Teemu Kivioja

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2000 2007 2010 2012 2013 2015 2017 2018 2020 2022 2022

• 32 Artikkeli
• 1 Konferenssiartikkeli

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2022

  A competitive precision CRISPR method to identify the fitness effects of transcription factor binding sites

  Pihlajamaa, P., Kauko, O., Sahu, B., Kivioja, T. & Taipale, J., 26 syysk. 2022, (E-pub ahead of print) julkaisussa: Nature Biotechnology. 26 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

• Sequence determinants of human gene regulatory elements

  Sahu, B., Hartonen, T., Pihlajamaa, P., Wei, B., Dave, K., Zhu, F., Kaasinen, E., Lidschreiber, K., Lidschreiber, M., Daub, C. O., Cramer, P., Kivioja, T. & Taipale, J., maalisk. 2022, julkaisussa: Nature Genetics. 54, 3, s. 283-+ 35 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Upregulation of ribosome biogenesis via canonical E-boxes is required for Myc-driven proliferation

  Zielke, N., Vähärautio, A., Liu, J., Kivioja, T. & Taipale, J., 25 huhtik. 2022, julkaisussa: Developmental Cell. 57, 8, s. 1024-+ 18 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2020

  A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation

  Zoonomia Consortium, Genereux, D. P., Serres, A., Armstrong, J., Kivioja, T., Taipale, J. & Karlsson, E. K., 12 marrask. 2020, julkaisussa: Nature. 587, 7833, s. 240-+ 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Binding specificities of human RNA-binding proteins toward structured and linear RNA sequences

  Jolma, A., Zhang, J., Mondragon, E., Morgunova, E., Kivioja, T., Laverty, K. U., Yin, Y., Zhu, F., Bourenkov, G., Morris, Q., Hughes, T. R., Maher III, L. J. & Taipale, J., heinäk. 2020, julkaisussa: Genome Research. 30, 7, s. 962-973 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  A protein activity assay to measure global transcription factor activity reveals determinants of chromatin accessibility

  Wei, B., Jolma, A., Sahu, B., Orre, L. M., Zhong, F., Zhu, F., Kivioja, T., Sur, I., Lehtiö, J., Taipale, M. & Taipale, J., kesäk. 2018, julkaisussa: Nature Biotechnology. 36, 6, s. 521-+ 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer

  Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H., Plaketti, R-M., & 20 muutaTaira, A., Sulo, P., Hartonen, T., Dave, K., Schmierer, B., Botla, S., Sokolova, M., Vähärautio, A., Gladysz, K., Ongen, H., Dermitzakis, E., Bramsen, J. B., Orntoft, T. F., Andersen, C. L., Ristimäki, A., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J-P., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 10 syysk. 2018, julkaisussa: Nature Communications. 9, 9 Sivumäärä, 3664.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Modular discovery of monomeric and dimeric transcription factor binding motifs for large data sets

  Toivonen, J., Kivioja, T., Jolma, A., Yin, Y., Taipale, J. & Ukkonen, E., 4 toukok. 2018, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 46, 8, 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2017

  CRISPR/Cas9 screening using unique molecular identifiers

  Schmierer, B., Botla, S. K., Zhang, J., Turunen, M., Kivioja, T. & Taipale, J., lokak. 2017, julkaisussa: Molecular Systems Biology. 13, 10, 8 Sivumäärä, 945.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Genome-wide screen of cell-cycle regulators in normal and tumor cells identifies a differential response to nucleosome depletion

  Sokolova, M., Turunen, M., Mortusewicz, O., Kivioja, T., Herr, P., Vähärautio, A., Björklund, M., Taipale, M., Helleday, T. & Taipale, J., 2017, julkaisussa: Cell Cycle. 16, 2, s. 189-199 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors

  Yin, Y., Morgunova, E., Jolma, A., Kaasinen, E., Sahu, B., Khund-Sayeed, S., Das, P. K., Kivioja, T., Dave, K., Zhong, F., Nitta, K. R., Taipale, M., Popov, A., Ginno, P. A., Domcke, S., Yan, J., Schubeler, D., Vinson, C. & Taipale, J., 5 toukok. 2017, julkaisussa: Science. 356, 6337, s. 502-+ 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2016

  PeakXus: comprehensive transcription factor binding site discovery from ChIP-Nexus and ChIP-Exo experiments

  Hartonen, T., Sahu, B., Dave, K., Kivioja, T. & Taipale, J., 1 syysk. 2016, julkaisussa: Bioinformatics. 32, 17, s. 629-638 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access
• 2015

  Conservation of transcription factor binding specificities across 600 million years of bilateria evolution

  Nitta, K. R., Jolma, A., Yin, Y., Morgunova, E., Kivioja, T., Akhtar, J., Hens, K., Toivonen, J., Deplancke, B., Furlong, E. E. M. & Taipale, J., 17 maalisk. 2015, julkaisussa: eLife. 4, 20 Sivumäärä, 04837.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• CTCF/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer

  Katainen, R., Dave, K., Pitkänen, E., Palin, K., Kivioja, T., Valimaki, N., Gylfe, A. E., Ristolainen, H., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Tanskanen, T., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Kaasinen, E., Kilpivaara, O., Tuupanen, S., Enge, M., & 2 muutaTaipale, J. & Aaltonen, L. A., 1 heinäk. 2015, julkaisussa: Nature Genetics. 47, 7, s. 818-+

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity

  Jolma, A., Yin, Y., Nitta, K. R., Dave, K., Popov, A., Taipale, M., Enge, M., Kivioja, T., Morgunova, E. & Taipale, J., 19 marrask. 2015, julkaisussa: Nature. 527, 7578, s. 384-+ 18 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2014

  Uterine Leiomyoma-Linked MED12 Mutations Disrupt Mediator-Associated CDK Activity

  Turunen, M., Spaeth, J. M., Keskitalo, S., Park, M. J., Kivioja, T., Clark, A. D., Mäkinen, N., Gao, F., Palin, K., Nurkkala, H., Vaharautio, A., Aavikko, M., Kampjarvi, K., Vahteristo, P., Kim, C. A., Aaltonen, L. A., Varjosalo, M., Taipale, J. & Boyer, T. G., toukok. 2014, julkaisussa: Cell Reports. 7, 3, s. 654-660 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2013

  DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors

  Jolma, A., Yan, J., Whitington, T., Toivonen, J., Nitta, K. R., Rastas, P., Morgunova, E., Enge, M., Taipale, M. J. O., Wei, G., Palin, K., Vaquerizas, J. M., Vincentelli, R., Luscombe, N. M., Hughes, T. R., Lemaire, P., Ukkonen, E., Kivioja, T. & Taipale, J., 17 tammik. 2013, julkaisussa: Cell. 152, 1-2, s. 327-339 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Transcriptional Networks Controlling the Cell Cycle

  Bonke, M., Turunen, M., Sokolova, M., Vaharautio, A., Kivioja, T., Taipale, M., Björklund, M. & Taipale, J., tammik. 2013, julkaisussa: G3 - Genes genomes genetics. 3, 1, s. 75-90 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Transcription Factor Binding in Human Cells Occurs in Dense Clusters Formed around Cohesin Anchor Sites

  Yan, J., Enge, M., Whitington, T., Dave, K., Liu, J., Sur, I., Schmierer, B., Jolma, A., Kivioja, T., Taipale, M. & Taipale, J., 15 elok. 2013, julkaisussa: Cell. 154, 4, s. 801-813 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2012

  Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers

  Kivioja, T., Vähärautio, A., Karlsson, K., Bonke, M., Enge, M., Linnarsson, S. & Taipale, J., 2012, julkaisussa: Nature methods. 9, 1, s. 72-74 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Identification and characterization of gushing-active hydrophobins from Fusarium graminearum and related species

  Sarlin, T., Kivioja, T., Kalkkinen, N., Linder, M. B. & Nakari-Setala, T., 2012, julkaisussa: Journal of Basic Microbiology. 52, 2, s. 184-194 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Insights into p53 transcriptional function via genome-wide chromatin occupancy and gene expression analysis

  Julkaisun otsikon käännös: Insights into p53 transcriptional function via genome-wide chromatin occupancy and gene expression analysisNikulenkov, F., Spinnler, C., Li, H., Tonelli, C., Shi, Y., Turunen, M., Kivioja, T., Ignatiev, I., Kel, A., Taipale, J. & Selivanova, G., 1 jouluk. 2012, julkaisussa: Cell Death and Differentiation. 19, 12, s. 1992-2002 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2011

  Missing pattern discovery

  Angelov, S., Inenaga, S., Kivioja, T. & Mäkinen, V., 2011, julkaisussa: Journal of Discrete Algorithms. 9, 2, s. 153-165 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2010

  Detecting novel genes with sparse arrays

  Arvas, M., Haiminen, N. S., Smit, B., Rautio, J., Vitikainen, M., Wiebe, M., Martinez, D., Chee, C., Kunkel, J., Sanchez, C., Nelson, M. A., Pakula, N., Saloheimo, M., Penttilä, M. & Kivioja, T., 2010, julkaisussa: Gene. 467, 1-2, s. 41-51 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Genome-wide analysis of ETS-family DNA-binding in vitro and in vivo

  Wei, G-H., Badis, G., Berger, M. F., Kivioja, T., Palin, K., Enge, M., Bonke, M., Jolma, A., Varjosalo, M., Gehrke, A. R., Yan, J., Talukder, S., Turunen, M., Taipale, M., Stunnenberg, H. G., Ukkonen, E., Hughes, T. R., Bulyk, M. L. & Taipale, J., 2010, julkaisussa: EMBO Journal. 29, 13, s. 2147-2160 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Multiplexed massively parallel SELEX for characterization of human transcription factor binding specificities

  Jolma, A., Kivioja, T., Toivonen, J., Cheng, L., Wei, G., Enge, M., Taipale, M., Vaquerizas, J. M., Yan, J., Sillanpää, M. J., Bonke, A. W. M., Palin, K., Talukder, S., Hughes, T. R., Luscombe, N. M., Ukkonen, E. & Taipale, J., 2010, julkaisussa: Genome Research. 20, 6, s. 861-873 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Mutations in the Circadian Gene CLOCK in Colorectal Cancer

  Alhopuro, P., Björklund, M., Sammalkorpi, H. P., Turunen, M., Tuupanen, S. J., Bistrom, M., Niittymäki, I., Lehtonen, H., Kivioja, T., Launonen, V., Saharinen, J. M. N., Nousiainen, K. J., Hautaniemi, S., Nuorva, K., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Orntoft, T., Arango, D., Lehtonen, R. J., Karhu, A. I., & 2 muutaTaipale, J. & Aaltonen, L. A., 2010, julkaisussa: Molecular Cancer Research. 8, 7, s. 952-960 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2009

  The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling

  Tuupanen, S., Turunen, M., Lehtonen, R., Hallikas, O., Vanharanta, S., Kivioja, T., Björklund, M., Wei, G., Yan, J., Niittymäki, I., Mecklin, J-P., Järvinen, H., Ristimäki, A., Di-Bernardo, M., East, P., Carvajal-Carmona, L., Houlston, R. S., Tomlinson, I., Palin, K., Ukkonen, E., & 3 muutaKarhu, A., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 2009, julkaisussa: Nature Genetics. 41, 8, s. 885-890 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2008

  Application of active and kinase-deficient kinome collection for identification of kinases regulating hedgehog signaling

  Varjosalo, M., Björklund, M., Cheng, F., Syvänen, H., Kivioja, T., Kilpinen, S., Sun, Z., Kallioniemi, O., Stunnenberg, H. G., He, W-W., Ojala, P. & Taipale, J., 2008, julkaisussa: Cell. 133, 3, s. 537-548 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2007

  Comparison of protein coding gene contents of the fungal phyla Pezizomycotina and Saccharomycotina

  Arvas, M., Kivioja, T., Mitchell, A., Saloheimo, M., Ussery, D., Penttilä, M. & Oliver, S., 2007, julkaisussa: BMC Genomics. 8, s. 325 23 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Physiological evaluation of the filamentous fungus Trichoderma reesei in production processes by marker gene expression analysis

  Rautio, J. J., Bailey, M., Kivioja, T., Söderlund, H., Penttilä, M. & Saloheimo, M., 2007, julkaisussa: BMC Biotechnology. 7, 28, 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2005

  Optimization of cDNA-AFLP experiments using genomic sequence data

  Kivioja, T., Arvas, M., Saloheimo, M., Penttilä, M. & Ukkonen, E., 2005, julkaisussa: Bioinformatics. 21, 11, s. 2573-2579 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2000

  Local average intensity-based method for identifying spherical particles in electron micrographs

  Kivioja, T., Ravantti, J., Verkhovsky, A., Ukkonen, E. & Bamford, D., elok. 2000, julkaisussa: Journal of Structural Biology. 131, 2, s. 126-134 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu