Projekt per år
Organisationsprofil
Organisationsprofil
Our research group focuses on uncovering complex information from bioimages using machine learning. We are interested in developing novel deep learning solutions for bioimage analysis, study various learning approaches to create general models, and to apply these methods and models to profile cancer cell and tissue samples imaged using fluorescence microscopy.
Vetenskapsgrenar
- 113 Data- och informationsvetenskap
- 1182 Biokemi, cell- och molekylärbiologi
Internationellt och inhemskt samarbete
Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.
Personer
-
Gantugs Atarsaikhan
- Institutet för molekylärmedicin i Finland - forskardoktor
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal
-
Isabel Mogollon Figueroa
- Institutet för molekylärmedicin i Finland - forskardoktor
- Bioimage Profiling
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal
-
Lassi Paavolainen
- Institutet för molekylärmedicin i Finland - akademiforskare
- Bioimage Profiling
- Doctoral Programme in Integrative Life Science - Handledare för doktorandprogram
Person: U3 Undervisnings- och forskningspersonal
-
Mohammad Vali Sanian
- Institutet för molekylärmedicin i Finland - doktorand
- Bioimage Profiling
- Doctoral Programme in Computer Science
Person: U1 Undervisnings- och forskningspersonal, Doktorand
-
Uncovering patterns in cancer cells with visual representation learning
Paavolainen, L. (Projektledare), Atarsaikhan, G. (Deltagare), Mogollon Figueroa, I. (Deltagare) & Sanian, M. V. (deltagare)
01/09/2021 → 31/08/2026
Projekt: Forskningsprojekt
-
Pan-cancer tumor microenvironment exploration with vision transformers
Paavolainen, L. (Projektledare), Atarsaikhan, G. (deltagare), Mogollon Figueroa, I. (deltagare) & Mogollon Figueroa, I. (deltagare)
Syöpäsäätiö sr Cancerstiftelsen sr
01/01/2023 → 31/12/2024
Projekt: Stiftelser och fonder
-
iCAN-DIP: AI-driven deep image-based profiling of pan-cancer tumor microenvironment
Atarsaikhan, G. (Deltagare) & Paavolainen, L. (Principal Investigator)
01/01/2023 → 31/12/2024
Projekt: Forskningsprojekt
-
Academy of Finland FIRI2020/ Biocenter Finland/ Single Cell Competence Center
Pietiäinen, V. (Deltagare), Hassinen, A. (Deltagare), Polso, M. M. M. (Deltagare), Horvarth, P. (Deltagare) & Paavolainen, L. (Deltagare)
01/12/2020 → 31/12/2021
Projekt: Finlands Akademi: Forskningsinfrastruktur
-
Covid-19 immunofluoresenssidetektiomenetelmän kehitys
Pietiäinen, V. (Principal Investigator), Polso, M. M. M. (Deltagare), Horvarth, P. (Deltagare) & Paavolainen, L. (Deltagare)
01/01/2020 → 31/01/2021
Projekt: Forskningsprojekt
-
Drug repurposing platform for deciphering the druggable SARS-CoV-2 interactome
Bogacheva, M., Kuivanen, S., Potdar, S., Hassinen, A., Huuskonen, S., Pöhner, I., Luck, T. J., Turunen, L., Feodoroff, M., Szirovicza, L., Savijoki, K., Saarela, J., Tammela, P., Paavolainen, L., Poso, A., Varjosalo, M., Kallioniemi, O., Pietiäinen, V. & Vapalahti, O., mars 2024, I: Antiviral Research. 223, 15 s., 105813.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Image-based and machine learning-guided multiplexed serology test for SARS-CoV-2
Paavolainen, L., Hassinen, A., Polso, M. M. M., Pietiäinen, V. & Kemmer, I., 7 mars 2024Forskningsoutput: Icke-textbaserad output › Digitala eller visuella produkter › Vetenskaplig
Öppen tillgång -
Analysis of cellular phenotypes with unbiased image-based generative models
Fonnegra, R., Sanian, M. V., Chen, Z. S., Paavolainen, L. & Caicedo, J. C., 28 nov. 2023.Forskningsoutput: Konferensbidrag › Konferenspapper › Peer review
Öppen tillgångFil -
Application of Self Supervised Vision Transformers for Multiplexed Microscopy Images and Its Challenges
Atarsaikhan, G., Mogollon Figueroa, I., Välimäki, K., Pellinen, T., Mirtti, T. & Paavolainen, L., 16 dec. 2023.Forskningsoutput: Konferensbidrag › Konferenspapper › Peer review
Öppen tillgångFil -
Comparison of two supporting matrices for patient-derived cancer cells in 3D drug sensitivity and resistance testing assay (3D-DSRT)
Feoforoff, M., Mikkonen, P., Turunen, L., Hassinen, A., Paasonen, L., Paavolainen, L., Potdar, S., Murumagi, A., Kallioniemi, O. & Pietiainen, V., juni 2023, I: SLAS discovery . 28, 4, s. 138-148 11 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil
Aktiviteter
-
AACR Annual Meeting 2024
Paavolainen, L. (Poster presentation)
5 apr. 2024 → 10 apr. 2024Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
-
CytoData and SBI2 2024
Paavolainen, L. (Medlem av vetenskaplig kommitté)
17 sep. 2024 → 20 sep. 2024Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
-
Image-based cancer profiling with self-supervised AI
Paavolainen, L. (!!Invited speaker)
15 mars 2024Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Invited talk
-
Mitä tekoäly on?
Paavolainen, L. (!!Invited speaker)
15 nov. 2024Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Invited talk
-
EMC2024, 17th European Microscopy Congress
Paavolainen, L. (Talare: Ordförande)
29 aug. 2024 → 30 aug. 2024Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium