Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Julkaisut 2000 2019

Suodatin
Artikkeli
2019

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Hardness of Covering Alignment: Phase Transition in Post-Sequence Genomics

Rizzi, R., Cairo, M., Mäkinen, V., Tomescu, A. I. & Valenzuela, D., helmikuuta 2019, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 1, s. 23-30 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 17 toukokuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 15 Sivumäärä, 12.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP

Husic, E., Li, X., Hujdurovic, A., Mehine, M., Rizzi, R., Mäkinen, V., Milanic, M. & Tomescu, A. I., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 5, s. 769-777 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukokuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2018

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 helmikuuta 2018, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 Sivumäärä, 3.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., joulukuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Computational pan-genomics: status, promises and challenges

The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., tammikuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E., marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Protocols. 13, 11, s. 2580-2600 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukokuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling

Valenzuela, D., Norri, T., Välimäki, N., Pitkänen, E. & Mäkinen, V., 9 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Genomics. 19, 8 Sivumäärä, 87.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2017

A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 maaliskuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 Sivumäärä, 59.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Interval scheduling maximizing minimum coverage

Mäkinen, V., Staneva, V., Tomescu, A. I., Valenzuela, D. & Wilzbach, S., 10 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Discrete Applied Mathematics. 225, s. 130-135 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Variant genotyping with gap filling

Walve, R., Salmela, L. & Mäkinen, V., 8 syyskuuta 2017, julkaisussa : PLoS One. 12, 9, 12 Sivumäärä, e0184608.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2016

Gap Filling as Exact Path Length Problem

Salmela, L., Sahlin, K., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 9 toukokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Computational Biology. 23, 5, s. 347-361 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2015

Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly

Tomescu, A. I., Gagie, T., Popa, A., Rizzi, R., Kuosmanen, A. E. & Mäkinen, V. A. T., joulukuuta 2015, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 12, 6, s. 1345-1354 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., maaliskuuta 2015, julkaisussa : Software: Practice & Experience. 45, 3, s. 399-434 36 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Repeat- and error-aware comparison of deletions

Wittler, R., Marschall, T., Schönhuth, A. & Mäkinen, V., syyskuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 18, s. 2947-2954 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

SNV-PPILP: refined SNV calling for tumor data using perfect phylogenies and ILP

van Rens, K. E., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 1 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 7, s. 1133-1135 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2014

Editorial: Special Issue on Algorithms for Sequence Analysis and Storage

Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : Algorithms. 7, 1, s. 186-187

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Open access
Tiedosto

Indexing Graphs for Path Queries with Applications in Genome Research

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2014, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 11, 2, s. 375-388 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Multi-pattern matching with bidirectional indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2014, julkaisussa : Journal of Discrete Algorithms. 24, s. 26-39 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

On the complexity of Minimum Path Cover with Subpath Constraints for multi-assembly

Rizzi, R., Tomescu, A. I. & Mäkinen, V., 10 syyskuuta 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, S9, s. S5

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Recombination-aware alignment of diploid individuals

Mäkinen, V. & Valenzuela, D., 2014, julkaisussa : BMC Genomics. 15, Suppl 6, s. S15 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 muutaQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., syyskuuta 2014, julkaisussa : Nature Communications. 5, 9 Sivumäärä, 4737.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2013

A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 10 huhtikuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 5):S15, 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Haploid to diploid alignment for variation calling assessment

Mäkinen, V. & Rahkola, J., lokakuuta 2013, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 15):S13, 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2012

Approximate all-pairs suffix/prefix overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2012, julkaisussa : Information and Computation. 213, s. 49-58 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Detection of Viruses in Sweetpotato from Honduras and Guatemala Augmented by Deep-Sequencing of Small-RNAs

Kashif, M., Pietila, S., Artola, K., Jones, R. A. C., Tugume, A. K., Makinen, V. & Valkonen, J. P. T., lokakuuta 2012, julkaisussa : Plant Disease. 96, 10, s. 1430-1437 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Normalized N50 Assembly Metric using Gap-Restricted Co-Linear Chaining

Mäkinen, V., Salmela, L. & Ylinen, J., 3 lokakuuta 2012, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 13, s. 255 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2011

Algoritmitutkimuksen rooli bioinformatiikassa

Mäkinen, V., heinäkuuta 2011, julkaisussa : Tietojenkäsittelytiede. 32, s. 10-15 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinen

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Missing pattern discovery

Angelov, S., Inenaga, S., Kivioja, T. & Mäkinen, V., 2011, julkaisussa : Journal of Discrete Algorithms. 9, 2, s. 153-165 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

The Cycle Switching Graph of the Steiner Triple Systems of Order 19 is Connected

Kaski, P., Mäkinen, V. & Östergård, P. R. J., 2011, julkaisussa : Graphs and Combinatorics. 27, 4, s. 539-546 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2010

Filtering methods for content-based retrieval on indexed symbolic music databases

Lemstrom, K., Mikkila, N. & Makinen, V., 2010, julkaisussa : Information Retrieval Journal. 13, s. 1-21 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, julkaisussa : Journal of Computational Biology. 17, 3, s. 281-308 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2009

Efficient construction of maximal and minimal representations of motifs of a string

Nicolas, F., Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2009, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 2999-3005 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, julkaisussa : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Faster entropy-bounded compressed suffix trees

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2009, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 5354-5364 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2008

Combinatorial approaches for mass spectra recalibration

Böcker, S. & Mäkinen, V., 2008, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 5, 1, s. 91-100 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 4, 3, s. art. 32 38 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Kauniita algoritmeja vääriin ongelmiin

Mäkinen, V., 14 joulukuuta 2008, julkaisussa : Luova : tiedettä & teknologiaa.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliYleistajuinen

2007

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : ACM Computing Surveys. 39, 1, s. Article No. 2

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed representations of sequences and full-text indexes

Ferragina, P., Manzini, G., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 3, 2, s. Art. 20

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Peak alignment using restricted edit distances

Mäkinen, V., 2007, julkaisussa : Biomolecular engineering. 24, 3, s. 337-342 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Rank and select revisited and extended

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 387, 3, s. 332-347 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Rotation and lighting invariant template matching

Fredriksson, K., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, julkaisussa : Information and Computation. 205, 7, s. 1096-1113 18 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

2006

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Navarro, G., Przywarski, R., Salinger, A. & Mäkinen, V., 2006, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1365-1384 20 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, julkaisussa : Lecture Notes in Computer Science. 4009, s. 306-317 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu