Ville Rantanen

Julkaisut

Tutkimustuotoksia vuodessa 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2017 2019 2021

• 40 Artikkeli
• 1 Väitöskirja

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2021

  Agile workflow for interactive analysis of mass cytometry data

  Casado, J., Lehtonen, O., Rantanen, V., Kaipio, K., Pasquini, L., Häkkinen, A., Petrucci, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpen, O., Biffoni, M., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 1 toukok. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 9, s. 1263-1268 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• FUNGI: FUsioN Gene Integration toolset

  Cervera, A., Rausio, H., Kähkönen, T., Andersson, N., Partel, G., Rantanen, V., Paciello, G., Ficarra, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpen, O., Lehtonen, R., Hautaniemi, S. & Huhtinen, K., 15 syysk. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 19, s. 3353-3355 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2019

  Anduril 2: Upgraded large-scale data integration framework

  Cervera, A., Rantanen, V., Ovaska, K., Laakso, M., Nuñez-Fontarnau, J., Alkodsi, A., Casado, J., Facciotto, C., Häkkinen, A., Louhimo, R., Karinen, S., Zhang, K., Lavikka, K., Lyly, L., Pal Singh, M. & Hautaniemi, S., 1 lokak. 2019, julkaisussa: Bioinformatics. 35, 19, s. 3815-3817 3 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Drug screening approach combines epigenetic sensitization with immunochemotherapy in cancer

  Facciotto, C., Casado, J., Turunen, L., Leivonen, S-K., Tumiati, M., Rantanen, V., Kauppi, L., Lehtonen, R., Leppä, S., Wennerberg, K. & Hautaniemi, S., 11 jouluk. 2019, julkaisussa: Clinical epigenetics. 11, 1, 11 Sivumäärä, 192.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• FGFR4 phosphorylates MST1 to confer breast cancer cells resistance to MST1/2-dependent apoptosis

  Turunen, S. P., von Nandelstadh, P., Öhman, T., Gucciardo, E., Seashore-Ludlow, B., Martins, B., Rantanen, V., Li, H., Höpfner, K., Östling, P., Varjosalo, M. & Lehti, K., jouluk. 2019, julkaisussa: Cell Death and Differentiation. 26, 12, s. 2577-2593 17 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Simple 3D culture of dissociated kidney mesenchyme mimics nephron progenitor niche and facilitates nephrogenesis Wnt-independently

  Dapkunas, A., Rantanen, V., Gui, Y., Lalowski, M., Sainio, K., Kuure, S. & Sariola, H., 17 syysk. 2019, julkaisussa: Scientific Reports. 9, 10 Sivumäärä, 13433.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2018

  PROX1 is a transcriptional regulator of MMP14

  Gramolelli, S., Cheng, J., Martinez-Corral, I., Vähä-Koskela, M., Elbasani, E., Kaivanto, E., Rantanen, V., Tuohinto, K., Hautaniemi, S., Bower, M., Haglund, C., Alitalo, K., Mäkinen, T., Petrova, T. V., Lehti, K. & Ojala, P. M., 22 kesäk. 2018, julkaisussa: Scientific Reports. 8, 13 Sivumäärä, 9531.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2017

  Deltex-1 mutations predict poor survival in diffuse large B-cell lymphoma

  Meriranta, L., Pasanen, A., Louhimo, R., Cervera, A., Alkodsi, A., Autio, M., Taskinen, M., Rantanen, V., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Holte, H., Delabie, J., Lehtonen, R., Hautaniemi, S. & Leppä, S., toukok. 2017, julkaisussa: Haematologica. 102, 5, s. E195-E198 4 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen

  Open access

  Tiedosto

• Hyper-phosphorylation of Sequestosome-1 Distinguishes Resistance to Cisplatin in Patient Derived High Grade Serous Ovarian Cancer Cells

  Nguyen, E. V., Huhtinen, K., Goo, Y. A., Kaipio, K., Andersson, N., Rantanen, V., Hynninen, J., Lahesmaa, R., Carpen, O. & Goodlett, D. R., heinäk. 2017, julkaisussa: Molecular & Cellular Proteomics. 16, 7, s. 1377-1392 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Somatic MED12 Nonsense Mutation Escapes mRNA Decay and Reveals a Motif Required for Nuclear Entry

  Heikkinen, T., Kämpjärvi, K., Keskitalo, S., von Nandelstadh, P., Liu, X., Rantanen, V., Pitkänen, E., Kinnunen, M., Kuusanmäki, H., Kontro, M., Turunen, M., Mäkinen, N., Taipale, J., Heckman, C., Lehti, K., Mustjoki, S., Varjosalo, M. & Vahteristo, P., maalisk. 2017, julkaisussa: Human Mutation. 38, 3, s. 269-274 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2016

  SePIA: RNA and small RNA sequence processing, integration, and analysis

  Icay, K., Chen, P., Cervera Taboada, A., Rantanen, V., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 20 toukok. 2016, julkaisussa: BioData mining. 9, 18 Sivumäärä, 20.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2015

  MMP16 Mediates a Proteolytic Switch to Promote Cell-Cell Adhesion, Collagen Alignment, and Lymphatic Invasion in Melanoma

  Tatti, O., Gucciardo, E., Pekkonen, P., Holopainen, T., Louhimo, R., Repo, P., Maliniemi, P., Lohi, J., Rantanen, V., Hautaniemi, S., Alitalo, K., Ranki, A., Ojala, P. M., Keski-Oja, J. & Lehti, K., 15 toukok. 2015, julkaisussa: Cancer Research. 75, 10, s. 2083-2094 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Workflow for automated quantification of cerebromicrovascular gelatinase activity

  Mattila, O. S., Rantanen, V., Saksi, J., Strbian, D., Pikkarainen, T., Hautaniemi, S. & Lindsberg, P. J., tammik. 2015, julkaisussa: Microvascular Research. 97, s. 19-24 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2014

  Anima: modular workflow system for comprehensive image data analysis

  Rantanen, V., Valori, M. & Hautaniemi, S., 30 heinäk. 2014, julkaisussa: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 2, s. 25 25.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• A Tissue Graft Model of DNA Damage Response in the Normal and Malignant Human Prostate

  af Hallstrom, T. M., Zhao, H., Tian, J., Rantanen, V., Reese, S. W., Nolley, R., Laiho, M. & Peehl, D. M., maalisk. 2014, julkaisussa: Journal of Urology. 191, 3, s. 842-849 8 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Deregulation of COMMD1 Is Associated with Poor Prognosis in Diffuse Large B-cell Lymphoma

  Taskinen, M., Louhimo, R., Koivula, S., Chen, P., Rantanen, V., Holte, H., Delabie, J., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Bjorkholm, M., Fluge, O., Pedersen, L. M., Fjorden, K., Jerkeman, M., Eriksson, M., Hautaniemi, S. & Leppä, S., 13 maalisk. 2014, julkaisussa: PLoS One. 9, 3, 11 Sivumäärä, 91031.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Evolution of intracerebral hemorrhage after intravenous tPA: reversal of harmful effects with mast cell stabilization

  Marinkovic, I., Mattila, O. S., Strbian, D., Meretoja, A., Shekhar, S., Saksi, J., Abo Ramadan, U., Rantanen, V., Lindsberg, P. J. & Tatlisumak, T., tammik. 2014, julkaisussa: Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism. 34, 1, s. 176-181 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• mTORC1 Controls PNS Myelination along the mTORC1-RXR gamma-SREBP-Lipid Biosynthesis Axis in Schwann Cells

  Norrmen, C., Figlia, G., Lebrun-Julien, F., Pereira, J. A., Troetzmueller, M., Koefeler, H. C., Rantanen, V., Wessig, C., van Deijk, A-L. F., Smit, A. B., Verheijen, M. H. G., Rueegg, M. A., Hall, M. N. & Suter, U., 23 lokak. 2014, julkaisussa: Cell Reports. 9, 2, s. 646-660 15 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Use of IgE and IgG4 epitope binding to predict the outcome of oral immunotherapy in cow's milk allergy

  Savilahti, E. M., Kuitunen, M., Valori, M., Rantanen, V., Bardina, L., Gimenez, G., Makela, M. J., Hautaniemi, S., Savilahti, E. & Sampson, H. A., toukok. 2014, julkaisussa: Pediatric Allergy and Immunology. 25, 3, s. 227-235 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2013

  Controlled Hydrophobic Functionalization of Natural Fibers through Self-Assembly of Amphiphilic Diblock Copolymer Micelles

  Aarne, N., Laine, J., Hanninen, T., Rantanen, V., Seitsonen, J., Ruokolainen, J. & Kontturi, E., heinäk. 2013, julkaisussa: ChemSusChem. 6, 7, s. 1203-1208 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Identification of Candidate Oncogenes in Human Colorectal Cancers With Microsatellite Instability

  Gylfe, A. E., Kondelin, J., Turunen, M., Ristolainen, H., Katainen, R., Pitkänen, E., Kaasinen, E., Rantanen, V., Tanskanen, T., Varjosalo, M., Lehtonen, H., Palin, K., Taipale, M., Taipale, J., Renkonen-Sinisalo, L., Järvinen, H., Bohm, J., Mecklin, J-P., Ristimäki, A., Kilpivaara, O., & 4 muutaTuupanen, S., Karhu, A., Vahteristo, P. & Aaltonen, L. A., syysk. 2013, julkaisussa: Gastroenterology. 145, 3, s. 540-+ 26 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Insulin/IGF-1 Signaling Regulates Proteasome Activity through the Deubiquitinating Enzyme UBH-4

  Matilainen, O., Arpalahti, L., Rantanen, V., Hautaniemi, S. & Holmberg, C. I., kesäk. 2013, julkaisussa: Cell Reports. 3, 6, s. 1980-1995 16 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Netrin-1-induced activation of Notch signaling mediates glioblastoma cell invasion

  Ylivinkka, I., Hu, Y., Chen, P., Rantanen, V., Hautaniemi, S., Nyman, T. A., Keski-Oja, J. & Hyytiäinen, M. T. T., 1 kesäk. 2013, julkaisussa: Journal of Cell Science. 126, 11, s. 2459-2469 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Partial Sleep Restriction Activates Immune Response-Related Gene Expression Pathways: Experimental and Epidemiological Studies in Humans

  Aho, V., Ollila, H. M., Rantanen, V., Kronholm, E., Surakka, I., van Leeuwen, W. M. A., Lehto, M., Matikainen, S., Ripatti, S., Harma, M., Sallinen, M., Salomaa, V., Jauhiainen, M., Alenius, H., Paunio, T. & Porkka-Heiskanen, T., 23 lokak. 2013, julkaisussa: PLoS One. 8, 10, 12 Sivumäärä, e77184.

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2012

  Contrasting DNA damage checkpoint responses in epithelium of the human seminal vesicle and prostate

  Jäämaa, S. S., Sankila, A. M., Rantanen, V., Peltonen, K. D., Järvinen, P., af Hällström, T. M., Ruutu, M. L., Taari, K., Andersson, L. C. & Laiho, M., 2012, julkaisussa: Prostate. 72, 10, s. 1060-1070 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Nearest neighbor analysis of dopamine D1 receptors and Na plus -K plus -ATPases in dendritic spines dissected by STED microscopy

  Blom, H., Ronnlund, D., Scott, L., Spicarova, Z., Rantanen, V., Widengren, J., Aperia, A. & Brismar, H., helmik. 2012, julkaisussa: Microscopy Research and Technique. 75, 2, s. 220-228 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Phosphoprotein profiling predicts response to tyrosine kinase inhibitor therapy in chronic myeloid leukemia patients

  Jalkanen, S. E., Lahesmaa-Korpinen, A-M. K., Heckman, C., Rantanen, V., Porkka, K., Hautaniemi, S. & Mustjoki, S., 2012, julkaisussa: Experimental Hematology. 40, 9, s. 704-714 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
• 2011

  Cerebral Mast Cells Mediate Blood-Brain Barrier Disruption in Acute Experimental Ischemic Stroke Through Perivascular Gelatinase Activation

  Mattila, O. S., Strbian, D., Saksi, J., Pikkarainen, T. O., Rantanen, V., Tatlisumak, T. & Lindsberg, P. J., 2011, julkaisussa: Stroke. 42, 12, s. 3600-U410 13 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• FlowAnd: Comprehensive Computational Framework for Flow Cytometry Data Analysis

  Lahesmaa-Korpinen, A-M. K., Jalkanen, S., Chen, P., Valo, E. A., Nunez-Fontarnau, J., Rantanen, V., Oghabian, A., Vakkila, J. M., Porkka, K., Mustjoki, S. & Hautaniemi, S., 2011, julkaisussa: Journal of Proteomics and Bioinformatics. 4, 11, s. 245-249

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• KSHV-Initiated Notch Activation Leads to Membrane-Type-1MatrixMetalloproteinase-Dependent Lymphatic Endothelial-to-Mesenchymal Transition

  Cheng, F., Pekkonen, P. M., Laurinavicius, S., Sugiyama, N., Henderson, S., Günther, T., Rantanen, V., Kaivanto, E., Aavikko, M., Sarek, G., Hautaniemi, S., Biberfeld, P., Aaltonen, L. A., Grundhoff, A., Boshoff, C., Alitalo, K., Lehti, K. & Ojala, P., 2011, julkaisussa: Cell Host & Microbe. 10, 6, s. 577-590 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• KSHV-Initiated Notch Activation Leads to Membrane-Type-1 Matrix Metalloproteinase-Dependent Lymphatic Endothelial-to-Mesenchymal Transition

  Cheng, F., Pekkonen, P., Laurinavicius, S., Sugiyama, N., Henderson, S., Guenther, T., Rantanen, V., Kaivanto, E., Aavikko, M., Sarek, G., Hautaniemi, S., Biberfeld, P., Aaltonen, L., Grundhoff, A., Boshoff, C., Alitalo, K., Lehti, K. & Ojala, P. M., 2011, julkaisussa: Cell Host & Microbe. 10, 6, s. 577-590 14 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Quantitative Proteomics and Dynamic Imaging of the Nucleolus Reveal Distinct Responses to UV and Ionizing Radiation

  Moore, H. M., Bai, B., Boisvert, F-M., Latonen, L., Rantanen, V., Simpson, J. C., Pepperkok, R., Lamond, A. I. & Laiho, M., 2011, julkaisussa: Molecular & Cellular Proteomics. 10, 10, s. - 15 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Removal of GABA(A) Receptor gamma 2 Subunits from Parvalbumin Neurons Causes Wide-Ranging Behavioral Alterations

  Leppä, E., Linden, A-M., Vekovischeva, O. Y., Swinny, J. D., Rantanen, V., Toppila, E., Hoeger, H., Sieghart, W., Wulff, P., Wisden, W. & Korpi, E. R., 2011, julkaisussa: PLoS One. 6, s. - 17 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto
• 2010

  DNA Damage Recognition via Activated ATM and p53 Pathway in Nonproliferating Human Prostate Tissue

  Jäämaa, S. S., af Hällström, T. M., Sankila, A., Rantanen, V., Koistinen, H., Stenman, U. H., Zhang, Z., Yang, Z., De Marzo, A. M., Taari, K., Ruutu, M., Andersson, L. C. & Laiho, M., 2010, julkaisussa: Cancer Research. 70, 21, s. 8630-8641 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Early recovery from cow's milk allergy is associated with decreasing IgE and increasing IgG4 binding to cow's milk epitopes

  Savilahti, E. M., Rantanen, V., Lin, J. S., Karinen, S., Saarinen, K. M., Goldis, M., Mäkelä, M., Hautaniemi, S., Savilahti, E. & Sampson, H. A., 2010, julkaisussa: Journal of Allergy and Clinical Immunology. 125, 6, s. 1315-1321 7 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Fibroblast nemosis induces angiogenic responses of endothelial cells

  Enzerink, A., Rantanen, V. & Vaheri, A., 2010, julkaisussa: Experimental Cell Research. 316, 5, s. 826-835 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Large-scale data integration framework provides a comprehensive view on glioblastoma multiforme

  Ovaska, K., Laakso, M. K., Haapa-Paananen, S., Louhimo, R., Chen, P., Aittomäki, J. V. J., Valo, E. A., Nunez-Fontarnau, J., Rantanen, V., Karinen, S. H., Nousiainen, K. J., Lahesmaa-Korpinen, A-M. K., Miettinen, M. E., Saarinen, L. A., Kohonen, P., Wu, J., Westermarck, J. & Hautaniemi, S., 7 syysk. 2010, julkaisussa: Genome medicine. 2, 9, s. 65

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Open access

  Tiedosto

• Targeted Chemotherapy for Head and Neck Cancer with a Chimeric Oncolytic Adenovirus Coding for Bifunctional Suicide Protein FCU1

  Dias, J. D., Liikanen, I., Guse, K., Foloppe, J., Sloniecka, M., Diaconu, I., Rantanen, V., Eriksson, K. M-M., Hakkarainen, T., Lusky, M., Erbs, P., Escutenaire, S., Kanerva, A., Pesonen, S., Cerullo, V. & Hemminki, A., 2010, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 16, 9, s. 2540-2549 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Uusi kudosleikemalli paljasti eroja eturauhassolujen perimän vauriontunnistuksessa

  Jäämaa, S. S., af Hällström, T. M., Sankila, A. M., Rantanen, V., Koistinen, H. K., Stenman, U. H., Zhang, Z., Yang, Z., De Marzo, A. M., Taari, K., Ruutu, M. L., Andersson, L. C. & Laiho, M., 2010, julkaisussa: Duodecim. 126, 21, s. 2529–30 2 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Ammatillinen
• 2009

  Mre11 inhibition by oncolytic adenovirus associates with autophagy and underlies synergy with ionizing radiation

  Rajecki, M., af Hällström, T., Hakkarainen, T., Nokisalmi, P., Hautaniemi, S., Nieminen, A. I., Tenhunen, M., Rantanen, V., Desmond, R. A., Chen, D-T., Guse, K., Stenman, U-H., Gargini, R., Kapanen, M., Klefström, J., Kanerva, A., Pesonen, S., Ahtiainen, L. & Hemminki, A., 2009, julkaisussa: International Journal of Cancer. 125, 10, s. 2441-2449 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu