Valokuva: Timo Sipilä
  • PL 56 (Viikinkaari 9)

    00014

    Suomi

20052018
Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Henkilökohtainen profiili

Ansioluettelo

Expertise:

  • Modern microbiology research from bench work to publications, data analysis and grant applications.
  • Wide knowledge of molecular techniques in biological research from qPCR to 454 pyrosequencing.
  • Good team work abilities with lots of experience in supervising lab work.
  • Excellent computer skills including bioinformatics and data analysis.

Business orientated with studies in Aalto University School of Economics (18 cr. marketing, 7 cr. Biobusiness modules I, II). 

Previous professional appointments:

2011 Instructor of Sanna Vesterinen lab training 10.01-08.04

2010 Instructor of Heidi Hulkko lab training 24.05-21.08.

2009 Instructor of Miriam Kellock lab training 01.06-31.08.

2009-2011 Post doctoral researcher, University of Helsinki, Department of Agricultural Sciences,”Sustainable cultivation methods for agriculture – increasing soil crop cover and optimizing ecosystem services of soil microorganisms(SUCCESS)”                                       

2008 Instructor of Master of Science thesis, Pave Väisänen: Expression of aromatic degradation genes in Sphingobium sp. HV3 agrestis. 

2006 Part time teacher, 18.09-29.09, University of Helsinki, Department of Bio- and environmental sciences, Lab course of Gene technology.

2006 Instructor of bachelor thesis, Anna-Kaisa Keskinen: Effec of PAH compounds on microbial community with extradiol dioxygenase gene in bulk soil and in rhizosphere of two different birch clones.          

2005 Instructor of bachelor thesis, Heini Harjunen: Analysis of polycyclic aromatic compounds and their metabolites using the GC-MS.

2004-201 Graduate student in University of Helsinki, Department of biosciences. Title of dissertation: Plasmids and aromatic degradation in Sphingomonas for bioremediation - Aromatic ring-cleavage genes in soil and rhizosphere

2004 ATK Support, 20.08-31.12, Simia Oy, Technical support person.     

2003 Researcher 10.3 - 31.10, North Savo Environment Centre, Research topic: Genetic diversity of yellow lady ´s lip (Cypripedium calceolus) in North Savo.  

2002 Trainee 1.6 - 31.8, North Savo Environment Centre, Research department. 

2002 Part time teacher 28.1 - 11.2, North Karelia Polytechnic, Practical course of molecular biology.

2001 Part time teacher 29.10 - 22.11, North Karelia Polytechnic, Lectures of molecular biology.

2001 Part time teacher 10.09 - 09.10, University of Joensuu, Biochemistry exercise “Isolation of acidic phosphatase”.          

2001 Research assistant 01.06 - 31.08, University of Joensuum, Molecular biology lab of Professor Tuomas Sopanen.

2000 Research assistant 01.06 - 31.08, University of Joensuu Molecular biology lab of Professor Tuomas Sopanen.

Koulutustiedot

Doctor of Philosophy, General Microbiology, University of Helsinki, 11.08.2010.
Title of dissertation: Plasmids and aromatic degradation in Sphingomonas for bioremediation - Aromatic ring-cleavage genes in soil and rhizosphere.

Master of Science (MSc.), Biology, University of Joensuu, 30.04.2003
Title of pro gradu: Characterization of BpMADS5 gene promoter region

Keywords

  • 1183 Kasvibiologia, mikrobiologia, virologia

Kansainvälinen ja kotimainen yhteistyö Publications and projects within past five years.

Julkaisut 2005 2018

  • 13 Artikkeli
  • 9 Konferenssiartikkeli
  • 1 Kirjan luku tai artikkeli

Nordic Exome Variant Catalogue a Web Resource for Genomic Data Browsing

Sipilä, T. P., Metspalu, A., Häppölä, P., Palta, P., Kals, M. & Palotie, A., 2018, 2018 IEEE 14th International Conference on e-Science (e-Science). IEEE, s. 393 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D. & 65 muutaBlande, D., Blokhina, O., Blomster, T., Broholm, S., Brosche, M., Cui, F., Dardick, C., Ehonen, S. E., Elomaa, P., Escamez, S., Fagerstedt, K. V., Fujii, H., Gauthier, A., Gollan, P. J., Halimaa, P., Heino, P. I., Himanen, K., Hollender, C., Kangasjarvi, S., Kauppinen, L., Kelleher, C. T., Kontunen-Soppela, S., Koskinen, J. P., Kovalchuk, A., Karenlampi, S. O., Kärkönen, A. K., Lim, K-J., Leppälä, J., Macpherson, L., Mikola, J., Mouhu, K., Mähönen, A. P., Niinemets, U., Oksanen, E., Overmyer, K., Palva, E. T., Pazouki, L., Pennanen, V., Puhakainen, T., Poczai, P., Possen, B. J. H. M., Punkkinen, M., Rahikainen, M. M., Rousi, M., Ruonala, R., van der Schoot, C., Shapiguzov, A., Sierla, M., Sipilä, T. P., Sutela, S., Teeri, T. H., Tervahauta, A. I., Vaattovaara, A., Vahala, J., Vetchinnikova, L., Welling, A., Wrzaczek, M., Xu, E., Paulin, L. G., Schulman, A. H., Lascoux, M., Albert, V. A., Auvinen, P., Helariutta, Y. & Kangasjarvi, J., 8 toukokuuta 2017, julkaisussa : Nature Genetics. 49, 6, s. 904-912 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Rhizoremediation in Cold Climates

Yrjälä, K., Sipilä, T. P. & Mukherjee, S., 2017, Psychrophiles: From Biodiversity to Biotechnology. Margesin, R. (toim.). Cham: Springer , s. 661-685 24 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

Isolation and characterization of resident yeasts from the phylloplane of Arabidopsis thaliana

Wang, K., Sipilä, T. P. & Overmyer, K. L., joulukuuta 2016, julkaisussa : Scientific Reports. 6, 13 Sivumäärä, 39403.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Increased transcriptome sequencing efficiency with modified Mint-2 digestion-ligation protocol

Kammonen, J. I., Smolander, O-P., Sipilä, T., Overmyer, K., Auvinen, P. & Paulin, L., 15 toukokuuta 2015, julkaisussa : Analytical Biochemistry. 477, s. 38-40 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Projektit 2006 2011

Peatland Ecology Group in the University of Helsinki (PEATLANDERS)

Badorek, T., Jauhiainen, J., Juottonen, H., Juutinen, S., Kaila, A., Kojola, S., Koskinen, M., Kotiaho, M., Laiho, R., Laine, A., Lampela, M., Larmola, T., Leppälä, M., Maanavilja, L., Minkkinen, K., Mäkiranta, P., Ojanen, P., Pearson, M., Peltoniemi, K., Putkinen, A., Riutta, T. E., Sarkkola, S., Seppä, H., Sipilä, T., Straková , P., Tuittila, E., Ťupek, B., Vasander, H., Väliranta, M., Yli-Petäys, M. & Yrjälä, K.

23/02/2011 → …

Projekti: Tutkimuksen arviointi 2011

Öljyllä saastuneen maan metagenomiikka

Mukherjee, S., Sipilä, T. & Yrjälä, K.

01/01/2010 → …

Projekti: Tutkimusprojekti

Burkholderia bacteria for bioremediation of PAHs

Yrjälä, K., Andreolli, M., Mukherjee, S. & Sipilä, T.

01/01/2009 → …

Projekti: Tutkimusprojekti

Haavan kehittäminen ympäristöbioteknillisiä sovelluksia varten

Yrjälä, K., Mukherjee, S., Sipilä, T. & Pulkkinen, P.

01/01/2006 → …

Projekti: Tutkimusprojekti

Aktiviteetit 2005 2017

  • 7 Käsikirjoitusten vertaisarviointi
  • 1 Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen
  • 1 Väitöskirjan ohjaaja tai sivuohjaaja

Journal of Basic Microbiology (Lehti)

Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
13 lokakuuta 2017

Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypitKäsikirjoitusten vertaisarviointi

Applied Soil Ecology (Lehti)

Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
1 elokuuta 2017

Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypitKäsikirjoitusten vertaisarviointi

Canadian Journal of Plant Pathology (Lehti)

Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
24 heinäkuuta 2017

Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypitKäsikirjoitusten vertaisarviointi

Pedosphere (Lehti)

Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
16 maaliskuuta 2016

Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypitKäsikirjoitusten vertaisarviointi

Soil Science Society of America Journal (Lehti)

Timo Sipilä (Arvioitsija (reviewer))
24 maaliskuuta 2016

Aktiviteetti: Julkaisun vertaisarvioinnin ja toimituksellisen työn tyypitKäsikirjoitusten vertaisarviointi