Projekt per år
Internationellt och inhemskt samarbete
Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.
Personer
-
Jarno Alanko
- Avdelningen för datavetenskap - forskardoktor
- Algorithmic Bioinformatics
- Veli Mäkinen / Ansvarig forskare
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
-
Elena Biagi
- Avdelningen för datavetenskap - doktorand
- Algorithmic Bioinformatics
- Doctoral Programme in Computer Science
Person: U1 Undervisnings- och forskningspersonal, Doktorand
-
Diego Alejandro Diaz Dominguez, Postdoctoral researcher
- Avdelningen för datavetenskap - forskardoktor
- Algorithmic Bioinformatics
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal
-
Saska Ilmari Dönges
- Algorithmic Bioinformatics
- Doctoral Programme in Computer Science
- ATG - Applied Tumor Genomics - doktorand
- Avdelningen för datavetenskap - gästforskare
Person: gästforskare, U1 Undervisnings- och forskningspersonal, Doktorand
Projekt
- 4 Slutfört
-
SAFEBIO: Safe and Complete Algorithms for Bioinformatics
Khan, S. (Projektledare), Schmidt, S. S. (Deltagare) & Ma, J. (Deltagare)
01/03/2020 → 28/02/2025
Projekt: Forskningsprojekt
-
Sekvenssianalyysin uudet menetelmät ja laajennukset
Mäkinen, V. (Projektledare)
01/09/2017 → 31/08/2021
Projekt: Forskningsprojekt
-
Syöpägenetiikan tutkimuksen huippuyksikkö / Mäkinen
Mäkinen, V. (Projektledare)
01/01/2015 → 31/12/2017
Projekt: Forskningsprojekt
-
Syöpägenetiikan tutkimuksen huippuyksikkö
Mäkinen, V. (Projektledare)
01/01/2012 → 31/12/2017
Projekt: Forskningsprojekt
-
Batched k-mer lookup on the Spectral Burrows-Wheeler Transform
Alanko, J., Biagi, E., Mackenzie, J. & Puglisi, S., 7 jan. 2025, 2025 Proceedings of the Symposium on Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX). Chowdhury, R., Berry, J., Hanauer, K. & Ren, B. (red.). Society for Industrial and Applied Mathematics, s. 95 - 106 12 s. ( Proceedings of the Workshop on Algorithm Engineering and Experiments).Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review
-
Simple approximation algorithms for Polyamorous Scheduling
Biktairov, Y., Gąsieniec, L., Jiamjitrak, W., Namrata, Smith, B. & Wild, S., 13 jan. 2025, 8th SIAM Symposium on Simplicity of Algorithms, SOSA 2025. Society for Industrial and Applied Mathematics, s. 290-314Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review
-
Accelerating ILP Solvers for Minimum Flow Decompositions Through Search Space and Dimensionality Reductions
Grigorjew, A., Dias, F. H. C., Cracco, A., Rizzi, R. & Tomescu, A. I., 2024, 22nd International Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2024). Liberti, L. (red.). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing, s. 14:1-14:19 (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); vol. 301).Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Accurate Flow Decomposition via Robust Integer Linear Programming
Dias, F. H. C. & Tomescu, A. I., 13 sep. 2024, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 21, 6, s. 1955 - 1964 10 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Applying the Safe-And-Complete Framework to Practical Genome Assembly
Schmidt, S., Toivonen, S., Medvedev, P. & Tomescu, A. I., aug. 2024, 24th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, WABI 2024. Pissis, S. P. & Sung, W.-K. (red.). Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing, 8. (Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs; vol. 312).Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil
Aktiviteter
-
Genome Research (Tidskrift)
Mäkinen, V. (Referentgranskare)
apr. 2025Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
-
ISMB/ECCB 2025 (Evenemang)
Mäkinen, V. (Medlem av programkommitté)
feb. 2025Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
-
The 30th International Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2024) (Evenemang)
Mäkinen, V. (Referentgranskare)
maj 2024Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
-
BMC Bioinformatics (Tidskrift)
Mäkinen, V. (Referentgranskare)
aug. 2024Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
-
Algorithms (Tidskrift)
Mäkinen, V. (Referentgranskare)
okt. 2024Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
Priser
-
Alberto Apostolico Best Paper Award
Puglisi, S. (!!Recipient), Raman, R. (!!Recipient), Belazzougui, D. (!!Recipient) & Kosolobov, D. (!!Recipient), 6 juli 2021
Pris: Pris och hedersbetygelser
-
Best paper award at CPM 2023
Caceres Reyes, M. A. (!!Recipient), 26 juni 2023
Pris: Pris och hedersbetygelser
-
Best student paper award at ICALP (track A)
Caceres Reyes, M. A. (!!Recipient), 12 juli 2023
Pris: Pris och hedersbetygelser
-
Researcher of the Year Award for junior researchers
Caceres Reyes, M. A. (!!Recipient), 2021
Pris: Pris och hedersbetygelser
Tidningsurklipp
-
-
-UNIVERSITY OF HELSINKI: An algorithm shedding light on the evolution of tumours helps individualise cancer therapies
05/02/2019
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
-
An algorithm shedding light on the evolution of tumours helps individualise cancer therapies
04/02/2019 → 05/02/2019
2 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media