A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

Jarno Alanko, Fabio Cunial, Djamal Belazzougui, Veli Mäkinen

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Alkuperäiskielienglanti
Artikkeli59
LehtiBMC Bioinformatics
Vuosikerta18
NumeroSuppl 3
Sivumäärä12
ISSN1471-2105
DOI - pysyväislinkit
TilaJulkaistu - 14 maaliskuuta 2017
OKM-julkaisutyyppiA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä, vertaisarvioitu

Tieteenalat

  • 1182 Biokemia, solu- ja molekyylibiologia

Lainaa tätä

Alanko, Jarno ; Cunial, Fabio ; Belazzougui, Djamal ; Mäkinen, Veli. / A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2017 ; Vuosikerta 18, Nro Suppl 3.
@article{df6b92b464964f0ba2016660c154dc82,
title = "A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples",
keywords = "Metagenomics, Read clustering, Text indexing, Burrows-Wheeler transform, Suffix-link tree, Right-maximal k-mer, Submaximal repeat, BINNING ALGORITHM, SEQUENCES, 1182 Biochemistry, cell and molecular biology",
author = "Jarno Alanko and Fabio Cunial and Djamal Belazzougui and Veli M{\"a}kinen",
year = "2017",
month = "3",
day = "14",
doi = "10.1186/s12859-017-1466-6",
language = "English",
volume = "18",
journal = "BMC Bioinformatics",
issn = "1471-2105",
publisher = "BMC",
number = "Suppl 3",

}

A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples. / Alanko, Jarno; Cunial, Fabio; Belazzougui, Djamal; Mäkinen, Veli.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro Suppl 3, 59, 14.03.2017.

Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

TY - JOUR

T1 - A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

AU - Alanko, Jarno

AU - Cunial, Fabio

AU - Belazzougui, Djamal

AU - Mäkinen, Veli

PY - 2017/3/14

Y1 - 2017/3/14

KW - Metagenomics

KW - Read clustering

KW - Text indexing

KW - Burrows-Wheeler transform

KW - Suffix-link tree

KW - Right-maximal k-mer

KW - Submaximal repeat

KW - BINNING ALGORITHM

KW - SEQUENCES

KW - 1182 Biochemistry, cell and molecular biology

U2 - 10.1186/s12859-017-1466-6

DO - 10.1186/s12859-017-1466-6

M3 - Article

VL - 18

JO - BMC Bioinformatics

JF - BMC Bioinformatics

SN - 1471-2105

IS - Suppl 3

M1 - 59

ER -