Timo Sipilä

Sähköpostitimo.p.sipilahelsinkifi

PL 56 (Viikinkaari 9)
00014
Suomi

Tutkimustuotoksia vuodessa

Ansioluettelo

Expertise:

Modern microbiology research from bench work to publications, data analysis and grant applications.
Wide knowledge of molecular techniques in biological research from qPCR to 454 pyrosequencing.
Good team work abilities with lots of experience in supervising lab work.
Excellent computer skills including bioinformatics and data analysis.

Business orientated with studies in Aalto University School of Economics (18 cr. marketing, 7 cr. Biobusiness modules I, II).

Previous professional appointments:

2011 Instructor of Sanna Vesterinen lab training 10.01-08.04

2010 Instructor of Heidi Hulkko lab training 24.05-21.08.

2009 Instructor of Miriam Kellock lab training 01.06-31.08.

2009-2011 Post doctoral researcher, University of Helsinki, Department of Agricultural Sciences,”Sustainable cultivation methods for agriculture – increasing soil crop cover and optimizing ecosystem services of soil microorganisms(SUCCESS)”

2008 Instructor of Master of Science thesis, Pave Väisänen: Expression of aromatic degradation genes in Sphingobium sp. HV3 agrestis.

2006 Part time teacher, 18.09-29.09, University of Helsinki, Department of Bio- and environmental sciences, Lab course of Gene technology.

2006 Instructor of bachelor thesis, Anna-Kaisa Keskinen: Effec of PAH compounds on microbial community with extradiol dioxygenase gene in bulk soil and in rhizosphere of two different birch clones.

2005 Instructor of bachelor thesis, Heini Harjunen: Analysis of polycyclic aromatic compounds and their metabolites using the GC-MS.

2004-201 Graduate student in University of Helsinki, Department of biosciences. Title of dissertation: Plasmids and aromatic degradation in Sphingomonas for bioremediation - Aromatic ring-cleavage genes in soil and rhizosphere

2004 ATK Support, 20.08-31.12, Simia Oy, Technical support person.

2003 Researcher 10.3 - 31.10, North Savo Environment Centre, Research topic: Genetic diversity of yellow lady ´s lip (Cypripedium calceolus) in North Savo.

2002 Trainee 1.6 - 31.8, North Savo Environment Centre, Research department.

2002 Part time teacher 28.1 - 11.2, North Karelia Polytechnic, Practical course of molecular biology.

2001 Part time teacher 29.10 - 22.11, North Karelia Polytechnic, Lectures of molecular biology.

2001 Part time teacher 10.09 - 09.10, University of Joensuu, Biochemistry exercise “Isolation of acidic phosphatase”.

2001 Research assistant 01.06 - 31.08, University of Joensuum, Molecular biology lab of Professor Tuomas Sopanen.

2000 Research assistant 01.06 - 31.08, University of Joensuu Molecular biology lab of Professor Tuomas Sopanen.

Koulutustiedot

Doctor of Philosophy, General Microbiology, University of Helsinki, 11.08.2010.
Title of dissertation: Plasmids and aromatic degradation in Sphingomonas for bioremediation - Aromatic ring-cleavage genes in soil and rhizosphere.

Master of Science (MSc.), Biology, University of Joensuu, 30.04.2003
Title of pro gradu: Characterization of BpMADS5 gene promoter region

Tieteenalat

1183 Kasvibiologia, mikrobiologia, virologia

20 Artikkeli
9 Konferenssiartikkeli
1 Kirjan luku tai artikkeli

Genetic drivers and cellular selection of female mosaic X chromosome loss
FinnGen, Estonian Biobank Research Team, Breast Cancer Association Consortium, Million Veteran Program, Liu, A., Genovese, G., Zhao, Y., Pirinen, M., Zekavat, S. M., Kentistou, K. A., Yang, Z., Yu, K., Vlasschaert, C., Liu, X., Brown, D. W., Hudjashov, G., Gorman, B. R., Dennis, J., Zhou, W., Momozawa, Y., & 25 muutaPyarajan, S., Tuzov, V., Pajuste, F. D., Aavikko, M., Sipilä, T. P., Ghazal, A., Huang, W. Y., Freedman, N. D., Song, L., Gardner, E. J., Sankaran, V. G., Palotie, A., Ollila, H. M., Tukiainen, T., Chanock, S. J., Mägi, R., Natarajan, P., Daly, M. J., Bick, A., McCarroll, S. A., Terao, C., Loh, P. R., Ganna, A., Perry, J. R. B. & Machiela, M. J., 1 heinäk. 2024, julkaisussa: Nature. 631, 8019, s. 134-141 8 Sivumäärä
Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Evidence of a causal effect of genetic tendency to gain muscle mass on uterine leiomyomata
Sliz, E., Tyrmi, J. S., Rahmioglu, N., Zondervan, K. T., Becker, C. M., Uimari, O., Kettunen, J., Palotie, A., Daly, M., Riley-Gills, B., Jacob, H., Paul, D., Matakidou, A., Platt, A., Runz, H., John, S., Okafo, G., Lawless, N., Salminen-Mankonen, H., Plenge, R., & 306 muutaMaranville, J., McCarthy, M., Ehm, M. G., Auro, K., Longerich, S., Fox, C., Malarstig, A., Klinger, K., Chatelain, C., Gossel, M., Estrada, K., Graham, R., Yang, R., O'Donnell, C., Mäkelä, T. P., Kaprio, J., Virolainen, P., Hakanen, A., Kilpi, T., Perola, M., Partanen, J., Pitkäranta, A., Raivio, T., Serpi, R., Laitinen, T., Kosma, V-M., Laukkanen, J., Hautalahti, M., Tuovila, O., Pakkanen, R., Waring, J., Riley-Gillis, B., Rahimov, F., Tachmazidou, I., Chen, C-Y., Ding, Z., Jung, M., Biswas, S., Pendergrass, R., Pulford, D., Raghavan, N., Huertas-Vazquez, A., Sul, J-H., Hu, X., Hedman, A., Rivas, M., Waterworth, D., Renaud, N., Obeidat, M., Ripatti, S., Schleutker, J., Arvas, M., Carpen, O., Hinttala, R., Mannermaa, A., Aalto-Setala, K., Kahonen, M., Mäkelä, J., Kalviainen, R., Julkunen, V., Soininen, H., Remes, A., Hiltunen, M., Peltola, J., Raivio, M., Tienari, P., Rinne, J., Kallionpaa, R., Partanen, J., Abbasi, A., Ziemann, A., Smaoui, N., Lehtonen, A., Eaton, S., Lahdenpera, S., Bowers, N., Teng, E., Xu, F., Addis, L., Eicher, J., Li, Q. S., He, K., Khramtsova, E., Färkkilä, M., Koskela, J., Pikkarainen, S., Jussila, A., Kaukinen, K., Blomster, T., Kiviniemi, M., Voutilainen, M., Lu, T., McCarthy, L., Hart, A., Guan, M., Miller, J., Kalpala, K., Miller, M., Eklund, K., Palomaki, A., Isomaki, P., Pirila, L., Kaipiainen-Seppanen, O., Huhtakangas, J., Mars, N., Lertratanakul, A., Hochfeld, M., Gordillo, J. E., Farias, F., Bing, N., Pelkonen, M., Kauppi, P., Kankaanranta, H., Harju, T., Lahesmaa, R., Lassi, G., Chen, H., Betts, J., Mishra, R., Mouded, M., Ngo, D., Niiranen, T., Vaura, F., Salomaa, V., Metsarinne, K., Aittokallio, J., Hernesniemi, J., Gordin, D., Sinisalo, J., Taskinen, M-R., Tuomi, T., Elliott, A., Reeve, M. P., Ruotsalainen, S., Challis, B., Chu, A., Reilly, D., Mendelson, M., Parkkinen, J., Meretoja, T., Joensuu, H., Mattson, J., Salminen, E., Auranen, A., Karihtala, P., Auvinen, P., Elenius, K., Pitkänen, E., Popovic, R., Schutzman, J., Kulkarni, D., Porello, A., Loboda, A., Lehtonen, H., McDonough, S., Vuoti, S., Kaarniranta, K., Turunen, J. A., Ollila, T., Uusitalo, H., Karjalainen, J., Liu, M., Loomis, S., Strauss, E., Chen, H., Tasanen, K., Huilaja, L., Hannula-Jouppi, K., Salmi, T., Peltonen, S., Koulu, L., Choy, D., Wu, Y., Pussinen, P., Salminen, A., Salo, T., Rice, D., Nieminen, P., Palotie, U., Siponen, M., Suominen, L., Mäntylä, P., Gursoy, U., Anttonen, V., Sipila, K., Laivuori, H., Kurra, V., Kotaniemi-Talonen, L., Heikinheimo, O., Kalliala, I., Aaltonen, L., Jokimaa, V., Vaarasmaki, M., Morin-Papunen, L., Niinimaki, M., Piltonen, T., Kivinen, K., Widen, E., Tukiainen, T., Välimäki, N., Laakkonen, E., Silven, H., Arffman, R., Savukoski, S., Laisk, T., Pujol, N., Kumar, J., Hovatta, I., Isometsä, E., Ollila, H., Suvisaari, J., Als, T. D., Mäkitie, A., Bizaki-Vallaskangas, A., Toppila-Salmi, S., Willberg, T., Saarentaus, E., Aarnisalo, A., Rahikkala, E., Aittomaki, K., Åberg, F., Kurki, M., Havulinna, A., Mehtonen, J., Palta, P., Hassan, S., Parolo, P. D. B., Zhou, W., Maasha, M., Lemmela, S., Liu, A., Lehisto, A., Ganna, A., Llorens, V., Heyne, H., Rämö, J., Rodosthenous, R., Strausz, S., Palotie, T., Palin, K., Garcia-Tabuenca, J., Siirtola, H., Kiiskinen, T., Lee, J., Tsuo, K., Kristiansson, K., Hyvarinen, K., Ritari, J., Pylkas, K., Karjalainen, M., Mantere, T., Kangasniemi, E., Heikkinen, S., Pitkanen, N., Lessard, S., Chatelain, C., Terho, P., Wahlfors, T., Punkka, E., Siltanen, S., Kuopio, T., Jalanko, A., Shen, H-Y., Kajanne, R., Aavikko, M., Palin, H., Linna, M-M., Kanai, M., Zheng, Z., Lahtela, L. E., Kaunisto, M., Kilpeläinen, E., Sipila, T. P., Dada, O. A., Ghazal, A., Kytölä, A., Weldatsadik, R., Donner, K., Loukola, A., Laiho, P., Sistonen, T., Kaiharju, E., Laukkanen, M., Jarvensivu, E., Lahteenmaki, S., Mannikko, L., Wong, R., Toivola, A., Brunfeldt, M., Mattsson, H., Koskelainen, S., Hiekkalinna, T., Paajanen, T., Pärn, K., Kals, M., Luo, S., Padmanabhuni, S. S., Niemi, M., Gracia-Tabuenca, J., Helminen, M., Luukkaala, T., Vahatalo, I., Tammerluoto, J., Smith, S., Southerington, T. & Lehto, P., 1 helmik. 2023, julkaisussa: Nature Communications. 14, 542, 14 Sivumäärä
Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population
FinnGen, Kurki, M. I., Karjalainen, J., Palta, P., Sipilä, T. P., Kristiansson, K., Donner, K. M., Reeve, M. P., Laivuori, H., Aavikko, M., Kaunisto, M. A., Loukola, A., Mattsson, H., Laiho, P., Della Briotta Parolo, P., Lehisto, A. A., Mars, N., Rämö, J., Kiiskinen, T., Heyne, H. O., & 63 muutaRüeger, S., Lemmelä, S., Zhou, W., Ruotsalainen, S., Pärn, K., Hiekkalinna, T., Koskelainen, S., Paajanen, T., Llorens, V., Gracia-Tabuenca, J., Auro, K., Carpen, O., Dada, O. A., Eklund, K., Färkkilä, M., Ganna, A., Ghazal, A., Hovatta, I., Joensuu, H., Julkunen, V., Kajanne, R., Kaprio, J., Kettunen, J., Kilpeläinen, E., Kurra, V., Laukkanen, J., Liu, A., Mäkelä, J., Mäkitie, A., Meretoja, T., Niemi, M. E. K., Niemi, M., Niiranen, T., Ollila, H. M., Palomäki, A., Palotie, T., Partanen, J., Pelkonen, M., Pitkäranta, A., Punkka, E., Pussinen, P., Rodosthenous, R., Saarentaus, E., Salminen, A., Salminen, E., Shen, H., Silander, K., Soini, S., Tienari, P., Toppila-Salmi, S., Tukiainen, T., Tuomi, T., Turunen, J. A., Vaura, F., Havulinna, A. S., Perola, M., Ripatti, S., Jalanko, A., Laitinen, T., Mäkelä, T. P., Daly, M. J., Palotie, A. & Kanai, M., 19 tammik. 2023, julkaisussa: Nature. 613, 7944, s. 508-+ 20 Sivumäärä
Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
Narcolepsy risk loci outline role of T cell autoimmunity and infectious triggers in narcolepsy
FinnGen, Palotie, A., Kytölä, A., Ganna, A., Jalanko, A., Liu, A., Lehisto, A., Ghazal, A., Kilpeläinen, E., Widen, E., Saarentaus, E., Pitkänen, E., Ollila, H. M., Laivuori, H., Heyne, H., Shen, H-Y., Kaprio, J., Rämö, J., Karjalainen, J. M., Mehtonen, J. M. F., & 31 muutaPitkänen, J., Pärn, K., Donner, K., Kivinen, K., Lahtela, L. E., Niemi, M. E., Kaunisto, M., Mars, N., Dada, O. A., Della Briotta Parolo, P., Palta, P., Weldatsadik, R., Kajanne, R., Rodosthenous, R., Ripatti, S., Ruotsalainen, S., Strausz, S. J., Hassan, S., Padmanabhuni, S. S., Luo, S., Lemmelä, S., Tukiainen, T., Sipilä, T., Kiiskinen, T., Llorens, V., Daly, M., Lee, J., Kurki, M. I., Havulinna, A., Mäkitie, A. & Tienari, P., 15 toukok. 2023, julkaisussa: Nature Communications. 14, 1, 13 Sivumäärä, 2709.
Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
Distinct Taphrina strains from the phyllosphere of birch exhibiting a range of witches' broom disease symptoms
Christita, M., Sipila, T. P., Auzane, A. & Overmyer, K., elok. 2022, julkaisussa: Environmental Microbiology. 24, 8, s. 3549-3564 16 Sivumäärä
Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

1 Päättynyt
3 Aktiivinen

Öljyllä saastuneen maan metagenomiikka
Mukherjee, S., Sipilä, T. & Yrjälä, K.
01/01/2010 → …
Projekti: Tutkimusprojekti
Burkholderia bacteria for bioremediation of PAHs
Yrjälä, K., Andreolli, M., Mukherjee, S. & Sipilä, T.
01/01/2009 → …
Projekti: Tutkimusprojekti
Haavan kehittäminen ympäristöbioteknillisiä sovelluksia varten
Yrjälä, K., Mukherjee, S., Sipilä, T. & Pulkkinen, P.
01/01/2006 → …
Projekti: Tutkimusprojekti
Peatland Ecology Group in the University of Helsinki (PEATLANDERS)
Badorek, T., Jauhiainen, J., Juottonen, H., Juutinen, S., Kaila, A., Kojola, S., Koskinen, M., Kotiaho, M., Laiho, R., Laine, A., Lampela, M., Larmola, T., Leppälä, M., Maanavilja, L., Minkkinen, K., Mäkiranta, P., Ojanen, P., Pearson, M., Peltoniemi, K., Putkinen, A., Riutta, T. E., Sarkkola, S., Seppä, H., Sipilä, T., Straková , P., Tuittila, E., Ťupek, B., Vasander, H., Väliranta, M., Yli-Petäys, M. & Yrjälä, K.
23/02/2011 → 23/02/2011
Projekti: Tutkimuksen arviointi 2011

7 Käsikirjoitusten vertaisarviointi
1 Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Applied Soil Ecology (Lehti)
Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
1 elok. 2017
Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypit › Käsikirjoitusten vertaisarviointi
Journal of Basic Microbiology (Lehti)
Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
13 lokak. 2017
Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypit › Käsikirjoitusten vertaisarviointi
Canadian Journal of Plant Pathology (Lehti)
Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
24 heinäk. 2017
Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypit › Käsikirjoitusten vertaisarviointi
Soil Science Society of America Journal (Lehti)
Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
24 maalisk. 2016
Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypit › Käsikirjoitusten vertaisarviointi
Pedosphere (Lehti)
Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
16 maalisk. 2016
Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypit › Käsikirjoitusten vertaisarviointi

Timo Sipilä

Henkilökohtainen profiili

Ansioluettelo

Previous professional appointments:

Koulutustiedot

Tieteenalat

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö

Sukella yksityiskohtiin

Genetic drivers and cellular selection of female mosaic X chromosome loss

Evidence of a causal effect of genetic tendency to gain muscle mass on uterine leiomyomata

FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population

Narcolepsy risk loci outline role of T cell autoimmunity and infectious triggers in narcolepsy

Distinct Taphrina strains from the phyllosphere of birch exhibiting a range of witches' broom disease symptoms

Öljyllä saastuneen maan metagenomiikka

Burkholderia bacteria for bioremediation of PAHs

Haavan kehittäminen ympäristöbioteknillisiä sovelluksia varten

Peatland Ecology Group in the University of Helsinki (PEATLANDERS)

Applied Soil Ecology (Lehti)

Journal of Basic Microbiology (Lehti)

Canadian Journal of Plant Pathology (Lehti)

Soil Science Society of America Journal (Lehti)

Pedosphere (Lehti)

Timo Sipilä

Henkilökohtainen profiili

Ansioluettelo

Previous professional appointments:

Koulutustiedot

Tieteenalat

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö

Julkaisut

Projektit

Aktiviteetit