Valokuva Panu Juhani Somervuo
  • PL 65 (Viikinkaari 1)

    00014

    Suomi

20062020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Henkilökohtainen profiili

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki. During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization. Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and an Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group to participate in a butterfly sequencing project. I have run NGS teaching courses both at the university and CSC in Finland, at University of Mauritius, Uppsala (Sweden), Cape Town (South Africa), and Bari (Italy). At the moment I am in Otso Ovaskainen's group working to build a taxonomic classifier for DNA data.

Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. At the same time I am curious to understand biology better.

Tieteenalat

  • 113 Tietojenkäsittely- ja informaatiotieteet
  • 1184 Genetiikka, kehitysbiologia, fysiologia

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.

Julkaisut

Accounting for environmental variation in co-occurrence modelling reveals the importance of positive interactions in root-associated fungal communities

Abrego, N., Roslin, T., Huotari, T., Tack, A. J. M., Lindahl, B. D., Tikhonov, G., Somervuo, P., Schmidt, N. M. & Ovaskainen, O., heinäkuuta 2020, julkaisussa : Molecular Ecology. 29, 14, s. 2736-2746 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Data collected by fruit body– and DNA-based survey methods yield consistent species-to-species association networks in wood-inhabiting fungal communities

Saine, S., Ovaskainen, O., Somervuo, P. & Abrego, N., 15 syyskuuta 2020, julkaisussa : Oikos. 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Fungal communities decline with urbanization-more in air than in soil

Abrego, N., Crosier, B., Somervuo, P., Ivanova, N., Abrahamyan, A., Abdi, A., Hamalainen, K., Junninen, K., Maunula, M., Purhonen, J. & Ovaskainen, O., 5 elokuuta 2020, julkaisussa : ISME Journal. 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Higher host-plant specialization of root-associated endophytes than mycorrhizal fungi along an arctic elevational gradient

Abrego, N., Huotari, T., Tack, A. J. M., Lindahl, B. D., Tikhonov, G., Somervuo, P. J., Schmidt, N. M., Ovaskainen, O. & Roslin, T., elokuuta 2020, julkaisussa : Ecology and Evolution. 10, 16, s. 8989-9002 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Monitoring Fungal Communities With the Global Spore Sampling Project

Ovaskainen, O., Abrego, N., Somervuo, P. J., Palorinne, I., Hardwick, B. V. P., Pitkänen, J-M., Andrew, N. R., Niklaus, P. A., Schmidt, N. M., Seibold, S., Vogt, J., Zakharov, E. V., Hebert, P. D. N., Roslin, T. & Ivanova, N., 14 tammikuuta 2020, julkaisussa : Frontiers in Ecology and Evolution. 7, 511.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Projektit

  • 1 Päättynyt

Aktiviteetit

  • 4 Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
  • 2 Akateeminen vierailu toiseen organisaatioon

Epigenetics, coding and non-coding RNAs - Challenging NGS data

Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä)

27 kesäkuuta 2014

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

COST training school: Next Generation Sequencing Data Analysis

Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä)

29 toukokuuta 2012

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

NGS Assembly Course

Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä)

5 syyskuuta 2012

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

University of Mauritius

Panu Juhani Somervuo (Vieraileva opettaja)

21 marraskuuta 201126 marraskuuta 2011

Aktiviteetti: Ulkoisessa instituutiossa vierailun tyypitAkateeminen vierailu toiseen organisaatioon

Variant Calling from Genomic Sequencing Data EMBL course

Panu Juhani Somervuo (Osallistuja)

18 heinäkuuta 201120 heinäkuuta 2011

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen