Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2000 2019

2012

Indexed Multi-Pattern Matching

Gagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V., Salmela, L. & Tarhio, J., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Springer-Verlag, s. 399-407 10 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7256).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-Pattern Matching with Bidirectional Indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2012, Computing and Combinatorics: 18th Annual International Conference, COCOON 2012, Sydney, Australia, August 20-22, 2012. Proceedings. Gudmundsson, J., Mestre, J. & Viglas, T. (toim.). Springer-Verlag, s. 384-395 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 7434).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Normalized N50 Assembly Metric using Gap-Restricted Co-Linear Chaining

Mäkinen, V., Salmela, L. & Ylinen, J., 3 lokakuuta 2012, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 13, s. 255 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2011

Algoritmitutkimuksen rooli bioinformatiikassa

Mäkinen, V., heinäkuuta 2011, julkaisussa : Tietojenkäsittelytiede. 32, s. 10-15 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Indexing Finite Language Representation of Population Genotypes

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2011, Algorithms in Bioinformatics: 11th International Workshop, WABI 2011. Przytycka, T. M. & Sagot, M-F. (toim.). Springer, s. 270-281 (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 6833).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Missing pattern discovery

Angelov, S., Inenaga, S., Kivioja, T. & Mäkinen, V., 2011, julkaisussa : Journal of Discrete Algorithms. 9, 2, s. 153-165 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The Cycle Switching Graph of the Steiner Triple Systems of Order 19 is Connected

Kaski, P., Mäkinen, V. & Östergård, P. R. J., 2011, julkaisussa : Graphs and Combinatorics. 27, 4, s. 539-546 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2010

Approximate All-Pairs Suffix/Prefix Overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2010, CPM 2010: Proceedings of the 21st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching . Germany: Springer-Verlag, Vuosikerta 21. s. 76-87 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6129).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, ICDE 2010: 26th IEEE International Conference on Data Engineering. IEEE Computer Society, s. 417-428 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Filtering methods for content-based retrieval on indexed symbolic music databases

Lemstrom, K., Mikkila, N. & Makinen, V., 2010, julkaisussa : Information Retrieval Journal. 13, s. 1-21 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Pattern Kits

Gagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Salmela, L., 2010, (Jätetty) arXiv. arXiv:1011.3491v2

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinen

Tiedosto

Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, julkaisussa : Journal of Computational Biology. 17, 3, s. 281-308 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Unified view of backward backtracking in short read mapping

Mäkinen, V., Välimäki, N., Laaksonen, A. & Katainen, R., 2010, Algorithms and applications: Essays dedicated to Esko Ukkonen on the occasion of his 60th birthday. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (toim.). Springer-Verlag, 14 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 2010, nro 6060).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2009

Efficient construction of maximal and minimal representations of motifs of a string

Nicolas, F., Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2009, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 2999-3005 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, julkaisussa : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Faster entropy-bounded compressed suffix trees

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2009, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 5354-5364 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2009, Research in Computational Molecular Biology: 13th Annual International Conference, RECOMB 2009. Batzoglou, S. (toim.). Springer, s. 121-137 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 5541).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2008

An(other) entropy-bounded compressed suffix tree

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Combinatorial pattern matching. s. 152-165 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

An in-memory XQuery/XPath engine over a compressed structured text representation

Bonifati, A., Leighton, G., Mäkinen, V., Maneth, S., Navarro, G. & Pugliese, A., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. Böttcher, S., Lohrey, M., Maneth, S. & Rytter, W. (toim.). 17 Sivumäärä (Dagstuhl Seminar Proceedings; nro 08261).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinen

Combinatorial approaches for mass spectra recalibration

Böcker, S. & Mäkinen, V., 2008, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 5, 1, s. 91-100 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed suffix array

Mäkinen, V., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 174-176 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed text indexing

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 176-178 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 4, 3, s. art. 32 38 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Fast index based filters for music retrieval

Lemström, K., Mikkilä, N. & Mäkinen, V., 2008, ISMIR 2008. s. 677-682 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

From data to knowledge: final report 2002-2007

Mäkinen, V. (toim.), Lindén, G. (toim.) & Kujala, I. (toim.), 2008, Helsinki: University of Helsinki. 144 Sivumäärä (Julkaisusarja / Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitosB; nro 2008-1)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKokoomateos tai erikoisnumeroTieteellinenvertaisarvioitu

Kauniita algoritmeja vääriin ongelmiin

Mäkinen, V., 14 joulukuuta 2008, julkaisussa : Luova : tiedettä & teknologiaa.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliYleistajuinen

On self-indexing images: image compression with added value

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Data Compression Conference: DCC 2008. s. 422-431 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Point pattern matching

Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 657-660 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKirjan luku tai artikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections

Sirén, J., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, String Processing and Information Retrieval: 15th International Symposium, SPIRE 2008. Amir, A., Turpin, A. & Moffat, A. (toim.). Springer, s. 164-175 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 5280).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Run-length compressed indexes for repetitive sequence collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 39 Sivumäärä (Department of Computer Science Series of Publications C)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

Space-efficient string mining under frequency constraints

Fischer, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2008, Eighth IEEE International Conference on Data Mining, ICDM 2008, 15-19 December, 2008, Pisa, Italy: IEEE Computer Society 2008. s. 193-202 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes (extended abstract)

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. 14 Sivumäärä (Dagstuhl seminar proceedings; nro 08261).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and retrieval of individual genomes and other repetitive sequence collections

Mäkinen, V., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 18 Sivumäärä (Department of Computer Science Series of Publications C)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

2007

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : ACM Computing Surveys. 39, 1, s. Article No. 2

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed representations of sequences and full-text indexes

Ferragina, P., Manzini, G., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 3, 2, s. Art. 20

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, Experimental Algorithms. Springer-Verlag, s. 217-228 12 Sivumäärä (LNCS; Vuosikerta 4525).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Implicit compression boosting with applications to self-indexing

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, String Processing and Information Retrieval. Springer, s. 229-241 13 Sivumäärä (Lecture notes in computer science; Vuosikerta 4726).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Peak alignment using restricted edit distances

Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Biomolecular engineering. 24, 3, s. 337-342 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Rank and select revisited and extended

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 387, 3, s. 332-347 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Rotation and lighting invariant template matching

Fredriksson, K., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : Information and Computation. 205, 7, s. 1096-1113 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Space-efficient algorithms for document retrieval

Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2007, Combinatorial pattern matching. s. 205-215 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Summer School on Algorithmic Data Analysis (SADA 2007) and Annual Hecse Poster Session

Mäkinen, V. (toim.), Linden, G. (toim.) & Toivonen, H. (toim.), 2007, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 110 Sivumäärä (Series of publications / Department of Computer ScienceB; nro 2007-4)

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKokoomateos tai erikoisnumeroTieteellinenvertaisarvioitu

2006

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Navarro, G., Przywarski, R., Salinger, A. & Mäkinen, V., 2006, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1365-1384 20 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2006, Santiago: University of Chile, Department of Computer Science. 66 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKirjaTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entrocopy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, Combinatorial pattern matching. s. 306-317 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, julkaisussa : Lecture Notes in Computer Science. 4009, s. 306-317 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Flexible music retrieval in sublinear time

Fredriksson, K., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1345-1364 20 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Itseindeksit: kun tiivistetty teksti ja sen indeksi ovatkin sama asia

Mäkinen, V., 2006, julkaisussa : Tietojenkäsittelytiede. 2006, 25, s. 28-37 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen