Ei valokuvaa Pia Laine

Pia Laine

  • PL 56 (Viikinkaari 5)

    00014

    Suomi

20122020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut

2020

Complete Genome Sequences and Methylome Analyses of Cutibacterium acnes subsp. acnes Strains DSM 16379 and DSM 1897T

Deptula, P., Laine, P., Auvinen, P., Paulin, L., Roberts, R. J., Johnston, C. D. & Varmanen, P., 16 heinäkuuta 2020, julkaisussa : Microbiology Resource Announcements. 9, 29, 3 Sivumäärä, e00705-20.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Skin microbiome in cutaneous T cell lymphoma by 16S and whole genome shotgun sequencing

Salava, A., Deptula, P., Lyyski, A., Laine, P., Paulin, L., Väkevä, L., Ranki, A., Auvinen, P. & Lauerma, A., 28 huhtikuuta 2020, julkaisussa : Journal of Investigative Dermatology.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2019

gapFinisher: A reliable gap filling pipeline for SSPACE-LongRead scaffolder output

Kammonen, J. I., Smolander, O-P., Paulin, L., Pereira, P. A. B., Laine, P., Koskinen, P., Jernvall, J. & Auvinen, P., 9 syyskuuta 2019, julkaisussa : PLoS One. 14, 9, s. e0216885 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome description of Phlebia radiata 79 with comparative genomics analysis on lignocellulose decomposition machinery of phlebioid fungi

Mäkinen, M., Kuuskeri, J., Laine, P., Smolander, O-P., Kovalchuk, A., Zeng, Z., Asiegbu, F., Paulin, L., Auvinen, P. & Lundell, T., 28 toukokuuta 2019, julkaisussa : BMC Genomics. 20, 22 Sivumäärä, 430.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Red-Brown Pigmentation of Acidipropionibacterium jensenii Is Tied to Haemolytic Activity and cyl-Like Gene Cluster

Deptula, P., Loivamaa, I., Smolander, O-P., Laine, P., Roberts, R. J., Piironen, V., Paulin, L., Savijoki, K., Auvinen, P. & Varmanen, P., marraskuuta 2019, julkaisussa : Microorganisms. 7, 11, 15 Sivumäärä, 512.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2018

Acidipropionibacterium virtanenii sp. nov., isolated from malted barley

Deptula, P., Smolander, O-P. A., Laine, P. K. S., Roberts, R. J., Edelmann, J. M., Peltola, P., Piironen, V. I., Paulin, L. G., Storgårds, E., Savijoki, K., Laitila, A., Auvinen, P. O. V. & Varmanen, P. K., lokakuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 68, 10, s. 3175-3183 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

BK polyomavirus microRNA expression and sequence variation in polyomavirus-associated nephropathy

Virtanen, E., Seppälä, H., Helanterä, I., Laine, P., Lautenschlager, I., Paulin, L., Mannonen, L., Auvinen, P. & Auvinen, E., toukokuuta 2018, julkaisussa : Journal of Clinical Virology. 102, s. 70-76 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Cloning of the wheat Yr15 resistance gene sheds light on the plant tandem kinase-pseudokinase family

Klymiuk, V., Yaniv, E., Huang, L., Raats, D., Fatiukha, A., Chen, S., Feng, L., Frenkel, Z., Krugman, T., Lidzbarsky, G., Chang, W., Jääskeläinen, M. J., Schudoma, C., Paulin, L., Laine, P., Bariana, H., Sela, H., Saleem, K., Sorensen, C. K., Hovmoller, M. S. & 6 muuta, Distelfeld, A., Chalhoub, B., Dubcovsky, J., Korol, A. B., Schulman, A. H. & Fahima, T., 3 lokakuuta 2018, julkaisussa : Nature Communications. 9, 12 Sivumäärä, 3735.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Metagenomic and metatranscriptomic analysis of the microbial community in Swiss-type Maasdam cheese during ripening

Duru, I. C., Laine, P. K. S., Andreevskaya, M., Paulin, L. G., Kananen, S., Tynkkynen, S., Auvinen, P. O. V. & Smolander, O-P. A., 20 syyskuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Food Microbiology. 281, s. 10-22 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Polyadenylation and degradation of structurally abnormal mitochondrial tRNAs in human cells

Toompuu, M., Tuomela, T., Laine, P., Paulin, L., Dufour, E. & Jacobs, H. T., 1 kesäkuuta 2018, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 46, 10, s. 5209-5226 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Secretome profiling of Propionibacterium freudenreichii reveals highly variable responses even among the closely related strains

Frohnmeyer, E. G., Deptula, P., Nyman, T. A., Laine, P. K. S., Vihinen, A. H., Paulin, L. G., Auvinen, P. O. V., Jokitalo, E. S., Piironen, V. I., Varmanen, P. K. & Savijoki, K. K., toukokuuta 2018, julkaisussa : Microbial Biotechnology. 11, 3, s. 510-526 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

Archetype JC Polyomavirus (JCPyV) Prevails in a Rare Case of JCPyV Nephropathy and in Stable Renal Transplant Recipients With JCPyV Viruria

Seppala, H. M., Helantera, I. T., Laine, P. K. S., Lautenschlager, I. T., Paulin, L. G., Jahnukainen, T. J., Auvinen, P. O. V. & Auvinen, E., 15 lokakuuta 2017, julkaisussa : Journal of Infectious Diseases. 216, 8, s. 981-989 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Clonal Analysis of Regulatory T Cell Defect in Patients with Autoimmune Polyendocrine Syndrome Type 1 Suggests Intrathymic Impairment

Koivula, T. -T., Laakso, S. M., Niemi, H. J., Kekalainen, E., Laine, P., Paulin, L., Auvinen, P. & Arstila, T. P., lokakuuta 2017, julkaisussa : Scandinavian Journal of Immunology. 86, 4, s. 221-228 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

De novo assembly of genomes from long sequence reads reveals uncharted territories of Propionibacterium freudenreichii

Deptula, P., Laine, P. K., Roberts, R. J., Smolander, O-P., Vihinen, H., Piironen, V., Paulin, L., Jokitalo, E., Savijoki, K., Auvinen, P. & Varmanen, P., 16 lokakuuta 2017, julkaisussa : BMC Genomics. 18, 24 Sivumäärä, 790.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Functional genomics provides insights into the role of Propionibacterium freudenreichii ssp shermanii JS in cheese ripening

Ojala, T., Laine, P. K. S., Ahlroos, T., Tanskanen, J., Pitkanen, S., Salusjarvi, T., Kankainen, M., Tynkkynen, S., Paulin, L. & Auvinen, P., 16 tammikuuta 2017, julkaisussa : International Journal of Food Microbiology. 241, s. 39-48 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome sequence of the model plant pathogen Pectobacterium carotovorum SCC1

Niemi, O., Laine, P., Koskinen, P., Pasanen, M., Pennanen, V., Harjunpaa, H., Nykyri, J., Holm, L., Paulin, L., Auvinen, P., Palva, E. T. & Pirhonen, M., 20 joulukuuta 2017, julkaisussa : Standards in Genomic Sciences. 12, 8 Sivumäärä, 87.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
Open access
Tiedosto
2016

Complete genome sequence of Enterococcus faecium commensal isolate E1002.

Tytgat, H. L. P., Douillard, F., Laine, P. K. S., Paulin, L. G., Willems, R. J. L. & de Vos, W. M., 2016, julkaisussa : Genome Announcements. 4, 2, 2 Sivumäärä, e00113-16.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Complete genome sequence of Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum KG16-1, isolated from vacuum-packaged vegetable sausages

Andreevskaya, M., Hultman, J., Johansson, P., Laine, P., Paulin, L., Auvinen, P. & Björkroth, J., 2016, julkaisussa : Standards in Genomic Sciences. 11, 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Lactobacillus rhamnosus GG Outcompetes Enterococcus faecium via Mucus-Binding Pili: Evidence for a Novel and Heterospecific Probiotic Mechanism

Tytgat, H. L. P., Douillard, F. P., Reunanen, J., Rasinkangas, P., Hendrickx, A. P. A., Laine, P. K., Paulin, L., Satokari, R. & de Vos, W. M., lokakuuta 2016, julkaisussa : Applied and Environmental Microbiology. 82, 19, s. 5756-5762 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Time-scale dynamics of proteome and transcriptome of the white-rot fungus Phlebia radiata: growth on spruce wood and decay effect on lignocellulose

Kuuskeri, J., Häkkinen, M., Laine, P., Smolander, O-P., Tamene, F., Miettinen, S., Nousiainen, P., Kemell, M., Auvinen, P. & Lundell, T., 5 syyskuuta 2016, julkaisussa : Biotechnology for Biofuels. 9, 22 Sivumäärä, 192.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Faecal Microbiota Composition in Adults Is Associated with the FUT2 Gene Determining the Secretor Status

Wacklin, P., Tuimala, J., Nikkila, J., Tims, S., Makivuokko, H., Alakulppi, N., Laine, P., Rajilic-Stojanovic, M., Paulin, L., de Vos, W. M. & Matto, J., 14 huhtikuuta 2014, julkaisussa : PLoS One. 9, 4, 11 Sivumäärä, 94863.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genome sequencing of two Neorhizobium galegae strains reveals a noeT gene responsible for the unusual acetylation of the nodulation factors

Österman, J. M., Marsh, J., Laine, P. K. S., Zeng, Z., Alatalo, R. M. E., Sullivan, J. T., Young, J. P. W., Thomas-Oates, J., Paulin, L. G. & Lindström, A. K., 2014, julkaisussa : BMC Genomics. 15, 1471-2164, 19 Sivumäärä, 500.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Genomics and Proteomics Provide New Insight into the Commensal and Pathogenic Lifestyles of Bovine- and Human-Associated Staphylococcus epidermidis Strains

Savijoki, K., Iivanainen, A., Siljamaki, P., Laine, P. K., Paulin, L., Karonen (os. Miettinen), T., Pyörälä, S., Kankainen, M., Nyman, T. A., Salomaki, T., Koskinen, P., Holm, L., Simojoki, H., Taponen, S., Sukura, A., Kalkkinen, N., Auvinen, P. & Varmanen, P., elokuuta 2014, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 13, 8, s. 3748-3762 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Mitochondrial Genome of Phlebia radiata Is the Second Largest (156 kbp) among Fungi and Features Signs of Genome Flexibility and Recent Recombination Events

Salavirta, H., Oksanen, I., Kuuskeri, J., Makela, M., Laine, P., Paulin, L. & Lundell, T., 13 toukokuuta 2014, julkaisussa : PLoS One. 9, 5, 15 Sivumäärä, e97141.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Taxonomically and functionally diverse microbial communities in deep crystalline rocks of the Fennoscandian shield

Nyyssonen, M., Hultman, J., Ahonen, L., Kukkonen, I., Paulin, L., Laine, P., Itävaara, M. & Auvinen, P., 2014, julkaisussa : ISME Journal. 8, 1, s. 126-138 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

Comparative genomic and functional analysis of 100 Lactobacillus rhamnosus strains and their comparison with strain GG

Douillard, F. P., Ribbera, A., Kant, R., Pietilä, T. E., Järvinen, H. M., Messing, M., Randazzo, C. L., Paulin, L., Laine, P., Ritari, J., Caggia, C., Lähteinen, T., Brouns, S. J. J., Satokari, R., von Ossowski, I., Reunanen, J., Palva, A. & Vos de, W. M., 15 elokuuta 2013, julkaisussa : PLoS Genetics. 9, 8, 15 Sivumäärä, e1003683.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Comparative genomic and functional analysis of Lactobacillus casei and Lactobacillus rhamnosus strains marketed as probiotics

Douillard, F. P., Ribbera, A., Järvinen, H. M., Kant, R., Pietilä, T. E., Randazzo, C., Paulin, L., Laine, P. K., Caggia, C., von Ossowski, I., Reunanen, J., Satokari, R., Salminen, S., Palva, A. & de Vos, W. M., maaliskuuta 2013, julkaisussa : Applied and Environmental Microbiology. 79, 6, s. 1923-1933 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Comparison of Clostridium botulinum genomes shows the absence of cold shock protein coding genes in type E neurotoxin producing strains

Söderholm, H., Jaakkola, K., Somervuo, P., Laine, P., Auvinen, P., Paulin, L., Lindström, M. & Korkeala, H., 2013, julkaisussa : Botulinum Journal. 2, 3-4, s. 189-207 19 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genome Sequence of Dickeya solani, a New soft Rot Pathogen of Potato, Suggests its Emergence May Be Related to a Novel Combination of Non-Ribosomal Peptide/Polyketide Synthetase Clusters

Garlant, L., Koskinen, P., Rouhiainen, L. A. O., Laine, P., Paulin, L., Auvinen, P., Holm, L. & Pirhonen, M., 2013, julkaisussa : Diversity. 5, 4, s. 824-842 19 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

High-sequence diversity and structural conservation in the human T-cell receptor beta junctional region during thymic development

Tuulasvaara, A., Baussand, J., Laine, P., Paulin, L., Salminen, J., Auvinen, P., Gorochov, G. & Arstila, T. P., elokuuta 2013, julkaisussa : European Journal of Immunology. 43, 8, s. 2185-2193 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2012

Comparison of microbial communities in marinated and unmarinated broiler meat by metagenomics

Nieminen, T. T., Koskinen, K., Laine, P., Hultman, J., Säde, E., Paulin, L., Paloranta, A., Johansson, P., Björkroth, J. & Auvinen, P., 2012, julkaisussa : International Journal of Food Microbiology. 157, 2, s. 142-149 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genome Sequence of Pectobacterium sp. Strain SCC3193

Koskinen, J. P., Laine, P., Niemi, O., Nykyri, J., Harjunpää, H., Auvinen, P., Paulin, L., Pirhonen, M., Palva, T. & Holm, L., marraskuuta 2012, julkaisussa : Journal of Bacteriology. 194, 21, s. 6004 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu