Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2000 2019

2019

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Hardness of Covering Alignment: Phase Transition in Post-Sequence Genomics

Rizzi, R., Cairo, M., Mäkinen, V., Tomescu, A. I. & Valenzuela, D., helmikuuta 2019, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 1, s. 23-30 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 17 toukokuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 15 Sivumäärä, 12.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP

Husic, E., Li, X., Hujdurovic, A., Mehine, M., Rizzi, R., Mäkinen, V., Milanic, M. & Tomescu, A. I., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 5, s. 769-777 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukokuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2018

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 helmikuuta 2018, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 Sivumäärä, 3.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., joulukuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Computational pan-genomics: status, promises and challenges

The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., tammikuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E., marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Protocols. 13, 11, s. 2580-2600 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Editorial: Special Issue on "Combinatorial Algorithms" (IWOCA 2016)

Makinen, V. & Puglisi, S. J., elokuuta 2018, julkaisussa : Theory of Computing Systems. 62, 6, s. 1349-1350 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuPääkirjoitusTieteellinen

Open access
Tiedosto

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukokuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Minimum Segmentation for Pan-genomic Founder Reconstruction in Linear Time

Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 2018, 18th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2018). Parida, L. & Ukkonen, E. (toim.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl Leibniz Center for Informatics, s. 15:1-15:15 15 Sivumäärä (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); Vuosikerta 113).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling

Valenzuela, D., Norri, T., Välimäki, N., Pitkänen, E. & Mäkinen, V., 9 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Genomics. 19, 8 Sivumäärä, 87.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-linear Chaining Extended

Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T., Chikhi, R., Tomescu, A. & Mäkinen, V., huhtikuuta 2018, Research in Computational Molecular Biology : 22nd Annual International Conference, RECOMB 2018, Paris, France, April 21-24, 2018, Proceedings. Raphael, B. J. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 105-121 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 10812).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2017

A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 maaliskuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 Sivumäärä, 59.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Interval scheduling maximizing minimum coverage

Mäkinen, V., Staneva, V., Tomescu, A. I., Valenzuela, D. & Wilzbach, S., 10 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Discrete Applied Mathematics. 225, s. 130-135 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Variant genotyping with gap filling

Walve, R., Salmela, L. & Mäkinen, V., 8 syyskuuta 2017, julkaisussa : PLoS One. 12, 9, 12 Sivumäärä, e0184608.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2016

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V. A. T., Previtali, M. & Puglisi, S. J., 2016, Theoretical informatics: LATIN 2016: 12th Latin American Symposium, Ensenada, Mexico, April 11-15, 2016 : proceedings. Kranakis, E., Navarro, G. & Chávez, E. (toim.). Berlin: Springer, s. 164-178 9 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 9644).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Combinatorial Algorithms: 27th International Workshop, IWOCA 2016, Helsinki, Finland, August 17-19, 2016, Proceedings

Mäkinen, V. (toim.), Puglisi, S. J. (toim.) & Salmela, L. (toim.), 2016, Cham: Springer International Publishing . 434 Sivumäärä (Theoretical Computer Science and General Issues; Vuosikerta 9843)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKokoomateos tai erikoisnumeroTieteellinenvertaisarvioitu

Fully Dynamic de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V. & Previtali, M., 2016, String Processing and Information Retrieval: 23rd International Symposium, SPIRE 2016, Beppu, Japan, October 18-20, 2016, Proceedings. Springer, s. 145-152 8 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 9954).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Gap Filling as Exact Path Length Problem

Salmela, L., Sahlin, K., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 9 toukokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Computational Biology. 23, 5, s. 347-361 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Identification of Variant Compositions in Related Strains Without Reference

Rautiainen, M., Salmela, L. & Mäkinen, V., 2016, Algorithms for Computational Biology: Third International Conference, AlCoB 2016, Trujillo, Spain, June 21-22, 2016, Proceedings. Botón-Fernández, M., Martín-Vide, C., Santander-Jiménez, S. & Vega-Rodríguez, M. A. (toim.). Springer International Publishing , s. 158-170 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 9702).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

MetaFlow: Metagenomic Profiling Based on Whole-Genome Coverage Analysis with Min-Cost Flows

Sobih, A. A. M., Tomescu, A. I. & Mäkinen, V. A. T., 8 huhtikuuta 2016, Research in Computational Molecular Biology: 20th Annual Conference, RECOMB 2016, Santa Monica, CA, USA, April 17-21, 2016, Proceedings. Singh, M. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 111-121 11 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics (Subseries of Lecture Notes in Computer Science); Vuosikerta 9649).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

On using Longer RNA-seq Reads to Improve Transcript Prediction Accuracy

Kuosmanen, A. E., Sobih, A. A. M., Rizzi, R., Mäkinen, V. A. T. & Tomescu, A. I., 2016, Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies. Gilbert, J., Azhari, H., Ali, H., Quintão, C., Sliwa, J., Ruiz, C., Fred, A. & Gamboa, H. (toim.). SCITEPRESS Science And Technology Publications , s. 272-277 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2015

Compressed Suffix Array

Belazzougui, D., Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., 2015, Encyclopedia of Algorithms. Kao, M-Y. (toim.). New York: Springer, 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Diploid Alignments and Haplotyping

Mäkinen, V. & Valenzuela, D., 2015, Bioinformatics Research and Applications: 11th International Symposium, ISBRA 2015, Norfolk, USA, June 6-9, 2015, Proceedings . Harrison, R., Li, Y. & Măndoiu, I. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 235-246 12 Sivumäärä (Lecture notes in computer science; Vuosikerta 9096)(LNCS sublibrary. SL 8, Bioinformatics).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly

Tomescu, A. I., Gagie, T., Popa, A., Rizzi, R., Kuosmanen, A. E. & Mäkinen, V. A. T., joulukuuta 2015, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 12, 6, s. 1345-1354 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., maaliskuuta 2015, julkaisussa : Software: Practice & Experience. 45, 3, s. 399-434 36 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Gap2Seq

Salmela, L. M., Sahlin, K., Mäkinen, V. A. T. & Tomescu, A. I., 2015

Tutkimustuotos: Ei-tekstimuotoinenOhjelmistoTieteellinen

Gap filling as exact path length problem

Salmela, L., Sahlin, K., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 2015, Research in Computational Molecular Biology : 19th Annual International Conference, RECOMB 2015, Warsaw, Poland, April 12-15, 2015, Proceedings . Przytycka, T. M. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 281-292 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 9029).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing

Mäkinen, V. A. T., Belazzougui, D., Cunial, F. & Tomescu, A. I., toukokuuta 2015, Cambrigde University Press. 391 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

Repeat- and error-aware comparison of deletions

Wittler, R., Marschall, T., Schönhuth, A. & Mäkinen, V., syyskuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 18, s. 2947-2954 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

SNV-PPILP: refined SNV calling for tumor data using perfect phylogenies and ILP

van Rens, K. E., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 1 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 7, s. 1133-1135 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

SNV-PPILP

van Rens, K., Mäkinen, V. A. T. & Tomescu, A. I., 2015

Tutkimustuotos: Ei-tekstimuotoinenOhjelmistoTieteellinen

2014

Editorial: Special Issue on Algorithms for Sequence Analysis and Storage

Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : Algorithms. 7, 1, s. 186-187

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Open access
Tiedosto

Indexing Graphs for Path Queries with Applications in Genome Research

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 11, 2, s. 375-388 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-pattern matching with bidirectional indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2014, julkaisussa : Journal of Discrete Algorithms. 24, s. 26-39 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

On the complexity of Minimum Path Cover with Subpath Constraints for multi-assembly

Rizzi, R., Tomescu, A. I. & Mäkinen, V., 10 syyskuuta 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, S9, s. S5

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Recombination-aware alignment of diploid individuals

Mäkinen, V. & Valenzuela, D., 2014, julkaisussa : BMC Genomics. 15, Suppl 6, s. S15 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 muutaQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., syyskuuta 2014, julkaisussa : Nature Communications. 5, 9 Sivumäärä, 4737.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

A Novel Combinatorial Method for Estimating Transcript Expression with RNA-Seq: Bounding the Number of Paths

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 2013, Algorithms in Bioinformatics: 13th International Workshop, WABI 2013, Sophia Antipolis, France, September 2-4, 2013. Proceedings. Darling, A. & Stoye, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 85-98 (Lecture Notes in Computer Science; nro 8126).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 10 huhtikuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 5):S15, 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Haploid to diploid alignment for variation calling assessment

Mäkinen, V. & Rahkola, J., lokakuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 15):S13, 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Versatile succinct representations of the bidirectional Burrows-Wheeler transform

Belazzougui, D., Cunial, F., Kärkkäinen, J. & Mäkinen, V., 2013, Algorithms – ESA 2013: 21st Annual European Symposium, Sophia Antipolis, France, September 2-4, 2013. Proceedings. Bodlaender, H. L. & Italiano, G. F. (toim.). Springer-Verlag, s. 133-144 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 8125).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2012

Approximate all-pairs suffix/prefix overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2012, julkaisussa : Information and Computation. 213, s. 49-58 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Detection of Viruses in Sweetpotato from Honduras and Guatemala Augmented by Deep-Sequencing of Small-RNAs

Kashif, M., Pietila, S., Artola, K., Jones, R. A. C., Tugume, A. K., Makinen, V. & Valkonen, J. P. T., lokakuuta 2012, julkaisussa : Plant Disease. 96, 10, s. 1430-1437 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Efficient Path Kernels for Reaction Function Prediction

Heinonen, M., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Rousu, J., 2012, 3rd International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, 1-4 Feb 2012, Algarve, Portugal.: Proceedings. 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Forbidden Patterns

Fischer, J., Gagie, T., Kopelowitz, T., Lewenstein, M., Mäkinen, V., Salmela, L. & Välimäki, N., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Fernández-Baca, D. (toim.). Springer-Verlag, s. 327-337 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7256).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Indexed Multi-Pattern Matching

Gagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V., Salmela, L. & Tarhio, J., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Springer-Verlag, s. 399-407 10 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7256).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-Pattern Matching with Bidirectional Indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2012, Computing and Combinatorics: 18th Annual International Conference, COCOON 2012, Sydney, Australia, August 20-22, 2012. Proceedings. Gudmundsson, J., Mestre, J. & Viglas, T. (toim.). Springer-Verlag, s. 384-395 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7434).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu