Porkkanan taudinaiheuttajabakteerin ’Candidatus Liberibacter solanacearum’ geneettinen variaatio ja esiintyminen viljely-ympäristöissä Suomessa

Minna Haapalainen, Jinhui Wang, Satu Latvala, Mikko T Lehtonen, Minna Pirhonen, Anne Nissinen

Tutkimustuotos: KonferenssimateriaalitPosteriTutkimus

Kuvaus

’Candidatus Liberibacter solanacearum’, lyhyemmin liberibakteeri, on Gram-negatiivinen kasvitauteja aiheuttava bakteeri, jota Pohjois-Euroopassa levittää porkkanakemppi (Trioza apicalis). Muiden mahdollisten tartuntalähteiden löytämiseksi tutkittiin, esiintyykö liberibakteeria Suomessa myös muissa kempeissä kuin porkkanakempissä ja muissa kasveissa kuin porkkanassa. Näytteitä otettiin porkkanan siemeneristä, porkkanoiden vieressä kasvavista palsternakoista, porkkanapelloissa ja niiden ympärillä kasvavista luonnonkasveista sekä näillä kasveilla ruokailevista kemppilajeista. Bakteerien genotyypin selvittämiseksi kehitettiin uusi menetelmä, jolla voidaan erotella bakteerit suuremmalla tarkkuudella kuin aiemmalla haplotyypitysmenetelmällä. Uusi MLST-menetelmä perustuu seitsemän eri geenin DNA-sekvenssiin.
Kolmesta palsternakasta, jotka kasvoivat saastuneen porkkanapellon reunassa ja joissa esiintyi keltaista tai violettia värittymistä lehtien reunoissa, löydettiin liberibakteerin haplotyyppiä C, joka on samaa kantaa kuin porkkanakempeissä. Tämä on ensimmäinen kerta, kun haplotyyppiä C on havaittu muissa sarjakukkaisissa viljelykasveissa kuin porkkanassa. Haplotyyppi C todettiin myös 11%:ssa testatuista koiranputkikempeistä (Trioza anthrisci), ja 52%:ssa testatuista, värittymisoireisista koiranputkista, joiden osuus kasvustoissa oli alle 10%. Koiranputkikempeissä ja koiranputkissa tavattu haplotyyppi C oli kuitenkin yhtä koiranputkea lukuun ottamatta eri kantaa kuin porkkanakempeissä ja porkkanoissa esiintyvä kanta. Tämän perusteella näyttäisi siltä, että koiranputket eivät merkittävässä määrin toimisi porkkanalla esiintyvän liberibakteerikannan varastokasveina.
Kolmestakymmenestäneljästä tutkitusta Suomeen tuodusta porkkanansiemenerästä liberibakteeri todettiin kolmesta erästä, ja näistä kahdessa haplotyypiksi on varmistettu D, jota esiintyy Välimeren alueella sarjakukkaisilla viljelykasveilla ja niiden siemenissä. Liberibakteeria ei kuitenkaan löydetty saastuneesta siemenestä kylvetyistä kasveista myöhemmin kasvukaudella. Voidaan olettaa, että siemenissä todetut bakteerit olivat joko kuolleita tai eivät pystyneet siirtymään siemenkuoresta porkkanan kehittyvään taimeen. Nokkoskempistä (Trioza urticae) ja sen isäntäkasvista nokkosesta löydettiin aivan uusi liberibakteerin haplotyyppi. Koska tätä haplotyyppiä (U) ei ole toistaiseksi löydetty mistään muusta kasvista, se ei todennäköisesti aiheuta tautiriskiä viljelykasveille Suomessa.
Alkuperäiskielisuomi
TilaJulkaistu - 10 tammikuuta 2018
TapahtumaMaataloustieteen päivät 2018 - Viikki, Helsinki, Suomi
Kesto: 10 tammikuuta 201811 tammikuuta 2018

Konferenssi

KonferenssiMaataloustieteen päivät 2018
MaaSuomi
KaupunkiHelsinki
Ajanjakso10/01/201811/01/2018

Tieteenalat

  • 415 Muut maataloustieteet
  • porkkanan liberibakteeritauti
  • kempit
  • koiranputki
  • nokkonen
  • palsternakka

Lainaa tätä

Haapalainen, M., Wang, J., Latvala, S., Lehtonen, M. T., Pirhonen, M., & Nissinen, A. (2018). Porkkanan taudinaiheuttajabakteerin ’Candidatus Liberibacter solanacearum’ geneettinen variaatio ja esiintyminen viljely-ympäristöissä Suomessa. Posterin esittämispaikka: Maataloustieteen päivät 2018, Helsinki, Suomi.
@conference{233b7cab354846e2878628daea2cc323,
title = "Porkkanan taudinaiheuttajabakteerin ’Candidatus Liberibacter solanacearum’ geneettinen variaatio ja esiintyminen viljely-ymp{\"a}rist{\"o}iss{\"a} Suomessa",
abstract = "’Candidatus Liberibacter solanacearum’, lyhyemmin liberibakteeri, on Gram-negatiivinen kasvitauteja aiheuttava bakteeri, jota Pohjois-Euroopassa levitt{\"a}{\"a} porkkanakemppi (Trioza apicalis). Muiden mahdollisten tartuntal{\"a}hteiden l{\"o}yt{\"a}miseksi tutkittiin, esiintyyk{\"o} liberibakteeria Suomessa my{\"o}s muissa kempeiss{\"a} kuin porkkanakempiss{\"a} ja muissa kasveissa kuin porkkanassa. N{\"a}ytteit{\"a} otettiin porkkanan siemenerist{\"a}, porkkanoiden vieress{\"a} kasvavista palsternakoista, porkkanapelloissa ja niiden ymp{\"a}rill{\"a} kasvavista luonnonkasveista sek{\"a} n{\"a}ill{\"a} kasveilla ruokailevista kemppilajeista. Bakteerien genotyypin selvitt{\"a}miseksi kehitettiin uusi menetelm{\"a}, jolla voidaan erotella bakteerit suuremmalla tarkkuudella kuin aiemmalla haplotyypitysmenetelm{\"a}ll{\"a}. Uusi MLST-menetelm{\"a} perustuu seitsem{\"a}n eri geenin DNA-sekvenssiin. Kolmesta palsternakasta, jotka kasvoivat saastuneen porkkanapellon reunassa ja joissa esiintyi keltaista tai violettia v{\"a}rittymist{\"a} lehtien reunoissa, l{\"o}ydettiin liberibakteerin haplotyyppi{\"a} C, joka on samaa kantaa kuin porkkanakempeiss{\"a}. T{\"a}m{\"a} on ensimm{\"a}inen kerta, kun haplotyyppi{\"a} C on havaittu muissa sarjakukkaisissa viljelykasveissa kuin porkkanassa. Haplotyyppi C todettiin my{\"o}s 11{\%}:ssa testatuista koiranputkikempeist{\"a} (Trioza anthrisci), ja 52{\%}:ssa testatuista, v{\"a}rittymisoireisista koiranputkista, joiden osuus kasvustoissa oli alle 10{\%}. Koiranputkikempeiss{\"a} ja koiranputkissa tavattu haplotyyppi C oli kuitenkin yht{\"a} koiranputkea lukuun ottamatta eri kantaa kuin porkkanakempeiss{\"a} ja porkkanoissa esiintyv{\"a} kanta. T{\"a}m{\"a}n perusteella n{\"a}ytt{\"a}isi silt{\"a}, ett{\"a} koiranputket eiv{\"a}t merkitt{\"a}v{\"a}ss{\"a} m{\"a}{\"a}rin toimisi porkkanalla esiintyv{\"a}n liberibakteerikannan varastokasveina. Kolmestakymmenest{\"a}nelj{\"a}st{\"a} tutkitusta Suomeen tuodusta porkkanansiemener{\"a}st{\"a} liberibakteeri todettiin kolmesta er{\"a}st{\"a}, ja n{\"a}ist{\"a} kahdessa haplotyypiksi on varmistettu D, jota esiintyy V{\"a}limeren alueella sarjakukkaisilla viljelykasveilla ja niiden siemeniss{\"a}. Liberibakteeria ei kuitenkaan l{\"o}ydetty saastuneesta siemenest{\"a} kylvetyist{\"a} kasveista my{\"o}hemmin kasvukaudella. Voidaan olettaa, ett{\"a} siemeniss{\"a} todetut bakteerit olivat joko kuolleita tai eiv{\"a}t pystyneet siirtym{\"a}{\"a}n siemenkuoresta porkkanan kehittyv{\"a}{\"a}n taimeen. Nokkoskempist{\"a} (Trioza urticae) ja sen is{\"a}nt{\"a}kasvista nokkosesta l{\"o}ydettiin aivan uusi liberibakteerin haplotyyppi. Koska t{\"a}t{\"a} haplotyyppi{\"a} (U) ei ole toistaiseksi l{\"o}ydetty mist{\"a}{\"a}n muusta kasvista, se ei todenn{\"a}k{\"o}isesti aiheuta tautiriski{\"a} viljelykasveille Suomessa.",
keywords = "415 Muut maataloustieteet, porkkanan liberibakteeritauti, kempit, koiranputki, nokkonen, palsternakka",
author = "Minna Haapalainen and Jinhui Wang and Satu Latvala and Lehtonen, {Mikko T} and Minna Pirhonen and Anne Nissinen",
year = "2018",
month = "1",
day = "10",
language = "suomi",
note = "Maataloustieteen p{\"a}iv{\"a}t 2018 ; Conference date: 10-01-2018 Through 11-01-2018",

}

Haapalainen, M, Wang, J, Latvala, S, Lehtonen, MT, Pirhonen, M & Nissinen, A 2018, 'Porkkanan taudinaiheuttajabakteerin ’Candidatus Liberibacter solanacearum’ geneettinen variaatio ja esiintyminen viljely-ympäristöissä Suomessa' Maataloustieteen päivät 2018, Helsinki, Suomi, 10/01/2018 - 11/01/2018, .

Porkkanan taudinaiheuttajabakteerin ’Candidatus Liberibacter solanacearum’ geneettinen variaatio ja esiintyminen viljely-ympäristöissä Suomessa. / Haapalainen, Minna ; Wang, Jinhui; Latvala, Satu; Lehtonen, Mikko T; Pirhonen, Minna ; Nissinen, Anne.

2018. Posterin esittämispaikka: Maataloustieteen päivät 2018, Helsinki, Suomi.

Tutkimustuotos: KonferenssimateriaalitPosteriTutkimus

TY - CONF

T1 - Porkkanan taudinaiheuttajabakteerin ’Candidatus Liberibacter solanacearum’ geneettinen variaatio ja esiintyminen viljely-ympäristöissä Suomessa

AU - Haapalainen, Minna

AU - Wang, Jinhui

AU - Latvala, Satu

AU - Lehtonen, Mikko T

AU - Pirhonen, Minna

AU - Nissinen, Anne

PY - 2018/1/10

Y1 - 2018/1/10

N2 - ’Candidatus Liberibacter solanacearum’, lyhyemmin liberibakteeri, on Gram-negatiivinen kasvitauteja aiheuttava bakteeri, jota Pohjois-Euroopassa levittää porkkanakemppi (Trioza apicalis). Muiden mahdollisten tartuntalähteiden löytämiseksi tutkittiin, esiintyykö liberibakteeria Suomessa myös muissa kempeissä kuin porkkanakempissä ja muissa kasveissa kuin porkkanassa. Näytteitä otettiin porkkanan siemeneristä, porkkanoiden vieressä kasvavista palsternakoista, porkkanapelloissa ja niiden ympärillä kasvavista luonnonkasveista sekä näillä kasveilla ruokailevista kemppilajeista. Bakteerien genotyypin selvittämiseksi kehitettiin uusi menetelmä, jolla voidaan erotella bakteerit suuremmalla tarkkuudella kuin aiemmalla haplotyypitysmenetelmällä. Uusi MLST-menetelmä perustuu seitsemän eri geenin DNA-sekvenssiin. Kolmesta palsternakasta, jotka kasvoivat saastuneen porkkanapellon reunassa ja joissa esiintyi keltaista tai violettia värittymistä lehtien reunoissa, löydettiin liberibakteerin haplotyyppiä C, joka on samaa kantaa kuin porkkanakempeissä. Tämä on ensimmäinen kerta, kun haplotyyppiä C on havaittu muissa sarjakukkaisissa viljelykasveissa kuin porkkanassa. Haplotyyppi C todettiin myös 11%:ssa testatuista koiranputkikempeistä (Trioza anthrisci), ja 52%:ssa testatuista, värittymisoireisista koiranputkista, joiden osuus kasvustoissa oli alle 10%. Koiranputkikempeissä ja koiranputkissa tavattu haplotyyppi C oli kuitenkin yhtä koiranputkea lukuun ottamatta eri kantaa kuin porkkanakempeissä ja porkkanoissa esiintyvä kanta. Tämän perusteella näyttäisi siltä, että koiranputket eivät merkittävässä määrin toimisi porkkanalla esiintyvän liberibakteerikannan varastokasveina. Kolmestakymmenestäneljästä tutkitusta Suomeen tuodusta porkkanansiemenerästä liberibakteeri todettiin kolmesta erästä, ja näistä kahdessa haplotyypiksi on varmistettu D, jota esiintyy Välimeren alueella sarjakukkaisilla viljelykasveilla ja niiden siemenissä. Liberibakteeria ei kuitenkaan löydetty saastuneesta siemenestä kylvetyistä kasveista myöhemmin kasvukaudella. Voidaan olettaa, että siemenissä todetut bakteerit olivat joko kuolleita tai eivät pystyneet siirtymään siemenkuoresta porkkanan kehittyvään taimeen. Nokkoskempistä (Trioza urticae) ja sen isäntäkasvista nokkosesta löydettiin aivan uusi liberibakteerin haplotyyppi. Koska tätä haplotyyppiä (U) ei ole toistaiseksi löydetty mistään muusta kasvista, se ei todennäköisesti aiheuta tautiriskiä viljelykasveille Suomessa.

AB - ’Candidatus Liberibacter solanacearum’, lyhyemmin liberibakteeri, on Gram-negatiivinen kasvitauteja aiheuttava bakteeri, jota Pohjois-Euroopassa levittää porkkanakemppi (Trioza apicalis). Muiden mahdollisten tartuntalähteiden löytämiseksi tutkittiin, esiintyykö liberibakteeria Suomessa myös muissa kempeissä kuin porkkanakempissä ja muissa kasveissa kuin porkkanassa. Näytteitä otettiin porkkanan siemeneristä, porkkanoiden vieressä kasvavista palsternakoista, porkkanapelloissa ja niiden ympärillä kasvavista luonnonkasveista sekä näillä kasveilla ruokailevista kemppilajeista. Bakteerien genotyypin selvittämiseksi kehitettiin uusi menetelmä, jolla voidaan erotella bakteerit suuremmalla tarkkuudella kuin aiemmalla haplotyypitysmenetelmällä. Uusi MLST-menetelmä perustuu seitsemän eri geenin DNA-sekvenssiin. Kolmesta palsternakasta, jotka kasvoivat saastuneen porkkanapellon reunassa ja joissa esiintyi keltaista tai violettia värittymistä lehtien reunoissa, löydettiin liberibakteerin haplotyyppiä C, joka on samaa kantaa kuin porkkanakempeissä. Tämä on ensimmäinen kerta, kun haplotyyppiä C on havaittu muissa sarjakukkaisissa viljelykasveissa kuin porkkanassa. Haplotyyppi C todettiin myös 11%:ssa testatuista koiranputkikempeistä (Trioza anthrisci), ja 52%:ssa testatuista, värittymisoireisista koiranputkista, joiden osuus kasvustoissa oli alle 10%. Koiranputkikempeissä ja koiranputkissa tavattu haplotyyppi C oli kuitenkin yhtä koiranputkea lukuun ottamatta eri kantaa kuin porkkanakempeissä ja porkkanoissa esiintyvä kanta. Tämän perusteella näyttäisi siltä, että koiranputket eivät merkittävässä määrin toimisi porkkanalla esiintyvän liberibakteerikannan varastokasveina. Kolmestakymmenestäneljästä tutkitusta Suomeen tuodusta porkkanansiemenerästä liberibakteeri todettiin kolmesta erästä, ja näistä kahdessa haplotyypiksi on varmistettu D, jota esiintyy Välimeren alueella sarjakukkaisilla viljelykasveilla ja niiden siemenissä. Liberibakteeria ei kuitenkaan löydetty saastuneesta siemenestä kylvetyistä kasveista myöhemmin kasvukaudella. Voidaan olettaa, että siemenissä todetut bakteerit olivat joko kuolleita tai eivät pystyneet siirtymään siemenkuoresta porkkanan kehittyvään taimeen. Nokkoskempistä (Trioza urticae) ja sen isäntäkasvista nokkosesta löydettiin aivan uusi liberibakteerin haplotyyppi. Koska tätä haplotyyppiä (U) ei ole toistaiseksi löydetty mistään muusta kasvista, se ei todennäköisesti aiheuta tautiriskiä viljelykasveille Suomessa.

KW - 415 Muut maataloustieteet

KW - porkkanan liberibakteeritauti

KW - kempit

KW - koiranputki

KW - nokkonen

KW - palsternakka

M3 - Posteri

ER -