20002020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut

Advantages of Backward Searching: Efficient Secondary Memory and Distributed Implementation of Compressed Suffix Arrays

Mäkinen, V., Navarro, G. & Sadakane, K., 2004, Proceedings of the 15th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2004). Springer-Verlag, s. 681-692 (LNCS; Vuosikerta 3341).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 maaliskuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 Sivumäärä, 59.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Algorithms for Transposition Invariant String Matching

Mäkinen, V., Navarro, G. & Ukkonen, E., 2003, Proceedings of the 20th Annual Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2003): Proceedings of the 20th Annual Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2003). Springer-Verlag, s. 191-202 (LNCS; Vuosikerta 2607).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Algoritmitutkimuksen rooli bioinformatiikassa

Mäkinen, V., heinäkuuta 2011, julkaisussa : Tietojenkäsittelytiede. 32, s. 10-15 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

An(other) entropy-bounded compressed suffix tree

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Combinatorial pattern matching. s. 152-165 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

An Alphabet-Friendly FM-Index

Ferragina, P., Manzini, G., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2004, Proceedings of the 11th International Conference on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2004). Springer-Verlag, s. 150-160 (LNCS; Vuosikerta 3246).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

An in-memory XQuery/XPath engine over a compressed structured text representation

Bonifati, A., Leighton, G., Mäkinen, V., Maneth, S., Navarro, G. & Pugliese, A., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. Böttcher, S., Lohrey, M., Maneth, S. & Rytter, W. (toim.). 17 Sivumäärä (Dagstuhl Seminar Proceedings; nro 08261).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinen

A Novel Combinatorial Method for Estimating Transcript Expression with RNA-Seq: Bounding the Number of Paths

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 2013, Algorithms in Bioinformatics: 13th International Workshop, WABI 2013, Sophia Antipolis, France, September 2-4, 2013. Proceedings. Darling, A. & Stoye, J. (toim.). Springer-Verlag, s. 85-98 (Lecture Notes in Computer Science; nro 8126).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 10 huhtikuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 5):S15, 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Approximate all-pairs suffix/prefix overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2012, julkaisussa : Information and Computation. 213, s. 49-58 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Approximate All-Pairs Suffix/Prefix Overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2010, CPM 2010: Proceedings of the 21st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching . Germany: Springer-Verlag, Vuosikerta 21. s. 76-87 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6129).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Approximate Matching of Run-length Compressed Strings

Mäkinen, V., Navarro, G. & Ukkonen, E., 2003, julkaisussa : Algorithmica. 35, 4, s. 347–369

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Approximate Matching of Run-Length Compressed Strings

Mäkinen, V., Navarro, G. & Ukkonen, E., 2001, Proceedings of the 12th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2001). Springer-Verlag, s. 31-49 (LNCS; Vuosikerta 2089).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 helmikuuta 2018, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 Sivumäärä, 3.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Mäkinen, V., Navarro, G. & Salinger, A., 2005, Proceedings of the Prague Stringology Conference (PSC 2005). Department of Computer Science and Engineering, Faculty of Electrical Engineering, Czech Technical University, s. 231-245

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Navarro, G., Przywarski, R., Salinger, A. & Mäkinen, V., 2006, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1365-1384 20 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V. A. T., Previtali, M. & Puglisi, S. J., 2016, Theoretical informatics: LATIN 2016: 12th Latin American Symposium, Ensenada, Mexico, April 11-15, 2016 : proceedings. Kranakis, E., Navarro, G. & Chávez, E. (toim.). Berlin: Springer, s. 164-178 9 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 9644).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., joulukuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Bit-parallel sequence-to-graph alignment

Rautiainen, M., Mäkinen, V. & Marschall, T., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 19, s. 3599-3607 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Combinatorial Algorithms: 27th International Workshop, IWOCA 2016, Helsinki, Finland, August 17-19, 2016, Proceedings

Mäkinen, V. (toim.), Puglisi, S. J. (toim.) & Salmela, L. (toim.), 2016, Cham: Springer International Publishing . 434 Sivumäärä (Theoretical Computer Science and General Issues; Vuosikerta 9843)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKokoomateos tai erikoisnumeroTieteellinenvertaisarvioitu

Combinatorial approaches for mass spectra recalibration

Böcker, S. & Mäkinen, V., 2008, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 5, 1, s. 91-100 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compact Suffix Array

Mäkinen, V., 2000, Proceedings of the 11th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2000). Springer-Verlag, s. 305-319 (LNCS; Vuosikerta 1848).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compact Suffix Array — A Space-efficient Full-text Index

Mäkinen, V., 2003, julkaisussa : Fundamenta Informaticae. 56, 1-2, s. 191–210

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed Compact Suffix Arrays

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2004, Proceedings of the 15th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2004). Springer-Verlag, s. 420-433 (LNCS; Vuosikerta 3109).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : ACM Computing Surveys. 39, 1, s. Article No. 2

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2006, Santiago: University of Chile, Department of Computer Science. 66 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed representations of sequences and full-text indexes

Ferragina, P., Manzini, G., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 3, 2, s. Art. 20

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed suffix array

Mäkinen, V., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 174-176 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed Suffix Array

Belazzougui, D., Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., 2015, Encyclopedia of Algorithms. Kao, M-Y. (toim.). New York: Springer, 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed text indexing

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 176-178 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Computational pan-genomics: status, promises and challenges

The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., tammikuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Detection of Viruses in Sweetpotato from Honduras and Guatemala Augmented by Deep-Sequencing of Small-RNAs

Kashif, M., Pietila, S., Artola, K., Jones, R. A. C., Tugume, A. K., Makinen, V. & Valkonen, J. P. T., lokakuuta 2012, julkaisussa : Plant Disease. 96, 10, s. 1430-1437 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Diploid Alignments and Haplotyping

Mäkinen, V. & Valenzuela, D., 2015, Bioinformatics Research and Applications: 11th International Symposium, ISBRA 2015, Norfolk, USA, June 6-9, 2015, Proceedings . Harrison, R., Li, Y. & Măndoiu, I. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 235-246 12 Sivumäärä (Lecture notes in computer science; Vuosikerta 9096)(LNCS sublibrary. SL 8, Bioinformatics).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E., marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Protocols. 13, 11, s. 2580-2600 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Dynamic entrocopy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, Combinatorial pattern matching. s. 306-317 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 4, 3, s. art. 32 38 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, julkaisussa : Lecture Notes in Computer Science. 4009, s. 306-317 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Editorial: Special Issue on Algorithms for Sequence Analysis and Storage

Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : Algorithms. 7, 1, s. 186-187

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Open access
Tiedosto

Editorial: Special Issue on "Combinatorial Algorithms" (IWOCA 2016)

Makinen, V. & Puglisi, S. J., elokuuta 2018, julkaisussa : Theory of Computing Systems. 62, 6, s. 1349-1350 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuPääkirjoitusTieteellinen

Open access
Tiedosto

Efficient construction of maximal and minimal representations of motifs of a string

Nicolas, F., Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2009, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 2999-3005 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Efficient Path Kernels for Reaction Function Prediction

Heinonen, M., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Rousu, J., 2012, 3rd International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, 1-4 Feb 2012, Algarve, Portugal.: Proceedings. 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, julkaisussa : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, Experimental Algorithms. Springer-Verlag, s. 217-228 12 Sivumäärä (LNCS; Vuosikerta 4525).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukokuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly

Tomescu, A. I., Gagie, T., Popa, A., Rizzi, R., Kuosmanen, A. E. & Mäkinen, V. A. T., joulukuuta 2015, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 12, 6, s. 1345-1354 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Faster entropy-bounded compressed suffix trees

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2009, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 5354-5364 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast index based filters for music retrieval

Lemström, K., Mikkilä, N. & Mäkinen, V., 2008, ISMIR 2008. s. 677-682 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., maaliskuuta 2015, julkaisussa : Software: Practice & Experience. 45, 3, s. 399-434 36 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu