Sampsa Hautaniemi

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2003 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2018 2019 2021 2022 2023

• 159 Artikkeli
• 9 Konferenssiesitelmän abstrakti
• 4 Katsausartikkeli
• 4 Konferenssiartikkeli
• 6 Muut aineistot
  • 3 Kirjan luku tai artikkeli
  • 2 Pääkirjoitus
  • 1 Kirja

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2023

  A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids

  Senkowski, W., Gall-Mas, L., Falco, M. M., Li, Y., Lavikka, K., Kriegbaum, M. C., Oikkonen, J., Bulanova, D., Pietras, E. J., Vossgrone, K., Chen, Y-J., Erkan, E. P., Dai, J., Lundgren, A., Hog, M. K. G., Larsen, I. M., Lamminen, T., Kaipio, K., Huvila, J., Virtanen, A., & 9 muutaEngelholm, L., Christiansen, P., Santoni-Rugiu, E., Huhtinen, K., Carpen, O., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Vähärautio, A. & Wennerberg, K., 19 kesäk. 2023, julkaisussa: Developmental Cell. 58, 12, s. 1106-+ 24 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma

  Lahtinen, A., Lavikka, K., Virtanen, A., Li, Y., Jamalzadeh, S., Skorda, A., Rossberg Lauridsen, A., Zhang, K., Marchi, G., Isoviita, V-M., Ariotta, V., Lehtonen, O., Muranen, T. A., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Senkowski, W., Kallunki, T., Häkkinen, A., Hynninen, J., & 2 muutaOikkonen, J. & Hautaniemi, S., 12 kesäk. 2023, julkaisussa: Cancer Cell. 41, 6, s. 1103-+ 28 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J., Hietanen, S., & 2 muutaCarpen, O. & Kauppi, L., 15 elok. 2023, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 29, 16, s. 3110-3123 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• ROR1-STAT3 signaling contributes to ovarian cancer intra-tumor heterogeneity

  Piki, E., Dini, A., Raivola, J., Salokas, K., Zhang, K., Varjosalo, M., Pellinen, T., Välimäki, K., Veskimäe, K. T., Staff, S., Hautaniemi, S., Murumägi, A. & Ungureanu, D., 3 heinäk. 2023, julkaisussa: Cell death discovery . 9, 1, 10 Sivumäärä, 222.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Toxicity and therapy outcome associations in LIG3, SLCO1B3, ABCB1, OPRM1 and GSTP1 in high-grade serous ovarian cancer

  Deng, F., Laasik, M., Salminen, L., Lapatto, L., Huhtinen, K., Li, Y., Hautaniemi, S., Hynninen, J., Niemi, M. & Lehtonen, R., kesäk. 2023, julkaisussa: Basic & Clinical Pharmacology & Toxicology. 132, 6, s. 521-531 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2022

  A Subset of Secreted Proteins in Ascites Can Predict Platinum-Free Interval in Ovarian Cancer

  Carroll, M. J., Kaipio, K., Hynninen, J., Carpen, O., Hautaniemi, S., Page, D. & Kreeger, P. K., syysk. 2022, julkaisussa: Cancers. 14, 17, 14 Sivumäärä, 4291.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

• Image Processing Pipeline to Compute Homologous Recombination Score

  Vundavilli, H., Tumiati, M., Hautaniemi, S., Datta, A. & Kauppi, L., 20 huhtik. 2022, ICBET '22: Proceedings of the 12th International Conference on Biomedical Engineering and Technology. ACM, s. 51-56 6 Sivumäärä (ACM International Conference Proceeding Series).

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Kinase Inhibitors in the Treatment of Ovarian Cancer: Current State and Future Promises

  Skorda, A., Bay, M. L., Hautaniemi, S., Lahtinen, A. & Kallunki, T., jouluk. 2022, julkaisussa: Cancers. 14, 24, 33 Sivumäärä, 6257.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Katsausartikkeli › vertaisarvioitu

  Open access

• Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer

  Zhang, K., Erkan, E. P., Jamalzadeh, S., Dai, J., Andersson, N., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Oikkonen, J., Hynninen, J., Virtanen, A., Häkkinen, A., Hautaniemi, S. & Väharautio, A., helmik. 2022, julkaisussa: Science Advances. 8, 8, 18 Sivumäärä, 1831.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Multiomics characterization implicates PTK7 in ovarian cancer EMT and cell plasticity and offers strategies for therapeutic intervention

  Raivola, J., Dini, A., Karvonen, H., Piki, E., Salokas, K., Niininen, W., Kaleva, L., Zhang, K., Arjama, M., Gudoityte, G., Seashore-Ludlow, B., Varjosalo, M., Kallioniemi, O., Hautaniemi, S., Murumagi, A. & Ungureanu, D., 17 elok. 2022, julkaisussa: Cell Death and Disease. 13, 8, 12 Sivumäärä, 714.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Optimized detection of homologous recombination deficiency improves the prediction of clinical outcomes in cancer

  Perez Villatoro, F. R., Oikkonen, J., Casado, J., Chernenko, A., Gulhan, D. C., Tumiati, M., Li, Y., Lavikka, K., Hietanen, S., Hynninen, J., Haltia, U-M., Tyrmi, J. S., Laivuori, H., Konstantinopoulos, P. A., Hautaniemi, S., Kauppi, L. & Färkkilä, A., 29 jouluk. 2022, julkaisussa: npj precision oncology. 6, 96, 96.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• POIBM: batch correction of heterogeneous RNA-seq datasets through latent sample matching

  Holmström, S., Hautaniemi, S. & Häkkinen, A., 28 huhtik. 2022, julkaisussa: Bioinformatics. 38, 9, s. 2474-2480 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability

  Jamalzadeh, S., Häkkinen, A., Andersson, N., Huhtinen, K., Laury, A., Hietanen, S., Hynninen, J., Oikkonen, J., Carpen, O., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., heinäk. 2022, julkaisussa: Laboratory Investigation. 102, 7, s. 753-761 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Tekoäly syövän tutkimuksessa ja hoidossa

  Hautaniemi, S., 2022, Terveempi maailma: Kuinka vastaamme globaaleihin terveysuhkiin?. Virta, M., Skurnik, M., Ollila, H., Kaminen-Ahola, N., Hautaniemi, S., Palotie, A., Kaunisto, M., Pitkänen, T., Gunnar, T. & Oinas, E. (toim.). Gaudeamus, s. 75–92

  Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussa › Kirjan luku tai artikkeli › Yleistajuinen

• Terveempi maailma: Kuinka vastaamme globaaleihin terveysuhkiin?

  Virta, M., Skurnik, M., Ollila, H. M., Kaminen-Ahola, N., Hautaniemi, S., Palotie, A., Kaunisto, M., Pitkanen, T., Gunnar, T. & Oinas, E., 2022, Gaudeamus.

  Tutkimustuotos: Kirja/raportti › Kirja › Yleistajuinen
• 2021

  Agile workflow for interactive analysis of mass cytometry data

  Casado, J., Lehtonen, O., Rantanen, V., Kaipio, K., Pasquini, L., Häkkinen, A., Petrucci, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpen, O., Biffoni, M., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 1 toukok. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 9, s. 1263-1268 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Co-evolution of matrisome and adaptive adhesion dynamics drives ovarian cancer chemoresistance

  Pietilä, E. A., Gonzalez-Molina, J., Moyano-Galceran, L., Jamalzadeh, S., Zhang, K., Lehtinen, L., Turunen, S. P., Martins, T. A., Gultekin, O., Lamminen, T., Kaipio, K., Joneborg, U., Hynninen, J., Hietanen, S., Grenman, S., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Carpen, O., Carlson, J. W. & Lehti, K., 23 kesäk. 2021, julkaisussa: Nature Communications. 12, 1, 19 Sivumäärä, 3904.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• FUNGI: FUsioN Gene Integration toolset

  Cervera, A., Rausio, H., Kähkönen, T., Andersson, N., Partel, G., Rantanen, V., Paciello, G., Ficarra, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpen, O., Lehtonen, R., Hautaniemi, S. & Huhtinen, K., 15 syysk. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 19, s. 3353-3355 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Heterogeneity and Clonal Evolution of Acquired PARP Inhibitor Resistance in TP53- and BRCA1-Deficient Cells

  Färkkilä, A., Rodriguez, A., Oikkonen, J., Gulhan, D. C., Huy Nguyen, Dominguez, J., Ramos, S., Mills, C. E., Perez-Villatoro, F., Lazaro, J-B., Zhou, J., Clairmont, C. S., Moreau, L. A., Park, P. J., Sorger, P. K., Hautaniemi, S., Frias, S. & D'Andrea, A. D., 15 toukok. 2021, julkaisussa: Cancer Research. 81, 10, s. 2774-2787 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Human cell transformation by combined lineage conversion and oncogene expression

  Sahu, B., Pihlajamaa, P., Zhang, K., Palin, K., Ahonen, S., Cervera, A., Ristimäki, A., Aaltonen, L. A., Hautaniemi, S. & Taipale, J., 9 syysk. 2021, julkaisussa: Oncogene. 40, s. 5533-5547 15 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• MYC Promotes Bone Marrow Stem Cell Dysfunction in Fanconi Anemia

  Rodriguez, A., Zhang, K., Färkkilä, A., Filiatrault, J., Yang, C., Velazquez, M., Furutani, E., Goldman, D. C., Garcia de Teresa, B., Garza-Mayen, G., McQueen, K., Sambel, L. A., Molina, B., Torres, L., Gonzalez, M., Vadillo, E., Pelayo, R., Fleming, W. H., Grompe, M., Shimamura, A., & 5 muutaHautaniemi, S., Greenberger, J., Frias, S., Parmar, K. & D'Andrea, A. D., 7 tammik. 2021, julkaisussa: Cell Stem Cell. 28, 1, s. 33-+ 23 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Network-guided identification of cancer-selective combinatorial therapies in ovarian cancer

  He, L., Bulanova, D., Oikkonen, J., Häkkinen, A., Zhang, K., Zheng, S., Wang, W., Erkan, E. P., Carpén, O., Joutsiniemi, T., Hietanen, S., Hynninen, J., Huhtinen, K., Hautaniemi, S., Vähärautio, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 3 marrask. 2021, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 22, 6, 12 Sivumäärä, 272.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• PRISM: recovering cell-type-specific expression profiles from individual composite RNA-seq samples

  Häkkinen, A., Zhang, K., Alkodsi, A., Andersson, N., Erkan, E. P., Dai, J., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Vähärautio, A., Carpen, O., Hynninen, J., Hietanen, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 syysk. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 18, s. 2882-2888 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Syöpäsolujen lääkeresistenssi ja miten se voitetaan - valokeilassa munasarjasyöpä

  Hautaniemi, S. & Hynninen, J., 2021, julkaisussa: Duodecim. 137, 18, s. 1871-1877 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Katsausartikkeli › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• The expression and prognostic relevance of CDH3 in tongue squamous cell carcinoma

  Seppälä, M., Jauhiainen, L., Tervo, S., Al-Samadi, A., Rautiainen, M., Salo, T., Lehti, K., Monni, O., Hautaniemi, S., Tynninen, O., Mäkitie, A., Mäkinen, L. K., Paavonen, T. & Toppila-Salmi, S., jouluk. 2021, julkaisussa: APMIS. 129, 12, s. 717-728 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2020

  ALDH1A1-related stemness in high-grade serous ovarian cancer is a negative prognostic indicator but potentially targetable by EGFR/mTOR-PI3K/aurora kinase inhibitors

  Kaipio, K., Chen, P., Roering, P., Huhtinen, K., Mikkonen, P., Östling, P., Lehtinen, L., Mansuri, N., Korpela, T., Potdar, S., Hynninen, J., Auranen, A., Grénman, S., Wennerberg, K., Hautaniemi, S. & Carpén, O., helmik. 2020, julkaisussa: Journal of Pathology. 250, 2, s. 159-169 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Editorial: Multi-omic Data Integration in Oncology

  Finotello, F., Calura, E., Risso, D., Hautaniemi, S. & Romualdi, C., 15 syysk. 2020, julkaisussa: Frontiers in oncology . 10, 4 Sivumäärä, 1768.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Pääkirjoitus › Tieteellinen

  Open access

  Tiedosto

• Immunogenomic profiling determines responses to combined PARP and PD-1 inhibition in ovarian cancer

  Färkkilä, A., Gulhan, D. C., Casado, J., Jacobson, C. A., Nguyen, H., Kochupurakkal, B., Maliga, Z., Yapp, C., Chen, Y-A., Schapiro, D., Zhou, Y., Graham, J. R., Dezube, B. J., Munster, P., Santagata, S., Garcia, E., Rodig, S., Lako, A., Chowdhury, D., Shapiro, G., & 7 muutaMatulonis, U. A., Park, P. J., Hautaniemi, S., Sorger, P. K., Swisher, E. M., D'Andrea, A. D. & Konstantinopoulos, P. A., 19 maalisk. 2020, julkaisussa: Nature Communications. 11, 1, 13 Sivumäärä, 1459.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• qSNE: quadratic rate t-SNE optimizer with automatic parameter tuning for large datasets

  Häkkinen, A., Koiranen, J., Casado, J., Kaipio, K., Lehtonen, O., Petrucci, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpén, O., Pasquini, L., Biffoni, M., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 lokak. 2020, julkaisussa: Bioinformatics. 36, 20, s. 5086–5092 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Reply to: Proofreading deficiency in mitochondrial DNA polymerase does not affect total dNTP pools in mouse embryos

  Hämäläinen, R. H., Landoni, J. C., Ahlqvist, K. J., Goffart, S., Ryytty, S., Rahman, M. O., Brilhante, V., Icay, K., Hautaniemi, S., Wang, L., Laiho, M. & Suomalainen, A., elok. 2020, julkaisussa: Nature metabolism. 2, 8, s. 676-677 2 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen

  Open access

  Tiedosto
• 2019

  Anagrelide for Gastrointestinal Stromal Tumor

  Pulkka, O-P., Gebreyohannes, Y. K., Wozniak, A., Mpindi, J-P., Tynninen, O., Icay, K., Cervera, A., Keskitalo, S., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Laaksonen, M., Wennerberg, K., Varjosalo, M., Laakkonen, P., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Kallioniemi, O., Schöffski, P., Sihto, H. & Joensuu, H., 1 maalisk. 2019, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 25, 5, s. 1676-1687 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Anduril 2: Upgraded large-scale data integration framework

  Cervera, A., Rantanen, V., Ovaska, K., Laakso, M., Nuñez-Fontarnau, J., Alkodsi, A., Casado, J., Facciotto, C., Häkkinen, A., Louhimo, R., Karinen, S., Zhang, K., Lavikka, K., Lyly, L., Pal Singh, M. & Hautaniemi, S., 1 lokak. 2019, julkaisussa: Bioinformatics. 35, 19, s. 3815-3817 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Circulating tumor DNA (ctDNA) in precision oncology of ovarian cancer

  Oikkonen, J. & Hautaniemi, S., jouluk. 2019, julkaisussa: Pharmacogenomics. 20, 18, s. 1251-1253 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Pääkirjoitus › Tieteellinen

  Open access

  Tiedosto

• Defects in mtDNA replication challenge nuclear genome stability through nucleotide depletion and provide a unifying mechanism for mouse progerias

  Hämäläinen, R. H., Landoni, J. C., Ahlqvist, K. J., Goffart, S., Ryytty, S., Rahman, M. O., Brilhante, V., Icay, K., Hautaniemi, S., Wang, L., Laiho, M. & Suomalainen, A., lokak. 2019, julkaisussa: Nature metabolism. 1, 10, s. 958-+ 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Distinct subtypes of diffuse large B-cell lymphoma defined by hypermutated genes

  Alkodsi, A., Cervera, A., Zhang, K., Louhimo, R., Meriranta, L., Pasanen, A., Leivonen, S-K., Holte, H., Leppä, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., marrask. 2019, julkaisussa: Leukemia. 33, 11, s. 2662-2672 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Drug screening approach combines epigenetic sensitization with immunochemotherapy in cancer

  Facciotto, C., Casado, J., Turunen, L., Leivonen, S-K., Tumiati, M., Rantanen, V., Kauppi, L., Lehtonen, R., Leppä, S., Wennerberg, K. & Hautaniemi, S., 11 jouluk. 2019, julkaisussa: Clinical epigenetics. 11, 1, 11 Sivumäärä, 192.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Open Source Infrastructure for Health Care Data Integration and Machine Learning Analyses

  Isoviita, V-M., Salminen, L., Azar, J., Lehtonen, R., Roering, P., Carpen, O., Hietanen, S., Grénman, S., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 27 elok. 2019, julkaisussa: JCO Clinical Cancer Informatics. 3, 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Tiedosto

• Prospective Longitudinal ctDNA Workflow Reveals Clinically Actionable Alterations in Ovarian Cancer

  Oikkonen, J., Zhang, K., Salminen, L., Schulman, I., Lavikka, K., Andersson, N., Ojanperä, E., Hietanen, S., Grénman, S., Lehtonen, R., Huhtinen, K., Carpén, O., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 3 toukok. 2019, julkaisussa: JCO Precision Oncology. 3, 3, s. 1-12 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Virtual clinical trials identify effective combination therapies in ovarian cancer

  Kozlowska, E., Vallius, T., Hynninen, J., Hietanen, S., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 10 jouluk. 2019, julkaisussa: Scientific Reports. 9, 9 Sivumäärä, 18678.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  A Functional Homologous Recombination Assay Predicts Primary Chemotherapy Response and Long-Term Survival in Ovarian Cancer Patients

  Tumiati, M., Hietanen, S., Hynninen, J., Pietilä, E., Färkkilä, A., Kaipio, K., Roering, P., Huhtinen, K., Alkodsi, A., Li, Y., Lehtonen, R., Erkan, E. P., Tuominen, M. M., Lehti, K., Hautaniemi, S. K., Vähärautio, A., Grenman, S., Carpen, O. & Kauppi, L., 15 syysk. 2018, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 24, 18, s. 4482-4493 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Clinical Value of 18F-fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography/Computed Tomography in Response Evaluation after Primary Treatment of Advanced Epithelial Ovarian Cancer

  Hynninen, J., Laasik, M., Vallius, T., Kemppainen, J., Grönroos, S., Virtanen, J., Casado, J., Hautaniemi, S., Grenman, S., Seppänen, M. & Auranen, A., elok. 2018, julkaisussa: Clinical Oncology. 30, 8, s. 507-514 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Comprehensive evaluation of coding region point mutations in microsatellite-unstable colorectal cancer

  Kondelin, J., Salokas, K., Saarinen, L., Ovaska, K., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M., Hamberg, J., Liu, X., Yadav, L., Gylfe, A. E., Cajuso, T., Hänninen, U. A., Palin, K., Ristolainen, H., Katainen, R., Kaasinen, E., Tanskanen, T., Aavikko, M., Taipale, M., Taipale, J., & 17 muutaRenkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Koskensalo, S., Böhm, J., Mecklin, J-P., Ongen, H., Dermitzakis, E. T., Kilpivaara, O., Vahteristo, P., Turunen, M., Hautaniemi, S., Tuupanen, S., Karhu, A., Välimäki, N., Varjosalo, M., Pitkänen, E. & Aaltonen, L. A., 2018, julkaisussa: EMBO molecular medicine. 10, 9, 20 Sivumäärä, e8552.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Dynamic visualization of multi-level molecular data: The Director package in R

  Icay, K., Liu, C. & Hautaniemi, S., tammik. 2018, julkaisussa: Computer Methods and Programs in Biomedicine. 153, s. 129-136 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Evolutionary history of metastatic breast cancer reveals minimal seeding from axillary lymph nodes

  Ullah, I., Karthik, G-M., Alkodsi, A., Kjallquist, U., Stalhammar, G., Lovrot, J., Martinez, N-F., Lagergren, J., Hautaniemi, S., Hartman, J. & Bergh, J., 2 huhtik. 2018, julkaisussa: Journal of Clinical Investigation. 128, 4, s. 1355-1370 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

• Glycomic Profiling Highlights Increased Fucosylation in Pseudomyxoma Peritonei

  Saarinen, L. A., Nummela, P., Leinonen, H., Heiskanen, A., Thiel, A., Haglund, C., Lepistö, A., Satomaa, T., Hautaniemi, S. & Ristimäki, A., 2 elok. 2018, julkaisussa: Molecular & Cellular Proteomics. 17, 11, s. 2107-2118 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Identifying differentially methylated sites in samples with varying tumor purity

  Häkkinen, A., Alkodsi, A., Facciotto, C., Zhang, K., Kaipio, K., Leppa, S., Carpen, O., Grenman, S., Hynninen, J., Hietanen, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 syysk. 2018, julkaisussa: Bioinformatics. 34, 18, s. 3078-3085 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Let-7 microRNA controls invasion-promoting lysosomal changes via the oncogenic transcription factor myeloid zinc finger-1

  Tvingsholm, S. A., Hansen, M. B., Clemmensen, K. K. B., Brix, D. M., Rafn, B., Frankel, L. B., Louhimo, R., Moreira, J., Hautaniemi, S., Gromova, I., Jäättelä, M. & Kallunki, T., helmik. 2018, julkaisussa: Oncogenesis. 7, 15 Sivumäärä, 14.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Lymphatic endothelium stimulates melanoma metastasis and invasion via MMP14-dependent Notch3 and beta 1-integrin activation

  Pekkonen, P., Alve, S., Balistreri, G., Gramolelli, S., Tatti-Bugaeva, O., Paatero, I., Niiranen, O., Tuohinto, K., Perala, N., Taiwo, A., Zinovkina, N., Repo, P., Icay, K., Ivaska, J., Saharinen, P., Hautaniemi, S., Lehti, K. & Ojala, P. M., 1 toukok. 2018, julkaisussa: eLife. 7, 28 Sivumäärä, 32490.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Mathematical Modeling Predicts Response to Chemotherapy and Drug Combinations in Ovarian Cancer

  Kozlowska, E., Färkkilä, A., Vallius, T., Carpen, O., Kemppainen, J., Grenman, S., Lehtonen, R., Hynninen, J., Hietanen, S. & Hautaniemi, S., 15 heinäk. 2018, julkaisussa: Cancer Research. 78, 14, s. 4036-4044 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• PerPAS: Topology-Based Single Sample Pathway Analysis Method

  Liu, C., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 2018, julkaisussa: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 15, 3, s. 1022-1027 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto