September 10-12, 2012. Proceedings. Raphael, B. & Tang, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 441-452 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7534).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Efficient Path Kernels for Reaction Function Prediction

Heinonen, M., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Rousu, J., 2012, 3rd International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, 1-4 Feb 2012, Algarve, Portugal.: Proceedings. 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Forbidden Patterns

Fischer, J., Gagie, T., Kopelowitz, T., Lewenstein, M., Mäkinen, V., Salmela, L. & Välimäki, N., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Fernández-Baca, D. (toim.). Springer-Verlag, s. 327-337 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7256).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Least Random Suffix/Prefix Matches in Output-Sensitive Time

Välimäki, N., 2012, Combinatorial Pattern Matching: 23rd Annual Symposium, CPM 2012, Helsinki, Finland, July 3-5, 2012. Proceedings. Kärkkäinen, J. & Stoye, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 269-279 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7354).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-Pattern Matching with Bidirectional Indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2012, Computing and Combinatorics: 18th Annual International Conference, COCOON 2012, Sydney, Australia, August 20-22, 2012. Proceedings. Gudmundsson, J., Mestre, J. & Viglas, T. (toim.). Springer-Verlag, s. 384-395 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7434).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2011

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Indexing Finite Language Representation of Population Genotypes

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2011, Algorithms in Bioinformatics: 11th International Workshop, WABI 2011. Przytycka, T. M. & Sagot, M-F. (toim.). Springer, s. 270-281 (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 6833).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2010

Approximate All-Pairs Suffix/Prefix Overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2010, CPM 2010: Proceedings of the 21st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching . Germany: Springer-Verlag, Vuosikerta 21. s. 76-87 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6129).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, ICDE 2010: 26th IEEE International Conference on Data Engineering. IEEE Computer Society, s. 417-428 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, julkaisussa : Journal of Computational Biology. 17, 3, s. 281-308 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Unified view of backward backtracking in short read mapping

Mäkinen, V., Välimäki, N., Laaksonen, A. & Katainen, R., 2010, Algorithms and applications: Essays dedicated to Esko Ukkonen on the occasion of his 60th birthday. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (toim.). Springer-Verlag, 14 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 2010, nro 6060).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2009

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, julkaisussa : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2009, Research in Computational Molecular Biology: 13th Annual International Conference, RECOMB 2009. Batzoglou, S. (toim.). Springer, s. 121-137 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 5541).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2008

Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections

Sirén, J., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, String Processing and Information Retrieval: 15th International Symposium, SPIRE 2008. Amir, A., Turpin, A. & Moffat, A. (toim.). Springer, s. 164-175 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 5280).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Run-length compressed indexes for repetitive sequence collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 39 Sivumäärä (Department of Computer Science Series of Publications C)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

Space-efficient string mining under frequency constraints

Fischer, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2008, Eighth IEEE International Conference on Data Mining, ICDM 2008, 15-19 December, 2008, Pisa, Italy: IEEE Computer Society 2008. s. 193-202 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes (extended abstract)

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. 14 Sivumäärä (Dagstuhl seminar proceedings; nro 08261).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes and other repetitive sequence collections

Mäkinen, V., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 18 Sivumäärä (Department of Computer Science Series of Publications C)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

2007

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, Experimental Algorithms. Springer-Verlag, s. 217-228 12 Sivumäärä (LNCS; Vuosikerta 4525).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Space-efficient algorithms for document retrieval

Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2007, Combinatorial pattern matching. s. 205-215 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Tiiviit loppuosaindeksit tiedonhaussa

Välimäki, N., 2007

Tutkimustuotos: OpinnäytePro graduOpinnäytteet