• PL 63 (Haartmaninkatu 8)

    00014

    Suomi

20072019
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2007 2019

Suodatin
Konferenssiartikkeli
2014

Random Projection Based Clustering for Population Genomics

Tasoulis, S., Cheng, L., Välimäki, N., Croucher, N., Harris, S., Hanage, W., Roos, T. & Corander, J., 2014, Big Data (Big Data), 2014 IEEE International Conference on . IEEE, s. 675 - 682

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

Scalable and Versatile k-mer Indexing for High-Throughput Sequencing Data

Välimäki, N. & Rivals, E., 2013, Bioinformatics Research and Applications: 9th International Symposium, ISBRA 2013, Charlotte, NC, USA, May 20-22, 2013. Proceedings. Cai, Z., Eulenstein, O., Janies, D. & Schwartz, D. (toim.). Springer-Verlag, s. 237-248 (Lecture Notes in Computer Science ; Vuosikerta 7875).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2012

Distributed String Mining for High-Throughput Sequencing Data

Välimäki, N. & Puglisi, S. J., 2012, Algorithms in Bioinformatics: 12th International Workshop, WABI 2012, Ljubljana, Slovenia, September 10-12, 2012. Proceedings. Raphael, B. & Tang, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 441-452 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7534).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Efficient Path Kernels for Reaction Function Prediction

Heinonen, M., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Rousu, J., 2012, 3rd International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, 1-4 Feb 2012, Algarve, Portugal.: Proceedings. 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Forbidden Patterns

Fischer, J., Gagie, T., Kopelowitz, T., Lewenstein, M., Mäkinen, V., Salmela, L. & Välimäki, N., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Fernández-Baca, D. (toim.). Springer-Verlag, s. 327-337 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7256).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Least Random Suffix/Prefix Matches in Output-Sensitive Time

Välimäki, N., 2012, Combinatorial Pattern Matching: 23rd Annual Symposium, CPM 2012, Helsinki, Finland, July 3-5, 2012. Proceedings. Kärkkäinen, J. & Stoye, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 269-279 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7354).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-Pattern Matching with Bidirectional Indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2012, Computing and Combinatorics: 18th Annual International Conference, COCOON 2012, Sydney, Australia, August 20-22, 2012. Proceedings. Gudmundsson, J., Mestre, J. & Viglas, T. (toim.). Springer-Verlag, s. 384-395 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7434).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2011

Indexing Finite Language Representation of Population Genotypes

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2011, Algorithms in Bioinformatics: 11th International Workshop, WABI 2011. Przytycka, T. M. & Sagot, M-F. (toim.). Springer, s. 270-281 (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 6833).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2010

Approximate All-Pairs Suffix/Prefix Overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2010, CPM 2010: Proceedings of the 21st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching . Germany: Springer-Verlag, Vuosikerta 21. s. 76-87 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6129).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, ICDE 2010: 26th IEEE International Conference on Data Engineering. IEEE Computer Society, s. 417-428 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2009

Storage and retrieval of individual genomes

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2009, Research in Computational Molecular Biology: 13th Annual International Conference, RECOMB 2009. Batzoglou, S. (toim.). Springer, s. 121-137 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 5541).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2008

Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections

Sirén, J., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, String Processing and Information Retrieval: 15th International Symposium, SPIRE 2008. Amir, A., Turpin, A. & Moffat, A. (toim.). Springer, s. 164-175 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 5280).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Space-efficient string mining under frequency constraints

Fischer, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2008, Eighth IEEE International Conference on Data Mining, ICDM 2008, 15-19 December, 2008, Pisa, Italy: IEEE Computer Society 2008. s. 193-202 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes (extended abstract)

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. 14 Sivumäärä (Dagstuhl seminar proceedings; nro 08261).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2007

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, Experimental Algorithms. Springer-Verlag, s. 217-228 12 Sivumäärä (LNCS; Vuosikerta 4525).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Space-efficient algorithms for document retrieval

Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2007, Combinatorial pattern matching. s. 205-215 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu