Publikationer

2020

Aggressive B-cell lymphomas of sinonasal tract and testis - clinical manifestations and treatment outcome

Vähämurto, P., 2020, Helsinki: Helsingin yliopisto. 86 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång

Association between chronic pancreatitis and pancreatic cancer: A 10-year retrospective study of endoscopically treated and surgical patients

Korpela, T., Udd, M., Mustonen, H., Ristimäki, A., Haglund, C., Seppänen, H. & Kylänpää, L., 1 sep 2020, I : International Journal of Cancer. 147, 5, s. 1450-1460 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Associations of Pathogenic Variants in MLH1, MSH2, and MSH6 With Risk of Colorectal Adenomas and Tumors and With Somatic Mutations in Patients With Lynch Syndrome

German HNPCC Consortium, Dutch Lynch Syndrome Collaborative, Finnish Lynch Syndrome Registry, Engel, C., Ahadova, A., Seppälä, T. T., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L. & Vasen, H. F., apr 2020, I : Gastroenterology. 158, 5, s. 1326-1333 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Binding specificities of human RNA-binding proteins toward structured and linear RNA sequences

Jolma, A., Zhang, J., Mondragon, E., Morgunova, E., Kivioja, T., Laverty, K. U., Yin, Y., Zhu, F., Bourenkov, G., Morris, Q., Hughes, T. R., Maher III, L. J. & Taipale, J., jul 2020, I : Genome Research. 30, 7, s. 962-973 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Cancer genetics research methods in the next-generation sequencing era

Katainen, R., 2020, Helsinki: [R. Katainen]. 79 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Cancer risks by gene, age, and gender in 6350 carriers of pathogenic mismatch repair variants: findings from the Prospective Lynch Syndrome Database

Dominguez-Valentin, M., Sampson, J. R., Seppälä, T. T., Ten Broeke, S. W., Plazzer, J-P., Nakken, S., Engel, C., Aretz, S., Jenkins, M. A., Sunde, L., Bernstein, I., Capella, G., Balaguer, F., Thomas, H., Evans, D. G., Burn, J., Greenblatt, M., Hovig, E., de Vos Tot Nederveen Cappel, W. H., Sijmons, R. H. & 68 andra, Bertario, L., Tibiletti, M. G., Cavestro, G. M., Lindblom, A., Della Valle, A., Lopez-Köstner, F., Gluck, N., Katz, L. H., Heinimann, K., Vaccaro, C. A., Büttner, R., Görgens, H., Holinski-Feder, E., Morak, M., Holzapfel, S., Hüneburg, R., Knebel Doeberitz, M. V., Loeffler, M., Rahner, N., Schackert, H. K., Steinke-Lange, V., Schmiegel, W., Vangala, D., Pylvänäinen, K., Renkonen-Sinisalo, L., Hopper, J. L., Win, A. K., Haile, R. W., Lindor, N. M., Gallinger, S., Le Marchand, L., Newcomb, P. A., Figueiredo, J. C., Thibodeau, S. N., Wadt, K., Therkildsen, C., Okkels, H., Ketabi, Z., Moreira, L., Sánchez, A., Serra-Burriel, M., Pineda, M., Navarro, M., Blanco, I., Green, K., Lalloo, F., Crosbie, E. J., Hill, J., Denton, O. G., Frayling, I. M., Rødland, E. A., Vasen, H., Mints, M., Neffa, F., Esperon, P., Alvarez, K., Kariv, R., Rosner, G., Pinero, T. A., Gonzalez, M. L., Kalfayan, P., Tjandra, D., Winship, I. M., Macrae, F., Möslein, G., Mecklin, J-P., Nielsen, M. & Møller, P., jan 2020, I : Genetics In medicine. 22, 1, s. 15-25 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Clinicopathological significance of deficient DNA mismatch repair and MLH1 promoter methylation in endometrioid endometrial carcinoma

Pasanen, A., Loukovaara, M. & Bützow, R., jul 2020, I : Modern Pathology. 33, 7, s. 1443-1452 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Colibactin DNA-damage signature indicates mutational impact in colorectal cancer

Dziubanska-Kusibab, P. J., Berger, H., Battistini, F., Bouwman, B. A. M., Iftekhar, A., Katainen, R., Cajuso, T., Crosetto, N., Orozco, M., Aaltonen, L. A. & Meyer, T. F., jul 2020, I : Nature Medicine. 26, 7, s. 1063-+ 25 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Glucocorticoids induce differentiation and chemoresistance in ovarian cancer by promoting ROR1-mediated stemness

Karvonen, H., Arjama, M., Kaleva, L., Niininen, W., Barker, H., Koivisto-Korander, R., Tapper, J., Pakarinen, P., Lassus, H., Loukovaara, M., Bützow, R., Kallioniemi, O., Murumägi, A. & Ungureanu, D., 23 sep 2020, I : Cell Death and Disease. 11, 9, 12 s., 790.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Label-free proteomics reveals serum proteins whose levels differ between pancreatic ductal adenocarcinoma patients with short or long survival

Holm, M., Saraswat, M., Joenväärä, S., Seppänen, H., Renkonen, R. & Haglund, C., 25 jun 2020, I : Tumor Biology. 42, 6, 10 s., 1010428320936410.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Low Absolute Lymphocyte Counts in the Peripheral Blood Predict Inferior Survival and Improve the International Prognostic Index in Testicular Diffuse Large B-Cell Lymphoma

Vahamurto, P., Pollari, M., Clausen, M. R., d'Amore, F., Leppä, S. & Männistö, S., jul 2020, I : Cancers. 12, 7, 12 s., 1967.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

miR-34a is upregulated inAIP-mutated somatotropinomas and promotes octreotide resistance

Bogner, E-M., Daly, A. F., Gulde, S., Karhu, A., Irmler, M., Beckers, J., Mohr, H., Beckers, A. & Pellegata, N. S., 10 sep 2020, I : International Journal of Cancer. 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

MODER2: First-order Markov Modeling and Discovery of Monomeric and Dimeric Binding Motifs

Toivonen, J., Das, P., Taipale, J. & Ukkonen, E., 1 maj 2020, I : Bioinformatics. 36, 9, s. 2690-2696 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Molecular background delineates outcome of double protein expressor diffuse large B-cell lymphoma

Meriranta, L., Pasanen, A., Alkodsi, A., Haukka, J., Karjalainen-Lindsberg, M-L. & Leppä, S., 11 aug 2020, I : Blood advances. 4, 15, s. 3742-3753 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Mutational processes of distinct POLE exonuclease domain mutants drive an enrichment of a specific TP53 mutation in colorectal cancer

Fang, H., Barbour, J. A., Poulos, R. C., Katainen, R., Aaltonen, L. A. & Wong, J. W. H., 3 feb 2020, I : PLoS Genetics. 16, 2, 20 s., e1008572.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

N-glycomic profiling of colorectal cancer according to tumor stage and location

Holm, M., Nummela, P., Heiskanen, A., Satomaa, T., Kaprio, T., Mustonen, H., Ristimäki, A. & Haglund, C., 29 jun 2020, I : PLoS One. 15, 6, 16 s., 0234989.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Pan-cancer analysis of whole genomes

Campbell, P. J., Getz, G., Korbel, J. O., Stuart, J. M., Jennings, J. L., Stein, L. D., Perry, M. D., Nahal-Bose, H. K., Ouellette, B. F. F., Li, C. H., Rheinbay, E., Nielsen, G. P., Sgroi, D. C., Wu, C-L., Faquin, W. C., Deshpande, V., Boutros, P. C., Lazar, A. J., Hoadley, K. A., Louis, D. N. & 1,316 andra, Dursi, L. J., Yung, C., Bailey, M. H., Saksena, G., Raine, K. M., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Schlesner, M., Zhang, J., Wang, W., Wheeler, D. A., Ding, L., Simpson, J. T., O'Connor, B. D., Yakneen, S., Ellrott, K., Miyoshi, N., Butler, A. P., Royo, R., Shorser, S., Vazquez, M., Rausch, T., Tiao, G., Waszak, S. M., Rodriguez-Martin, B., Shringarpure, S., Wu, D-Y., Demidov, G. M., Delaneau, O., Hayashi, S., Imoto, S., Habermann, N., Segre, A., Garrison, E., Cafferkey, A., Alvarez, E. G., Maria Heredia-Genestar, J., Muyas, F., Drechsel, O., Bruzos, A. L., Temes, J., Zamora, J., Baez-Ortega, A., Kim, H-L., Mashl, R. J., Ye, K., DiBiase, A., Huang, K., Letunic, I., McLellan, M. D., Newhouse, S. J., Shmaya, T., Kumar, S., Wedge, D. C., Wright, M. H., Yellapantula, V. D., Gerstein, M., Khurana, E., Marques-Bonet, T., Navarro, A., Bustamante, C. D., Siebert, R., Nakagawa, H., Easton, D. F., Ossowski, S., Tubio, J. M. C., De La Vega, F. M., Estivill, X., Yuen, D., Mihaiescu, G. L., Omberg, L., Ferretti, V., Sabarinathan, R., Pich, O., Gonzalez-Perez, A., Weiner, A. T., Fittall, M. W., Demeulemeester, J., Tarabichi, M., Roberts, N. D., Van Loo, P., Cortes-Ciriano, I., Urban, L., Park, P., Bin Zhu, L., Pitkaenen, E., Li, Y., Saini, N., Klimczak, L. J., Weischenfeldt, J., Sidiropoulos, N., Alexandrov, L. B., Rabionet, R., Escaramis, G., Bosio, M., Holik, A. Z., Susak, H., Prasad, A., Erkek, S., Calabrese, C., Raeder, B., Harrington, E., Mayes, S., Turner, D., Juul, S., Roberts, S. A., Song, L., Koster, R., Mirabello, L., Hua, X., Tanskanen, T. J., Tojo, M., Chen, J., Aaltonen, L. A., Ratsch, G., Schwarz, R. F., Butte, A. J., Brazma, A., Chanock, S. J., Chatterjee, N., Stegle, O., Harismendy, O., Bova, G. S., Gordenin, D. A., Haan, D., Sieverling, L., Feuerbach, L., Chalmers, D., Joly, Y., Knoppers, B. M., Molnar-Gabor, F., Phillips, M., Thorogood, A., Townend, D., Goldman, M., Fonseca, N. A., Xiang, Q., Craft, B., Pineiro-Yanez, E., Munoz, A., Petryszak, R., Fullgrabe, A., Al-Shahrour, F., Keays, M., Haussler, D., Weinstein, J., Huber, W., Valencia, A., Papatheodorou, I., Zhu, J., Fan, Y., Torrents, D., Bieg, M., Chen, K., Chong, Z., Cibulskis, K., Eils, R., Fulton, R. S., Gelpi, J. L., Gonzalez, S., Gut, I. G., Hach, F., Heinold, M., Hu, T., Huang, V., Hutter, B., Jaeger, N., Jung, J., Kumar, Y., Lalansingh, C., Leshchiner, I., Livitz, D., Ma, E. Z., Maruvka, Y. E., Milovanovic, A., Nielsen, M. M., Paramasivam, N., Pedersen, J. S., Puiggros, M., Sahinalp, S. C., Sarrafi, I., Stewart, C., Stobbe, M. D., Wala, J. A., Wang, J., Wendl, M. C., Werner, J., Wu, Z., Xue, H., Yamaguchi, T. N., Yellapantula, V., Davis-Dusenbery, B. N., Grossman, R. L., Kim, Y., Heinold, M. C., Hinton, J., Jones, D. R., Menzies, A., Stebbings, L., Hess, J. M., Rosenberg, M., Dunford, A. J., Gupta, M., Imielinski, M., Meyerson, M., Beroukhim, R., Reimand, J., Dhingra, P., Favero, F., Dentro, S. C., Wintersinger, J., Rudneva, V., Park, J. W., Hong, E. P., Heo, S. G., Kahles, A., Kjong-Van Lehmann, Soulette, C. M., Shiraishi, Y., Liu, F., He, Y., Demircioglu, D., Davidson, N. R., Greger, L., Li, S., Liu, D., Stark, S. G., Zhang, F., Amin, S. B., Bailey, P. J., Chateigner, A., Frenkel-Morgenstern, M., Hou, Y., Huska, M. R., Kilpinen, H., Lamaze, F. C., Li, C., Li, X., Li, X., Liu, X., Marin, M. G., Markowski, J., Nandi, T., Ojesina, A., Pan-Hammarstrom, Q., Park, P. J., Pedamallu, C. S., Su, H., Tan, P., Teh, B. T., Wang, J., Xiong, H., Ye, C., Yung, C., Zhang, X., Zheng, L., Zhu, S., Awadalla, P., Creighton, C. J., Wu, K., Yang, H., Goke, J., Zhang, Z., Brooks, A. N., Martincorena, I., Rubio-Perez, C., Juul, M., Schumacher, S., Shapira, O., Tamborero, D., Mularoni, L., Hornshoj, H., Deu-Pons, J., Muinos, F., Bertl, J., Guo, Q., Bazant, W., Barrera, E., Al-Sedairy, S. T., Aretz, A., Bell, C., Betancourt, M., Buchholz, C., Calvo, F., Chomienne, C., Dunn, M., Edmonds, S., Green, E., Gupta, S., Hutter, C. M., Jegalian, K., Jones, N., Lu, Y., Nakagama, H., Nettekoven, G., Planko, L., Scott, D., Shibata, T., Shimizu, K., Stratton, M. R., Yugawa, T., Tortora, G., VijayRaghavan, K., Zenklusen, J. C., Knoppers, B. M., Aminou, B., Bartolome, J., Boroevich, K. A., Boyce, R., Buchanan, A., Byrne, N. J., Chen, Z., Cho, S., Choi, W., Clapham, P., Dow, M. T., Dursi, L. J., Eils, J., Farcas, C., Fayzullaev, N., Flicek, P., Heath, A. P., Hofmann, O., Hong, J. H., Hudson, T. J., Huebschmann, D., Ivkovic, S., Jeon, S-H., Jiao, W., Kabbe, R., Kerssemakers, J. N. A., Kim, H., Kim, J., Koscher, M., Koures, A., Kovacevic, M., Lawerenz, C., Liu, J., Mijalkovic, S., Mijalkovic-Lazic, A. M., Miyano, S., Nastic, M., Nicholson, J., Ocana, D., Ohi, K., Ohno-Machado, L., Pihl, T. D., Prinz, M., Radovic, P., Short, C., Sofia, H. J., Spring, J., Struck, A. J., Tijanic, N., Vicente, D., Wang, Z., Williams, A., Woo, Y., Wright, A. J., Yang, L., Hamilton, M. P., Johnson, T. A., Kahraman, A., Kellis, M., Polak, P., Sallari, R., Sinnott-Armstrong, N., von Mering, C., Beltran, S., Gerhard, D. S., Gut, M., Trotta, J-R., Whalley, J. P., Niu, B., Espiritu, S. M. G., Gao, S., Huang, Y., Lalansingh, C. M., Teague, J. W., Wendl, M. C., Abascal, F., Bader, G. D., Bandopadhayay, P., Barenboim, J., Brunak, S., Fita, J. C., Chakravarty, D., Chan, C. W. Y., Choi, J. K., Diamanti, K., Fink, J. L., Frigola, J., Gambacorti-Passerini, C., Garsed, D. W., Haradhvala, N. J., Harmanci, A. O., Helmy, M., Herrmann, C., Hobolth, A., Hodzic, E., Hong, C., Isaev, K., Izarzugaza, J. M. G., Johnson, R., Juul, R. I., Kim, J., Kim, J. K., Komorowski, J., Lanzos, A., Larsson, E., Lee, D., Li, S., Li, X., Lin, Z., Liu, E. M., Lochovsky, L., Lou, S., Madsen, T., Marchal, K., Fundichely, A. M., McGillivray, P. D., Meyerson, W., Paczkowska, M., Park, K., Park, K., Pons, T., Pulido-Tamayo, S., Reyes Salazar, I., Reyna, M. A., Rubin, M. A., Salichos, L., Sander, C., Schumacher, S. E., Shackleton, M., Shen, C., Shrestha, R., Shuai, S., Tsunoda, T., Umer, H. M., Uuskula-Reimand, L., Verbeke, L. P. C., Wadelius, C., Wadi, L., Warrell, J., Wu, G., Yu, J., Zhang, J., Zhang, X., Zhang, Y., Zhao, Z., Zou, L., Lawrence, M. S., Raphael, B. J., Bailey, P. J., Craft, D., Goldman, M. J., Aburatani, H., Binder, H., Dinh, H. Q., Heath, S. C., Hoffmann, S., Imbusch, C. D., Kretzmer, H., Laird, P. W., Martin-Subero, J., Nagae, G., Shen, H., Wang, Q., Weichenhan, D., Zhou, W., Berman, B. P., Brors, B., Plass, C., Akdemir, K. C., Bowtell, D. D. L., Burns, K. H., Busanovich, J., Chan, K., Dueso-Barroso, A., Edwards, P. A., Etemadmoghadam, D., Haber, J. E., Jones, D. T. W., Ju, Y. S., Kazanov, M. D., Koh, Y., Kumar, K., Lee, E. A., Lee, J. J-K., Lynch, A. G., Macintyre, G., Markowetz, F., Navarro, F. C. P., Pearson, J., Rippe, K., Scully, R., Villasante, I., Waddell, N., Yang, L., Yao, X., Yoon, S-S., Zhang, C-Z., Bergstrom, E. N., Boot, A., Covington, K., Fujimoto, A., Huang, M. N., Islam, S. M. A., McPherson, J. R., Morganella, S., Mustonen, V., Ng, A. W. T., Prokopec, S. D., Vazquez-Garcia, I., Wu, Y., Yousif, F., Yu, W., Rozen, S. G., Rudneva, V. A., Shringarpure, S. S., Turner, D. J., Xia, T., Atwal, G., Chang, D. K., Cooke, S. L., Faltas, B. M., Haider, S., Kaiser, V. B., Karlic, R., Kato, M., Kubler, K., Margolin, A., Martin, S., Nik-Zainal, S., P'ng, C., Semple, C. A., Smith, J., Sun, R. X., Thai, K., Wright, D. W., Yuan, K., Biankin, A., Garraway, L., Grimmond, S. M., Adams, D. J., Anur, P., Cao, S., Christie, E. L., Cmero, M., Cun, Y., Dawson, K. J., Dentro, S. C., Deshwar, A. G., Donmez, N., Drews, R. M., Gerstung, M., Ha, G., Haase, K., Jerman, L., Ji, Y., Jolly, C., Lee, J., Lee-Six, H., Malikic, S., Mitchell, T. J., Morris, Q. D., Oesper, L., Peifer, M., Peto, M., Rosebrock, D., Rubanova, Y., Salcedo, A., Sengupta, S., Shi, R., Shin, S. J., Spiro, O., Vembu, S., Wintersinger, J. A., Yang, T-P., Yu, K., Zhu, H., Spellman, P. T., Weinstein, J. N., Chen, Y., Fujita, M., Han, L., Hasegawa, T., Komura, M., Li, J., Mizuno, S., Shimizu, E., Wang, Y., Xu, Y., Yamaguchi, R., Yang, F., Yang, Y., Yoon, C. J., Yuan, Y., Liang, H., Alawi, M., Borozan, I., Brewer, D. S., Cooper, C. S., Desai, N., Grundhoff, A., Iskar, M., Su, X., Zapatka, M., Lichter, P., Alsop, K., Bruxner, T. J. C., Christ, A. N., Cordner, S. M., Cowin, P. A., Drapkin, R., Fereday, S., George, J., Hamilton, A., Holmes, O., Hung, J. A., Kassahn, K. S., Kazakoff, S. H., Kennedy, C. J., Leonard, C. R., Mileshkin, L., Miller, D. K., Arnau, G. M., Mitchell, C., Newell, F., Nones, K., Patch, A-M., Quinn, M. C., Taylor, D. F., Thorne, H., Traficante, N., Vedururu, R., Waddell, N. M., Waring, P. M., Wood, S., Xu, Q., DeFazio, A., Anderson, M. J., Antonello, D., Barbour, A. P., Bassi, C., Bersani, S., Cataldo, I., Chantrill, L. A., Chiew, Y-E., Chou, A., Cingarlini, S., Cloonan, N., Corbo, V., Davi, M. V., Duthie, F. R., Gill, A. J., Graham, J. S., Harliwong, I., Jamieson, N. B., Johns, A. L., Kench, J. G., Landoni, L., Lawlor, R. T., Mafficini, A., Merrett, N. D., Miotto, M., Musgrove, E. A., Nagrial, A. M., Oien, K. A., Pajic, M., Pinese, M., Robertson, A. J., Rooman, I., Rusev, B. C., Samra, J. S., Scardoni, M., Scarlett, C. J., Scarpa, A., Sereni, E., Sikora, K. O., Simbolo, M., Taschuk, M. L., Toon, C. W., Vicentini, C., Wu, J., Zeps, N., Behren, A., Burke, H., Cebon, J., Dagg, R. A., De Paoli-Iseppi, R., Dutton-Regester, K., Field, M. A., Fitzgerald, A., Hersey, P., Jakrot, V., Johansson, P. A., Kakavand, H., Kefford, R. F., Lau, L. M. S., Long, G., Pickett, H. A., Pritchard, A. L., Pupo, G. M., Saw, R. P. M., Schramm, S-J., Shang, C. A., Shang, P., Spillane, A. J., Stretch, J. R., Tembe, V., Thompson, J. F., Vilain, R. E., Wilmott, J. S., Yang, J. Y., Hayward, N. K., Mann, G. J., Scolyer, R. A., Bartlett, J., Bavi, P., Chadwick, D. E., Chan-Seng-Yue, M., Cleary, S., Connor, A. A., Czajka, K., Denroche, R. E., Dhani, N. C., Eagles, J., Gallinger, S., Grant, R. C., Hedley, D., Hollingsworth, M. A., Jang, G. H., Johns, J., Kalimuthu, S., Liang, S-B., Lungu, I., Luo, X., Mbabaali, F., McPherson, T. A., Miller, J. K., Moore, M. J., Notta, F., Pasternack, D., Petersen, G. M., Roehrl, M. H. A., Sam, M., Selander, I., Serra, S., Shahabi, S., Thayer, S. P., Timms, L. E., Wilson, G. W., Wilson, J. M., Wouters, B. G., McPherson, J. D., Beck, T. A., Bhandari, V., Collins, C. C., Fleshner, N. E., Fox, N. S., Fraser, M., Heisler, L. E., Lalonde, E., Livingstone, J., Meng, A., Sabelnykova, V. Y., Shiah, Y-J., Van Der Kwast, T., Bristow, R. G., Ding, S., Fan, D., Li, L., Nie, Y., Xiao, X., Xing, R., Yang, S., Yu, Y., Zhou, Y., Banks, R. E., Bourque, G., Brennan, P., Letourneau, L., Riazalhosseini, Y., Scelo, G., Vasudev, N., Viksna, J., Lathrop, M., Tost, J., Ahn, S-M., Aparicio, S., Arnould, L., Aure, M. R., Bhosle, S. G., Birney, E., Borg, A., Boyault, S., Brinkman, A. B., Brock, J. E., Broeks, A., Borresen-Dale, A-L., Caldas, C., Chin, S-F., Davies, H., Desmedt, C., Dirix, L., Dronov, S., Ehinger, A., Eyfjord, J. E., Fatima, A., Foekens, J. A., Futreal, P. A., Garred, O., Giri, D. D., Glodzik, D., Grabau, D., Hilmarsdottir, H., Hooijer, G. K., Jacquemier, J., Jang, S. J., Jonasson, J. G., Jonkers, J., Kim, H-Y., King, T. A., Knappskog, S., Kong, G., Krishnamurthy, S., Lakhani, S. R., Langerod, A., Larsimont, D., Lee, H. J., Lee, J-Y., Lee, M. T. M., Lingjaerde, O. C., MacGrogan, G., Martens, J. W. M., O'Meara, S., Pauporte, I., Pinder, S., Pivot, X., Provenzano, E., Purdie, C. A., Ramakrishna, M., Ramakrishnan, K., Reis-Filho, J., Richardson, A. L., Ringner, M., Rodriguez, J. B., Rodriguez-Gonzalez, F. G., Romieu, G., Salgado, R., Sauer, T., Shepherd, R., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., Smid, M., Sotiriou, C., Span, P. N., Stefansson, O. A., Stenhouse, A., Stunnenberg, H. G., Sweep, F., Tan, B. K. T., Thomas, G., Thompson, A. M., Tommasi, S., Treilleux, I., Tutt, A., Ueno, N. T., Van Laere, S., Van den Eynden, G. G., Vermeulen, P., Viari, A., Vincent-Salomon, A., Wong, B. H., Yates, L., Zou, X., van Deurzen, C. H. M., van de Vijver, M. J., van't Veer, L., Ammerpohl, O., Aukema, S., Bergmann, A. K., Bernhart, S. H., Borkhardt, A., Borst, C., Burkhardt, B., Claviez, A., Goebler, M. E., Haake, A., Haas, S., Hansmann, M., Hoell, J., Hummel, M., Karsch, D., Klapper, W., Kneba, M., Kreuz, M., Kube, D., Kueppers, R., Lenze, D., Loeffler, M., Lopez, C., Mantovani-Loeffler, L., Moeller, P., Ott, G., Radlwimmer, B., Richter, J., Rohde, M., Rosenstiel, P. C., Rosenwald, A., Schilhabel, M. B., Schreiber, S., Stadler, P. F., Staib, P., Stilgenbauer, S., Sungalee, S., Szczepanowski, M., Toprak, U. H., Truemper, L. H. P., Wagener, R., Zenz, T., Hovestadt, V., von Kalle, C., Kool, M., Korshunov, A., Landgraf, P., Lehrach, H., Northcott, P. A., Pfister, S. M., Reifenberger, G., Warnatz, H-J., Wolf, S., Yaspo, M-L., Assenov, Y., Gerhauser, C., Minner, S., Schlomm, T., Simon, R., Sauter, G., Sueltmann, H., Biswas, N. K., Maitra, A., Majumder, P. P., Sarin, R., Barbi, S., Bonizzato, G., Cantu, C., Dei Tos, A. P., Fassan, M., Grimaldi, S., Luchini, C., Malleo, G., Marchegiani, G., Milella, M., Paiella, S., Pea, A., Pederzoli, P., Ruzzenente, A., Salvia, R., Sperandio, N., Arai, Y., Hama, N., Hiraoka, N., Hosoda, F., Nakamura, H., Ojima, H., Okusaka, T., Totoki, Y., Urushidate, T., Fukayama, M., Ishikawa, S., Katai, H., Katoh, H., Komura, D., Rokutan, H., Saito-Adachi, M., Suzuki, A., Taniguchi, H., Tatsuno, K., Ushiku, T., Yachida, S., Yamamoto, S., Aikata, H., Arihiro, K., Ariizumi, S., Chayama, K., Furuta, M., Gotoh, K., Hayami, S., Hirano, S., Kawakami, Y., Maejima, K., Nakamura, T., Nakano, K., Ohdan, H., Sasaki-Oku, A., Tanaka, H., Ueno, M., Yamamoto, M., Yamaue, H., Choo, S. P., Cutcutache, I., Khuntikeo, N., Ong, C. K., Pairojkul, C., Popescu, I., Ahn, K. S., Aymerich, M., Lopez-Guillermo, A., Lopez-Otin, C., Puente, X. S., Campo, E., Amary, F., Baumhoer, D., Behjati, S., Bjerkehagen, B., Futreal, P. A., Myklebost, O., Pillay, N., Tarpey, P., Tirabosco, R., Zaikova, O., Flanagan, A. M., Boultwood, J., Bowen, D. T., Cazzola, M., Green, A. R., Hellstrom-Lindberg, E., Malcovati, L., Nangalia, J., Papaemmanuil, E., Vyas, P., Ang, Y., Barr, H., Beardsmore, D., Eldridge, M., Gossage, J., Grehan, N., Hanna, G. B., Hayes, S. J., Hupp, T. R., Khoo, D., Lagergren, J., Lovat, L. B., MacRae, S., O'Donovan, M., O'Neill, J. R., Parsons, S. L., Preston, S. R., Puig, S., Roques, T., Sanders, G., Sothi, S., Tavare, S., Tucker, O., Turkington, R., Underwood, T. J., Welch, I., Fitzgerald, R. C., Berney, D. M., De Bono, J. S., Cahill, D., Camacho, N., Dennis, N. M., Dudderidge, T., Edwards, S. E., Fisher, C., Foster, C. S., Ghori, M., Gill, P., Gnanapragasam, V. J., Gundem, G., Hamdy, F. C., Hawkins, S., Hazell, S., Howat, W., Isaacs, W. B., Karaszi, K., Kay, J. D., Khoo, V., Kote-Jarai, Z., Kremeyer, B., Kumar, P., Lambert, A., Leongamornlert, D. A., Livni, N., Lu, Y-J., Luxton, H. J., Marsden, L., Massie, C. E., Matthews, L., Mayer, E., McDermott, U., Merson, S., Neal, D. E., Ng, A., Nicol, D., Ogden, C., Rowe, E. W., Shah, N. C., Thomas, S., Thompson, A., Verrill, C., Visakorpi, T., Warren, A. Y., Whitaker, H. C., Zhang, H., van As, N., Eeles, R. A., Abeshouse, A., Agrawal, N., Akbani, R., Al Ahmadie, H., Albert, M., Aldape, K., Ally, A., Appelbaum, E. L., Armenia, J., Asa, S., Auman, J. T., Balasundaram, M., Balu, S., Barnholtz-Sloan, J., Bathe, O. F., Baylin, S. B., Benz, C., Berchuck, A., Berrios, M., Bigner, D., Birrer, M., Bodenheimer, T., Boice, L., Bootwalla, M. S., Bosenberg, M., Bowlby, R., Boyd, J., Broaddus, R. R., Brock, M., Brooks, D., Bullman, S., Caesar-Johnson, S. J., Carey, T. E., Carlsen, R., Cerfolio, R., Chandan, V. S., Chen, H-W., Cherniack, A. D., Chien, J., Cho, J., Chuah, E., Cibulskis, C., Cope, L., Cordes, M. G., Curley, E., Czerniak, B., Danilova, L., Davis, I. J., Defreitas, T., Demchok, J. A., Dhalla, N., Dhir, R., Doddapaneni, H., El-Naggar, A., Felau, I., Ferguson, M. L., Finocchiaro, G., Fong, K. M., Frazer, S., Friedman, W., Fronick, C. C., Fulton, L. A., Gabriel, S. B., Gao, J., Gehlenborg, N., Gershenwald, J. E., Ghossein, R., Giama, N. H., Gibbs, R. A., Gomez, C., Govindan, R., Hayes, D. N., Hegde, A. M., Heiman, D., Heins, Z., Hepperla, A. J., Holbrook, A., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Hruban, R. H., Hu, J., Huang, M., Huntsman, D., Huse, J., Donahue, C. A. I., Ittmann, M., Jayaseelan, J. C., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Juhl, H., Kang, K. J., Karlan, B., Kasaian, K., Kebebew, E., Kim, H. K., Korchina, V., Kundra, R., Lai, P. H., Lander, E., Le, X., Lee, D., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T., Li, H. I., Lin, P., Linehan, W. M., Liu, F. F., Lu, Y., Lype, L., Ma, Y., Maglinte, D. T., Mardis, E. R., Marks, J., Marra, M. A., Matthew, T. J., Mayo, M., McCune, K., Meier, S. R., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Mikkelsen, T., Miller, C. A., Mills, G. B., Moore, R. A., Morrison, C., Mose, L. E., Moser, C. D., Mungall, A. J., Mungall, K., Mutch, D., Muzny, D. M., Myers, J., Newton, Y., Noble, M. S., O'Donnell, P., O'Neill, B. P., Ochoa, A., Park, J-W., Parker, J. S., Pass, H., Pastore, A., Pennell, N. A., Perou, C. M., Petrelli, N., Potapova, O., Rader, J. S., Ramalingam, S., Rathmell, W. K., Reuter, V., Reynolds, S. M., Ringel, M., Roach, J., Roberts, L. R., Robertson, A. G., Sadeghi, S., Saller, C., Sanchez-Vega, F., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schmidt, H. K., Schultz, N., Seethala, R., Senbabaoglu, Y., Shelton, T., Shi, Y., Shih, J., Shmulevich, I., Shriver, C., Signoretti, S., Simons, J., Singer, S., Sipahimalani, P., Skelly, T. J., McCune, K. S., Socci, N. D., Soloway, M. G., Sood, A. K., Tam, A., Tan, D., Tarnuzzer, R., Thiessen, N., Thompson, R. H., Thorne, L. B., Tsao, M., Umbricht, C., Van Den Berg, D. J., Van Meir, E. G., Veluvolu, U., Voet, D., Wang, L., Weinberger, P., Weisenberger, D. J., Wigle, D., Wilkerson, M. D., Wilson, R. K., Winterhoff, B., Wiznerowicz, M., Wong, T., Wong, W., Xi, L., Yau, C., Zhang, H., Zhang, H. & Zhang, J., 6 feb 2020, I : Nature. 578, 7793, s. 82-+ 50 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Patients with high-risk DLBCL benefit from dose-dense immunochemotherapy combined with early systemic CNS prophylaxis

Leppä, S., Jorgensen, J., Tierens, A., Meriranta, L., Østlie, I., Brown, P. D. N., Fagerli, U-M., Larsen, T. S., Mannisto, S., Munksgaard, L., Maisenholder, M., Vasala, K., Meyer, P., Jerkeman, M., Bjorkholm, M., Fluge, O., Jyrkklo, S., Liestol, K., Ralfkiaer, E., Spetalen, S. & 3 andra, Beiske, K., Karjalainen-Lindsberg, M-L. & Holte, H., 12 maj 2020, I : Blood advances. 4, 9, s. 1906-1915 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Plasma protein expression differs between colorectal cancer patients depending on primary tumor location

Holm, M., Joenväärä, S., Saraswat, M., Tohmola, T., Ristimäki, A., Renkonen, R. & Haglund, C., jul 2020, I : Cancer medicine . 9, 14, s. 5221-5234 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Preoperative Radiotherapy Leads to Significant Differences in the Plasma Protein Profile of Rectal Cancer Patients

Holm, M., Joenväärä, S., Saraswat, M., Tohmola, T., Ristimäki, A., Renkonen, R. & Haglund, C., jul 2020, I : Oncology. 98, 7, s. 493-500 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Prognostic Impact of Tumor-Associated Macrophages on Survival Is Checkpoint Dependent in Classical Hodgkin Lymphoma

Karihtala, K., Leivonen, S-K., Brück, O., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Mustjoki, S., Pellinen, T. & Leppä, S., apr 2020, I : Cancers. 12, 4, 15 s., 877.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Prognostic Value of Immune Environment Analysis in Small Bowel Adenocarcinomas with Verified Mutational Landscape and Predisposing Conditions

Wirta, E-V., Szeto, S., Hänninen, U., Ahtiainen, M., Böhm, J., Mecklin, J-P., Aaltonen, L. A. & Seppälä, T. T., 23 jul 2020, I : Cancers. 12, 8, 19 s., E2018.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Restorative Proctocolectomy in Ulcerative Colitis: Effect of Preoperative Immunomodulatory Therapy on Postoperative Complications and Pouch Failure

Karjalainen, E. K., Renkonen-Sinisalo, L., Mustonen, H. K., Färkkilä, M. & Lepistö, A. H., 21 jan 2020, I : Scandinavian Journal of Surgery. 8 s., 1457496919900409.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The critical effects of matrices on cultured carcinoma cells: Human tumor-derived matrix promotes cell invasive properties

Wahbi, W., Naakka, E., Tuomainen, K., Suleymanova, I., Arpalahti, A., Miinalainen, I., Vaananen, J., Grenman, R., Monni, O., Al-Samadi, A. & Salo, T., 1 apr 2020, I : Experimental Cell Research. 389, 1, 11 s., 111885.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2019

BRAF V600E expression in ameloblastomas-A 36-patient cohort from Helsinki University Hospital

Kelppe, J., Thoren, H., Ristimäki, A., Haglund, C., Sorsa, T. & Hagström, J., maj 2019, I : Oral Diseases. 25, 4, s. 1169-1174 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Candidate Predisposition Variants in Kaposi Sarcoma as Detected by Whole-Genome Sequencing

Rinne, S. J., Sipilä, L. J., Sulo, P., Jouanguy, E., Beziat, V., Abel, L., Casanova, J-L., Parvaneh, N., Balighi, K., Guttman-Yassky, E., Sarid, R., Aaltonen, L. A. & Aavikko, M., okt 2019, I : Open Forum Infectious Diseases. 6, 10, 5 s., 337.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Clinical features and outcome of the patients with sinonasal tract diffuse large B-cell lymphoma in the pre-rituximab and rituximab eras

Vähämurto, P., Mannisto, S., Pollari, M., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Mäkitie, A. A. & Leppä, S., jun 2019, I : European Journal of Haematology. 102, 6, s. 457-464 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Complete genome sequence of the fish pathogen Flavobacterium columnare strain B185, originating from Finland

Ravantti, J., Laanto, E., Papponen, P. & Sundberg, L-R., 5 dec 2019, I : Microbiology Resource Announcements. 8, 49, e01285-19.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Differences and overlap in plasma protein expression during colorectal cancer progression

Holm, M., Joenväärä, S., Saraswat, M., Tohmola, T., Ristimäki, A., Renkonen, R. & Haglund, C., 5 aug 2019, I : Translational Medicine Communications. 4, 1, 12 s., 14.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Distinct subtypes of diffuse large B-cell lymphoma defined by hypermutated genes

Alkodsi, A., Cervera, A., Zhang, K., Louhimo, R., Meriranta, L., Pasanen, A., Leivonen, S-K., Holte, H., Leppä, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., nov 2019, I : Leukemia. 33, 11, s. 2662-2672 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

ERCC6L2 defines a novel entity within inherited acute myeloid leukemia

Douglas, S. P. M., Siipola, P., Kovanen, P. E., Pyörälä, M., Kakko, S., Savolainen, E-R., Salmenniemi, U., Orte, K., Kytölä, S., Pitkänen, E., Porkka, K., Kilpivaara, O. & Wartiovaara-Kautto, U., 20 jun 2019, I : Blood. 133, 25, s. 2724-2728 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragBrevVetenskaplig

Exome and immune cell score analyses reveal great variation within synchronous primary colorectal cancers

Hanninen, U. A., Wirta, E-V., Katainen, R., Tanskanen, T., Hamberg, J., Taipale, M., Böhm, J., Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Forsström, L. M., Pitkänen, E., Palin, K., Seppälä, T. T., Mäkinen, N., Mecklin, J-P. & Aaltonen, L. A., 30 apr 2019, I : British Journal of Cancer. 120, 9, s. 922-930 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genetic and Epigenetic Characterization of Growth Hormone-Secreting Pituitary Tumors

Välimäki, N., Schalin-Jäntti, C., Karppinen, A., Paetau, A., Kivipelto, L., Aaltonen, L. A. & Karhu, A., dec 2019, I : Molecular Cancer Research. 17, 12, s. 2432-2443 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Identification of several plasma proteins whose levels in colorectal cancer patients differ depending on outcome

Holm, M., Joenväärä, S., Saraswat, M., Mustonen, H., Tohmola, T., Ristimäki, A., Renkonen, R. & Haglund, C., 2 nov 2019, I : FASEB BioAdvances. 1, 12, s. 723-730 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Incident colorectal cancer in Lynch syndrome is usually not preceded by compromised quality of colonoscopy

Lappalainen, J., Holmström, D., Lepistö, A., Saarnio, J., Mecklin, J-P. & Seppälä, T., dec 2019, I : Scandinavian Journal of Gastroenterology. 54, 12, s. 1473–1480 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Intravenous but not intrathecal central nervous system-directed chemotherapy improves survival in patients with testicular diffuse large B-cell lymphoma

Mannisto, S., Vähämurto, P., Pollari, M., Clausen, M. R., Jyrkkiö, S., Kellokumpu-Lehtinen, P. -L., Kovanen, P., Karjalainen-Lindsberg, M. -L., d'Amore, F. & Leppä, S., jul 2019, I : European Journal of Cancer. 115, s. 27-36 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

'Metaphyseal dysplasia without hypotrichosis' can present with late-onset extraskeletal manifestations

Vakkilainen, S., Constantini, A., Taskinen, M., Wartiovaara-Kautto, U. & Mäkitie, O., 2019, I : Journal of Medical Genetics. 57, 1, s. 18-22 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

MGMT Promoter Methylation and Parathyroid Carcinoma

Storvall, S., Ryhänen, E., Heiskanen, I., Vesterinen, T., Bensch, F. V., Schildt, J., Kytölä, S., Karhu, A., Arola, J. & Schalin-Jäntti, C., nov 2019, I : Journal of the Endocrine Society. 3, 11, s. 2114–2122 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Milloin konsultoin perinnöllisyyslääkäriä?

Tanner, L., Aaltonen, K. & Pöyhönen, M., 2019, I : Duodecim. 135, 16, s. 1453-1458 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Notum produced by Paneth cells attenuates regeneration of aged intestinal epithelium

Pentinmikko, N., Iqbal, S., Mana, M., Andersson, S., Cognetta, A. B., Suciu, R. M., Roper, J., Luopajärvi, K., Markelin, E., Gopalakrishnan, S., Smolander, O-P., Naranjo, S., Saarinen, T., Juuti, A., Pietiläinen, K., Auvinen, P., Ristimäki, A., Gupta, N., Tammela, T., Jacks, T. & 4 andra, Sabatini, D. M., Cravatt, B. F., Yilmaz, O. H. & Katajisto, P., 18 jul 2019, I : Nature. 571, 7765, s. 398-+ 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Novel insights into genetic predisposition to myeloid malignancies

Hirvonen, E., 2019, Helsinki: [E. Hirvonen]. 96 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång

Novel insights into the genetic background of microsatellite unstable colorectal cancer

Kondelin, J., 2019, Helsinki : [J. Kondelin]. 92 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång

Structural comparison strengthens the higher-order classification of proteases related to chymotrypsin

Mönttinen, H. A. M., Ravantti, J. & Poranen, M., 17 maj 2019, I : PLoS One. 14, 5, 16 s., 0216659.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

T-cell inflamed tumor microenvironment predicts favorable prognosis in primary testicular lymphoma

Leivonen, S-K., Pollari, M., Brück, O., Pellinen, T., Autio, M., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Mannisto, S., Kellokumpu-Lehtinen, P-L., Kallioniemi, O., Mustjoki, S. & Leppä, S., feb 2019, I : Haematologica. 104, 2, s. 338-346 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Testicular diffuse large b-cell lymphoma : prognostic clinical, molecular and immunological factors

Pollari, M., 2019, Helsinki : [M. Pollari]. 182 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång

The Mutational Profile of Unicystic Ameloblastoma

Heikinheimo, K., Huhtala, J. -M., Thiel, A., Kurppa, K. J., Heikinheimo, H., Kovac, M., Kragelund, C., Warfvinge, G., Dawson, H., Elenius, K., Ristimäki, A., Baumhoer, D. & Morgan, P. R., jan 2019, I : Journal of Dental Research. 98, 1, s. 54-60 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018
Öppen tillgång
Fil