Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Hakutulokset
-
2022
A competitive precision CRISPR method to identify the fitness effects of transcription factor binding sites
Pihlajamaa, P., Kauko, O., Sahu, B., Kivioja, T. & Taipale, J., 26 syysk. 2022, julkaisussa: Nature Biotechnology. 41, s. 197–203 26 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Sequence determinants of human gene regulatory elements
Sahu, B., Hartonen, T., Pihlajamaa, P., Wei, B., Dave, K., Zhu, F., Kaasinen, E., Lidschreiber, K., Lidschreiber, M., Daub, C. O., Cramer, P., Kivioja, T. & Taipale, J., maalisk. 2022, julkaisussa: Nature Genetics. 54, 3, s. 283-+ 35 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Upregulation of ribosome biogenesis via canonical E-boxes is required for Myc-driven proliferation
Zielke, N., Vähärautio, A., Liu, J., Kivioja, T. & Taipale, J., 25 huhtik. 2022, julkaisussa: Developmental Cell. 57, 8, s. 1024-+ 18 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2020
A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation
Zoonomia Consortium, Genereux, D. P., Serres, A., Armstrong, J., Kivioja, T., Taipale, J. & Karlsson, E. K., 12 marrask. 2020, julkaisussa: Nature. 587, 7833, s. 240-+ 16 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Binding specificities of human RNA-binding proteins toward structured and linear RNA sequences
Jolma, A., Zhang, J., Mondragon, E., Morgunova, E., Kivioja, T., Laverty, K. U., Yin, Y., Zhu, F., Bourenkov, G., Morris, Q., Hughes, T. R., Maher III, L. J. & Taipale, J., heinäk. 2020, julkaisussa: Genome Research. 30, 7, s. 962-973 12 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2018
A protein activity assay to measure global transcription factor activity reveals determinants of chromatin accessibility
Wei, B., Jolma, A., Sahu, B., Orre, L. M., Zhong, F., Zhu, F., Kivioja, T., Sur, I., Lehtiö, J., Taipale, M. & Taipale, J., kesäk. 2018, julkaisussa: Nature Biotechnology. 36, 6, s. 521-+ 13 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer
Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H. & Plaketti, R.-M. & 20 muuta, , 10 syysk. 2018, julkaisussa: Nature Communications. 9, 9 Sivumäärä, 3664.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Modular discovery of monomeric and dimeric transcription factor binding motifs for large data sets
Toivonen, J., Kivioja, T., Jolma, A., Yin, Y., Taipale, J. & Ukkonen, E., 4 toukok. 2018, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 46, 8, 16 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2017
CRISPR/Cas9 screening using unique molecular identifiers
Schmierer, B., Botla, S. K., Zhang, J., Turunen, M., Kivioja, T. & Taipale, J., lokak. 2017, julkaisussa: Molecular Systems Biology. 13, 10, 8 Sivumäärä, 945.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Genome-wide screen of cell-cycle regulators in normal and tumor cells identifies a differential response to nucleosome depletion
Sokolova, M., Turunen, M., Mortusewicz, O., Kivioja, T., Herr, P., Vähärautio, A., Björklund, M., Taipale, M., Helleday, T. & Taipale, J., 2017, julkaisussa: Cell Cycle. 16, 2, s. 189-199 11 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors
Yin, Y., Morgunova, E., Jolma, A., Kaasinen, E., Sahu, B., Khund-Sayeed, S., Das, P. K., Kivioja, T., Dave, K., Zhong, F., Nitta, K. R., Taipale, M., Popov, A., Ginno, P. A., Domcke, S., Yan, J., Schubeler, D., Vinson, C. & Taipale, J., 5 toukok. 2017, julkaisussa: Science. 356, 6337, s. 502-+ 16 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2016
PeakXus: comprehensive transcription factor binding site discovery from ChIP-Nexus and ChIP-Exo experiments
Hartonen, T., Sahu, B., Dave, K., Kivioja, T. & Taipale, J., 1 syysk. 2016, julkaisussa: Bioinformatics. 32, 17, s. 629-638 10 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open access -
2015
Conservation of transcription factor binding specificities across 600 million years of bilateria evolution
Nitta, K. R., Jolma, A., Yin, Y., Morgunova, E., Kivioja, T., Akhtar, J., Hens, K., Toivonen, J., Deplancke, B., Furlong, E. E. M. & Taipale, J., 17 maalisk. 2015, julkaisussa: eLife. 4, 20 Sivumäärä, 04837.Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
CTCF/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer
Katainen, R., Dave, K., Pitkänen, E., Palin, K., Kivioja, T., Valimaki, N., Gylfe, A. E., Ristolainen, H., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Kondelin, J., Tanskanen, T., Mecklin, J.-P., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Kaasinen, E., Kilpivaara, O., Tuupanen, S. & Enge, M. & 2 muuta, , 1 heinäk. 2015, julkaisussa: Nature Genetics. 47, 7, s. 818-+Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity
Jolma, A., Yin, Y., Nitta, K. R., Dave, K., Popov, A., Taipale, M., Enge, M., Kivioja, T., Morgunova, E. & Taipale, J., 19 marrask. 2015, julkaisussa: Nature. 527, 7578, s. 384-+ 18 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2014
Uterine Leiomyoma-Linked MED12 Mutations Disrupt Mediator-Associated CDK Activity
Turunen, M., Spaeth, J. M., Keskitalo, S., Park, M. J., Kivioja, T., Clark, A. D., Mäkinen, N., Gao, F., Palin, K., Nurkkala, H., Vaharautio, A., Aavikko, M., Kampjarvi, K., Vahteristo, P., Kim, C. A., Aaltonen, L. A., Varjosalo, M., Taipale, J. & Boyer, T. G., toukok. 2014, julkaisussa: Cell Reports. 7, 3, s. 654-660 7 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2013
DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors
Jolma, A., Yan, J., Whitington, T., Toivonen, J., Nitta, K. R., Rastas, P., Morgunova, E., Enge, M., Taipale, M. J. O., Wei, G., Palin, K., Vaquerizas, J. M., Vincentelli, R., Luscombe, N. M., Hughes, T. R., Lemaire, P., Ukkonen, E., Kivioja, T. & Taipale, J., 17 tammik. 2013, julkaisussa: Cell. 152, 1-2, s. 327-339 13 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Transcriptional Networks Controlling the Cell Cycle
Bonke, M., Turunen, M., Sokolova, M., Vaharautio, A., Kivioja, T., Taipale, M., Björklund, M. & Taipale, J., tammik. 2013, julkaisussa: G3 - Genes genomes genetics. 3, 1, s. 75-90 16 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Transcription Factor Binding in Human Cells Occurs in Dense Clusters Formed around Cohesin Anchor Sites
Yan, J., Enge, M., Whitington, T., Dave, K., Liu, J., Sur, I., Schmierer, B., Jolma, A., Kivioja, T., Taipale, M. & Taipale, J., 15 elok. 2013, julkaisussa: Cell. 154, 4, s. 801-813 13 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2012
Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers
Kivioja, T., Vähärautio, A., Karlsson, K., Bonke, M., Enge, M., Linnarsson, S. & Taipale, J., 2012, julkaisussa: Nature methods. 9, 1, s. 72-74 3 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Identification and characterization of gushing-active hydrophobins from Fusarium graminearum and related species
Sarlin, T., Kivioja, T., Kalkkinen, N., Linder, M. B. & Nakari-Setala, T., 2012, julkaisussa: Journal of Basic Microbiology. 52, 2, s. 184-194 11 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Insights into p53 transcriptional function via genome-wide chromatin occupancy and gene expression analysis
Julkaisun otsikon käännös :Insights into p53 transcriptional function via genome-wide chromatin occupancy and gene expression analysis Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2011
Missing pattern discovery
Angelov, S., Inenaga, S., Kivioja, T. & Mäkinen, V., 2011, julkaisussa: Journal of Discrete Algorithms. 9, 2, s. 153-165 13 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2010
Detecting novel genes with sparse arrays
Arvas, M., Haiminen, N. S., Smit, B., Rautio, J., Vitikainen, M., Wiebe, M., Martinez, D., Chee, C., Kunkel, J., Sanchez, C., Nelson, M. A., Pakula, N., Saloheimo, M., Penttilä, M. & Kivioja, T., 2010, julkaisussa: Gene. 467, 1-2, s. 41-51 11 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Genome-wide analysis of ETS-family DNA-binding in vitro and in vivo
Wei, G.-H., Badis, G., Berger, M. F., Kivioja, T., Palin, K., Enge, M., Bonke, M., Jolma, A., Varjosalo, M., Gehrke, A. R., Yan, J., Talukder, S., Turunen, M., Taipale, M., Stunnenberg, H. G., Ukkonen, E., Hughes, T. R., Bulyk, M. L. & Taipale, J., 2010, julkaisussa: EMBO Journal. 29, 13, s. 2147-2160 14 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
Multiplexed massively parallel SELEX for characterization of human transcription factor binding specificities
Jolma, A., Kivioja, T., Toivonen, J., Cheng, L., Wei, G., Enge, M., Taipale, M., Vaquerizas, J. M., Yan, J., Sillanpää, M. J., Bonke, A. W. M., Palin, K., Talukder, S., Hughes, T. R., Luscombe, N. M., Ukkonen, E. & Taipale, J., 2010, julkaisussa: Genome Research. 20, 6, s. 861-873 13 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Mutations in the Circadian Gene CLOCK in Colorectal Cancer
Alhopuro, P., Björklund, M., Sammalkorpi, H. P., Turunen, M., Tuupanen, S. J., Bistrom, M., Niittymäki, I., Lehtonen, H., Kivioja, T., Launonen, V., Saharinen, J. M. N., Nousiainen, K. J., Hautaniemi, S., Nuorva, K., Mecklin, J.-P., Järvinen, H., Orntoft, T., Arango, D., Lehtonen, R. J. & Karhu, A. I. & 2 muuta, , 2010, julkaisussa: Molecular Cancer Research. 8, 7, s. 952-960 9 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2009
The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling
Tuupanen, S., Turunen, M., Lehtonen, R., Hallikas, O., Vanharanta, S., Kivioja, T., Björklund, M., Wei, G., Yan, J., Niittymäki, I., Mecklin, J.-P., Järvinen, H., Ristimäki, A., Di-Bernardo, M., East, P., Carvajal-Carmona, L., Houlston, R. S., Tomlinson, I., Palin, K. & Ukkonen, E. & 3 muuta, , 2009, julkaisussa: Nature Genetics. 41, 8, s. 885-890 6 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2008
Application of active and kinase-deficient kinome collection for identification of kinases regulating hedgehog signaling
Varjosalo, M., Björklund, M., Cheng, F., Syvänen, H., Kivioja, T., Kilpinen, S., Sun, Z., Kallioniemi, O., Stunnenberg, H. G., He, W.-W., Ojala, P. & Taipale, J., 2008, julkaisussa: Cell. 133, 3, s. 537-548 12 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2007
Comparison of protein coding gene contents of the fungal phyla Pezizomycotina and Saccharomycotina
Arvas, M., Kivioja, T., Mitchell, A., Saloheimo, M., Ussery, D., Penttilä, M. & Oliver, S., 2007, julkaisussa: BMC Genomics. 8, s. 325 23 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
Physiological evaluation of the filamentous fungus Trichoderma reesei in production processes by marker gene expression analysis
Rautio, J. J., Bailey, M., Kivioja, T., Söderlund, H., Penttilä, M. & Saloheimo, M., 2007, julkaisussa: BMC Biotechnology. 7, 28, 16 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto -
2005
Optimization of cDNA-AFLP experiments using genomic sequence data
Kivioja, T., Arvas, M., Saloheimo, M., Penttilä, M. & Ukkonen, E., 2005, julkaisussa: Bioinformatics. 21, 11, s. 2573-2579 7 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
-
2000
Local average intensity-based method for identifying spherical particles in electron micrographs
Kivioja, T., Ravantti, J., Verkhovsky, A., Ukkonen, E. & Bamford, D., elok. 2000, julkaisussa: Journal of Structural Biology. 131, 2, s. 126-134 9 SivumääräTutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu