Themisto: a scalable colored k-mer index for sensitive pseudoalignment against hundreds of thousands of bacterial genomes

Jarno N. Alanko; Jaakko Vuohtoniemi; Tommi Mäklin; Simon J. Puglisi

doi:10.1093/bioinformatics/btad233

Themisto: a scalable colored k-mer index for sensitive pseudoalignment against hundreds of thousands of bacterial genomes

Jarno N. Alanko, Jaakko Vuohtoniemi, Tommi Mäklin, Simon J. Puglisi

Tutkimustuotos: Artikkelijulkaisu › Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Alkuperäiskieli	englanti
Lehti	Bioinformatics
Vuosikerta	39
Numero	Supplement 1
Sivut	I260-I269
Sivumäärä	10
ISSN	1367-4803
DOI - pysyväislinkit	https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad233
Tila	Julkaistu - 30 kesäk. 2023
OKM-julkaisutyyppi	A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä, vertaisarvioitu

Lisätietoja

Publisher Copyright:
© 2023 The Author(s). Published by Oxford University Press.

Tieteenalat

113 Tietojenkäsittely- ja informaatiotieteet

Pääsy asiakirjaan

10.1093/bioinformatics/btad233Lisenssi: CC BY

ThemistoLopullinen julkaistu versio, 843 KBLisenssi: CC BY

Siteeraa tätä

@article{6600d149cf8c4bd583adb436ecdfd08d,

title = "Themisto: a scalable colored k-mer index for sensitive pseudoalignment against hundreds of thousands of bacterial genomes",

keywords = "113 Computer and information sciences",

author = "Alanko, {Jarno N.} and Jaakko Vuohtoniemi and Tommi M{\"a}klin and Puglisi, {Simon J.}",

note = "Publisher Copyright: {\textcopyright} 2023 The Author(s). Published by Oxford University Press.",

year = "2023",

month = jun,

day = "30",

doi = "10.1093/bioinformatics/btad233",

language = "English",

volume = "39",

pages = "I260--I269",

journal = "Bioinformatics",

issn = "1367-4803",

publisher = "Oxford University Press",

number = "Supplement 1",

}

TY - JOUR

T1 - Themisto

T2 - a scalable colored k-mer index for sensitive pseudoalignment against hundreds of thousands of bacterial genomes

AU - Alanko, Jarno N.

AU - Vuohtoniemi, Jaakko

AU - Mäklin, Tommi

AU - Puglisi, Simon J.

PY - 2023/6/30

Y1 - 2023/6/30

KW - 113 Computer and information sciences

U2 - 10.1093/bioinformatics/btad233

DO - 10.1093/bioinformatics/btad233

M3 - Article

C2 - 37387143

AN - SCOPUS:85164229943

SN - 1367-4803

VL - 39

SP - I260-I269

JO - Bioinformatics

JF - Bioinformatics

IS - Supplement 1

ER -