Niko Välimäki

20072019
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2007 2019

Suodatin
Artikkeli
2019

The Contribution of Genetic Variation of Streptococcus pneumoniae to the Clinical Manifestation of Invasive Pneumococcal Disease

Cremers, A. J. H., Mobegi, F. M., van der Gaast-de Jongh, C., van Weert, M., van Opzeeland, F. J., Vehkala, M., Knol, M. J., Bootsma, H. J., Välimaki, N., Croucher, N. J., Meis, J. F., Bentley, S., van Hijum, S. A. F. T., Corander, J., Zomer, A. L., Ferwerda, G. & de Jonge, M. I., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Clinical Infectious Diseases. 68, 1, s. 61-69 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2018

Comprehensive evaluation of coding region point mutations in microsatellite-unstable colorectal cancer

Kondelin, J., Salokas, K., Saarinen, L., Ovaska, K., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M., Hamberg, J., Liu, X., Yadav, L., Gylfe, A. E., Cajuso, T., Hänninen, U. A., Palin, K., Ristolainen, H., Katainen, R., Kaasinen, E., Tanskanen, T., Aavikko, M., Taipale, M., Taipale, J. & 17 muutaRenkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Koskensalo, S., Böhm, J., Mecklin, J-P., Ongen, H., Dermitzakis, E. T., Kilpivaara, O., Vahteristo, P., Turunen, M., Hautaniemi, S., Tuupanen, S., Karhu, A., Välimäki, N., Varjosalo, M., Pitkänen, E. & Aaltonen, L. A., 2018, julkaisussa : EMBO molecular medicine. 10, 9, 20 Sivumäärä, e8552.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer

Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M. & 20 muutaTaira, A., Sulo, P., Hartonen, T., Dave, K., Schmierer, B., Botla, S., Sokolova, M., Vähärautio, A., Gladysz, K., Ongen, H., Dermitzakis, E., Bramsen, J. B., Orntoft, T. F., Andersen, C. L., Ristimäki, A., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J-P., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 10 syyskuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 9 Sivumäärä, 3664.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma

Hänninen, U. A., Katainen, R., Tanskanen, T., Plaketti, R-M., Laine, R., Hamberg, J., Ristimäki, A., Pukkala, E., Taipale, M., Mecklin, J-P., Forsström, L. M., Pitkänen, E., Palin, K., Välimäki, N., Mäkinen, N. & Aaltonen, L. A., maaliskuuta 2018, julkaisussa : PLoS Genetics. 14, 3, 23 Sivumäärä, 1007200.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genetic predisposition to uterine leiomyoma is determined by loci for genitourinary development and genome stability

Valimaki, N., Kuisma, H., Pasanen, A., Heikinheimo, O., Sjoberg, J., Butzow, R., Sarvilinna, N., Heinonen, H-R., Tolvanen, J., Bramante, S., Tanskanen, T., Auvinen, J., Uimari, O., Alkodsi, A., Lehtonen, R., Kaasinen, E., Palin, K. & Aaltonen, L. A., 18 syyskuuta 2018, julkaisussa : eLife. 7, 50 Sivumäärä, 37110.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome-wide association study and meta-analysis in Northern European populations replicate multiple colorectal cancer risk loci

Tanskanen, T., van den Berg, L., Valimaki, N., Aavikko, M., Ness-Jensen, E., Hveem, K., Wettergren, Y., Lindskog, E. B., Tonisson, N., Metspalu, A., Silander, K., Orlando, G., Law, P. J., Tuupanen, S., Gylfe, A. E., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Sarin, A-P., Pukkala, E. & 40 muutaJousilahti, P., Salomaa, V., Ripatti, S., Palotie, A., Jarvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Bohm, J., Mecklin, J-P., Al-Tassan, N. A., Palles, C., Martin, L., Barclay, E., Tenesa, A., Farrington, S. M., Timofeeva, M. N., Meyer, B. F., Wakil, S. M., Campbell, H., Smith, C. G., Idziaszczyk, S., Maughan, T. S., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Buchanan, D. D., Win, A. K., Hopper, J., Jenkins, M. A., Newcomb, P. A., Gallinger, S., Conti, D., Schumacher, F. R., Casey, G., Cheadle, J. P., Dunlop, M. G., Tomlinson, I. P., Houlston, R. S., Palin, K. & Aaltonen, L. A., 1 helmikuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Cancer. 142, 3, s. 540-546 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling

Valenzuela, D., Norri, T., Välimäki, N., Pitkänen, E. & Mäkinen, V., 9 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Genomics. 19, 8 Sivumäärä, 87.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

Global and regional dissemination and evolution of Burkholderia pseudomallei

Chewapreecha, C., Holden, M. T. G., Vehkala, M., Välimäki, N., Yang, Z., Harris, S. R., Mather, A. E., Tuanyok, A., De Smet, B., Le Hello, S., Bizet, C., Mayo, M., Wuthiekanun, V., Limmathurotsakul, D., Phetsouvanh, R., Spratt, B. G., Corander, J., Keim, P., Dougan, G., Dance, D. A. B. & 3 muutaCurrie, B. J., Parkhill, J. & Peacock, S. J., huhtikuuta 2017, julkaisussa : Nature Reviews, Microbiology. 2, 4, 8 Sivumäärä, 16263.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2016

Combined Analysis of Variation in Core, Accessory and Regulatory Genome Regions Provides a Super-Resolution View into the Evolution of Bacterial Populations

McNally, A., Oren, Y., Kelly, D., Pascoe, B., Dunn, S., Sreecharan, T., Vehkala, M., Välimäki, N., Prentice, M. B., Ashour, A., Avram, O., Pupko, T., Dobrindt, U., Literak, I., Guenther, S., Schaufler, K., Wieler, L. H., Zong Zhiyong, Sheppard, S. K., McInerney, J. O. & 1 muutaCorander, J., syyskuuta 2016, julkaisussa : PLoS Genetics. 12, 9, 16 Sivumäärä, 1006280.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Monomorphic genotypes within a generalist lineage of Campylobacter jejuni show signs of global dispersion

Llarena, A-K., Zhang, J., Vehkala, M., Välimäki, N., Hakkinen, M., Hänninen, M-L., Roasto, M., Mäesaar, M., Taboada, E., Barker, D., Garofolo, G., Cammà, C., Di Giannatale, E., Corander, J. & Rossi, M., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Microbial Genomics. 2, 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes

Lees, J. A., Vehkala, M., Välimäki, N., Harris, S. R., Chewapreecha, C., Croucher, N. J., Marttinen, P., Davies, M. R., Steer, A. C., Tong, S. Y. C., Honkela, A., Parkhill, J., Bentley, S. & Corander, J., 16 syyskuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, 8 Sivumäärä, 12797.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

CTCF/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer

Katainen, R., Dave, K., Pitkänen, E., Palin, K., Kivioja, T., Valimaki, N., Gylfe, A. E., Ristolainen, H., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Tanskanen, T., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Kaasinen, E., Kilpivaara, O., Tuupanen, S., Enge, M. & 2 muutaTaipale, J. & Aaltonen, L. A., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Nature Genetics. 47, 7, s. 818-+

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., maaliskuuta 2015, julkaisussa : Software: Practice & Experience. 45, 3, s. 399-434 36 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genomic signatures of human and animal disease in the zoonotic pathogen Streptococcus suis

Weinert, L. A., Chaudhuri, R. R., Wang, J., Peters, S. E., Corander, J., Jombart, T., Baig, A., Howell, K. J., Vehkala, M., Valimaki, N., Harris, D., Tran Thi Bich Chieu, Nguyen Van Vinh Chau, Campbell, J., Schultsz, C., Parkhill, J., Bentley, S. D., Langford, P. R., Rycroft, A. N., Wren, B. W. & 7 muutaFarrar, J., Baker, S., Ngo Thi Hoa, Holden, M. T. G., Tucker, A. W., Maskell, D. J. & BRaDP1T Consortium, maaliskuuta 2015, julkaisussa : Nature Communications. 6, 9 Sivumäärä, 6740.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Whole-Genome Sequencing of Growth Hormone (GH) - secreting Pituitary Adenomas

Välimäki, N., Demir, H., Pitkänen, E. A., Kaasinen, E., Karppinen, A., Kivipelto, L. J., Schalin-Jäntti, C. B. M., Aaltonen, L. A. & Karhu, A. I., 2015, julkaisussa : Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 100, 10, s. 3918-3927 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2014

Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples

Seth, S., Valimaki, N., Kaski, S. & Honkela, A., 1 syyskuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. 2471-2479 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Frequent L1 retrotranspositions originating from TTC28 in colorectal cancer

Pitkanen, E., Cajuso Pons, T., Katainen, R., Kaasinen, E., Valimaki, N., Palin, K., Taipale, J., Aaltonen, L. A. & Kilpivaara, O., 2014, julkaisussa : Oncotarget. 5, 3, s. 853-859 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Indexing Graphs for Path Queries with Applications in Genome Research

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 11, 2, s. 375-388 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-pattern matching with bidirectional indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2014, julkaisussa : Journal of Discrete Algorithms. 24, s. 26-39 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 muutaQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., syyskuuta 2014, julkaisussa : Nature Communications. 5, 9 Sivumäärä, 4737.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2012

Approximate all-pairs suffix/prefix overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2012, julkaisussa : Information and Computation. 213, s. 49-58 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2011

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2010

Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, julkaisussa : Journal of Computational Biology. 17, 3, s. 281-308 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2009

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, julkaisussa : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2007

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu