Ei valokuvaa: Petri Törönen

Petri Törönen

  • PL 56 (Viikinkaari 5)

    00014

    Suomi

19992018
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 1999 2018

  • 28 Artikkeli
  • 2 Kokoomateos tai erikoisnumero
  • 1 Kirjan luku tai artikkeli
Suodatin
Artikkeli
2018

AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination

Medlar, A. J., Törönen, P. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W479-W485 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Mlh1 deficiency in normal mouse colon mucosa associates with chromosomally unstable colon cancer

Pussila, M., Toronen, P., Einarsdottir, E., Katayama, S., Krjutskov, K., Holm, L., Kere, J., Peltomäki, P., Mäkinen, M. J., Linden, J. & Nyström, M., kesäkuuta 2018, julkaisussa : Carcinogenesis. 39, 6, s. 788-797 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

PANNZER2: a rapid functional annotation web server

Törönen, P., Medlar, A. & Holm, L., 2 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W84-W88 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2016

An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy

Jiang, Y., Oron, T. R., Clark, W. T., Bankapur, A. R., D'Andrea, D., Lepore, R., Funk, C. S., Kahanda, I., Verspoor, K. M., Ben-Hur, A., Koo, D. C. E., Penfold-Brown, D., Shasha, D., Youngs, N., Bonneau, R., Lin, A., Sahraeian, S. M. E., Martelli, P. L., Profiti, G., Casadio, R. & 127 muuta, Cao, R., Zhong, Z., Cheng, J., Altenhoff, A., Skunca, N., Dessimoz, C., Dogan, T., Hakala, K., Kaewphan, S., Mehryary, F., Salakoski, T., Ginter, F., Fang, H., Smithers, B., Oates, M., Gough, J., Toronen, P., Koskinen, P., Holm, L., Chen, C-T., Hsu, W-L., Bryson, K., Cozzetto, D., Minneci, F., Jones, D. T., Chapman, S., Dukka, B. K. C., Khan, I. K., Kihara, D., Ofer, D., Rappoport, N., Stern, A., Cibrian-Uhalte, E., Denny, P., Foulger, R. E., Hieta, R., Legge, D., Lovering, R. C., Magrane, M., Melidoni, A. N., Mutowo-Meullenet, P., Pichler, K., Shypitsyna, A., Li, B., Zakeri, P., ElShal, S., Tranchevent, L-C., Das, S., Dawson, N. L., Lee, D., Lees, J. G., Sillitoe, I., Bhat, P., Nepusz, T., Romero, A. E., Sasidharan, R., Yang, H., Paccanaro, A., Gillis, J., Sedeno-Cortes, A. E., Pavlidis, P., Feng, S., Cejuela, J. M., Goldberg, T., Hamp, T., Richter, L., Salamov, A., Gabaldon, T., Marcet-Houben, M., Supek, F., Gong, Q., Ning, W., Zhou, Y., Tian, W., Falda, M., Fontana, P., Lavezzo, E., Toppo, S., Ferrari, C., Giollo, M., Piovesan, D., Tosatto, S. C. E., del Pozo, A., Fernandez, J. M., Maietta, P., Valencia, A., Tress, M. L., Benso, A., Di Carlo, S., Politano, G., Savino, A., Rehman, H. U., Re, M., Mesiti, M., Valentini, G., Bargsten, J. W., van Dijk, A. D. J., Gemovic, B., Glisic, S., Perovic, V., Veljkovic, V., Veljkovic, N., Almeida-e-Silva, D. C., Vencio, R. Z. N., Sharan, M., Vogel, J., Kansakar, L., Zhang, S., Vucetic, S., Wang, Z., Sternberg, M. J. E., Wass, M. N., Huntley, R. P., Martin, M. J., O'Donovan, C., Robinson, P. N., Moreau, Y., Tramontano, A., Babbitt, P. C., Brenner, S. E., Linial, M., Orengo, C. A., Rost, B., Greene, C. S., Mooney, S. D., Friedberg, I. & Radivojac, P., 7 syyskuuta 2016, julkaisussa : Genome Biology. 17, 19 Sivumäärä, 184.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Robust multi-group gene set analysis with few replicates

Mishra, P. P., Medlar, A., Holm, L. & Törönen, P., 9 joulukuuta 2016, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 17, 12 Sivumäärä, 526.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

PANNZER: high-throughput functional annotation of uncharacterized proteins in an error-prone environment

Koskinen, P., Törönen, P., Nokso-Koivisto, J. & Holm, L., 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 10, s. 1544-1552 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2014

Gene set analysis: limitations in popular existing methods and proposed improvements

Mishra, P., Törönen, P., Leino, Y. & Holm, L., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 19, s. 2747-2756 10 Sivumäärä, btu374.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

A large-scale evaluation of computational protein function prediction

Radivojac, P., Clark, W. T., Oron, T. R., Schnoes, A. M., Wittkop, T., Sokolov, A., Graim, K., Funk, C., Verspoor, K., Ben-Hur, A., Pandey, G., Yunes, J. M., Talwalkar, A. S., Repo, S., Souza, M. L., Piovesan, D., Casadio, R., Wang, Z., Cheng, J., Fang, H. & 82 muuta, Goughl, J., Koskinen, P., Toronen, P., Nokso-Koivisto, J., Holm, L., Cozzetto, D., Buchan, D. W. A., Bryson, K., Jones, D. T., Limaye, B., Inamdar, H., Datta, A., Manjari, S. K., Joshi, R., Chitale, M., Kihara, D., Lisewski, A. M., Erdin, S., Venner, E., Lichtarge, O., Rentzsch, R., Yang, H., Romero, A. E., Bhat, P., Paccanaro, A., Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., Auer, F., Boehm, A., Braun, T., Hecht, M., Heron, M., Hoenigschmid, P., Hopf, T. A., Kaufmann, S., Kiening, M., Krompass, D., Landerer, C., Mahlich, Y., Roos, M., Bjorne, J., Salakoski, T., Wong, A., Shatkay, H., Gatzmann, F., Sommer, I., Wass, M. N., Sternberg, M. J. E., Skunca, N., Supek, F., Bosnjak, M., Panov, P., Dzeroski, S., Smuc, T., Kourmpetis, Y. A. I., van Dijk, A. D. J., ter Braak, C. J. F., Zhou, Y., Gong, Q., Dong, X., Tian, W., Falda, M., Fontana, P., Lavezzo, E., Di Camillo, B., Toppo, S., Lan, L., Djuric, N., Guo, Y., Vucetic, S., Bairoch, A., Linial, M., Babbitt, P. C., Brenner, S. E., Orengo, C., Rost, B., Mooney, S. D. & Friedberg, I., maaliskuuta 2013, julkaisussa : Nature methods. 10, 3, s. 221-227 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Defense-related transcription factors WRKY70 and WRKY54 modulate osmotic stress tolerance by regulating stomatal aperture in Arabidopsis

Li, J., Besseau, S., Törönen, P., Sipari, N. H., Kollist, H., Holm, L. & Palva, E. T., lokakuuta 2013, julkaisussa : New Phytologist. 200, 2, s. 457–472 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

GOParGenPy: a high throughput method to generate Gene Ontology data matrices

Kumar, A. A., Holm, L. & Toronen, P., 8 elokuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, 242, 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2012

Revised Phylogeny and Novel Horizontally Acquired Virulence Determinants of the Model Soft Rot Phytopathogen Pectobacterium wasabiae SCC3193

Nykyri, J., Niemi, O. A., Koskinen, P., Nokso-Koivisto, J. P., Pasanen, M., Broberg, E. M., Plyusnin, I., Törönen, P., Holm, L., Pirhonen, M. & Palva, E. T., 2012, julkaisussa : PLoS Pathogens. 8, 11 (e1003013), 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2010

Heuristic Bayesian Segmentation for Discovery of Coexpressed Genes within Genomic Regions

Pehkonen, P., Wong, G. & Törönen, P., 2010, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 7, 1, s. 37-49 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2009

Generation of Gene Ontology benchmark datasets with various types of positive signal

Törönen, P., Pehkonen, P. & Holm, L. U. T., 2009, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 10, 319, 14 s

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Interspliced transcription chimeras: neglected pathological mechanism infiltrating gene accession queries?

Tolvanen, M., Ojala, P. J., Törönen, P., Anderson, H., Partanen, J. & Turpeinen, H., 2009, julkaisussa : Journal of Biomedical Informatics. 42, s. 382-389 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Robust extraction of functional signals from gene set analysis using a generalized threshold free scoring function

Törönen, P., Ojala, P. J., Marttinen, P. & Holm, L. U. T., 2009, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 10, s. 307

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2007

Transcriptome teleonomy and scavenger lipidomics of albumin and alpha 1-acid glycoproteins: contextual genome-wide ontology enrichment as evidence for the epigenetic code?

Ojala, P., Kilpinen, S., Arola, L., Toronen, P., Bucher, E., Ojala, K., Iljin, K., Peltonen, M., Skotheim, R., Kleivi, K., Tolvanen, M., Autio, R., Somerharju, P., Kallioniemi, O. & Laitinen, S., syyskuuta 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S86-S86 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2006

Bayesian search of functionally divergent protein subgroups and their function specific residues

Marttinen, P., Corander, J., Törönen, P. & Holm, L., 2006, julkaisussa : Bioinformatics. 22, 20, s. 2466-2474 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Identifying functional gene sets from hierarchically clustered expression data: map of abiotic stress regulated genes in Arabidopsis thaliana

Kankainen, M., Brader, G., Törönen, P., Palva, E. T. & Holm, L. U. T., 2006, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 34, 18, s. e124 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2005

Theme discovery from gene lists for identification and viewing of multiple functional groups

Pehkonen, P., Wong, G. & Törönen, P., 2005, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 6, 162, 18 s

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2004

Brain-derived neurotrophic factor signaling modifies hippocampal gene expression during epileptogenesis in transgenic mice

Lähteinen, S., Pitkänen, A., Knuuttila, J., Törönen, P. & Castrén, E., 2004, julkaisussa : European Journal of Neuroscience. 19, s. 3245-3254 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Effects of antidepressant drug imipramine on gene expression in rat prefrontal cortex

Knuuttila, J. E. A., Toronen, P. & Castren, E., 2004, julkaisussa : Neurochemical Research. 29, s. 1235-1244 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Selection of informative clusters from hierarchical cluster tree with gene classes

Toronen, P., 25 maaliskuuta 2004, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 5, 19 Sivumäärä, 32.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2003

Trustworthiness and metrics in visualizing similarity of gene expression

Kaski, S., Nikkila, J., Oja, M., Venna, J., Toronen, P. & Castren, E., 2003, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 4, 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2002

Analysis and visualization of gene expression data using Self-Organizing Maps

Nikkila, J., Törönen, P., Kaski, S., Venna, J., Castren, E. & Wong, G., 2002, julkaisussa : Neural Networks. 15, s. 953-966 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Antipsychotic drug treatment induces differential gene expression in the rat cortex

Kontkanen, O., Toronen, P., Lakso, M. A., Wong, G. & Castren, E., 2002, julkaisussa : Journal of Neurochemistry. 83, s. 1043-1053 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Changes in gene expression in atherosclerotic plaques analyzed using DNA array

Hiltunen, MO., Tuomisto, TT., Niemi, M., Brasen, JH., Rissanen, TT., Toronen, P., Vajanto & Yla-Herttuala, S., marraskuuta 2002, julkaisussa : Atherosclerosis. 165, 1, s. 23-32 10 Sivumäärä, PII S0021-9150(02)00187-9.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Synexpression analysis of ESTs in the rat brain reveals distinct patterns and potential drug targets

Marvanova, A., Storvik, M., Lakso, M., Wong, G., Marvanova, A., Toronen, P., Storvik, M., Lakso, M., Castren, E. & Wong, G., 2002, julkaisussa : Molecular brain research : a section of Brain research devoted to the publication of molecular studies. 104, s. 176-183 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

1999

Analysis of gene expression data using self-organizing maps

Toronen, P., Kolehmainen, M., Wong, C. & Castren, E., 1999, julkaisussa : FEBS Letters. 451, s. 142-146 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu