Virpi Mäkinen on teologisen etiikan ja sosiaalietiikan vanhempi yliopistonlehtori sekä teologisen etiikan ja uskonnonfilosofian dosentti Helsingin yliopiston teologisessa tiedekunnassa. Hän johtaa akatemiahanketta "Ihmisyyden rajoilla: Äärimmäinen hätä etiikan, lain ja politiikan historiassa, 300–1600" (2020–2024). Mäkinen on Suomalaisen Tiedeakatemian jäsen ja toimii monissa luottamustehtävissä koti- ja ulkomailla.

Tutkimuksessaan hän on keskittynyt aatehistoriallisiin, moraali- ja yhteiskuntafilosofisiin sekä oikeudellisiin kysymyksiin keskiajalta uuden ajan alkuun. Julkaisuissaan hän on tarkastellut erityisesti luonnonoikeudellisia kysymyksiä yksilönoikeuksien varhaishistoriasta, omistamisen alkuperästä ja vähemmistöjen oikeuksista.  

Mäkinen on ollut vierailevana tutkijana Torontossa (Pontifical Institute of Medieval Studies) ja Yhdysvalloissa (Franciscan Institute, St. Bonaventure University), Suomen Akatemian tutkijatohtorina ja akatemiatutkijana sekä Helsingin yliopiston tutkijakollegiumin tutkijana. Hän on johtanut myös akatemiahanketta ”Luonnonoikeudet ja inhimilliset tarpeet keskiajan ja varhaisen uuden ajan poliittisessa ajattelussa” (2012–2015) ja toiminut kahden Suomen Akatemian rahoittaman tieteen kansallisen huippuyksikön varajohtajana: "Filosofinen psykologia, moraali ja politiikka" (2008–2013) sekä "Järki ja uskonnollinen hyväksyminen" (2014–2019). Molemmissa huippuyksiköissä hän myös johti keskiajan ja/tai uuden ajan alun tutkimukseen keskittyviä tutkimusryhmiä.  

Mäkisen tieteidenvälinen tutkimus liikkuu historiallisen teologian, etiikan, filosofian, oikeushistorian ja poliittisen historian välimaastoissa. Hänen keskeisiä teoksiaan ovat Property Rights in the Late Medieval Discussion on Franciscan Poverty (Peeters, 2001) sekä toimitetut teokset Transformations in Medieval and Early Modern Rights Discourse (Springer, 2005), Lutheran Reformation and the Law (Brill, 2006), New Perspectives on Aristotelianism and Its Critics (Brill, 2014) ja Rights at the Margins: Historical, legal and Philosophical Perspectives (Brill, 2020). Suomeksi Mäkinen on julkaissut kaksi monografiaa, Keskiajan aatehistoria (Atena, 2003) ja Keskiajan oikeushistoria (SKS, 2005 yhdessä Heikki Pihlajamäen ja Jussi Varkemaan kanssa) sekä monia toimitettuja teoksia, mm. Johdatus keskiajan teologiaan (Kirjapaja, 2017).