Valokuva: Pedro Pereira
20152019
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Henkilökohtainen profiili

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

I'm a bioinformatician/data analyst at the Department of Neurology of the Helsinki University Hospital, and I'm also currently located as a postdoc at the DNA Sequencing and Genomics Laboratory of the Institute of Biotechnology (University of Helsinki), where I made my PhD in Genetics (with a focus on bioinformatics and statistics). I'm currently working with shotgun metagenomics and other 'omics data in a medical context.

I have wide-ranging interests. When possible, I like to approach research from a multidisciplinary perspective. My background in both geology and microbial ecology, as well as experience with a wide range of techniques and methods in wet-lab, bioinformatics, and data analysis, puts me in a unique position to tackle a variety of multidisciplinary research topics.

My main research focus is on the human microbiome in health & disease. I did my PhD thesis on the human microbiome in Parkinson's Disease and Primary Sclerosing Cholangitis, but I'm involved in several other biomedical projects as well. I've worked with the skin, oral, nasal, gut, and bile microbiomes in the context of various diseases and medical conditions. An entire project pipeline, from DNA/RNA isolation, DNA/RNA library creation, and DNA/RNA sequencing, to bioinformatic processing of the raw sequence data and data analysis is completely done in-house at our lab, allowing us to fully control the project pipeline from beginning to end. My main interest is to further develop my skills in data analysis and apply these in medical/biomedical/epidemiological research. 

 

 

Koulutustiedot

Ph.D. in Genetics, University of Helsinki, 2017

M.Sc. in Geology, University of Lisbon, 2005

Koulutus / tieteellinen pätevyys

Genetics, Ph.D., Helsingin yliopisto

Geology, M.Sc., University of Lisbon

Asemat yliopiston ulkopuolella

Bioinformatician, Helsinki University Hospital

1 tammikuuta 2018 → …

Tieteenalat

  • 3111 Biolääketieteet
  • 1183 Kasvibiologia, mikrobiologia, virologia
  • 1181 Ekologia, evoluutiobiologia
  • 1184 Genetiikka, kehitysbiologia, fysiologia

Julkaisut 2015 2019

gapFinisher: A reliable gap filling pipeline for SSPACE-LongRead scaffolder output

Kammonen, J. I., Smolander, O-P., Paulin, L., Pereira, P. A. B., Laine, P., Koskinen, P., Jernvall, J. & Auvinen, P., 9 syyskuuta 2019, julkaisussa : PLoS One. 14, 9, s. e0216885

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Gut microbiota in Parkinson's disease: Temporal stability and relations to disease progression

Aho, V. T. E., Pereira, P. A. B., Voutilainen, S., Paulin, L., Pekkonen, E., Auvinen, P. & Scheperjans, F., kesäkuuta 2019, julkaisussa : EBioMedicine. 44, s. 691-707 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Increasing Comparability and Utility of Gut Microbiome Studies in Parkinson's Disease: A Systematic Review

Boertien, J. M., Pereira, P. A. B., Aho, V. T. E. & Scheperjans, F., 2019, julkaisussa : Journal of Parkinson's disease. 9, s. S297-S312 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Serotonin and tryptophan metabolites, autoantibodies and gut microbiome in APECED

Naskali, E., Dettmer, K., Oefner, P., Pereira, P. A. B., Krohn, K., Auvinen, P., Ranki, A. & Kluger, N., tammikuuta 2019, julkaisussa : Endocrine Connections. 8, 1, s. 69-77 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Gut microbiome in gestational diabetes: a cross-sectional study of mothers and offspring 5 years postpartum

Hasan, S., Aho, V., Pereira, P., Paulin, L., Koivusalo, S. B., Auvinen, P. & Eriksson, J. G., tammikuuta 2018, julkaisussa : Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica. 97, 1, s. 38-46 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Aktiviteetit 2016 2019

  • 2 Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
  • 1 Väitöskirjan ohjaaja tai sivuohjaaja
  • 1 Muun opinnäytteen ohjaus (pro gradu, lisensiaattityö)

PhD Thesis co-supervisor

Pedro Pereira (Sivuohjaaja)
2019

Aktiviteetti: TutkimustyypitVäitöskirjan ohjaaja tai sivuohjaaja

Supervisor (MSc thesis)

Pedro Pereira (Ohjaaja)
20182019

Aktiviteetti: TutkimustyypitMuun opinnäytteen ohjaus (pro gradu, lisensiaattityö)

16th International Symposium on Microbial Ecology (ISME16)

Pedro Pereira (Posteriesitys)
21 elokuuta 201626 elokuuta 2016

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

24th United European Gastroenterology Week

Pedro Pereira (Puhuja: esitelmän pitäjä)
15 lokakuuta 201619 lokakuuta 2016

Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistumisen ja tapahtuman järjestämisen tyypitKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen