Luonnontuotealan yrittäjiltä toivotaan uusia tuoteinnovaatioita, kansainvälistä markkinointia ja kotimaisten resurssien hyödyntämistä. Kysyntä sekä luonnonkasveihin perustuville elintarvikkeille että kosmetiikalle on jatkuvasti vahvistumassa. Alan toimintaympäristössä on kuitenkin muutamia merkittäviä haasteita, jotka vaikuttavat sektorin toimintaan:
1) Vuonna 1997 voimaan tullut Euroopan Unionin Uuselintarvikeasetus aiheuttaa hämmennystä tulkinnanvaraisuutensa vuoksi. Luonnontuotealalla ei ole selkeää varmuuttaa siitä koskeeko asetus Suomen perinteisiä luonnonkasveja eikä asiaa koskeva viranomaisohjeistus tarjoa kysymykseen riittävää selkeyttä.
2) Luonnonvaraisten keruutuotteiden veroituskohtelu on erilaista niiden tyypistä (marjat/sienet/kävyt vai muut), käyttötavasta (ravinnoksi, lääkkeeksi, kosmetiikkaan, koristeeksi), käsittelystä ja myyntipaikasta riippuen. Verotusta koskevaa ohjeistusta saattaa olla tarpeen selkeyttää.
3) Luonnontuotealalla on 1980-luvulta lähtien ollut käytössä yrttien poimijoiden koulutusta valvova järjestelmä, jonka tulevaisuus on tällä hetkellä epävarma päivitystahon puuttuessa.
Erikoiskasvien liiketoiminnan haasteet on vuonna 2014 toteutettava projekti, jossa Helsingin yliopiston Ruralia-instituutti ja Oulun Ammattikorkeakoulu yhteistyössä selvittävät
1) uuselintarvikeasetuksen ja -ohjeistuksen yritysvaikutuksia (luonnonkasvien elintarvikekäyttöä muissa EU-maissa sekä eri EU-maiden käytäntöjä ja valvontaohjeistoja)
2) luonnontuotteiden kosmetiikkakäytön ongelmia pienyrittäjien näkökulmasta
3) luonnontuotteiden verotuskäytäntöjä
4) yrttineuvojien koulutusjärjestelmän ja –rekisterin merkitystä