Bioinformatics

Tero Aittokallio
- tero.aittokalliohelsinkifi
- Institutet för molekylärmedicin i Finland - äldre forskare
- Forskningsinstitutet för informationsteknologi
- Bioinformatics
- Doctoral Programme in Biomedicine - Handledare för doktorandprogram
- Doctoral Programme in Clinical Research - Handledare för doktorandprogram
- Doctoral Programme in Drug Research - Handledare för doktorandprogram
- Doctoral Programme in Integrative Life Science - Handledare för doktorandprogram
Person: U3 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
20012023
Sampsa Hautaniemi
- sampsa.hautaniemihelsinkifi
- Fakultetens gemensamma (Medicinska fakulteten) - Titeln docent
- Avdelningen för biokemi och utvecklingsbiologi - professor
- Sampsa Hautaniemi / Ansvarig forskare
- Bioinformatics
- Doctoral Programme in Biomedicine - Handledare för doktorandprogram
- Doctoral Programme in Clinical Research - Handledare för doktorandprogram
- Doctoral Programme in Integrative Life Science - Handledare för doktorandprogram
Person: HU, U4 Undervisnings- och forskningspersonal
20032023
Liisa Holm
- liisa.holmhelsinkifi
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - professor
- Institutet för bioteknik
- Bioinformatics
- Computational genomics
- Doctoral Programme in Integrative Life Science - Handledare för doktorandprogram
Person: HU, U4 Undervisnings- och forskningspersonal
20032023
Juha Kärkkäinen
- juha.karkkainenhelsinkifi
- Avdelningen för datavetenskap - universitetslektor
- Forskningsinstitutet för informationsteknologi
- Algorithmic Bioinformatics
- Juha Kärkkäinen / Ansvarig forskare
- Bioinformatics
- Doctoral Programme in Computer Science - Handledare för doktorandprogram
Person: U3 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
19982021
Ari Löytynoja
- ari.loytynojahelsinkifi
- Institutet för bioteknik - forskningsdirektör
- Bioinformatics
- Doctoral Programme in Integrative Life Science - Handledare för doktorandprogram
Person: HU, U4 Undervisnings- och forskningspersonal
20012023

Biodata Analytics Unit
Ville Mustonen (Chef), Mirkka Jones (Annat), Pasi Rastas (Annat), Jukka Siren (Annat) & Fatemehsadat Seyednasrollah (Annat)
Institutet för bioteknik
Utrustning/facilitet: Forskningslaboratorium

4 Aktiv
27 Slutfört

DECIDER: DECIDER (Clinical Decision via Integrating Multiple Data Levels to Overcome Chemotherapy Resistance in High-Grade Serous Ovarian Cancer)
Korpisaari (ex. Tiilikka), P., Hautaniemi, S. & Mansnérus, J.
01/02/2021 → 31/01/2026
Projekt: Forskningsprojekt
Suomalais-Ugrilainen muinaisgenomi
Onkamo, P., Oikkonen, J., Översti, S., Salmela, E., Salo, K. H., Nordqvist, K. & Junno, A.
Koneen Säätiö, Jane and Aatos Erkko Foundation
01/01/2016 → …
Projekt: Forskningsprojekt
Elucidation of mechanisms of action of the natural stilbenoid pinosylvin via network pharmacology computational methods
Kibble, M. M., Aittokallio, T., Mäkelä, S., Saarinen, N. & Martinez Chacon , G.
01/01/2014 → …
Projekt: Forskningsprojekt
Gene-culture evolution in music
Ukkola-Vuoti, L., Oikkonen, J., Onkamo, P., Raijas, P. & Karma, K.
01/04/2002 → …
Projekt: Forskningsprojekt
HiLIFE Grand Challenge: Combatting Antimicrobial Drug Resistance
Virta, M. & Holm, L.
01/10/2018 → 31/12/2021
Projekt: Forskningsprojekt

Computing Longest Lyndon Subsequences and Longest Common Lyndon Subsequences
Bannai, H., Tomohiro, I., Kociumaka, T., Koeppl, D. & Puglisi, S. J., 6 maj 2023, I: Algorithmica. 22 s.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Cut paths and their remainder structure, with applications
Cairo, M., Khan, S., Rizzi, R., Schmidt, S. S., Tomescu, A. & Zirondelli, E. C., 2023, 40th International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, STACS 2023. Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 17:1-17:17 17 s. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); vol. 254).
Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

Öppen tillgång
Fil
DALI shines a light on remote homologs: one hundred discoveries
Holm, L., Laiho, A. H. T., Törönen, P. & Guedes Salgado, M. P., jan. 2023, I: Protein Science. 32, 1, 18 s., e4519.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Drug response profiles in patient-derived cancer cells across histological subtypes of ovarian cancer: real-time therapy tailoring for a patient with low-grade serous carcinoma
Murumägi, A., Ungureanu, D., Khan, S., Arjama, M., Välimäki, K., Ianevski, A., Ianevski, P., Bergstrom, R., Dini, A., Kanerva, A., Koivisto-Korander, R., Tapper, J., Lassus, H., Loukovaara, M., Mägi, A., Hirasawa, A., Aoki, D., Pietiäinen, V., Pellinen, T., Butzow, R., & 2 andraAittokallio, T. & Kallioniemi, O., 16 feb. 2023, I: British Journal of Cancer. 128, 4, s. 678–690 13 s.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Öppen tillgång
Fil
Flow Decomposition With Subpath Constraints
Williams, L., Tomescu, A. I. & Mumey, B., jan. 2023, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 20, 1, s. 360-370 11 s.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Öppen tillgång
Fil

Bioinformatics (Tidskrift)
Veli Mäkinen (Referentgranskare)
maj 2023
Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
Sequences workshop
Veli Mäkinen (!!Invited speaker)
maj 2023
Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Invited talk
ISMB/ECCB 2023 (Evenemang)
Veli Mäkinen (Medlem av programkommitté)
feb. 2023
Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2023) (Evenemang)
Veli Mäkinen (Medlem av programkommitté)
maj 2023
Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript
Algorithms for Molecular Biology (Tidskrift)
Veli Mäkinen (Referentgranskare)
jan. 2022
Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbete › Referentgranskning av manuskript

Alberto Apostolico Best Paper Award
Puglisi, Simon (!!Recipient), Raman, Rajeev (!!Recipient), Belazzougui, Djamal (!!Recipient) & Kosolobov, Dmitry (!!Recipient), 6 juli 2021
Pris: Pris och hedersbetygelser

University of Helsinki: Researchers Identified Factors That Turn Normal Cells Into Liver Cancer Cells
Sampsa Hautaniemi & Biswajyoti Sahu
08/09/2021
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
388123-2021: Finland-Helsingin yliopisto: Services provided by medical laboratories
Sampsa Hautaniemi
30/07/2021
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
Tender Notice: HELSINGIN YLIOPISTO Seeks "Next Generation Sequencing Services for Decider" (118211-2021)
Sampsa Hautaniemi
09/03/2021
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
118211-2021: Finland-Helsinki: Services provided by medical laboratories
Sampsa Hautaniemi
09/03/2021
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
Next Generation Sequencing Services for Decider
Sampsa Hautaniemi
09/03/2021
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media

Bioinformatics

Internationellt och inhemskt samarbete

Fördjupning

Tero Aittokallio

Sampsa Hautaniemi

Liisa Holm

Juha Kärkkäinen

Ari Löytynoja

Biodata Analytics Unit

DECIDER: DECIDER (Clinical Decision via Integrating Multiple Data Levels to Overcome Chemotherapy Resistance in High-Grade Serous Ovarian Cancer)

Suomalais-Ugrilainen muinaisgenomi

Elucidation of mechanisms of action of the natural stilbenoid pinosylvin via network pharmacology computational methods

Gene-culture evolution in music

HiLIFE Grand Challenge: Combatting Antimicrobial Drug Resistance

Computing Longest Lyndon Subsequences and Longest Common Lyndon Subsequences

Cut paths and their remainder structure, with applications

DALI shines a light on remote homologs: one hundred discoveries

Drug response profiles in patient-derived cancer cells across histological subtypes of ovarian cancer: real-time therapy tailoring for a patient with low-grade serous carcinoma

Flow Decomposition With Subpath Constraints

Bioinformatics (Tidskrift)

Sequences workshop

ISMB/ECCB 2023 (Evenemang)

Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2023) (Evenemang)

Algorithms for Molecular Biology (Tidskrift)

Alberto Apostolico Best Paper Award

University of Helsinki: Researchers Identified Factors That Turn Normal Cells Into Liver Cancer Cells

388123-2021: Finland-Helsingin yliopisto: Services provided by medical laboratories

Tender Notice: HELSINGIN YLIOPISTO Seeks "Next Generation Sequencing Services for Decider" (118211-2021)

118211-2021: Finland-Helsinki: Services provided by medical laboratories

Next Generation Sequencing Services for Decider

Bioinformatics

Internationellt och inhemskt samarbete

Personer

Utrustning

Projekt

Publikationer

Aktiviteter

Priser

Tidningsurklipp