Valokuva Panu Juhani Somervuo

Panu Juhani Somervuo

  • PL 65 (Viikinkaari 1)

    00014

    Suomi

  • Viikinkaari 1, Biocentre 3

    00790 Helsinki

    Suomi

20062024

Tutkimustuotoksia vuodessa

Henkilökohtainen profiili

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki. During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization. Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and an Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group to participate in a butterfly sequencing project. I have run NGS teaching courses both at the university and CSC in Finland, at University of Mauritius, Uppsala (Sweden), Cape Town (South Africa), and Bari (Italy). At the moment I am in Otso Ovaskainen's group working to build a taxonomic classifier for DNA data.

Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. At the same time I am curious to understand biology better.

Tieteenalat

  • 113 Tietojenkäsittely- ja informaatiotieteet
  • 1184 Genetiikka, kehitysbiologia, fysiologia

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö

Viimeisin maa-/aluetasolla toteutettu yhteistyö. Saat tarkempia lisätietoja pisteitä napauttamalla, tai
Tutki verkkoa laajemmin

  • Airborne DNA reveals predictable spatial and seasonal dynamics of fungi

    Abrego, N., Furneaux, B., Hardwick, B., Somervuo, P., Palorinne, I., Aguilar-Trigueros, C. A., Andrew, N. R., Babiy, U. V., Bao, T., Bazzano, G., Bondarchuk, S. N., Bonebrake, T. C., Brennan, G. L., Bret-Harte, S., Bässler, C., Cagnolo, L., Cameron, E. K., Chapurlat, E., Creer, S. & D’Acqui, L. P. & 94 muuta, de Vere, N., Desprez-Loustau, M. L., Dongmo, M. A. K., Jacobsen, I. B. D., Fisher, B. L., Flores de Jesus, M., Gilbert, G. S., Griffith, G. W., Gritsuk, A. A., Gross, A., Grudd, H., Halme, P., Hanna, R., Hansen, J., Hansen, L. H., Hegbe, A. D. M. T., Hill, S., Hogg, I. D., Hultman, J., Hyde, K. D., Hynson, N. A., Ivanova, N., Karisto, P., Kerdraon, D., Knorre, A., Krisai-Greilhuber, I., Kuzmina, M., Lecomte, N., Lecomte, E., Loaiza, V., Lundin, E., Meire, A., Mešić, A., Miettinen, O., Monkhouse, N., Mortimer, P., Müller, J., Nilsson, R. H., Nonti, P. Y. C., Nordén, J., Nordén, B., Norros, V., Paz, C., Pellikka, P., Pereira, D., Petch, G., Pitkänen, J. M., Popa, F., Potter, C., Purhonen, J., Pätsi, S., Rafiq, A., Raharinjanahary, D., Rakos, N., Rathnayaka, A. R., Raundrup, K., Rebriev, Y. A., Rikkinen, J., Rogers, H. M. K., Rogovsky, A., Rozhkov, Y., Runnel, K., Saarto, A., Savchenko, A., Schlegel, M., Schmidt, N. M., Seibold, S., Skjøth, C., Stengel, E., Sutyrina, S. V., Syvänperä, I., Tedersoo, L., Timm, J., Tipton, L., Toju, H., Uscka-Perzanowska, M., van der Bank, M., van der Bank, F. H., Vandenbrink, B., Ventura, S., Vignisson, S. R., Wang, X., Weisser, W. W., Wijesinghe, S. N., Wright, S. J., Yang, C., Yorou, N. S., Young, A., Yu, D. W., Zakharov, E. V., Hebert, P. D. N., Roslin, T., Ovaskainen, O. & Kurhinen, J., 25 heinäk. 2024, julkaisussa: Nature. 631, 8022, s. 835-842 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto

  • A Mobile Application–Based Citizen Science Product to Compile Bird Observations

    Nokelainen, O., Lauha, P., Andrejeff, S., Sundell, J., Hänninen, J., Talaskivi, J., Inkinen, J., Vallinmäki, M., Kallio, A., Vancraeyenest, A., Lehto, H. J., Lehtiö, A., Mutanen, M., Schiestl-Aalto, P., Somervuo, P., Paavola, R. & Ovaskainen, O., syysk. 2024, julkaisussa: Citizen Science: Theory and Practice. 9, 1

    Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto

  • Experimental evidence that root-associated fungi improve plant growth at high altitude

    Burg, S., Ovaskainen, O., Furneaux, B., Ivanova, N., Abrahamyan, A., Niittynen, P., Somervuo, P. & Abrego, N., kesäk. 2024, julkaisussa: Molecular Ecology. 33, 12, e17376.

    Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto

  • Global arthropod beta-diversity is spatially and temporally structured by latitude

    Seymour, M., Roslin, T., deWaard, J. R., Perez, K. H. J., D’Souza, M. L., Ratnasingham, S., Ashfaq, M., Levesque-Beaudin, V., Blagoev, G. A., Bukowski, B., Cale, P., Crosbie, D., Decaëns, T., deWaard, S. L., Ekrem, T., El-Ansary, H. O., Evouna Ondo, F., Fraser, D., Geiger, M. F. & Hajibabaei, M. & 54 muuta, Hallwachs, W., Hanisch, P. E., Hausmann, A., Heath, M., Hogg, I. D., Janzen, D. H., Kinnaird, M., Kohn, J. R., Larrivée, M., Lees, D. C., León-Règagnon, V., Liddell, M., Lijtmaer, D. A., Lipinskaya, T., Locke, S. A., Manjunath, R., Martins, D. J., Martins, M. B., Mazumdar, S., McKeown, J. T. A., Anderson-Teixeria, K., Miller, S. E., Milton, M. A., Miskie, R., Morinière, J., Mutanen, M., Naik, S., Nichols, B., Noguera, F. A., Novotny, V., Penev, L., Pentinsaari, M., Quinn, J., Ramsay, L., Rochefort, R., Schmidt, S., Smith, M. A., Sobel, C. N., Somervuo, P., Sones, J. E., Staude, H. S., St. Jaques, B., Stur, E., Telfer, A. C., Tubaro, P. L., Wardlaw, T. J., Worcester, R., Yang, Z., Young, M. R., Zemlak, T., Zakharov, E. V., Zlotnick, B., Ovaskainen, O. & Hebert, P. D. N., jouluk. 2024, julkaisussa: Communications Biology. 7, 1, 11 Sivumäärä, 552.

    Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto

  • Global Spore Sampling Project: A global, standardized dataset of airborne fungal DNA

    Ovaskainen, O., Abrego, N., Furneaux, B., Hardwick, B., Somervuo, P., Palorinne, I., Andrew, N. R., Babiy, U. V., Bao, T., Bazzano, G., Bondarchuk, S. N., Bonebrake, T. C., Brennan, G. L., Bret-Harte, S., Bässler, C., Cagnolo, L., Cameron, E. K., Chapurlat, E., Creer, S. & D’Acqui, L. P. & 92 muuta, de Vere, N., Desprez-Loustau, M. L., Dongmo, M. A. K., Dyrholm Jacobsen, I. B., Fisher, B. L., Flores de Jesus, M., Gilbert, G. S., Griffith, G. W., Gritsuk, A. A., Gross, A., Grudd, H., Halme, P., Hanna, R., Hansen, J., Hansen, L. H., Hegbe, A. D. M. T., Hill, S., Hogg, I. D., Hultman, J., Hyde, K. D., Hynson, N. A., Ivanova, N., Karisto, P., Kerdraon, D., Knorre, A., Krisai-Greilhuber, I., Kurhinen, J., Kuzmina, M., Lecomte, N., Lecomte, E., Loaiza, V., Lundin, E., Meire, A., Mešić, A., Miettinen, O., Monkhause, N., Mortimer, P., Müller, J., Nilsson, R. H., Nonti, P. Y. C., Nordén, J., Nordén, B., Paz, C., Pellikka, P., Pereira, D., Petch, G., Pitkänen, J. M., Popa, F., Potter, C., Purhonen, J., Pätsi, S., Rafiq, A., Raharinjanahary, D., Rakos, N., Rathnayaka, A. R., Raundrup, K., Rebriev, Y. A., Rikkinen, J., Rogers, H. M. K., Rogovsky, A., Rozhkov, Y., Runnel, K., Saarto, A., Savchenko, A., Schlegel, M., Schmidt, N. M., Seibold, S., Skjøth, C., Stengel, E., Sutyrina, S. V., Syvänperä, I., Tedersoo, L., Timm, J., Tipton, L., Toju, H., Uscka-Perzanowska, M., van der Bank, M., Herman van der Bank, F., Vandenbrink, B., Ventura, S., Vignisson, S. R., Wang, X., Weisser, W. W., Wijesinghe, S. N., Joseph Wright, S., Yang, C., Yorou, N. S., Young, A., Yu, D. W., Zakharov, E. V., Hebert, P. D. N. & Roslin, T., jouluk. 2024, julkaisussa: Scientific data . 11, 1, 17 Sivumäärä, 561.

    Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
Näytä kaikki 85 julkaisut
  • 4 Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
  • 2 Akateeminen vierailu toiseen organisaatioon
Näytä kaikki 6 aktiviteetit